232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3708 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3708  helicase-like  100 
 
 		 295 aa  607  1e-173  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.663  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0307  Type III restriction enzyme, res subunit  31.94 
 
 		 539 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0435132  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0594  type III restriction protein res subunit  32.84 
 
 		 525 aa  119  6e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8690  putative helicase  33.44 
 
 		 469 aa  116  6e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006693  CNH02470  DEAD box family helicase, putative  31.38 
 
 		 706 aa  106  5e-22  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.384709  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2959  type III restriction enzyme, res subunit  30.98 
 
 		 585 aa  99.8  5e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0480  type III restriction protein res subunit  31.39 
 
 		 606 aa  97.4  2e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000916808  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2089  type III restriction enzyme, res subunit  33.33 
 
 		 616 aa  97.8  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.553683  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2435  type III restriction enzyme, res subunit  32.13 
 
 		 590 aa  97.8  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.248011 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2363  type III restriction enzyme, res subunit  32.13 
 
 		 590 aa  95.9  6e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0989425  normal  0.0932294 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1080  type III restriction protein res subunit  32.25 
 
 		 607 aa  96.3  6e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000886806  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1467  type III restriction enzyme, res subunit  31.05 
 
 		 583 aa  95.1  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.387336  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2744  helicase  31.77 
 
 		 590 aa  94  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2524  type III restriction enzyme, res subunit  31.05 
 
 		 590 aa  92.4  8e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.251269  normal  0.0163499 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2559  type III restriction protein res subunit  30.93 
 
 		 580 aa  91.3  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1862  type III restriction enzyme, res subunit  30.2 
 
 		 580 aa  90.5  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.547726  normal  0.254233 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1751  type III restriction protein res subunit  30.82 
 
 		 584 aa  90.1  4e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2350  type III restriction enzyme, res subunit  30.82 
 
 		 602 aa  89.4  6e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2533  type III restriction protein res subunit  30.82 
 
 		 584 aa  89.4  7e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10242  hitchhiker  0.000564265 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1747  type III restriction protein res subunit  30.82 
 
 		 584 aa  89  8e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0541375  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2726  type III restriction protein res subunit  29.25 
 
 		 580 aa  89  9e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.219655  hitchhiker  0.000185767 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0069  Type III restriction enzyme, res subunit  29.39 
 
 		 629 aa  88.2  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1790  type III restriction protein res subunit  30.82 
 
 		 584 aa  88.6  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.766528  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2082  putative helicase (DEAD/DEAH box helicase)  30.69 
 
 		 574 aa  85.5  9e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_88383  ATP-dependent DNA helicase  25.83 
 
 		 385 aa  85.5  0.000000000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02656  hypothetical protein  29.72 
 
 		 583 aa  84.7  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1532  type III restriction enzyme, res subunit  30.4 
 
 		 579 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.413566  normal  1 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3020  type III restriction protein res subunit  29.96 
 
 		 581 aa  83.6  0.000000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06707  DEAD/DEAH box helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G05530)  27.24 
 
 		 643 aa  83.2  0.000000000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1295  type III restriction enzyme, res subunit  31.43 
 
 		 584 aa  81.3  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3993  type III restriction protein res subunit  29.84 
 
 		 1348 aa  81.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1001  superfamily II DNA/RNA helicase  28.36 
 
 		 773 aa  80.5  0.00000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2080  helicase  30.15 
 
 		 588 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.453275  normal  0.977675 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2537  type III restriction protein res subunit  27.45 
 
 		 586 aa  80.5  0.00000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0449  type III restriction enzyme, res subunit  30.07 
 
 		 1062 aa  79.7  0.00000000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.457161  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3456  type III restriction enzyme, res subunit  27.46 
 
 		 597 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003782  helicase-related protein  29.02 
 
 		 583 aa  79.7  0.00000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000188444  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3182  type III restriction protein res subunit  28.57 
 
 		 1029 aa  78.6  0.0000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0844  type III restriction enzyme, res subunit  28.57 
 
 		 613 aa  78.6  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1242  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  29.76 
 
 		 657 aa  78.6  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000376746  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8756  type III restriction enzyme, res subunit  27.3 
 
 		 1028 aa  78.2  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2719  putative helicase  30.3 
 
 		 585 aa  77.4  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00330465  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2794  type III restriction protein res subunit  30.3 
 
 		 585 aa  77.4  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183482  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1489  putative helicase  30.3 
 
 		 585 aa  77.8  0.0000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.931099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3738  type III restriction protein res subunit  30.04 
 
 		 1035 aa  77  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2205  type III restriction protein res subunit  23.57 
 
 		 993 aa  77.4  0.0000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2333  putative helicase  28.07 
 
 		 586 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00564696  normal  0.0326725 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2616  type III restriction enzyme, res subunit  25.9 
 
