More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0992 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009429  Rsph17025_3530  transposase, IS4 family protein  59.64 
 
 		 956 aa  1073    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.793252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  54.5 
 
 		 1077 aa  709    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0992  type III restriction protein res subunit  100 
 
 		 938 aa  1904    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.942343 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3192  type III restriction enzyme, res subunit  59.65 
 
 		 928 aa  1030    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1707  type III restriction protein res subunit  48.3 
 
 		 1287 aa  563  1.0000000000000001e-159  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.730362  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1408  helicase, putative  42.57 
 
 		 987 aa  509  1e-143  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  40.11 
 
 		 967 aa  512  1e-143  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0337  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  43.21 
 
 		 979 aa  509  9.999999999999999e-143  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3984  type III restriction protein res subunit  42.99 
 
 		 1418 aa  457  1e-127  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3993  type III restriction protein res subunit  43.17 
 
 		 1348 aa  455  1.0000000000000001e-126  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  39.42 
 
 		 848 aa  452  1e-125  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0357  type III restriction protein res subunit  30.06 
 
 		 1053 aa  427  1e-118  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  37.2 
 
 		 815 aa  426  1e-117  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  35.42 
 
 		 813 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  36.31 
 
 		 812 aa  393  1e-107  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2205  type III restriction protein res subunit  38.14 
 
 		 993 aa  385  1e-105  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1089  type III restriction protein res subunit  42.73 
 
 		 1051 aa  382  1e-104  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3182  type III restriction protein res subunit  33.54 
 
 		 1029 aa  369  1e-100  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0977  type III restriction enzyme, res subunit  43.27 
 
 		 1063 aa  368  1e-100  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3738  type III restriction protein res subunit  32.94 
 
 		 1035 aa  366  1e-99  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0449  type III restriction enzyme, res subunit  31.68 
 
 		 1062 aa  361  4e-98  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.457161  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3809  type III restriction enzyme, res subunit  33.23 
 
 		 1033 aa  354  4e-96  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2683  type III restriction enzyme, res subunit  37.17 
 
 		 1149 aa  350  1e-94  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0219186  normal  0.206239 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17070  DNA/RNA helicase, superfamily II  32.73 
 
 		 1031 aa  346  1e-93  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3374  putative helicase  28.77 
 
 		 1017 aa  337  7e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.175998  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1920  type III restriction enzyme, res subunit  31.94 
 
 		 946 aa  335  2e-90  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4503  type III restriction enzyme, res subunit  28.95 
 
 		 1052 aa  335  3e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000814753 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  40.66 
 
 		 967 aa  334  5e-90  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4011  type III restriction protein res subunit  32.64 
 
 		 1033 aa  332  2e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8756  type III restriction enzyme, res subunit  39.75 
 
 		 1028 aa  331  3e-89  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1543  type III restriction protein res subunit  33.68 
 
 		 979 aa  331  4e-89  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2052  helicase, putative  28.16 
 
 		 952 aa  330  8e-89  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11440  DNA/RNA helicase, superfamily II  33.17 
 
 		 974 aa  328  2.0000000000000001e-88  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000321567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2492  type III restriction protein res subunit  32.56 
 
 		 1066 aa  328  3e-88  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0370  type III restriction protein res subunit  29.23 
 
 		 1055 aa  325  2e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0484136  hitchhiker  0.000113274 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3869  type III restriction enzyme, res subunit  32.2 
 
 		 1033 aa  324  4e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0360  type III restriction protein res subunit  29.18 
 
 		 1055 aa  321  3.9999999999999996e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0362  type III restriction enzyme, res subunit  29.21 
 
 		 1055 aa  319  1e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2567  type III restriction protein res subunit  27.32 
 
 		 953 aa  318  2e-85  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2515  type III restriction enzyme, res subunit  27.32 
 
 		 953 aa  318  2e-85  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1910  type III restriction enzyme, res subunit  30.01 
 
 		 1043 aa  318  2e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0368  helicase  29.02 
 
 		 982 aa  318  3e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0822  DEAD/DEAH box helicase-like  30.7 
 
 		 1065 aa  310  8e-83  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.317818  normal  0.201991 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4288  type III restriction protein res subunit  30.28 
 
 		 1058 aa  299  2e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3842  type III restriction enzyme, res subunit  33.28 
 
 		 1061 aa  296  2e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1359  helicase, putative  36.32 
 
 		 1041 aa  293  2e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0301  type III restriction enzyme, res subunit  33.28 
 
 		 1051 aa  292  2e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.177385  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0174  type III restriction protein, res subunit  31.8 
 
 		 949 aa  286  1.0000000000000001e-75  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0821  type III restriction protein res subunit  33.96 
 
 		 1042 aa  282  2e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0473136 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3077  type III restriction protein res subunit  33.82 
 
 		 980 aa  282  3e-74  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0035  superfamily II DNA/RNA helicase  26.15 
 
 		 949 aa  271  2.9999999999999997e-71  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0259774  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0909  type III restriction protein res subunit  34.05 
 
