More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP2052 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP2052  helicase, putative  100 
 
 		 952 aa  1932    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11440  DNA/RNA helicase, superfamily II  38.69 
 
 		 974 aa  694    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000321567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2567  type III restriction protein res subunit  66.49 
 
 		 953 aa  1310    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2515  type III restriction enzyme, res subunit  66.49 
 
 		 953 aa  1310    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0035  superfamily II DNA/RNA helicase  40.88 
 
 		 949 aa  702    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0259774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0174  type III restriction protein, res subunit  39.1 
 
 		 949 aa  681    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1920  type III restriction enzyme, res subunit  39.71 
 
 		 946 aa  674    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3077  type III restriction protein res subunit  37.83 
 
 		 980 aa  641    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2683  type III restriction enzyme, res subunit  39.01 
 
 		 1149 aa  668    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0219186  normal  0.206239 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0357  type III restriction protein res subunit  34.16 
 
 		 1053 aa  502  1e-140  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2205  type III restriction protein res subunit  34.15 
 
 		 993 aa  449  1e-125  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0992  type III restriction protein res subunit  28.16 
 
 		 938 aa  330  8e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.942343 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0909  type III restriction protein res subunit  27.9 
 
 		 1042 aa  322  3e-86  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.252212  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2492  type III restriction protein res subunit  27.21 
 
 		 1066 aa  318  2e-85  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.964  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1359  helicase, putative  27.36 
 
 		 1041 aa  311  2.9999999999999997e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0821  type III restriction protein res subunit  27.1 
 
 		 1042 aa  311  5e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0473136 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1707  type III restriction protein res subunit  31.67 
 
 		 1287 aa  310  6.999999999999999e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.730362  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  36.02 
 
 		 848 aa  307  5.0000000000000004e-82  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  31.82 
 
 		 1077 aa  306  1.0000000000000001e-81  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  30.49 
 
 		 813 aa  300  8e-80  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1543  type III restriction protein res subunit  34.04 
 
 		 979 aa  300  8e-80  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3192  type III restriction enzyme, res subunit  26.37 
 
 		 928 aa  296  1e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0449  type III restriction enzyme, res subunit  32.09 
 
 		 1062 aa  294  5e-78  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.457161  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1089  type III restriction protein res subunit  29.76 
 
 		 1051 aa  293  9e-78  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8756  type III restriction enzyme, res subunit  26.63 
 
 		 1028 aa  291  4e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  29.97 
 
 		 812 aa  290  8e-77  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0368  helicase  29.62 
 
 		 982 aa  290  1e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  32.74 
 
 		 815 aa  290  1e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3984  type III restriction protein res subunit  29.66 
 
 		 1418 aa  290  1e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0337  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  33.51 
 
 		 979 aa  287  5.999999999999999e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3530  transposase, IS4 family protein  32.66 
 
 		 956 aa  286  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.793252  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1408  helicase, putative  32.57 
 
 		 987 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  32.29 
 
 		 967 aa  283  1e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4503  type III restriction enzyme, res subunit  34.72 
 
 		 1052 aa  282  2e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000814753 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0362  type III restriction enzyme, res subunit  29.21 
 
 		 1055 aa  281  4e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0360  type III restriction protein res subunit  35.03 
 
 		 1055 aa  281  5e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3809  type III restriction enzyme, res subunit  30.5 
 
 		 1033 aa  280  7e-74  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0977  type III restriction enzyme, res subunit  30.45 
 
 		 1063 aa  280  8e-74  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3842  type III restriction enzyme, res subunit  35.07 
 
 		 1061 aa  279  2e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0370  type III restriction protein res subunit  34.75 
 
 		 1055 aa  278  3e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0484136  hitchhiker  0.000113274 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3993  type III restriction protein res subunit  29.68 
 
 		 1348 aa  278  4e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3374  putative helicase  34.18 
 
 		 1017 aa  276  2.0000000000000002e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.175998  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1910  type III restriction enzyme, res subunit  34.91 
 
 		 1043 aa  275  4.0000000000000004e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0301  type III restriction enzyme, res subunit  35.13 
 
 		 1051 aa  274  5.000000000000001e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.177385  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3738  type III restriction protein res subunit  30.23 
 
 		 1035 aa  273  1e-71  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3182  type III restriction protein res subunit  24.74 
 
 		 1029 aa  273  1e-71  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3869  type III restriction enzyme, res subunit  29.09 
 
 		 1033 aa  271  2.9999999999999997e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0822  DEAD/DEAH box helicase-like  25.73 
 
 		 1065 aa  271  4e-71  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.317818  normal  0.201991 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4011  type III restriction protein res subunit  28.87 
 
