More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_11440 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP2052  helicase, putative  38.69 
 
 		 952 aa  694    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11440  DNA/RNA helicase, superfamily II  100 
 
 		 974 aa  2014    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000321567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2567  type III restriction protein res subunit  39.07 
 
 		 953 aa  687    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2515  type III restriction enzyme, res subunit  39.07 
 
 		 953 aa  687    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0035  superfamily II DNA/RNA helicase  37.95 
 
 		 949 aa  640    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0259774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1920  type III restriction enzyme, res subunit  43.78 
 
 		 946 aa  761    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2683  type III restriction enzyme, res subunit  42.51 
 
 		 1149 aa  738    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0219186  normal  0.206239 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0174  type III restriction protein, res subunit  37.74 
 
 		 949 aa  631  1e-179  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3077  type III restriction protein res subunit  37.06 
 
 		 980 aa  587  1e-166  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0357  type III restriction protein res subunit  33.93 
 
 		 1053 aa  526  1e-148  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2205  type III restriction protein res subunit  31.83 
 
 		 993 aa  465  1e-129  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  35.36 
 
 		 813 aa  364  6e-99  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  34.29 
 
 		 812 aa  358  2.9999999999999997e-97  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1707  type III restriction protein res subunit  35.64 
 
 		 1287 aa  353  7e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.730362  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3530  transposase, IS4 family protein  29.58 
 
 		 956 aa  352  3e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.793252  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  32.92 
 
 		 815 aa  346  1e-93  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  34.55 
 
 		 1077 aa  341  5e-92  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0337  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  33.39 
 
 		 979 aa  334  4e-90  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1408  helicase, putative  34.38 
 
 		 987 aa  334  4e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3192  type III restriction enzyme, res subunit  34.43 
 
 		 928 aa  332  3e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245022  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1543  type III restriction protein res subunit  31.75 
 
 		 979 aa  330  7e-89  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0992  type III restriction protein res subunit  33.17 
 
 		 938 aa  328  2.0000000000000001e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.942343 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  38.05 
 
 		 848 aa  325  2e-87  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8756  type III restriction enzyme, res subunit  28.78 
 
 		 1028 aa  325  2e-87  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3993  type III restriction protein res subunit  32.98 
 
 		 1348 aa  325  2e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3738  type III restriction protein res subunit  29.55 
 
 		 1035 aa  323  9.999999999999999e-87  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0977  type III restriction enzyme, res subunit  32.87 
 
 		 1063 aa  322  1.9999999999999998e-86  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3984  type III restriction protein res subunit  31.69 
 
 		 1418 aa  321  3e-86  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0821  type III restriction protein res subunit  31.79 
 
 		 1042 aa  320  1e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0473136 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  31.83 
 
 		 967 aa  320  1e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1359  helicase, putative  26.31 
 
 		 1041 aa  318  2e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1089  type III restriction protein res subunit  31.21 
 
 		 1051 aa  318  2e-85  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0449  type III restriction enzyme, res subunit  32.21 
 
 		 1062 aa  310  5.9999999999999995e-83  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.457161  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4011  type III restriction protein res subunit  30.81 
 
 		 1033 aa  300  8e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3869  type III restriction enzyme, res subunit  30.81 
 
 		 1033 aa  300  1e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3809  type III restriction enzyme, res subunit  27.48 
 
 		 1033 aa  298  4e-79  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0909  type III restriction protein res subunit  29.36 
 
 		 1042 aa  296  9e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.252212  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2492  type III restriction protein res subunit  30.78 
 
 		 1066 aa  293  8e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.964  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3182  type III restriction protein res subunit  28.27 
 
 		 1029 aa  293  9e-78  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4288  type III restriction protein res subunit  25.7 
 
 		 1058 aa  288  4e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17070  DNA/RNA helicase, superfamily II  25.34 
 
 		 1031 aa  272  2.9999999999999997e-71  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3374  putative helicase  26.69 
 
 		 1017 aa  268  5e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.175998  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0822  DEAD/DEAH box helicase-like  29.47 
 
 		 1065 aa  266  8.999999999999999e-70  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.317818  normal  0.201991 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl314  DNA repair DNA/RNA helicase  31.43 
 
 		 905 aa  265  4e-69  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  4.84028e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0368  helicase  26.6 
 
 		 982 aa  262  2e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0370  type III restriction protein res subunit  29.34 
 
 		 1055 aa  261  3e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0484136  hitchhiker  0.000113274 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0360  type III restriction protein res subunit  29.34 
 
 		 1055 aa  261  5.0000000000000005e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0362  type III restriction enzyme, res subunit  29.34 
 
 		 1055 aa  261  5.0000000000000005e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3842  type III restriction enzyme, res subunit  26.17 
 
 		 1061 aa  255  3e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4503  type III restriction enzyme, res subunit  29.46 
 
 		 1052 aa  253  1e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000814753 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  32.25 
 
