More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1350 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  100 
 
 		 967 aa  1999    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0992  type III restriction protein res subunit  40.66 
 
 		 938 aa  334  5e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.942343 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  37.81 
 
 		 1077 aa  324  5e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  38.39 
 
 		 815 aa  323  9.999999999999999e-87  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  39.24 
 
 		 848 aa  319  2e-85  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  39.2 
 
 		 812 aa  319  2e-85  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1707  type III restriction protein res subunit  38.82 
 
 		 1287 aa  318  4e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.730362  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1408  helicase, putative  39.5 
 
 		 987 aa  310  8e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  37.83 
 
 		 967 aa  308  3e-82  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  37.16 
 
 		 813 aa  307  7e-82  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0337  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  38.99 
 
 		 979 aa  296  1e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3530  transposase, IS4 family protein  38.76 
 
 		 956 aa  295  3e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.793252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3192  type III restriction enzyme, res subunit  39.13 
 
 		 928 aa  295  4e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3984  type III restriction protein res subunit  35.15 
 
 		 1418 aa  283  1e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1001  superfamily II DNA/RNA helicase  31.07 
 
 		 773 aa  282  2e-74  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3993  type III restriction protein res subunit  36.49 
 
 		 1348 aa  279  2e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2205  type III restriction protein res subunit  36.38 
 
 		 993 aa  275  4.0000000000000004e-72  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0357  type III restriction protein res subunit  32.98 
 
 		 1053 aa  273  1e-71  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0449  type III restriction enzyme, res subunit  37.35 
 
 		 1062 aa  268  5e-70  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.457161  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2052  helicase, putative  37.4 
 
 		 952 aa  265  3e-69  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1920  type III restriction enzyme, res subunit  36.1 
 
 		 946 aa  265  3e-69  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1359  helicase, putative  30.06 
 
 		 1041 aa  260  1e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3374  putative helicase  35.59 
 
 		 1017 aa  260  1e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.175998  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2683  type III restriction enzyme, res subunit  33.75 
 
 		 1149 aa  259  1e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0219186  normal  0.206239 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1543  type III restriction protein res subunit  34.09 
 
 		 979 aa  259  2e-67  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2567  type III restriction protein res subunit  34.04 
 
 		 953 aa  254  4.0000000000000004e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2515  type III restriction enzyme, res subunit  34.04 
 
 		 953 aa  254  4.0000000000000004e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3842  type III restriction enzyme, res subunit  32.56 
 
 		 1061 aa  254  5.000000000000001e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11440  DNA/RNA helicase, superfamily II  32.25 
 
 		 974 aa  251  3e-65  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000321567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4503  type III restriction enzyme, res subunit  32.82 
 
 		 1052 aa  252  3e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000814753 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8756  type III restriction enzyme, res subunit  33.27 
 
 		 1028 aa  249  2e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3182  type III restriction protein res subunit  34.38 
 
 		 1029 aa  248  3e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1089  type III restriction protein res subunit  32.73 
 
 		 1051 aa  249  3e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3809  type III restriction enzyme, res subunit  35.12 
 
 		 1033 aa  245  3e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0301  type III restriction enzyme, res subunit  37.12 
 
 		 1051 aa  244  7.999999999999999e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.177385  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0977  type III restriction enzyme, res subunit  36.96 
 
 		 1063 aa  243  2e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1910  type III restriction enzyme, res subunit  35.24 
 
 		 1043 aa  242  2e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3869  type III restriction enzyme, res subunit  36.46 
 
 		 1033 aa  241  5e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0368  helicase  36.36 
 
 		 982 aa  240  1e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0370  type III restriction protein res subunit  36.11 
 
 		 1055 aa  239  1e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0484136  hitchhiker  0.000113274 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4011  type III restriction protein res subunit  35.91 
 
 		 1033 aa  239  1e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0909  type III restriction protein res subunit  32.02 
 
 		 1042 aa  239  2e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.252212  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0174  type III restriction protein, res subunit  33.19 
 
 		 949 aa  236  1.0000000000000001e-60  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0035  superfamily II DNA/RNA helicase  32.35 
 
 		 949 aa  236  1.0000000000000001e-60  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0259774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0360  type III restriction protein res subunit  35.86 
 
 		 1055 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0362  type III restriction enzyme, res subunit  35.86 
 
 		 1055 aa  235  3e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17070  DNA/RNA helicase, superfamily II  33.65 
 
 		 1031 aa  229  3e-58  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3738  type III restriction protein res subunit  34.95 
 
 		 1035 aa  228  5.0000000000000005e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2492  type III restriction protein res subunit  34.34 
 
 		 1066 aa  226  2e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.964  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0821  type III restriction protein res subunit  34.66 
 
 		 1042 aa  225  3e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0473136 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0822  DEAD/DEAH box helicase-like  33.66 
 
 		 1065 aa  221  3.9999999999999997e-56  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.317818  normal  0.201991 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3077  type III restriction protein res subunit  35.41 
 
