More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1408 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1408  helicase, putative  100 
 
 		 987 aa  2056    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1707  type III restriction protein res subunit  48.89 
 
 		 1287 aa  875    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.730362  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0337  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  74.52 
 
 		 979 aa  1511    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  55.98 
 
 		 967 aa  1090    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  40.63 
 
 		 1077 aa  560  1e-158  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3984  type III restriction protein res subunit  37.56 
 
 		 1418 aa  521  1e-146  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0992  type III restriction protein res subunit  42.57 
 
 		 938 aa  515  1e-144  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.942343 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3993  type III restriction protein res subunit  37.45 
 
 		 1348 aa  503  1e-141  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3530  transposase, IS4 family protein  42.73 
 
 		 956 aa  485  1e-135  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.793252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3192  type III restriction enzyme, res subunit  42.64 
 
 		 928 aa  476  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  38.52 
 
 		 848 aa  461  9.999999999999999e-129  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  31.41 
 
 		 813 aa  416  1e-114  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  33.17 
 
 		 812 aa  409  1e-113  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  32.17 
 
 		 815 aa  403  1e-111  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0357  type III restriction protein res subunit  35.03 
 
 		 1053 aa  369  1e-100  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2205  type III restriction protein res subunit  35.46 
 
 		 993 aa  358  2.9999999999999997e-97  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11440  DNA/RNA helicase, superfamily II  34.38 
 
 		 974 aa  340  7e-92  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000321567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1920  type III restriction enzyme, res subunit  33.18 
 
 		 946 aa  325  2e-87  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2683  type III restriction enzyme, res subunit  32.65 
 
 		 1149 aa  316  9.999999999999999e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0219186  normal  0.206239 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  39.5 
 
 		 967 aa  309  1.0000000000000001e-82  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1543  type III restriction protein res subunit  31.71 
 
 		 979 aa  303  1e-80  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2515  type III restriction enzyme, res subunit  30.42 
 
 		 953 aa  302  2e-80  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2567  type III restriction protein res subunit  30.42 
 
 		 953 aa  302  2e-80  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0174  type III restriction protein, res subunit  30.97 
 
 		 949 aa  293  1e-77  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0449  type III restriction enzyme, res subunit  33.93 
 
 		 1062 aa  290  8e-77  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.457161  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2052  helicase, putative  32.86 
 
 		 952 aa  290  1e-76  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3738  type III restriction protein res subunit  34.2 
 
 		 1035 aa  290  1e-76  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4288  type III restriction protein res subunit  32.36 
 
 		 1058 aa  287  5.999999999999999e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3182  type III restriction protein res subunit  34.94 
 
 		 1029 aa  286  1.0000000000000001e-75  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8756  type III restriction enzyme, res subunit  35.33 
 
 		 1028 aa  285  3.0000000000000004e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3809  type III restriction enzyme, res subunit  32.23 
 
 		 1033 aa  285  3.0000000000000004e-75  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1089  type III restriction protein res subunit  36.27 
 
 		 1051 aa  285  4.0000000000000003e-75  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4011  type III restriction protein res subunit  33.13 
 
 		 1033 aa  282  2e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2492  type III restriction protein res subunit  32.96 
 
 		 1066 aa  282  2e-74  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3869  type III restriction enzyme, res subunit  32.98 
 
 		 1033 aa  281  5e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1910  type III restriction enzyme, res subunit  33.67 
 
 		 1043 aa  277  7e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3374  putative helicase  34.02 
 
 		 1017 aa  277  8e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.175998  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0977  type III restriction enzyme, res subunit  34.14 
 
 		 1063 aa  276  2.0000000000000002e-72  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0362  type III restriction enzyme, res subunit  33.44 
 
 		 1055 aa  272  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0360  type III restriction protein res subunit  33.44 
 
 		 1055 aa  272  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0370  type III restriction protein res subunit  33.44 
 
 		 1055 aa  271  4e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0484136  hitchhiker  0.000113274 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3842  type III restriction enzyme, res subunit  32.35 
 
 		 1061 aa  268  2.9999999999999995e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3077  type III restriction protein res subunit  32.74 
 
 		 980 aa  268  4e-70  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0368  helicase  33.01 
 
 		 982 aa  267  7e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0301  type III restriction enzyme, res subunit  32.05 
 
 		 1051 aa  264  6.999999999999999e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.177385  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1359  helicase, putative  30.6 
 
 		 1041 aa  261  4e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4503  type III restriction enzyme, res subunit  33.52 
 
 		 1052 aa  261  4e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000814753 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0035  superfamily II DNA/RNA helicase  31.23 
 
 		 949 aa  261  6e-68  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0259774  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17070  DNA/RNA helicase, superfamily II  33.33 
 
 		 1031 aa  260  1e-67  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0822  DEAD/DEAH box helicase-like  33.55 
 
 		 1065 aa  259  2e-67  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.317818  normal  0.201991 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0821  type III restriction protein res subunit  31.42 
 
