More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3842 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011891  A2cp1_4011  type III restriction protein res subunit  37.33 
 
 		 1033 aa  645    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1359  helicase, putative  36.99 
 
 		 1041 aa  681    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3374  putative helicase  66.57 
 
 		 1017 aa  1418    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.175998  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0368  helicase  77.29 
 
 		 982 aa  1607    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0909  type III restriction protein res subunit  38.22 
 
 		 1042 aa  694    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.252212  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0822  DEAD/DEAH box helicase-like  38.89 
 
 		 1065 aa  641    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.317818  normal  0.201991 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0370  type III restriction protein res subunit  76.78 
 
 		 1055 aa  1723    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0484136  hitchhiker  0.000113274 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3869  type III restriction enzyme, res subunit  37.5 
 
 		 1033 aa  650    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0301  type III restriction enzyme, res subunit  95.34 
 
 		 1051 aa  2063    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.177385  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0362  type III restriction enzyme, res subunit  76.78 
 
 		 1055 aa  1720    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0821  type III restriction protein res subunit  37.66 
 
 		 1042 aa  662    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0473136 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1089  type III restriction protein res subunit  39.71 
 
 		 1051 aa  660    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3842  type III restriction enzyme, res subunit  100 
 
 		 1061 aa  2201    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8756  type III restriction enzyme, res subunit  38.2 
 
 		 1028 aa  684    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0977  type III restriction enzyme, res subunit  36.89 
 
 		 1063 aa  642    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0449  type III restriction enzyme, res subunit  41.2 
 
 		 1062 aa  767    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.457161  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0360  type III restriction protein res subunit  77.16 
 
 		 1055 aa  1729    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3809  type III restriction enzyme, res subunit  40.23 
 
 		 1033 aa  681    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3738  type III restriction protein res subunit  39.21 
 
 		 1035 aa  704    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1910  type III restriction enzyme, res subunit  65.11 
 
 		 1043 aa  1420    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4503  type III restriction enzyme, res subunit  57.18 
 
 		 1052 aa  1252    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000814753 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3182  type III restriction protein res subunit  36.87 
 
 		 1029 aa  633  1e-180  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17070  DNA/RNA helicase, superfamily II  36.23 
 
 		 1031 aa  631  1e-179  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2492  type III restriction protein res subunit  38.69 
 
 		 1066 aa  622  1e-177  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4288  type III restriction protein res subunit  34.16 
 
 		 1058 aa  571  1e-161  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2205  type III restriction protein res subunit  33.33 
 
 		 993 aa  419  9.999999999999999e-116  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0357  type III restriction protein res subunit  33.12 
 
 		 1053 aa  403  9.999999999999999e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl314  DNA repair DNA/RNA helicase  35.14 
 
 		 905 aa  343  1e-92  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  4.84028e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  32.77 
 
 		 848 aa  310  1.0000000000000001e-82  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3530  transposase, IS4 family protein  29.45 
 
 		 956 aa  301  4e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.793252  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  33.5 
 
 		 813 aa  299  2e-79  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3192  type III restriction enzyme, res subunit  29.57 
 
 		 928 aa  297  8e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0992  type III restriction protein res subunit  33.28 
 
 		 938 aa  296  2e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.942343 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  30.32 
 
 		 1077 aa  291  4e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  32.57 
 
 		 812 aa  287  5.999999999999999e-76  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1707  type III restriction protein res subunit  35.37 
 
 		 1287 aa  287  8e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.730362  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  31.99 
 
 		 815 aa  286  1.0000000000000001e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2683  type III restriction enzyme, res subunit  27.98 
 
 		 1149 aa  280  1e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0219186  normal  0.206239 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2567  type III restriction protein res subunit  32.57 
 
 		 953 aa  279  2e-73  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2052  helicase, putative  35.07 
 
 		 952 aa  279  2e-73  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2515  type III restriction enzyme, res subunit  32.57 
 
 		 953 aa  279  2e-73  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3984  type III restriction protein res subunit  30.6 
 
 		 1418 aa  279  3e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3993  type III restriction protein res subunit  31.46 
 
 		 1348 aa  273  1e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  31.85 
 
 		 967 aa  273  2e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1543  type III restriction protein res subunit  31.27 
 
 		 979 aa  271  5e-71  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0035  superfamily II DNA/RNA helicase  34.01 
 
 		 949 aa  268  4e-70  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0259774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1920  type III restriction enzyme, res subunit  29.74 
 
 		 946 aa  267  8.999999999999999e-70  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1408  helicase, putative  32.35 
 
 		 987 aa  265  4e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0337  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  31.63 
 
 		 979 aa  260  1e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11440  DNA/RNA helicase, superfamily II  26.17 
 
 		 974 aa  255  3e-66  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000321567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  32.56 
 