 		 980 aa  220  1e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4288  type III restriction protein res subunit  31.18 
 
 		 1058 aa  214  4.9999999999999996e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl314  DNA repair DNA/RNA helicase  33 
 
 		 905 aa  199  2.0000000000000003e-49  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  4.84028e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  29.24 
 
 		 462 aa  154  1e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2475  type III restriction protein res subunit  30 
 
 		 475 aa  153  1e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0815969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2280  type III restriction enzyme, res subunit  30.21 
 
 		 558 aa  152  4e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0480  type III restriction protein res subunit  30.47 
 
 		 606 aa  151  4e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000916808  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2939  helicase domain protein  30.47 
 
 		 545 aa  150  9e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1412  type III restriction protein res subunit  29.15 
 
 		 556 aa  149  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00105152  normal  0.0540272 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2616  type III restriction enzyme, res subunit  30.66 
 
 		 459 aa  149  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0606315  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3020  type III restriction protein res subunit  29.78 
 
 		 581 aa  146  2e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2821  helicase domain-containing protein  30.75 
 
 		 545 aa  145  4e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127614  normal  0.294322 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2917  type III restriction enzyme, res subunit  28.26 
 
 		 538 aa  145  5e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.633235  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1080  type III restriction protein res subunit  29.55 
 
 		 607 aa  144  6e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000886806  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3307  type III restriction protein res subunit  29.23 
 
 		 536 aa  143  9.999999999999999e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2975  hypothetical protein  24.37 
 
 		 645 aa  142  3e-32  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0725  DEAD/DEAH box helicase-like  28.61 
 
 		 469 aa  142  3e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3048  helicase domain protein  29.64 
 
 		 545 aa  140  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0891205  normal  1 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3640  type III restriction protein res subunit  27.64 
 
 		 524 aa  139  2e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2074  type III restriction enzyme, res subunit  27.97 
 
 		 560 aa  139  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.432643  normal  0.155491 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1300  type III restriction enzyme, res subunit  27.97 
 
 		 560 aa  139  3.0000000000000003e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.49268  normal  0.27314 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3418  helicase domain-containing protein  28.41 
 
 		 550 aa  138  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.326076 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2653  type III restriction enzyme, res subunit  27.97 
 
 		 398 aa  138  5e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.154004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2845  type III restriction enzyme, res subunit  27.97 
 
 		 560 aa  137  7.000000000000001e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2770  type III restriction enzyme, res subunit  27.61 
 
 		 560 aa  137  9.999999999999999e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.547342  normal  0.44654 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_88383  ATP-dependent DNA helicase  28.25 
 
 		 385 aa  137  9.999999999999999e-31  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1537  helicase domain-containing protein  28.49 
 
 		 569 aa  135  5e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.453838  normal  0.138046 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1235  type III restriction enzyme, res subunit  27.61 
 
 		 560 aa  134  6e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159231 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0069  Type III restriction enzyme, res subunit  28.14 
 
 		 629 aa  133  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2606  type III restriction enzyme, res subunit  27.16 
 
 		 560 aa  132  4.0000000000000003e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006693  CNH02470  DEAD box family helicase, putative  25.91 
 
 		 706 aa  130  1.0000000000000001e-28  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.384709  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1467  type III restriction enzyme, res subunit  28.64 
 
 		 583 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.387336  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2726  type III restriction protein res subunit  30.14 
 
 		 580 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.219655  hitchhiker  0.000185767 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2089  type III restriction enzyme, res subunit  28.64 
 
 		 616 aa  128  5e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.553683  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2559  type III restriction protein res subunit  29.4 
 
 		 580 aa  127  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06707  DEAD/DEAH box helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G05530)  24.73 
 
 		 643 aa  124  9.999999999999999e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2435  type III restriction enzyme, res subunit  29.1 
 
 		 590 aa  124  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.248011 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2524  type III restriction enzyme, res subunit  29.02 
 
 		 590 aa  124  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.251269  normal  0.0163499 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2363  type III restriction enzyme, res subunit  28.23 
 
 		 590 aa  121  6e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0989425  normal  0.0932294 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0773  type III restriction protein res subunit  25.23 
 
 		 463 aa  121  7.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0952838  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2354  type III restriction protein res subunit  28.61 
 
 		 586 aa  121  7.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2794  type III restriction protein res subunit  29.27 
 
 		 585 aa  120  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183482  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1489  putative helicase  29.27 
 
 		 585 aa  120  9.999999999999999e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.931099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1747  type III restriction protein res subunit  28.81 
 
 		 584 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0541375  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2719  putative helicase  29.27 
 
 		 585 aa  120  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00330465  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3253  type III restriction protein res subunit  30.92 
 
 		 585 aa  120  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.503255  normal  0.463212 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02656  hypothetical protein  29.51 
 
 		 583 aa  119  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2350  type III restriction enzyme, res subunit  28.53 
 
 		 602 aa  120  1.9999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1532  type III restriction enzyme, res subunit  28.69 
 
 		 579 aa  120  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.413566  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>