More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_1543 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_1543  type III restriction protein res subunit  100 
 
 		 979 aa  2031    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0357  type III restriction protein res subunit  36.38 
 
 		 1053 aa  412  1e-113  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  32.22 
 
 		 815 aa  355  2.9999999999999997e-96  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  30.07 
 
 		 812 aa  352  3e-95  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  32.13 
 
 		 1077 aa  351  4e-95  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2205  type III restriction protein res subunit  30.05 
 
 		 993 aa  349  1e-94  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  30.96 
 
 		 848 aa  348  2e-94  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  31.42 
 
 		 813 aa  347  8.999999999999999e-94  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1920  type III restriction enzyme, res subunit  32.92 
 
 		 946 aa  337  9e-91  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  32.36 
 
 		 967 aa  336  1e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1707  type III restriction protein res subunit  35.01 
 
 		 1287 aa  334  4e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.730362  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0992  type III restriction protein res subunit  33.73 
 
 		 938 aa  331  4e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.942343 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11440  DNA/RNA helicase, superfamily II  31.75 
 
 		 974 aa  330  7e-89  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000321567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2683  type III restriction enzyme, res subunit  28.73 
 
 		 1149 aa  317  6e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0219186  normal  0.206239 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3530  transposase, IS4 family protein  34.31 
 
 		 956 aa  313  6.999999999999999e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.793252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2567  type III restriction protein res subunit  33.61 
 
 		 953 aa  308  3e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2515  type III restriction enzyme, res subunit  33.61 
 
 		 953 aa  308  3e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3192  type III restriction enzyme, res subunit  34.12 
 
 		 928 aa  308  3e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245022  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2052  helicase, putative  34.04 
 
 		 952 aa  300  9e-80  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1408  helicase, putative  33.79 
 
 		 987 aa  300  9e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1089  type III restriction protein res subunit  35.58 
 
 		 1051 aa  295  2e-78  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0337  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  31.36 
 
 		 979 aa  293  1e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1910  type III restriction enzyme, res subunit  33.07 
 
 		 1043 aa  292  2e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3182  type III restriction protein res subunit  30.95 
 
 		 1029 aa  290  9e-77  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3374  putative helicase  33.44 
 
 		 1017 aa  286  2.0000000000000002e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.175998  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0370  type III restriction protein res subunit  34.39 
 
 		 1055 aa  284  7.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0484136  hitchhiker  0.000113274 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0362  type III restriction enzyme, res subunit  34.39 
 
 		 1055 aa  282  2e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0360  type III restriction protein res subunit  34.39 
 
 		 1055 aa  283  2e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0977  type III restriction enzyme, res subunit  33.45 
 
 		 1063 aa  279  2e-73  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0368  helicase  34.39 
 
 		 982 aa  278  3e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0035  superfamily II DNA/RNA helicase  31.7 
 
 		 949 aa  278  4e-73  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0259774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4503  type III restriction enzyme, res subunit  34.06 
 
 		 1052 aa  276  2.0000000000000002e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000814753 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3738  type III restriction protein res subunit  32.86 
 
 		 1035 aa  275  4.0000000000000004e-72  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0174  type III restriction protein, res subunit  29.95 
 
 		 949 aa  272  2e-71  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3842  type III restriction enzyme, res subunit  31.27 
 
 		 1061 aa  271  4e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3809  type III restriction enzyme, res subunit  33.28 
 
 		 1033 aa  271  5.9999999999999995e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0449  type III restriction enzyme, res subunit  31.75 
 
 		 1062 aa  270  8.999999999999999e-71  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.457161  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4011  type III restriction protein res subunit  32.57 
 
 		 1033 aa  268  5e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3869  type III restriction enzyme, res subunit  33.95 
 
 		 1033 aa  268  5e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3993  type III restriction protein res subunit  27.92 
 
 		 1348 aa  267  7e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8756  type III restriction enzyme, res subunit  33.23 
 
 		 1028 aa  267  8.999999999999999e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2492  type III restriction protein res subunit  35.22 
 
 		 1066 aa  263  8e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3984  type III restriction protein res subunit  29.47 
 
 		 1418 aa  263  8e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl314  DNA repair DNA/RNA helicase  31.33 
 
 		 905 aa  263  1e-68  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  4.84028e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0301  type III restriction enzyme, res subunit  32.74 
 
 		 1051 aa  263  1e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.177385  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  34.09 
 
 		 967 aa  259  2e-67  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3077  type III restriction protein res subunit  31.71 
 
 		 980 aa  255  3e-66  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1359  helicase, putative  30.21 
 
 		 1041 aa  253  1e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4288  type III restriction protein res subunit  30.32 
 
 		 1058 aa  251  3e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0822  DEAD/DEAH box helicase-like  31.3 
 
 		 1065 aa  250  9e-65  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.317818  normal  0.201991 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17070  DNA/RNA helicase, superfamily II  32.64 
 
 		 1031 aa  249  2e-64  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0909  type III restriction protein res subunit  30.03 
 