 		 1042 aa  269  2e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.252212  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl314  DNA repair DNA/RNA helicase  27.37 
 
 		 905 aa  231  7e-59  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  4.84028e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1001  superfamily II DNA/RNA helicase  36.98 
 
 		 773 aa  207  7e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  35.61 
 
 		 462 aa  171  5e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2475  type III restriction protein res subunit  34.81 
 
 		 475 aa  162  3e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0815969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0725  DEAD/DEAH box helicase-like  33.53 
 
 		 469 aa  162  3e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2616  type III restriction enzyme, res subunit  32.42 
 
 		 459 aa  155  5e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0606315  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_88383  ATP-dependent DNA helicase  28.92 
 
 		 385 aa  154  8e-36  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3640  type III restriction protein res subunit  32.44 
 
 		 524 aa  148  5e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3307  type III restriction protein res subunit  30.86 
 
 		 536 aa  145  3e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0480  type III restriction protein res subunit  32.59 
 
 		 606 aa  145  4e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000916808  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1080  type III restriction protein res subunit  32.66 
 
 		 607 aa  143  9.999999999999999e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000886806  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH02470  DEAD box family helicase, putative  26.26 
 
 		 706 aa  131  7.000000000000001e-29  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.384709  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3020  type III restriction protein res subunit  31.72 
 
 		 581 aa  126  2e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06707  DEAD/DEAH box helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G05530)  27.85 
 
 		 643 aa  123  9.999999999999999e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2280  type III restriction enzyme, res subunit  30.73 
 
 		 558 aa  124  9.999999999999999e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2939  helicase domain protein  30 
 
 		 545 aa  122  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02656  hypothetical protein  29.2 
 
 		 583 aa  119  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1242  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  29.25 
 
 		 657 aa  118  3.9999999999999997e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000376746  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2653  type III restriction enzyme, res subunit  30.28 
 
 		 398 aa  117  6.9999999999999995e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.154004  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1412  type III restriction protein res subunit  30.86 
 
 		 556 aa  117  7.999999999999999e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00105152  normal  0.0540272 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2082  putative helicase (DEAD/DEAH box helicase)  28.45 
 
 		 574 aa  117  1.0000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1235  type III restriction enzyme, res subunit  29.02 
 
 		 560 aa  117  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159231 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2606  type III restriction enzyme, res subunit  30.65 
 
 		 560 aa  117  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2821  helicase domain-containing protein  29.83 
 
 		 545 aa  116  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127614  normal  0.294322 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1300  type III restriction enzyme, res subunit  29.31 
 
 		 560 aa  116  2.0000000000000002e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.49268  normal  0.27314 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2845  type III restriction enzyme, res subunit  29.31 
 
 		 560 aa  116  2.0000000000000002e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2074  type III restriction enzyme, res subunit  30.7 
 
 		 560 aa  115  3e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.432643  normal  0.155491 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003782  helicase-related protein  28.65 
 
 		 583 aa  115  4.0000000000000004e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000188444  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3418  helicase domain-containing protein  29.51 
 
 		 550 aa  114  7.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.326076 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2770  type III restriction enzyme, res subunit  28.74 
 
 		 560 aa  114  8.000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.547342  normal  0.44654 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3048  helicase domain protein  29.26 
 
 		 545 aa  114  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0891205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04062  type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit  28.35 
 
 		 796 aa  112  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2354  type III restriction protein res subunit  30.08 
 
 		 586 aa  112  3e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0069  Type III restriction enzyme, res subunit  28.18 
 
 		 629 aa  112  4.0000000000000004e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2363  type III restriction enzyme, res subunit  28.97 
 
 		 590 aa  111  5e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0989425  normal  0.0932294 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2435  type III restriction enzyme, res subunit  28.69 
 
 		 590 aa  112  5e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.248011 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2917  type III restriction enzyme, res subunit  28.21 
 
 		 538 aa  111  7.000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.633235  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2524  type III restriction enzyme, res subunit  28.41 
 
 		 590 aa  108  5e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.251269  normal  0.0163499 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1637  type III restriction protein res subunit  28.57 
 
 		 586 aa  107  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.726226  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1908  type III restriction protein res subunit  28.31 
 
 		 586 aa  107  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  25.75 
 
 		 797 aa  106  2e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1537  helicase domain-containing protein  28.78 
 
 		 569 aa  106  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.453838  normal  0.138046 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2794  type III restriction protein res subunit  28.69 
 
 		 585 aa  105  5e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183482  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2719  putative helicase  28.69 
 
 		 585 aa  105  5e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00330465  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3253  type III restriction protein res subunit  28.53 
 
 		 585 aa  104  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.503255  normal  0.463212 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2780  type III restriction enzyme, res subunit  27.84 
 
 		 586 aa  104  8e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0188494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1238  hypothetical protein  27.91 
 
 		 1131 aa  104  8e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2440  type III restriction protein res subunit  28.8 
 
 		 591 aa  104  8e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>