 		 459 aa  76.3  0.0000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0606315  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02114  predicted ATP-dependet helicase  28.07 
 
 		 586 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0523071  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1473  type III restriction protein res subunit  28.07 
 
 		 586 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000087246  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2372  putative helicase  28.37 
 
 		 586 aa  76.3  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.010081  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2322  putative helicase  28.07 
 
 		 586 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0410169  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2440  type III restriction protein res subunit  29.21 
 
 		 591 aa  76.3  0.0000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1463  type III restriction protein res subunit  28.07 
 
 		 586 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000557084  normal  0.860353 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3418  helicase domain-containing protein  29.89 
 
 		 550 aa  76.3  0.0000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.326076 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2463  putative helicase  28.37 
 
 		 586 aa  75.9  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.863309 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2780  type III restriction enzyme, res subunit  28.52 
 
 		 586 aa  75.9  0.0000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0188494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3322  putative helicase  28.07 
 
 		 586 aa  75.5  0.0000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0433993  normal  0.803545 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1302  putative helicase  29.13 
 
 		 516 aa  75.1  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  25.08 
 
 		 815 aa  75.1  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2574  putative helicase  28.37 
 
 		 586 aa  75.1  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.452066  hitchhiker  0.00320977 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1908  type III restriction protein res subunit  29.41 
 
 		 586 aa  75.1  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1707  type III restriction protein res subunit  28.25 
 
 		 1287 aa  75.1  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.730362  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2417  putative helicase  28.37 
 
 		 586 aa  75.1  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.011156  normal  0.197081 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2460  putative helicase  28.37 
 
 		 586 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000666895 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4288  type III restriction protein res subunit  29.48 
 
 		 1058 aa  74.7  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1089  type III restriction protein res subunit  28.15 
 
 		 1051 aa  74.7  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1637  type III restriction protein res subunit  28.81 
 
 		 586 aa  73.9  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.726226  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0774  putative helicase  28.07 
 
 		 586 aa  73.6  0.000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0469791  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1537  helicase domain-containing protein  29.59 
 
 		 569 aa  73.6  0.000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.453838  normal  0.138046 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2482  putative helicase  28.07 
 
 		 586 aa  73.6  0.000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00182337  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0909  type III restriction protein res subunit  27.82 
 
 		 1042 aa  73.6  0.000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.252212  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3253  type III restriction protein res subunit  29.23 
 
 		 585 aa  73.6  0.000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.503255  normal  0.463212 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3842  type III restriction enzyme, res subunit  26.82 
 
 		 1061 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2354  type III restriction protein res subunit  29.07 
 
 		 586 aa  73.2  0.000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0368  helicase  28.52 
 
 		 982 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3048  helicase domain protein  28.96 
 
 		 545 aa  72.8  0.000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0891205  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0896  type III restriction protein res subunit  27.97 
 
 		 479 aa  72.8  0.000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2125  Type III restriction enzyme, res subunit  25.36 
 
 		 842 aa  72  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0370  type III restriction protein res subunit  27.91 
 
 		 1055 aa  72  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0484136  hitchhiker  0.000113274 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0977  type III restriction enzyme, res subunit  28.15 
 
 		 1063 aa  72  0.00000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2939  helicase domain protein  26.82 
 
 		 545 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  28.36 
 
 		 462 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0708  type III restriction protein res subunit  27.59 
 
 		 479 aa  71.2  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.922597 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0819  type III restriction protein res subunit  27.97 
 
 		 479 aa  71.2  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3809  type III restriction enzyme, res subunit  27.82 
 
 		 1033 aa  71.2  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0301  type III restriction enzyme, res subunit  25.72 
 
 		 1051 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.177385  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0360  type III restriction protein res subunit  27.91 
 
 		 1055 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  25.19 
 
 		 967 aa  70.5  0.00000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0362  type III restriction enzyme, res subunit  27.91 
 
 		 1055 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2606  type III restriction enzyme, res subunit  27.62 
 
 		 560 aa  70.1  0.00000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2821  helicase domain-containing protein  28.19 
 
 		 545 aa  69.7  0.00000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127614  normal  0.294322 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1910  type III restriction enzyme, res subunit  26.69 
 
 		 1043 aa  69.7  0.00000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  24.83 
 
 		 812 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  23.81 
 
 		 967 aa  68.9  0.00000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  26.16 
 
 		 848 aa  68.9  0.0000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0725  DEAD/DEAH box helicase-like  27.92 
 
 		 469 aa  68.9  0.0000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0773  type III restriction protein res subunit  25.77 
 
 		 463 aa  68.9  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0952838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1032  type III restriction protein res subunit  27.97 
 
 		 479 aa  68.6  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4503  type III restriction enzyme, res subunit  25.41 
 
 		 1052 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000814753 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>