More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0301 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_0360  type III restriction protein res subunit  76.97 
 
 		 1055 aa  1722    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1359  helicase, putative  37.65 
 
 		 1041 aa  679    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3374  putative helicase  66.57 
 
 		 1017 aa  1417    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.175998  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0368  helicase  77.39 
 
 		 982 aa  1607    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4011  type III restriction protein res subunit  38.16 
 
 		 1033 aa  651    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0362  type III restriction enzyme, res subunit  76.68 
 
 		 1055 aa  1715    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0822  DEAD/DEAH box helicase-like  38.72 
 
 		 1065 aa  638    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.317818  normal  0.201991 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3869  type III restriction enzyme, res subunit  38.16 
 
 		 1033 aa  655    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0301  type III restriction enzyme, res subunit  100 
 
 		 1051 aa  2185    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.177385  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0370  type III restriction protein res subunit  76.59 
 
 		 1055 aa  1716    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0484136  hitchhiker  0.000113274 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8756  type III restriction enzyme, res subunit  38.32 
 
 		 1028 aa  681    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0909  type III restriction protein res subunit  38.33 
 
 		 1042 aa  691    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.252212  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4503  type III restriction enzyme, res subunit  56.99 
 
 		 1052 aa  1246    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000814753 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1089  type III restriction protein res subunit  38.59 
 
 		 1051 aa  661    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3842  type III restriction enzyme, res subunit  95.34 
 
 		 1061 aa  2086    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0821  type III restriction protein res subunit  37.72 
 
 		 1042 aa  654    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0473136 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0977  type III restriction enzyme, res subunit  37.35 
 
 		 1063 aa  639    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3809  type III restriction enzyme, res subunit  39.92 
 
 		 1033 aa  669    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3738  type III restriction protein res subunit  39.21 
 
 		 1035 aa  702    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1910  type III restriction enzyme, res subunit  64.92 
 
 		 1043 aa  1407    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0449  type III restriction enzyme, res subunit  41.04 
 
 		 1062 aa  761    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.457161  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3182  type III restriction protein res subunit  36.97 
 
 		 1029 aa  629  1e-179  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2492  type III restriction protein res subunit  39.28 
 
 		 1066 aa  626  1e-178  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.964  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17070  DNA/RNA helicase, superfamily II  35.9 
 
 		 1031 aa  619  1e-175  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4288  type III restriction protein res subunit  34.16 
 
 		 1058 aa  572  1e-161  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2205  type III restriction protein res subunit  33.69 
 
 		 993 aa  415  1e-114  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0357  type III restriction protein res subunit  33.58 
 
 		 1053 aa  412  1e-113  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl314  DNA repair DNA/RNA helicase  35.52 
 
 		 905 aa  340  5.9999999999999996e-92  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  4.84028e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  31.39 
 
 		 848 aa  309  2.0000000000000002e-82  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3530  transposase, IS4 family protein  29.21 
 
 		 956 aa  305  3.0000000000000004e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.793252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3192  type III restriction enzyme, res subunit  29.28 
 
 		 928 aa  300  1e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245022  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  33.22 
 
 		 813 aa  296  1e-78  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0992  type III restriction protein res subunit  33.28 
 
 		 938 aa  294  5e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.942343 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  31.85 
 
 		 1077 aa  289  2e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  32.57 
 
 		 812 aa  289  2e-76  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  32.3 
 
 		 815 aa  286  2.0000000000000002e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1707  type III restriction protein res subunit  35.37 
 
 		 1287 aa  285  3.0000000000000004e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.730362  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2052  helicase, putative  35.13 
 
 		 952 aa  277  6e-73  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2683  type III restriction enzyme, res subunit  27.5 
 
 		 1149 aa  276  1.0000000000000001e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0219186  normal  0.206239 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3984  type III restriction protein res subunit  30.44 
 
 		 1418 aa  275  3e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2515  type III restriction enzyme, res subunit  32.41 
 
 		 953 aa  273  1e-71  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2567  type III restriction protein res subunit  32.41 
 
 		 953 aa  273  1e-71  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3993  type III restriction protein res subunit  31.62 
 
 		 1348 aa  273  2e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  31.71 
 
 		 967 aa  269  2e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1543  type III restriction protein res subunit  32.74 
 
 		 979 aa  267  7e-70  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0035  superfamily II DNA/RNA helicase  34.21 
 
 		 949 aa  267  7e-70  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0259774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1920  type III restriction enzyme, res subunit  29.74 
 
 		 946 aa  267  8e-70  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1408  helicase, putative  32.45 
 
 		 987 aa  260  1e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0337  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  31.74 
 
 		 979 aa  259  1e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0174  type III restriction protein, res subunit  31.25 
 
 		 949 aa  252  3e-65  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11440  DNA/RNA helicase, superfamily II  25.81 
 
 		 974 aa  252  3e-65  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000321567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  37.12 
 
