More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_0035 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009632  SaurJH1_2567  type III restriction protein res subunit  41.78 
 
 
953 aa  698    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2052  helicase, putative  40.88 
 
 
952 aa  702    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2515  type III restriction enzyme, res subunit  41.78 
 
 
953 aa  698    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1920  type III restriction enzyme, res subunit  39.09 
 
 
946 aa  663    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3077  type III restriction protein res subunit  38.21 
 
 
980 aa  651    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11440  DNA/RNA helicase, superfamily II  37.95 
 
 
974 aa  640    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000321567  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0035  superfamily II DNA/RNA helicase  100 
 
 
949 aa  1959    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0259774  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0174  type III restriction protein, res subunit  62.09 
 
 
949 aa  1226    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2683  type III restriction enzyme, res subunit  37.47 
 
 
1149 aa  620  1e-176  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0219186  normal  0.206239 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0357  type III restriction protein res subunit  32.03 
 
 
1053 aa  441  9.999999999999999e-123  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2205  type III restriction protein res subunit  34.95 
 
 
993 aa  393  1e-108  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  32.96 
 
 
812 aa  310  8e-83  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  31.49 
 
 
813 aa  308  4.0000000000000004e-82  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  33.76 
 
 
848 aa  306  2.0000000000000002e-81  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  31.7 
 
 
815 aa  304  5.000000000000001e-81  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1359  helicase, putative  32.01 
 
 
1041 aa  288  2.9999999999999996e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1707  type III restriction protein res subunit  30.4 
 
 
1287 aa  286  1.0000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.730362  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2492  type III restriction protein res subunit  29.57 
 
 
1066 aa  285  4.0000000000000003e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.964  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4503  type III restriction enzyme, res subunit  34.13 
 
 
1052 aa  281  4e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000814753 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0909  type III restriction protein res subunit  32.97 
 
 
1042 aa  278  3e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.252212  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1543  type III restriction protein res subunit  31.7 
 
 
979 aa  278  4e-73  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  30.34 
 
 
1077 aa  276  9e-73  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0821  type III restriction protein res subunit  31.31 
 
 
1042 aa  276  2.0000000000000002e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0473136 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0449  type III restriction enzyme, res subunit  32.25 
 
 
1062 aa  275  3e-72  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.457161  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0337  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  29.3 
 
 
979 aa  273  9e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3374  putative helicase  33.33 
 
 
1017 aa  273  1e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.175998  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0992  type III restriction protein res subunit  26.15 
 
 
938 aa  271  2.9999999999999997e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.942343 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1089  type III restriction protein res subunit  30.76 
 
 
1051 aa  270  8.999999999999999e-71  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0822  DEAD/DEAH box helicase-like  30.59 
 
 
1065 aa  270  1e-70  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.317818  normal  0.201991 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3842  type III restriction enzyme, res subunit  34.01 
 
 
1061 aa  268  2.9999999999999995e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3869  type III restriction enzyme, res subunit  29.69 
 
 
1033 aa  266  1e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4011  type III restriction protein res subunit  29.4 
 
 
1033 aa  264  6e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  31.53 
 
 
967 aa  263  8.999999999999999e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3984  type III restriction protein res subunit  28.73 
 
 
1418 aa  263  1e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0977  type III restriction enzyme, res subunit  30.1 
 
 
1063 aa  263  1e-68  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0368  helicase  32.15 
 
 
982 aa  262  3e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0301  type III restriction enzyme, res subunit  34.21 
 
 
1051 aa  262  3e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.177385  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1408  helicase, putative  30.28 
 
 
987 aa  261  5.0000000000000005e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8756  type III restriction enzyme, res subunit  30.58 
 
 
1028 aa  259  1e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999301  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0360  type III restriction protein res subunit  32.17 
 
 
1055 aa  257  7e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0370  type III restriction protein res subunit  32.17 
 
 
1055 aa  257  7e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0484136  hitchhiker  0.000113274 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0362  type III restriction enzyme, res subunit  32.17 
 
 
1055 aa  257  8e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17070  DNA/RNA helicase, superfamily II  29.22 
 
 
1031 aa  257  9e-67  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1910  type III restriction enzyme, res subunit  32.58 
 
 
1043 aa  256  2.0000000000000002e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3182  type III restriction protein res subunit  30.65 
 
 
1029 aa  253  1e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3738  type III restriction protein res subunit  28.79 
 
 
1035 aa  252  2e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3530  transposase, IS4 family protein  29.52 
 
 
956 aa  251  5e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.793252  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3809  type III restriction enzyme, res subunit  28.37 
 
 
1033 aa  249  2e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl314  DNA repair DNA/RNA helicase  30.05 
 
 
905 aa  246  1.9999999999999999e-63  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  4.84028e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4288  type III restriction protein res subunit  28.8 
 