 		 967 aa  251  3e-65  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0301  type III restriction enzyme, res subunit  25.81 
 
 		 1051 aa  249  2e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.177385  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1910  type III restriction enzyme, res subunit  29.32 
 
 		 1043 aa  245  3e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1001  superfamily II DNA/RNA helicase  32.25 
 
 		 773 aa  168  5.9999999999999996e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2475  type III restriction protein res subunit  29.17 
 
 		 475 aa  149  2.0000000000000003e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0815969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  28.05 
 
 		 462 aa  142  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0480  type III restriction protein res subunit  27.45 
 
 		 606 aa  134  1.0000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000916808  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1080  type III restriction protein res subunit  27.64 
 
 		 607 aa  132  4.0000000000000003e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000886806  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2606  type III restriction enzyme, res subunit  30.12 
 
 		 560 aa  126  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2616  type III restriction enzyme, res subunit  24.71 
 
 		 459 aa  125  4e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0606315  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  27.46 
 
 		 797 aa  123  1.9999999999999998e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2770  type III restriction enzyme, res subunit  29.01 
 
 		 560 aa  122  3e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.547342  normal  0.44654 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0725  DEAD/DEAH box helicase-like  26.25 
 
 		 469 aa  120  9.999999999999999e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3307  type III restriction protein res subunit  24.37 
 
 		 536 aa  119  3e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1235  type III restriction enzyme, res subunit  28.45 
 
 		 560 aa  119  3.9999999999999997e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159231 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06707  DEAD/DEAH box helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G05530)  23.82 
 
 		 643 aa  118  6.9999999999999995e-25  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2653  type III restriction enzyme, res subunit  28.57 
 
 		 398 aa  117  7.999999999999999e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.154004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0069  Type III restriction enzyme, res subunit  25.27 
 
 		 629 aa  117  1.0000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3640  type III restriction protein res subunit  26.21 
 
 		 524 aa  117  1.0000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4457  EcoEI R domain protein  27.89 
 
 		 771 aa  115  3e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1300  type III restriction enzyme, res subunit  28.28 
 
 		 560 aa  115  3e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.49268  normal  0.27314 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2074  type III restriction enzyme, res subunit  28.28 
 
 		 560 aa  115  3e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.432643  normal  0.155491 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_88383  ATP-dependent DNA helicase  27.88 
 
 		 385 aa  115  4.0000000000000004e-24  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2845  type III restriction enzyme, res subunit  28.57 
 
 		 560 aa  115  4.0000000000000004e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2537  type III restriction protein res subunit  27.53 
 
 		 586 aa  114  9e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0197  type III restriction protein res subunit  27.17 
 
 		 1125 aa  113  2.0000000000000002e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000621753 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3456  type III restriction enzyme, res subunit  27.2 
 
 		 597 aa  113  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1637  Type I site-specific deoxyribonuclease  27.39 
 
 		 804 aa  113  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000133951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1432  type III restriction protein, res subunit  25.29 
 
 		 1108 aa  112  5e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  27.06 
 
 		 760 aa  111  5e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2959  type III restriction enzyme, res subunit  27.7 
 
 		 585 aa  111  7.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH02470  DEAD box family helicase, putative  27.01 
 
 		 706 aa  110  1e-22  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.384709  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1537  type III restriction protein res subunit  25.99 
 
 		 776 aa  109  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2280  type III restriction enzyme, res subunit  26.19 
 
 		 558 aa  110  2e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2867  EcoEI R domain-containing protein  27.99 
 
 		 821 aa  108  4e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0150  type III restriction enzyme, res subunit  25.09 
 
 		 860 aa  108  7e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1234  type III restriction enzyme, res subunit  27.18 
 
 		 829 aa  107  9e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0226  type III restriction protein res subunit  27.79 
 
 		 760 aa  107  9e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2333  putative helicase  26.26 
 
 		 586 aa  107  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00564696  normal  0.0326725 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2082  putative helicase (DEAD/DEAH box helicase)  25.94 
 
 		 574 aa  105  3e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3568  type III restriction protein res subunit  25.13 
 
 		 802 aa  105  3e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.427174  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02114  predicted ATP-dependet helicase  25.98 
 
 		 586 aa  105  4e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0523071  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1473  type III restriction protein res subunit  25.98 
 
 		 586 aa  105  4e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000087246  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2939  helicase domain protein  25.2 
 
 		 545 aa  105  4e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1463  type III restriction protein res subunit  25.98 
 
 		 586 aa  105  4e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000557084  normal  0.860353 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2656  EcoEI R domain protein  26.67 
 
 		 811 aa  105  4e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04062  type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit  29.21 
 
 		 796 aa  105  4e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2322  putative helicase  25.98 
 
 		 586 aa  105  5e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0410169  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3322  putative helicase  25.98 
 
 		 586 aa  105  5e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0433993  normal  0.803545 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2354  type III restriction protein res subunit  25.4 
 
 		 586 aa  105  5e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>