 		 1042 aa  249  1e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0473136 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0909  type III restriction protein res subunit  29.64 
 
 		 1042 aa  240  1e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.252212  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl314  DNA repair DNA/RNA helicase  29.39 
 
 		 905 aa  233  1e-59  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  4.84028e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1001  superfamily II DNA/RNA helicase  33.99 
 
 		 773 aa  178  5e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_88383  ATP-dependent DNA helicase  32.94 
 
 		 385 aa  161  7e-38  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3640  type III restriction protein res subunit  33.04 
 
 		 524 aa  152  4e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1080  type III restriction protein res subunit  32.49 
 
 		 607 aa  150  9e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000886806  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0480  type III restriction protein res subunit  31.83 
 
 		 606 aa  150  1.0000000000000001e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000916808  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2475  type III restriction protein res subunit  30.84 
 
 		 475 aa  135  3.9999999999999996e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0815969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  29.91 
 
 		 462 aa  133  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3307  type III restriction protein res subunit  28.72 
 
 		 536 aa  127  1e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06707  DEAD/DEAH box helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G05530)  27.82 
 
 		 643 aa  126  2e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006693  CNH02470  DEAD box family helicase, putative  30.56 
 
 		 706 aa  126  2e-27  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.384709  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2606  type III restriction enzyme, res subunit  28.95 
 
 		 560 aa  123  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0725  DEAD/DEAH box helicase-like  29.57 
 
 		 469 aa  122  3e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2616  type III restriction enzyme, res subunit  27.36 
 
 		 459 aa  122  3e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0606315  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3020  type III restriction protein res subunit  30.37 
 
 		 581 aa  120  9.999999999999999e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2220  hypothetical protein  64.37 
 
 		 294 aa  118  5e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.562631  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2939  helicase domain protein  28.93 
 
 		 545 aa  114  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0785  EcoEI R domain-containing protein  27.03 
 
 		 791 aa  113  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.519017  normal  0.352411 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2770  type III restriction enzyme, res subunit  29.39 
 
 		 560 aa  113  2.0000000000000002e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.547342  normal  0.44654 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1412  type III restriction protein res subunit  28.84 
 
 		 556 aa  112  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00105152  normal  0.0540272 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3048  helicase domain protein  28.65 
 
 		 545 aa  112  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0891205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2821  helicase domain-containing protein  29.21 
 
 		 545 aa  111  7.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127614  normal  0.294322 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1235  type III restriction enzyme, res subunit  28.61 
 
 		 560 aa  111  7.000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159231 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03609  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit and related helicase  28.21 
 
 		 1141 aa  111  9.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2653  type III restriction enzyme, res subunit  29.33 
 
 		 398 aa  110  1e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.154004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2074  type III restriction enzyme, res subunit  28.61 
 
 		 560 aa  109  3e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.432643  normal  0.155491 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1300  type III restriction enzyme, res subunit  28.82 
 
 		 560 aa  108  4e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.49268  normal  0.27314 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2280  type III restriction enzyme, res subunit  27.94 
 
 		 558 aa  108  4e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0270  DEAD/DEAH box helicase  25.8 
 
 		 790 aa  108  7e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0069  Type III restriction enzyme, res subunit  27.7 
 
 		 629 aa  108  7e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  25.67 
 
 		 1005 aa  107  9e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2845  type III restriction enzyme, res subunit  28.53 
 
 		 560 aa  107  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04062  type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit  25.89 
 
 		 796 aa  105  4e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3004  type III restriction protein res subunit  26.61 
 
 		 1129 aa  105  6e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.385036  normal  0.0400425 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0516  type I restriction-modification system R subunit (endonuclease)  26.18 
 
 		 1115 aa  101  7e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3537  type III restriction enzyme, res subunit  25.91 
 
 		 1130 aa  100  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.244688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3418  helicase domain-containing protein  27.2 
 
 		 550 aa  100  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.326076 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0902  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit related helicase  26.18 
 
 		 1113 aa  99.4  3e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.164801  hitchhiker  0.00000563993 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0150  type III restriction enzyme, res subunit  27.31 
 
 		 860 aa  99.4  3e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4808  type III restriction enzyme, res subunit  25.58 
 
 		 1137 aa  98.6  5e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.564367  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4712  type III restriction enzyme, res subunit  25.5 
 
 		 1137 aa  98.2  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3175  type III restriction protein res subunit  25.53 
 
 		 1115 aa  98.2  7e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1062  type III restriction enzyme, res subunit  26.93 
 
 		 1138 aa  97.1  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2656  EcoEI R domain protein  26.36 
 
 		 811 aa  97.8  1e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2877  type III restriction protein res subunit  25.25 
 
 		 1137 aa  97.4  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1432  type III restriction protein, res subunit  25.75 
 
 		 1108 aa  96.7  2e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1171  type III restriction enzyme, res subunit  24.43 
 
 		 912 aa  95.9  3e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.145829  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  27.48 
 
 		 760 aa  95.1  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>