 		 967 aa  246  1.9999999999999999e-63  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3077  type III restriction protein res subunit  28.04 
 
 		 980 aa  220  1e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1001  superfamily II DNA/RNA helicase  33.24 
 
 		 773 aa  169  4e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2475  type III restriction protein res subunit  32.83 
 
 		 475 aa  154  8e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0815969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2280  type III restriction enzyme, res subunit  30.99 
 
 		 558 aa  150  1.0000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1412  type III restriction protein res subunit  33.24 
 
 		 556 aa  143  9.999999999999999e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00105152  normal  0.0540272 
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  29.91 
 
 		 462 aa  139  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0725  DEAD/DEAH box helicase-like  30.4 
 
 		 469 aa  135  3.9999999999999996e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3307  type III restriction protein res subunit  27.01 
 
 		 536 aa  134  6.999999999999999e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2616  type III restriction enzyme, res subunit  27.16 
 
 		 459 aa  131  5.0000000000000004e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0606315  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_88383  ATP-dependent DNA helicase  29.22 
 
 		 385 aa  131  7.000000000000001e-29  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3640  type III restriction protein res subunit  29.79 
 
 		 524 aa  130  1.0000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1080  type III restriction protein res subunit  27.7 
 
 		 607 aa  118  5e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000886806  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0480  type III restriction protein res subunit  28.99 
 
 		 606 aa  117  1.0000000000000001e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000916808  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06707  DEAD/DEAH box helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G05530)  27.52 
 
 		 643 aa  114  1.0000000000000001e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  26.43 
 
 		 787 aa  114  1.0000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0069  Type III restriction enzyme, res subunit  29.64 
 
 		 629 aa  112  3e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2770  type III restriction enzyme, res subunit  29.26 
 
 		 560 aa  112  3e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.547342  normal  0.44654 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1235  type III restriction enzyme, res subunit  29.63 
 
 		 560 aa  112  5e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159231 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3020  type III restriction protein res subunit  29.71 
 
 		 581 aa  110  1e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2606  type III restriction enzyme, res subunit  29.21 
 
 		 560 aa  109  3e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2656  EcoEI R domain protein  27.48 
 
 		 811 aa  108  8e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0616  Type I site-specific deoxyribonuclease  28.17 
 
 		 783 aa  106  3e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02656  hypothetical protein  29.14 
 
 		 583 aa  104  7e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003782  helicase-related protein  29.14 
 
 		 583 aa  104  8e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000188444  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0226  type III restriction protein res subunit  28.46 
 
 		 760 aa  104  9e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1300  type III restriction enzyme, res subunit  27.84 
 
 		 560 aa  104  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.49268  normal  0.27314 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2074  type III restriction enzyme, res subunit  27.25 
 
 		 560 aa  103  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.432643  normal  0.155491 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2653  type III restriction enzyme, res subunit  27.53 
 
 		 398 aa  104  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.154004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2845  type III restriction enzyme, res subunit  27.84 
 
 		 560 aa  104  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  29 
 
 		 760 aa  103  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1537  type III restriction protein res subunit  26.32 
 
 		 776 aa  102  4e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2082  putative helicase (DEAD/DEAH box helicase)  28.29 
 
 		 574 aa  102  5e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04056  DNA helicase of superfamily II  28.57 
 
 		 796 aa  100  2e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4457  EcoEI R domain protein  27.6 
 
 		 771 aa  99.8  3e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  28.42 
 
 		 797 aa  99  5e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2917  type III restriction enzyme, res subunit  25.29 
 
 		 538 aa  98.6  5e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.633235  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0844  type III restriction enzyme, res subunit  28.23 
 
 		 613 aa  98.6  6e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH02470  DEAD box family helicase, putative  25.55 
 
 		 706 aa  98.2  7e-19  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.384709  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2939  helicase domain protein  27.82 
 
 		 545 aa  98.2  7e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2363  type III restriction enzyme, res subunit  26.63 
 
 		 590 aa  97.8  8e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0989425  normal  0.0932294 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1908  type III restriction protein res subunit  27.68 
 
 		 586 aa  97.4  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1523  DEAD/DEAH box helicase-like  27.79 
 
 		 936 aa  97.1  2e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4243  type III restriction protein res subunit  27.27 
 
 		 933 aa  96.7  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2524  type III restriction enzyme, res subunit  26.91 
 
 		 590 aa  96.7  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.251269  normal  0.0163499 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3568  type III restriction protein res subunit  28.12 
 
 		 802 aa  96.7  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.427174  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2559  type III restriction protein res subunit  28.73 
 
 		 580 aa  95.9  3e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3048  helicase domain protein  27.35 
 
 		 545 aa  95.5  4e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0891205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2821  helicase domain-containing protein  27.07 
 
 		 545 aa  95.5  5e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127614  normal  0.294322 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>