More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1467 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02114  predicted ATP-dependet helicase  54.23 
 
 		 586 aa  641    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0523071  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1473  type III restriction protein res subunit  54.23 
 
 		 586 aa  641    Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000087246  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2482  putative helicase  54.84 
 
 		 586 aa  642    Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00182337  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2533  type III restriction protein res subunit  71.03 
 
 		 584 aa  864    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10242  hitchhiker  0.000564265 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2559  type III restriction protein res subunit  68.28 
 
 		 580 aa  827    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2744  helicase  70.81 
 
 		 590 aa  865    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1532  type III restriction enzyme, res subunit  69.76 
 
 		 579 aa  845    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.413566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0774  putative helicase  54.5 
 
 		 586 aa  642    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0469791  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2333  putative helicase  54.33 
 
 		 586 aa  639    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00564696  normal  0.0326725 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2574  putative helicase  54.5 
 
 		 586 aa  646    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.452066  hitchhiker  0.00320977 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1463  type III restriction protein res subunit  54.23 
 
 		 586 aa  641    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000557084  normal  0.860353 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2089  type III restriction enzyme, res subunit  77.34 
 
 		 616 aa  966    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.553683  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1862  type III restriction enzyme, res subunit  70.43 
 
 		 580 aa  850    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.547726  normal  0.254233 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2460  putative helicase  54.67 
 
 		 586 aa  647    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000666895 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1790  type III restriction protein res subunit  70.69 
 
 		 584 aa  862    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.766528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2363  type III restriction enzyme, res subunit  72.02 
 
 		 590 aa  879    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0989425  normal  0.0932294 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2435  type III restriction enzyme, res subunit  72.02 
 
 		 590 aa  878    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.248011 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1467  type III restriction enzyme, res subunit  100 
 
 		 583 aa  1214    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.387336  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3322  putative helicase  54.33 
 
 		 586 aa  640    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0433993  normal  0.803545 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2372  putative helicase  54.67 
 
 		 586 aa  647    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.010081  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2726  type III restriction protein res subunit  70.09 
 
 		 580 aa  832    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.219655  hitchhiker  0.000185767 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2524  type III restriction enzyme, res subunit  71.68 
 
 		 590 aa  877    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.251269  normal  0.0163499 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2080  helicase  63.22 
 
 		 588 aa  770    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.453275  normal  0.977675 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1747  type III restriction protein res subunit  71.03 
 
 		 584 aa  864    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0541375  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2780  type III restriction enzyme, res subunit  53.62 
 
 		 586 aa  642    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0188494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2417  putative helicase  54.5 
 
 		 586 aa  646    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.011156  normal  0.197081 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2350  type III restriction enzyme, res subunit  70.87 
 
 		 602 aa  866    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2463  putative helicase  54.5 
 
 		 586 aa  644    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.863309 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1751  type III restriction protein res subunit  71.21 
 
 		 584 aa  865    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2322  putative helicase  54.06 
 
 		 586 aa  637    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0410169  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1908  type III restriction protein res subunit  53.97 
 
 		 586 aa  630  1e-179  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3253  type III restriction protein res subunit  53.98 
 
 		 585 aa  627  1e-178  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.503255  normal  0.463212 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2354  type III restriction protein res subunit  51.9 
 
 		 586 aa  623  1e-177  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2794  type III restriction protein res subunit  52.76 
 
 		 585 aa  622  1e-177  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183482  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1489  putative helicase  52.76 
 
 		 585 aa  622  1e-177  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.931099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2719  putative helicase  52.76 
 
 		 585 aa  622  1e-177  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00330465  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1637  type III restriction protein res subunit  52.76 
 
 		 586 aa  619  1e-176  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.726226  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2440  type III restriction protein res subunit  52.48 
 
 		 591 aa  616  1e-175  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2959  type III restriction enzyme, res subunit  50 
 
 		 585 aa  588  1e-167  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2537  type III restriction protein res subunit  48.96 
 
 		 586 aa  576  1.0000000000000001e-163  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02656  hypothetical protein  49.83 
 
 		 583 aa  573  1.0000000000000001e-162  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003782  helicase-related protein  49.13 
 
 		 583 aa  565  1e-160  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000188444  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0844  type III restriction enzyme, res subunit  48.42 
 
 		 613 aa  561  1e-158  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3456  type III restriction enzyme, res subunit  48.21 
 
 		 597 aa  560  1e-158  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1242  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  48.63 
 
 		 657 aa  557  1e-157  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000376746  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1295  type III restriction enzyme, res subunit  47.74 
 
 		 584 aa  544  1e-153  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2082  putative helicase (DEAD/DEAH box helicase)  47.99 
 
 		 574 aa  541  9.999999999999999e-153  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2792  type III restriction protein res subunit  34.49 
 
 		 678 aa  252  1e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0653946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2917  type III restriction enzyme, res subunit  35.15 
 
