More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4288 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_4288  type III restriction protein res subunit  100 
 
 		 1058 aa  2136    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3869  type III restriction enzyme, res subunit  44.64 
 
 		 1033 aa  799    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3182  type III restriction protein res subunit  40.47 
 
 		 1029 aa  654    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3738  type III restriction protein res subunit  39.91 
 
 		 1035 aa  662    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3809  type III restriction enzyme, res subunit  39.39 
 
 		 1033 aa  638    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4011  type III restriction protein res subunit  44.51 
 
 		 1033 aa  787    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1089  type III restriction protein res subunit  38.54 
 
 		 1051 aa  634  1e-180  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0977  type III restriction enzyme, res subunit  38.69 
 
 		 1063 aa  629  1e-179  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8756  type III restriction enzyme, res subunit  38.74 
 
 		 1028 aa  628  1e-178  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4503  type III restriction enzyme, res subunit  34.75 
 
 		 1052 aa  608  9.999999999999999e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000814753 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0449  type III restriction enzyme, res subunit  36.82 
 
 		 1062 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.457161  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0360  type III restriction protein res subunit  35.11 
 
 		 1055 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0370  type III restriction protein res subunit  35.2 
 
 		 1055 aa  598  1e-169  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0484136  hitchhiker  0.000113274 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3374  putative helicase  36.68 
 
 		 1017 aa  593  1e-168  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.175998  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0362  type III restriction enzyme, res subunit  34.92 
 
 		 1055 aa  589  1e-167  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0822  DEAD/DEAH box helicase-like  37.2 
 
 		 1065 aa  588  1e-166  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.317818  normal  0.201991 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17070  DNA/RNA helicase, superfamily II  37.71 
 
 		 1031 aa  583  1.0000000000000001e-165  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0368  helicase  36.81 
 
 		 982 aa  584  1.0000000000000001e-165  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1910  type III restriction enzyme, res subunit  35.25 
 
 		 1043 aa  578  1.0000000000000001e-163  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2492  type III restriction protein res subunit  38.01 
 
 		 1066 aa  572  1e-161  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3842  type III restriction enzyme, res subunit  34.16 
 
 		 1061 aa  571  1e-161  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0301  type III restriction enzyme, res subunit  34.16 
 
 		 1051 aa  568  1e-160  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.177385  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1359  helicase, putative  34.87 
 
 		 1041 aa  531  1e-149  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0909  type III restriction protein res subunit  34.88 
 
 		 1042 aa  524  1e-147  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.252212  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0821  type III restriction protein res subunit  32.54 
 
 		 1042 aa  508  9.999999999999999e-143  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0473136 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl314  DNA repair DNA/RNA helicase  30.27 
 
 		 905 aa  330  1.0000000000000001e-88  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  4.84028e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0357  type III restriction protein res subunit  29.77 
 
 		 1053 aa  326  2e-87  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2205  type III restriction protein res subunit  30.48 
 
 		 993 aa  320  7.999999999999999e-86  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0992  type III restriction protein res subunit  30.28 
 
 		 938 aa  299  2e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.942343 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1707  type III restriction protein res subunit  34.64 
 
 		 1287 aa  292  2e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.730362  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  30.68 
 
 		 848 aa  291  3e-77  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2683  type III restriction enzyme, res subunit  25.08 
 
 		 1149 aa  291  3e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0219186  normal  0.206239 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11440  DNA/RNA helicase, superfamily II  25.7 
 
 		 974 aa  288  4e-76  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000321567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  31.33 
 
 		 815 aa  287  9e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  31.71 
 
 		 813 aa  286  2.0000000000000002e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  33.38 
 
 		 1077 aa  286  2.0000000000000002e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1408  helicase, putative  31.9 
 
 		 987 aa  284  5.000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1920  type III restriction enzyme, res subunit  28.18 
 
 		 946 aa  282  3e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3530  transposase, IS4 family protein  30.45 
 
 		 956 aa  282  3e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.793252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3192  type III restriction enzyme, res subunit  31.22 
 
 		 928 aa  278  4e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  33.04 
 
 		 967 aa  278  5e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  30.52 
 
 		 812 aa  273  1e-71  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2515  type III restriction enzyme, res subunit  25.59 
 
 		 953 aa  271  5.9999999999999995e-71  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2567  type III restriction protein res subunit  25.59 
 
 		 953 aa  271  5.9999999999999995e-71  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3993  type III restriction protein res subunit  31.66 
 
 		 1348 aa  267  5.999999999999999e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0174  type III restriction protein, res subunit  29.83 
 
 		 949 aa  264  6e-69  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3984  type III restriction protein res subunit  33.39 
 
 		 1418 aa  264  6e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2052  helicase, putative  28.77 
 
 		 952 aa  260  1e-67  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0337  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  32.31 
 
 		 979 aa  259  2e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1543  type III restriction protein res subunit  30.32 
 
