More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2089 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_2533  type III restriction protein res subunit  67.07 
 
 		 584 aa  818    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10242  hitchhiker  0.000564265 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1532  type III restriction enzyme, res subunit  68.57 
 
 		 579 aa  837    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.413566  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2744  helicase  67.17 
 
 		 590 aa  829    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2559  type III restriction protein res subunit  65.34 
 
 		 580 aa  801    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2089  type III restriction enzyme, res subunit  100 
 
 		 616 aa  1284    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.553683  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2363  type III restriction enzyme, res subunit  68.7 
 
 		 590 aa  847    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0989425  normal  0.0932294 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2435  type III restriction enzyme, res subunit  68.87 
 
 		 590 aa  848    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.248011 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1790  type III restriction protein res subunit  67.07 
 
 		 584 aa  820    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.766528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1467  type III restriction enzyme, res subunit  77.34 
 
 		 583 aa  967    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.387336  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2524  type III restriction enzyme, res subunit  68.36 
 
 		 590 aa  848    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.251269  normal  0.0163499 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2080  helicase  62.37 
 
 		 588 aa  766    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.453275  normal  0.977675 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2726  type III restriction protein res subunit  68.45 
 
 		 580 aa  825    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.219655  hitchhiker  0.000185767 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2350  type III restriction enzyme, res subunit  67.64 
 
 		 602 aa  826    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1751  type III restriction protein res subunit  67.24 
 
 		 584 aa  819    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1862  type III restriction enzyme, res subunit  67.3 
 
 		 580 aa  827    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.547726  normal  0.254233 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1747  type III restriction protein res subunit  67.24 
 
 		 584 aa  820    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0541375  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2372  putative helicase  52.31 
 
 		 586 aa  632  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.010081  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02114  predicted ATP-dependet helicase  52.48 
 
 		 586 aa  630  1e-179  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0523071  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1473  type III restriction protein res subunit  52.48 
 
 		 586 aa  630  1e-179  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000087246  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1463  type III restriction protein res subunit  52.48 
 
 		 586 aa  630  1e-179  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000557084  normal  0.860353 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2417  putative helicase  52.14 
 
 		 586 aa  631  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.011156  normal  0.197081 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2574  putative helicase  52.14 
 
 		 586 aa  631  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.452066  hitchhiker  0.00320977 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0774  putative helicase  52.48 
 
 		 586 aa  629  1e-179  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0469791  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2463  putative helicase  52.14 
 
 		 586 aa  629  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.863309 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2482  putative helicase  52.48 
 
 		 586 aa  630  1e-179  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00182337  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2460  putative helicase  52.31 
 
 		 586 aa  631  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000666895 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2322  putative helicase  52.31 
 
 		 586 aa  627  1e-178  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0410169  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2333  putative helicase  52.31 
 
 		 586 aa  627  1e-178  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00564696  normal  0.0326725 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3322  putative helicase  52.31 
 
 		 586 aa  627  1e-178  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0433993  normal  0.803545 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1908  type III restriction protein res subunit  52.23 
 
 		 586 aa  622  1e-177  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2780  type III restriction enzyme, res subunit  52.06 
 
 		 586 aa  622  1e-177  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0188494  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2354  type III restriction protein res subunit  50.26 
 
 		 586 aa  615  1e-175  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1637  type III restriction protein res subunit  51.55 
 
 		 586 aa  618  1e-175  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.726226  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2959  type III restriction enzyme, res subunit  50.93 
 
 		 585 aa  607  9.999999999999999e-173  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2719  putative helicase  50.34 
 
 		 585 aa  604  1.0000000000000001e-171  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00330465  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2794  type III restriction protein res subunit  50.34 
 
 		 585 aa  604  1.0000000000000001e-171  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183482  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1489  putative helicase  50.34 
 
 		 585 aa  604  1.0000000000000001e-171  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.931099  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2440  type III restriction protein res subunit  50.94 
 
 		 591 aa  603  1.0000000000000001e-171  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3253  type III restriction protein res subunit  50.52 
 
 		 585 aa  597  1e-169  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.503255  normal  0.463212 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2537  type III restriction protein res subunit  48.05 
 
 		 586 aa  577  1.0000000000000001e-163  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0844  type III restriction enzyme, res subunit  48.35 
 
 		 613 aa  572  1.0000000000000001e-162  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3456  type III restriction enzyme, res subunit  48.21 
 
 		 597 aa  566  1e-160  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02656  hypothetical protein  48.13 
 
 		 583 aa  565  1.0000000000000001e-159  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1295  type III restriction enzyme, res subunit  48.12 
 
 		 584 aa  556  1e-157  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003782  helicase-related protein  47.95 
 
 		 583 aa  558  1e-157  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000188444  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1242  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  45.86 
 
 		 657 aa  550  1e-155  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000376746  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2082  putative helicase (DEAD/DEAH box helicase)  46.89 
 