 
1058 aa  246  1.9999999999999999e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3192  type III restriction enzyme, res subunit  26.07 
 
 
928 aa  246  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245022  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3993  type III restriction protein res subunit  28.85 
 
 
1348 aa  244  5e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  32.35 
 
 
967 aa  236  1.0000000000000001e-60  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1001  superfamily II DNA/RNA helicase  30.88 
 
 
773 aa  157  1e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2475  type III restriction protein res subunit  28.84 
 
 
475 aa  149  3e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0815969  normal 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3640  type III restriction protein res subunit  26.98 
 
 
524 aa  137  9e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  25.14 
 
 
462 aa  126  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0480  type III restriction protein res subunit  26.82 
 
 
606 aa  124  9.999999999999999e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000916808  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06707  DEAD/DEAH box helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G05530)  24.33 
 
 
643 aa  122  1.9999999999999998e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3307  type III restriction protein res subunit  28.66 
 
 
536 aa  122  3.9999999999999996e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2616  type III restriction enzyme, res subunit  25.38 
 
 
459 aa  121  7.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0606315  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0069  Type III restriction enzyme, res subunit  26.46 
 
 
629 aa  119  3e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1080  type III restriction protein res subunit  27.3 
 
 
607 aa  116  2.0000000000000002e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000886806  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0616  Type I site-specific deoxyribonuclease  28.35 
 
 
783 aa  116  2.0000000000000002e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  27.95 
 
 
797 aa  114  6e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0226  type III restriction protein res subunit  26.82 
 
 
760 aa  114  9e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1537  type III restriction protein res subunit  24.84 
 
 
776 aa  113  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0725  DEAD/DEAH box helicase-like  27.67 
 
 
469 aa  113  2.0000000000000002e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  27.44 
 
 
760 aa  112  3e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3568  type III restriction protein res subunit  27.69 
 
 
802 aa  112  4.0000000000000004e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.427174  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2440  type III restriction protein res subunit  26.43 
 
 
591 aa  111  5e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH02470  DEAD box family helicase, putative  24.3 
 
 
706 aa  111  7.000000000000001e-23  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.384709  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2280  type III restriction enzyme, res subunit  28.11 
 
 
558 aa  110  2e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04062  type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit  25.57 
 
 
796 aa  108  5e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3253  type III restriction protein res subunit  28.41 
 
 
585 aa  107  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.503255  normal  0.463212 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2606  type III restriction enzyme, res subunit  27.51 
 
 
560 aa  107  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1412  type III restriction protein res subunit  28.23 
 
 
556 aa  107  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00105152  normal  0.0540272 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_88383  ATP-dependent DNA helicase  26.69 
 
 
385 aa  106  2e-21  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1637  Type I site-specific deoxyribonuclease  30.27 
 
 
804 aa  105  5e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000133951  normal 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4457  EcoEI R domain protein  26.26 
 
 
771 aa  104  7e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2656  EcoEI R domain protein  26.51 
 
 
811 aa  104  7e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2780  type III restriction enzyme, res subunit  27.57 
 
 
586 aa  103  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0188494  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2821  helicase domain-containing protein  25.41 
 
 
545 aa  103  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127614  normal  0.294322 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0731  type III restriction enzyme, res subunit  25.6 
 
 
899 aa  102  4e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1171  type III restriction enzyme, res subunit  25.93 
 
 
912 aa  102  5e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.145829  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0774  putative helicase  26.77 
 
 
586 aa  101  6e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0469791  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2939  helicase domain protein  24.32 
 
 
545 aa  101  6e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2482  putative helicase  26.77 
 
 
586 aa  101  6e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00182337  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1637  type III restriction protein res subunit  25.54 
 
 
586 aa  101  7e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.726226  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2354  type III restriction protein res subunit  26.8 
 
 
586 aa  100  9e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0150  type III restriction enzyme, res subunit  30.71 
 
 
860 aa  100  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2574  putative helicase  25.82 
 
 
586 aa  100  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.452066  hitchhiker  0.00320977 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2460  putative helicase  25.82 
 
 
586 aa  100  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000666895 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2417  putative helicase  25.82 
 
 
586 aa  100  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.011156  normal  0.197081 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2372  putative helicase  25.82 
 
 
586 aa  99.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.010081  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2892  type III restriction protein res subunit  24.3 
 
 
583 aa  99.4  3e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2770  type III restriction enzyme, res subunit  26.33 
 
 
560 aa  99  4e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.547342  normal  0.44654 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02114  predicted ATP-dependet helicase  26.25 
 
 
586 aa  98.6  5e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0523071  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1473  type III restriction protein res subunit  26.25 
 
 
586 aa  98.6  5e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000087246  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3535  hypothetical protein  26.88 
 
 
815 aa  98.6  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.115476  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>