 		 538 aa  216  9.999999999999999e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.633235  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2939  helicase domain protein  31.97 
 
 		 545 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1537  helicase domain-containing protein  31.84 
 
 		 569 aa  211  2e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.453838  normal  0.138046 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3418  helicase domain-containing protein  31.22 
 
 		 550 aa  209  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.326076 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2821  helicase domain-containing protein  31.8 
 
 		 545 aa  207  5e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127614  normal  0.294322 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3048  helicase domain protein  31.5 
 
 		 545 aa  206  9e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0891205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0069  Type III restriction enzyme, res subunit  32.34 
 
 		 629 aa  150  6e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1235  type III restriction enzyme, res subunit  28.32 
 
 		 560 aa  143  7e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159231 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2770  type III restriction enzyme, res subunit  27.53 
 
 		 560 aa  140  7.999999999999999e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.547342  normal  0.44654 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3020  type III restriction protein res subunit  31.68 
 
 		 581 aa  138  4e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06707  DEAD/DEAH box helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G05530)  28.42 
 
 		 643 aa  136  9.999999999999999e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2606  type III restriction enzyme, res subunit  26.61 
 
 		 560 aa  132  2.0000000000000002e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  28.64 
 
 		 967 aa  130  7.000000000000001e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1300  type III restriction enzyme, res subunit  27.17 
 
 		 560 aa  130  9.000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.49268  normal  0.27314 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2074  type III restriction enzyme, res subunit  27.17 
 
 		 560 aa  129  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.432643  normal  0.155491 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2845  type III restriction enzyme, res subunit  27.39 
 
 		 560 aa  129  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0480  type III restriction protein res subunit  28.53 
 
 		 606 aa  127  4.0000000000000003e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000916808  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2475  type III restriction protein res subunit  28.72 
 
 		 475 aa  127  6e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0815969  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1080  type III restriction protein res subunit  28.57 
 
 		 607 aa  125  1e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000886806  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2653  type III restriction enzyme, res subunit  29.16 
 
 		 398 aa  125  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.154004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3307  type III restriction protein res subunit  29.08 
 
 		 536 aa  117  7.999999999999999e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0725  DEAD/DEAH box helicase-like  25.32 
 
 		 469 aa  115  2.0000000000000002e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0307  Type III restriction enzyme, res subunit  29.56 
 
 		 539 aa  113  1.0000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0435132  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  27.78 
 
 		 812 aa  111  4.0000000000000004e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  29.71 
 
 		 848 aa  110  6e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4439  type III restriction protein res subunit  29.53 
 
 		 510 aa  108  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.226232  normal  0.536892 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2616  type III restriction enzyme, res subunit  24.39 
 
 		 459 aa  107  6e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0606315  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_88383  ATP-dependent DNA helicase  27.18 
 
 		 385 aa  107  6e-22  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2695  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  26.09 
 
 		 504 aa  106  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.089972  hitchhiker  0.000356695 
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  25.6 
 
 		 462 aa  105  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3640  type III restriction protein res subunit  24.33 
 
 		 524 aa  104  4e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1623  helicase domain-containing protein  24.82 
 
 		 502 aa  103  6e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  27.03 
 
 		 815 aa  103  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  27.73 
 
 		 1077 aa  102  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1707  type III restriction protein res subunit  28.93 
 
 		 1287 aa  101  4e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.730362  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  25.84 
 
 		 813 aa  100  9e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH02470  DEAD box family helicase, putative  24.5 
 
 		 706 aa  99.4  2e-19  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.384709  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1412  type III restriction protein res subunit  28.42 
 
 		 556 aa  99  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00105152  normal  0.0540272 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8756  type III restriction enzyme, res subunit  28.61 
 
 		 1028 aa  98.6  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4288  type III restriction protein res subunit  28.53 
 
 		 1058 aa  98.2  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0594  type III restriction protein res subunit  29.1 
 
 		 525 aa  97.8  5e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0360  type III restriction protein res subunit  28.06 
 
 		 1055 aa  97.8  5e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8690  putative helicase  28.84 
 
 		 469 aa  97.8  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0362  type III restriction enzyme, res subunit  28.06 
 
 		 1055 aa  97.8  5e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3182  type III restriction protein res subunit  25.9 
 
 		 1029 aa  96.3  1e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  28.45 
 
 		 967 aa  96.7  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0370  type III restriction protein res subunit  27.78 
 
 		 1055 aa  96.3  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0484136  hitchhiker  0.000113274 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1910  type III restriction enzyme, res subunit  26.09 
 
 		 1043 aa  95.9  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1302  putative helicase  27.78 
 
 		 516 aa  95.1  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2849  type III restriction enzyme, res subunit  27.01 
 
 		 512 aa  95.1  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3708  helicase-like  31.05 
 
 		 295 aa  95.1  3e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.663  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2280  type III restriction enzyme, res subunit  28.38 
 
 		 558 aa  94  6e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>