 		 574 aa  540  9.999999999999999e-153  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2792  type III restriction protein res subunit  33.46 
 
 		 678 aa  253  1e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0653946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2917  type III restriction enzyme, res subunit  34 
 
 		 538 aa  216  9.999999999999999e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.633235  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2939  helicase domain protein  34.9 
 
 		 545 aa  211  2e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2821  helicase domain-containing protein  35.69 
 
 		 545 aa  205  2e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127614  normal  0.294322 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3048  helicase domain protein  35.07 
 
 		 545 aa  204  4e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0891205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3418  helicase domain-containing protein  29.49 
 
 		 550 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.326076 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1537  helicase domain-containing protein  34.13 
 
 		 569 aa  199  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.453838  normal  0.138046 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0069  Type III restriction enzyme, res subunit  32.34 
 
 		 629 aa  144  7e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3020  type III restriction protein res subunit  31.3 
 
 		 581 aa  143  8e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0480  type III restriction protein res subunit  29.84 
 
 		 606 aa  141  3e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000916808  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1235  type III restriction enzyme, res subunit  27.68 
 
 		 560 aa  140  6e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159231 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1080  type III restriction protein res subunit  29.97 
 
 		 607 aa  140  8.999999999999999e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000886806  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2475  type III restriction protein res subunit  28.91 
 
 		 475 aa  137  5e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0815969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2770  type III restriction enzyme, res subunit  26.95 
 
 		 560 aa  137  6.0000000000000005e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.547342  normal  0.44654 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2606  type III restriction enzyme, res subunit  27 
 
 		 560 aa  135  1.9999999999999998e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1300  type III restriction enzyme, res subunit  27.58 
 
 		 560 aa  134  6e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.49268  normal  0.27314 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2845  type III restriction enzyme, res subunit  27.82 
 
 		 560 aa  133  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2074  type III restriction enzyme, res subunit  27.34 
 
 		 560 aa  131  3e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.432643  normal  0.155491 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2653  type III restriction enzyme, res subunit  28.73 
 
 		 398 aa  130  7.000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.154004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  28.64 
 
 		 967 aa  128  3e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  29.83 
 
 		 812 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06707  DEAD/DEAH box helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G05530)  25.13 
 
 		 643 aa  122  1.9999999999999998e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3307  type III restriction protein res subunit  29.9 
 
 		 536 aa  119  1.9999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0307  Type III restriction enzyme, res subunit  29.43 
 
 		 539 aa  117  5e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0435132  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0725  DEAD/DEAH box helicase-like  25.68 
 
 		 469 aa  117  6e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_88383  ATP-dependent DNA helicase  27.37 
 
 		 385 aa  116  1.0000000000000001e-24  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  28.65 
 
 		 848 aa  114  7.000000000000001e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  27.75 
 
 		 462 aa  112  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4439  type III restriction protein res subunit  27.83 
 
 		 510 aa  110  7.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.226232  normal  0.536892 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2616  type III restriction enzyme, res subunit  24.82 
 
 		 459 aa  110  8.000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0606315  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2695  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  27.23 
 
 		 504 aa  109  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.089972  hitchhiker  0.000356695 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1707  type III restriction protein res subunit  27.98 
 
 		 1287 aa  107  9e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.730362  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  27.67 
 
 		 967 aa  105  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  27.25 
 
 		 815 aa  103  8e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4288  type III restriction protein res subunit  25.84 
 
 		 1058 aa  103  8e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  27.73 
 
 		 1077 aa  103  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3640  type III restriction protein res subunit  25.6 
 
 		 524 aa  102  2e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8690  putative helicase  28.64 
 
 		 469 aa  101  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  28.34 
 
 		 813 aa  101  4e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11338  hypothetical protein  27.39 
 
 		 503 aa  101  4e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1623  helicase domain-containing protein  23.97 
 
 		 502 aa  100  7e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006693  CNH02470  DEAD box family helicase, putative  24.44 
 
 		 706 aa  99  2e-19  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.384709  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2849  type III restriction enzyme, res subunit  27.06 
 
 		 512 aa  99.4  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3708  helicase-like  33.33 
 
 		 295 aa  97.8  5e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.663  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  28.24 
 
 		 787 aa  97.1  8e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0992  type III restriction protein res subunit  24.43 
 
 		 938 aa  96.7  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.942343 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2205  type III restriction protein res subunit  26.52 
 
 		 993 aa  95.9  2e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1089  type III restriction protein res subunit  26.9 
 
 		 1051 aa  94  6e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0360  type III restriction protein res subunit  28.69 
 
 		 1055 aa  93.6  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0362  type III restriction enzyme, res subunit  28.69 
 
 		 1055 aa  93.2  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3984  type III restriction protein res subunit  25.78 
 
 		 1418 aa  92  3e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3182  type III restriction protein res subunit  25.14 
 
 		 1029 aa  91.7  4e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3993  type III restriction protein res subunit  26.6 
 
 		 1348 aa  91.7  4e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>