 		 979 aa  251  4e-65  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0035  superfamily II DNA/RNA helicase  28.8 
 
 		 949 aa  246  1.9999999999999999e-63  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0259774  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3077  type III restriction protein res subunit  29.9 
 
 		 980 aa  233  2e-59  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  31.18 
 
 		 967 aa  214  5.999999999999999e-54  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1001  superfamily II DNA/RNA helicase  32.08 
 
 		 773 aa  153  2e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1080  type III restriction protein res subunit  31.82 
 
 		 607 aa  139  2e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000886806  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06707  DEAD/DEAH box helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G05530)  28.83 
 
 		 643 aa  133  1.0000000000000001e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0480  type III restriction protein res subunit  31.14 
 
 		 606 aa  134  1.0000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000916808  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0725  DEAD/DEAH box helicase-like  33.06 
 
 		 469 aa  133  2.0000000000000002e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  30.42 
 
 		 462 aa  132  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_88383  ATP-dependent DNA helicase  27.51 
 
 		 385 aa  132  4.0000000000000003e-29  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3020  type III restriction protein res subunit  28.32 
 
 		 581 aa  130  2.0000000000000002e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2475  type III restriction protein res subunit  30.56 
 
 		 475 aa  127  9e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0815969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2280  type III restriction enzyme, res subunit  30.63 
 
 		 558 aa  122  3.9999999999999996e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2616  type III restriction enzyme, res subunit  27.84 
 
 		 459 aa  120  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0606315  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2959  type III restriction enzyme, res subunit  29.69 
 
 		 585 aa  120  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3307  type III restriction protein res subunit  28.25 
 
 		 536 aa  119  3.9999999999999997e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  28.02 
 
 		 760 aa  118  6e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0226  type III restriction protein res subunit  28.02 
 
 		 760 aa  117  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1235  type III restriction enzyme, res subunit  27.62 
 
 		 560 aa  117  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159231 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0069  Type III restriction enzyme, res subunit  28 
 
 		 629 aa  115  5e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2656  EcoEI R domain protein  27.41 
 
 		 811 aa  112  4.0000000000000004e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2780  type III restriction enzyme, res subunit  28.69 
 
 		 586 aa  112  5e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0188494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2537  type III restriction protein res subunit  27.46 
 
 		 586 aa  110  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2770  type III restriction enzyme, res subunit  26.67 
 
 		 560 aa  109  3e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.547342  normal  0.44654 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1242  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  30.45 
 
 		 657 aa  108  4e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000376746  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3456  type III restriction enzyme, res subunit  28.27 
 
 		 597 aa  108  5e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3640  type III restriction protein res subunit  29.91 
 
 		 524 aa  108  5e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1412  type III restriction protein res subunit  29.24 
 
 		 556 aa  108  6e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00105152  normal  0.0540272 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2363  type III restriction enzyme, res subunit  28.61 
 
 		 590 aa  108  7e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0989425  normal  0.0932294 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2333  putative helicase  28.5 
 
 		 586 aa  107  8e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00564696  normal  0.0326725 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02656  hypothetical protein  30 
 
 		 583 aa  107  8e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2435  type III restriction enzyme, res subunit  28.34 
 
 		 590 aa  107  9e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.248011 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3253  type III restriction protein res subunit  29.37 
 
 		 585 aa  107  9e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.503255  normal  0.463212 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02114  predicted ATP-dependet helicase  28.38 
 
 		 586 aa  107  1e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0523071  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1473  type III restriction protein res subunit  28.38 
 
 		 586 aa  107  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000087246  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  26.97 
 
 		 797 aa  107  1e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1463  type III restriction protein res subunit  28.38 
 
 		 586 aa  107  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000557084  normal  0.860353 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2460  putative helicase  28.65 
 
 		 586 aa  107  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000666895 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4457  EcoEI R domain protein  26.97 
 
 		 771 aa  107  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2372  putative helicase  28.65 
 
 		 586 aa  107  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.010081  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2417  putative helicase  28.65 
 
 		 586 aa  107  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.011156  normal  0.197081 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2574  putative helicase  28.65 
 
 		 586 aa  107  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.452066  hitchhiker  0.00320977 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2322  putative helicase  28.38 
 
 		 586 aa  107  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0410169  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3322  putative helicase  28.38 
 
 		 586 aa  106  3e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0433993  normal  0.803545 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0616  Type I site-specific deoxyribonuclease  26.44 
 
 		 783 aa  105  3e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2744  helicase  28.07 
 
 		 590 aa  105  4e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1537  type III restriction protein res subunit  26.84 
 
 		 776 aa  105  5e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003782  helicase-related protein  29.47 
 
 		 583 aa  104  7e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000188444  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3568  type III restriction protein res subunit  27.41 
 
 		 802 aa  104  8e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.427174  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0774  putative helicase  28.12 
 
 		 586 aa  104  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0469791  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>