More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_1406 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  100 
 
 		 848 aa  1739    Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  40.03 
 
 		 813 aa  504  1e-141  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  37 
 
 		 1077 aa  503  1e-141  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1707  type III restriction protein res subunit  39.78 
 
 		 1287 aa  498  1e-139  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.730362  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  38.76 
 
 		 815 aa  488  1e-136  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  38.24 
 
 		 812 aa  475  1e-132  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0992  type III restriction protein res subunit  39.42 
 
 		 938 aa  452  1.0000000000000001e-126  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.942343 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0337  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  38.06 
 
 		 979 aa  455  1.0000000000000001e-126  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  34.56 
 
 		 967 aa  453  1.0000000000000001e-126  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1408  helicase, putative  38.62 
 
 		 987 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3530  transposase, IS4 family protein  39.03 
 
 		 956 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.793252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3192  type III restriction enzyme, res subunit  39.4 
 
 		 928 aa  425  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245022  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0357  type III restriction protein res subunit  34.49 
 
 		 1053 aa  418  9.999999999999999e-116  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3993  type III restriction protein res subunit  31.45 
 
 		 1348 aa  388  1e-106  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2205  type III restriction protein res subunit  37.52 
 
 		 993 aa  382  1e-104  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3984  type III restriction protein res subunit  31.43 
 
 		 1418 aa  373  1e-102  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1920  type III restriction enzyme, res subunit  35.89 
 
 		 946 aa  358  2.9999999999999997e-97  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1543  type III restriction protein res subunit  30.96 
 
 		 979 aa  348  2e-94  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2683  type III restriction enzyme, res subunit  36.48 
 
 		 1149 aa  346  8.999999999999999e-94  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0219186  normal  0.206239 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1089  type III restriction protein res subunit  35.58 
 
 		 1051 aa  340  7e-92  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3809  type III restriction enzyme, res subunit  37.7 
 
 		 1033 aa  336  9e-91  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0449  type III restriction enzyme, res subunit  35.97 
 
 		 1062 aa  332  2e-89  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.457161  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2492  type III restriction protein res subunit  35.01 
 
 		 1066 aa  329  1.0000000000000001e-88  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0977  type III restriction enzyme, res subunit  35.47 
 
 		 1063 aa  329  1.0000000000000001e-88  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3182  type III restriction protein res subunit  34.99 
 
 		 1029 aa  326  9e-88  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17070  DNA/RNA helicase, superfamily II  32.68 
 
 		 1031 aa  325  2e-87  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11440  DNA/RNA helicase, superfamily II  38.05 
 
 		 974 aa  325  2e-87  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000321567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4503  type III restriction enzyme, res subunit  32.49 
 
 		 1052 aa  321  3e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000814753 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  39.24 
 
 		 967 aa  319  1e-85  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2515  type III restriction enzyme, res subunit  36.59 
 
 		 953 aa  315  1.9999999999999998e-84  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2567  type III restriction protein res subunit  36.59 
 
 		 953 aa  315  1.9999999999999998e-84  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3374  putative helicase  32.92 
 
 		 1017 aa  312  2e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.175998  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3738  type III restriction protein res subunit  34.93 
 
 		 1035 aa  311  5e-83  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3842  type III restriction enzyme, res subunit  32.77 
 
 		 1061 aa  310  8e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0360  type III restriction protein res subunit  32.26 
 
 		 1055 aa  309  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0362  type III restriction enzyme, res subunit  32.02 
 
 		 1055 aa  309  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0822  DEAD/DEAH box helicase-like  34.65 
 
 		 1065 aa  308  2.0000000000000002e-82  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.317818  normal  0.201991 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0370  type III restriction protein res subunit  32.26 
 
 		 1055 aa  309  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0484136  hitchhiker  0.000113274 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2052  helicase, putative  36.02 
 
 		 952 aa  307  4.0000000000000004e-82  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0301  type III restriction enzyme, res subunit  31.25 
 
 		 1051 aa  306  9.000000000000001e-82  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.177385  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0035  superfamily II DNA/RNA helicase  33.76 
 
 		 949 aa  306  1.0000000000000001e-81  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0259774  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8756  type III restriction enzyme, res subunit  32.16 
 
 		 1028 aa  305  3.0000000000000004e-81  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1910  type III restriction enzyme, res subunit  31.37 
 
 		 1043 aa  304  4.0000000000000003e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1359  helicase, putative  29.32 
 
 		 1041 aa  303  7.000000000000001e-81  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0368  helicase  31.71 
 
 		 982 aa  303  1e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3077  type III restriction protein res subunit  33.33 
 
 		 980 aa  302  1e-80  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0174  type III restriction protein, res subunit  31.91 
 
 		 949 aa  301  4e-80  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3869  type III restriction enzyme, res subunit  34.42 
 
 		 1033 aa  300  8e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4011  type III restriction protein res subunit  34.49 
 
 		 1033 aa  295  2e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4288  type III restriction protein res subunit  30.68 
 