 		 967 aa  254  5.000000000000001e-66  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0174  type III restriction protein, res subunit  31.25 
 
 		 949 aa  251  5e-65  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3077  type III restriction protein res subunit  28.46 
 
 		 980 aa  219  2.9999999999999998e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1001  superfamily II DNA/RNA helicase  33.52 
 
 		 773 aa  172  2e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2475  type III restriction protein res subunit  32.53 
 
 		 475 aa  153  1e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0815969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2280  type III restriction enzyme, res subunit  31.23 
 
 		 558 aa  150  2.0000000000000003e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1412  type III restriction protein res subunit  33.24 
 
 		 556 aa  145  4e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00105152  normal  0.0540272 
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  29.61 
 
 		 462 aa  136  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3307  type III restriction protein res subunit  26.13 
 
 		 536 aa  135  6e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0725  DEAD/DEAH box helicase-like  30.11 
 
 		 469 aa  134  1.0000000000000001e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3640  type III restriction protein res subunit  29.55 
 
 		 524 aa  130  9.000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2616  type III restriction enzyme, res subunit  27.57 
 
 		 459 aa  129  3e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0606315  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_88383  ATP-dependent DNA helicase  28.61 
 
 		 385 aa  127  8.000000000000001e-28  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1080  type III restriction protein res subunit  27.79 
 
 		 607 aa  118  6e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000886806  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0480  type III restriction protein res subunit  28.65 
 
 		 606 aa  117  1.0000000000000001e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000916808  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  26.83 
 
 		 787 aa  116  3e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06707  DEAD/DEAH box helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G05530)  26.98 
 
 		 643 aa  113  2.0000000000000002e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3020  type III restriction protein res subunit  30 
 
 		 581 aa  113  2.0000000000000002e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2770  type III restriction enzyme, res subunit  28.69 
 
 		 560 aa  111  8.000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.547342  normal  0.44654 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1235  type III restriction enzyme, res subunit  29.06 
 
 		 560 aa  110  1e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159231 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0069  Type III restriction enzyme, res subunit  29.5 
 
 		 629 aa  109  2e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2606  type III restriction enzyme, res subunit  28.65 
 
 		 560 aa  108  7e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2656  EcoEI R domain protein  27.54 
 
 		 811 aa  108  8e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02656  hypothetical protein  29.14 
 
 		 583 aa  105  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0226  type III restriction protein res subunit  27.41 
 
 		 760 aa  105  6e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  27.92 
 
 		 760 aa  103  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0616  Type I site-specific deoxyribonuclease  27.93 
 
 		 783 aa  103  1e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003782  helicase-related protein  28.86 
 
 		 583 aa  104  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000188444  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1300  type III restriction enzyme, res subunit  27.27 
 
 		 560 aa  102  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.49268  normal  0.27314 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2653  type III restriction enzyme, res subunit  26.97 
 
 		 398 aa  102  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.154004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2845  type III restriction enzyme, res subunit  27.27 
 
 		 560 aa  102  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2074  type III restriction enzyme, res subunit  26.69 
 
 		 560 aa  102  5e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.432643  normal  0.155491 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1537  type III restriction protein res subunit  26.37 
 
 		 776 aa  100  1e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2939  helicase domain protein  28.1 
 
 		 545 aa  100  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  28.42 
 
 		 797 aa  100  2e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04056  DNA helicase of superfamily II  29.09 
 
 		 796 aa  99.4  3e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2082  putative helicase (DEAD/DEAH box helicase)  27.43 
 
 		 574 aa  99  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2917  type III restriction enzyme, res subunit  25.59 
 
 		 538 aa  98.6  6e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.633235  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2363  type III restriction enzyme, res subunit  26.91 
 
 		 590 aa  98.2  7e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0989425  normal  0.0932294 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1242  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  27.81 
 
 		 657 aa  98.2  7e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000376746  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0844  type III restriction enzyme, res subunit  28.69 
 
 		 613 aa  98.2  8e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3048  helicase domain protein  27.82 
 
 		 545 aa  98.2  8e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0891205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2821  helicase domain-containing protein  27.27 
 
 		 545 aa  97.4  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127614  normal  0.294322 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1908  type III restriction protein res subunit  27.68 
 
 		 586 aa  97.8  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2744  helicase  27.45 
 
 		 590 aa  96.7  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2524  type III restriction enzyme, res subunit  26.63 
 
 		 590 aa  96.7  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.251269  normal  0.0163499 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2559  type III restriction protein res subunit  28.81 
 
 		 580 aa  96.3  3e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH02470  DEAD box family helicase, putative  24.79 
 
 		 706 aa  96.3  3e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.384709  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1523  DEAD/DEAH box helicase-like  27.52 
 
 		 936 aa  96.3  3e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2435  type III restriction enzyme, res subunit  26.91 
 
 		 590 aa  96.3  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.248011 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>