 		 1042 aa  246  9.999999999999999e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.252212  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0821  type III restriction protein res subunit  29.39 
 
 		 1042 aa  239  3e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0473136 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1001  superfamily II DNA/RNA helicase  32.95 
 
 		 773 aa  171  4e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2475  type III restriction protein res subunit  30.42 
 
 		 475 aa  154  1e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0815969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_88383  ATP-dependent DNA helicase  29.46 
 
 		 385 aa  148  5e-34  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2616  type III restriction enzyme, res subunit  30.21 
 
 		 459 aa  145  4e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0606315  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2770  type III restriction enzyme, res subunit  32.34 
 
 		 560 aa  145  5e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.547342  normal  0.44654 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1235  type III restriction enzyme, res subunit  31.74 
 
 		 560 aa  142  3.9999999999999997e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159231 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2606  type III restriction enzyme, res subunit  30.54 
 
 		 560 aa  139  3.0000000000000003e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2653  type III restriction enzyme, res subunit  31.14 
 
 		 398 aa  134  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.154004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2074  type III restriction enzyme, res subunit  31.14 
 
 		 560 aa  133  2.0000000000000002e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.432643  normal  0.155491 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1300  type III restriction enzyme, res subunit  30.84 
 
 		 560 aa  131  5.0000000000000004e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.49268  normal  0.27314 
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  29.18 
 
 		 462 aa  131  6e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2845  type III restriction enzyme, res subunit  30.84 
 
 		 560 aa  130  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0725  DEAD/DEAH box helicase-like  28.72 
 
 		 469 aa  128  5e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3640  type III restriction protein res subunit  30 
 
 		 524 aa  127  1e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06707  DEAD/DEAH box helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G05530)  28.57 
 
 		 643 aa  118  6e-25  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3307  type III restriction protein res subunit  27.87 
 
 		 536 aa  117  1.0000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1080  type III restriction protein res subunit  28.49 
 
 		 607 aa  113  1.0000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000886806  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0480  type III restriction protein res subunit  28.65 
 
 		 606 aa  112  2.0000000000000002e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000916808  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0069  Type III restriction enzyme, res subunit  28.66 
 
 		 629 aa  107  8e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH02470  DEAD box family helicase, putative  24.71 
 
 		 706 aa  104  1e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.384709  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3028  hypothetical protein  26.58 
 
 		 796 aa  103  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.194288  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0352  EcoEI R domain-containing protein  25.77 
 
 		 791 aa  102  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2499  DEAD/DEAH box helicase-like  26.22 
 
 		 793 aa  102  4e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0539678  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0785  EcoEI R domain-containing protein  25.52 
 
 		 791 aa  102  4e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.519017  normal  0.352411 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04062  type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit  26.06 
 
 		 796 aa  100  1e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1134  EcoEI R domain-containing protein  25.59 
 
 		 780 aa  99.4  3e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0270  DEAD/DEAH box helicase  26.76 
 
 		 790 aa  99  4e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2524  type III restriction enzyme, res subunit  24.67 
 
 		 590 aa  97.8  8e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.251269  normal  0.0163499 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5861  type III restriction enzyme domain protein  25.95 
 
 		 810 aa  97.1  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2744  helicase  25.2 
 
 		 590 aa  96.7  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5278  type III restriction protein res subunit  24.94 
 
 		 899 aa  95.5  4e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2363  type III restriction enzyme, res subunit  24.93 
 
 		 590 aa  95.5  4e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0989425  normal  0.0932294 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2867  EcoEI R domain-containing protein  25.8 
 
 		 821 aa  95.1  6e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0819  type III restriction protein res subunit  26.13 
 
 		 479 aa  94.4  9e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2435  type III restriction enzyme, res subunit  24.67 
 
 		 590 aa  94.4  9e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.248011 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1976  EcoEI R domain-containing protein  26.3 
 
 		 825 aa  94.4  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.411939  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0503  EcoEI R domain-containing protein  26.88 
 
 		 824 aa  94  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000156579  normal  0.0688429 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2280  type III restriction enzyme, res subunit  27.22 
 
 		 558 aa  94  1e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2959  type III restriction enzyme, res subunit  24.8 
 
 		 585 aa  94  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2082  putative helicase (DEAD/DEAH box helicase)  25.42 
 
 		 574 aa  93.6  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0824  EcoEI R domain-containing protein  24.81 
 
 		 783 aa  93.6  2e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4243  type III restriction protein res subunit  26.65 
 
 		 933 aa  93.6  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1416  EcoEI R domain protein  27.15 
 
 		 800 aa  93.2  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0708  type III restriction protein res subunit  26.13 
 
 		 479 aa  92.8  3e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.922597 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3086  Type I site-specific deoxyribonuclease  25.94 
 
 		 813 aa  92.8  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.461628  normal  0.442211 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1295  type III restriction enzyme, res subunit  25.4 
 
 		 584 aa  92.8  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0896  type III restriction protein res subunit  25.81 
 
 		 479 aa  92.8  3e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>