 		 1058 aa  291  2e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0909  type III restriction protein res subunit  31.02 
 
 		 1042 aa  281  4e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.252212  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0821  type III restriction protein res subunit  27.66 
 
 		 1042 aa  276  1.0000000000000001e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0473136 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl314  DNA repair DNA/RNA helicase  29.3 
 
 		 905 aa  241  5e-62  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  4.84028e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1001  superfamily II DNA/RNA helicase  37.25 
 
 		 773 aa  220  8.999999999999998e-56  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0584  helicase, putative  42.79 
 
 		 216 aa  182  2e-44  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0988  helicase, putative  40.48 
 
 		 214 aa  177  7e-43  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0447913  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3307  type III restriction protein res subunit  30.1 
 
 		 536 aa  167  5e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2475  type III restriction protein res subunit  31.81 
 
 		 475 aa  164  7e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0815969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  28.08 
 
 		 462 aa  164  9e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3640  type III restriction protein res subunit  30.09 
 
 		 524 aa  163  1e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2616  type III restriction enzyme, res subunit  31.64 
 
 		 459 aa  157  1e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0606315  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0725  DEAD/DEAH box helicase-like  29.39 
 
 		 469 aa  155  2.9999999999999998e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0069  Type III restriction enzyme, res subunit  29.15 
 
 		 629 aa  142  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2821  helicase domain-containing protein  28.45 
 
 		 545 aa  141  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127614  normal  0.294322 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2435  type III restriction enzyme, res subunit  32 
 
 		 590 aa  141  6e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.248011 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2939  helicase domain protein  28.18 
 
 		 545 aa  140  7.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06707  DEAD/DEAH box helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G05530)  27.27 
 
 		 643 aa  140  8.999999999999999e-32  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0480  type III restriction protein res subunit  30.42 
 
 		 606 aa  139  3.0000000000000003e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000916808  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2363  type III restriction enzyme, res subunit  31.71 
 
 		 590 aa  138  5e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0989425  normal  0.0932294 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3048  helicase domain protein  27.9 
 
 		 545 aa  137  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0891205  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1080  type III restriction protein res subunit  30.68 
 
 		 607 aa  135  1.9999999999999998e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000886806  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2280  type III restriction enzyme, res subunit  28.45 
 
 		 558 aa  136  1.9999999999999998e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2524  type III restriction enzyme, res subunit  31.71 
 
 		 590 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.251269  normal  0.0163499 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_88383  ATP-dependent DNA helicase  29.51 
 
 		 385 aa  133  1.0000000000000001e-29  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2744  helicase  30.26 
 
 		 590 aa  129  3e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02656  hypothetical protein  30.09 
 
 		 583 aa  128  3e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1537  helicase domain-containing protein  28.96 
 
 		 569 aa  129  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.453838  normal  0.138046 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3418  helicase domain-containing protein  27.25 
 
 		 550 aa  127  8.000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.326076 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2726  type III restriction protein res subunit  30.48 
 
 		 580 aa  125  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.219655  hitchhiker  0.000185767 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2537  type III restriction protein res subunit  28.98 
 
 		 586 aa  125  4e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2350  type III restriction enzyme, res subunit  28.91 
 
 		 602 aa  125  4e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1747  type III restriction protein res subunit  30.4 
 
 		 584 aa  124  5e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0541375  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003782  helicase-related protein  28.74 
 
 		 583 aa  124  5e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000188444  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3020  type III restriction protein res subunit  28.45 
 
 		 581 aa  124  8e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1790  type III restriction protein res subunit  30.11 
 
 		 584 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.766528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1751  type III restriction protein res subunit  30.11 
 
 		 584 aa  123  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04062  type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit  26.83 
 
 		 796 aa  121  3.9999999999999996e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2770  type III restriction enzyme, res subunit  31.16 
 
 		 560 aa  121  6e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.547342  normal  0.44654 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2533  type III restriction protein res subunit  29.83 
 
 		 584 aa  121  6e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10242  hitchhiker  0.000564265 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  26.18 
 
 		 797 aa  119  1.9999999999999998e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4457  EcoEI R domain protein  28.15 
 
 		 771 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1235  type III restriction enzyme, res subunit  31.23 
 
 		 560 aa  119  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159231 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1242  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  29.06 
 
 		 657 aa  119  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000376746  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2794  type III restriction protein res subunit  27.17 
 
 		 585 aa  118  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183482  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2719  putative helicase  27.17 
 
 		 585 aa  118  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00330465  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0226  type III restriction protein res subunit  26.92 
 
 		 760 aa  118  5e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1489  putative helicase  27.17 
 
 		 585 aa  118  5e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.931099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  27.32 
 
 		 760 aa  117  6e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1862  type III restriction enzyme, res subunit  29.19 
 
 		 580 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.547726  normal  0.254233 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1412  type III restriction protein res subunit  27.25 
 
 		 556 aa  117  7.999999999999999e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00105152  normal  0.0540272 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>