 		 1033 aa  268  2.9999999999999995e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl314  DNA repair DNA/RNA helicase  32.69 
 
 		 905 aa  265  3e-69  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  4.84028e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  37.4 
 
 		 967 aa  265  3e-69  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4288  type III restriction protein res subunit  28.77 
 
 		 1058 aa  260  9e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17070  DNA/RNA helicase, superfamily II  28.57 
 
 		 1031 aa  258  5e-67  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1001  superfamily II DNA/RNA helicase  33.43 
 
 		 773 aa  174  9e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0480  type III restriction protein res subunit  25 
 
 		 606 aa  131  5.0000000000000004e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000916808  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1080  type III restriction protein res subunit  24.44 
 
 		 607 aa  129  2.0000000000000002e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000886806  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3640  type III restriction protein res subunit  27.78 
 
 		 524 aa  127  8.000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2475  type III restriction protein res subunit  25.2 
 
 		 475 aa  122  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0815969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0069  Type III restriction enzyme, res subunit  25.46 
 
 		 629 aa  120  9.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3048  helicase domain protein  25.75 
 
 		 545 aa  120  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0891205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3307  type III restriction protein res subunit  24.93 
 
 		 536 aa  117  1.0000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2821  helicase domain-containing protein  25.55 
 
 		 545 aa  114  7.000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127614  normal  0.294322 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2616  type III restriction enzyme, res subunit  24.93 
 
 		 459 aa  114  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0606315  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2606  type III restriction enzyme, res subunit  25.96 
 
 		 560 aa  113  2.0000000000000002e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_88383  ATP-dependent DNA helicase  28.13 
 
 		 385 aa  113  2.0000000000000002e-23  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  23.66 
 
 		 462 aa  112  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2939  helicase domain protein  24.11 
 
 		 545 aa  111  7.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2770  type III restriction enzyme, res subunit  25.91 
 
 		 560 aa  111  8.000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.547342  normal  0.44654 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2653  type III restriction enzyme, res subunit  26.83 
 
 		 398 aa  110  9.000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.154004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0516  type I restriction-modification system R subunit (endonuclease)  27.12 
 
 		 1115 aa  110  2e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2845  type III restriction enzyme, res subunit  26.83 
 
 		 560 aa  109  3e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1300  type III restriction enzyme, res subunit  26.52 
 
 		 560 aa  108  4e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.49268  normal  0.27314 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2074  type III restriction enzyme, res subunit  26.52 
 
 		 560 aa  108  5e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.432643  normal  0.155491 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1062  type III restriction enzyme, res subunit  27.32 
 
 		 1138 aa  107  8e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1235  type III restriction enzyme, res subunit  25.3 
 
 		 560 aa  105  3e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159231 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3020  type III restriction protein res subunit  25.6 
 
 		 581 aa  105  4e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0725  DEAD/DEAH box helicase-like  23.24 
 
 		 469 aa  103  2e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3418  helicase domain-containing protein  25.21 
 
 		 550 aa  103  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.326076 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3202  type III restriction protein res subunit  26.12 
 
 		 1133 aa  103  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3253  type III restriction protein res subunit  25.5 
 
 		 585 aa  100  9e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.503255  normal  0.463212 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06707  DEAD/DEAH box helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G05530)  23.95 
 
 		 643 aa  100  1e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2780  type III restriction enzyme, res subunit  25.61 
 
 		 586 aa  100  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0188494  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3004  type III restriction protein res subunit  25.06 
 
 		 1129 aa  98.2  7e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.385036  normal  0.0400425 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1432  type III restriction protein, res subunit  26 
 
 		 1108 aa  96.3  2e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1171  type III restriction enzyme, res subunit  27.03 
 
 		 912 aa  96.7  2e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.145829  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4190  type III restriction protein res subunit  27.52 
 
 		 1233 aa  95.9  3e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02656  hypothetical protein  24.79 
 
 		 583 aa  95.9  4e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0960  type III restriction protein res subunit  21.77 
 
 		 485 aa  95.5  4e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2917  type III restriction enzyme, res subunit  25.43 
 
 		 538 aa  95.1  5e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.633235  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1218  type III restriction protein res subunit  21.88 
 
 		 485 aa  94.7  7e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00150525 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0773  type III restriction protein res subunit  22.12 
 
 		 463 aa  94.4  9e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0952838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0819  type III restriction protein res subunit  22.57 
 
 		 479 aa  94  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3175  type III restriction protein res subunit  26.98 
 
 		 1115 aa  94.4  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1537  helicase domain-containing protein  25.29 
 
 		 569 aa  94  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.453838  normal  0.138046 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02114  predicted ATP-dependet helicase  25.21 
 
 		 586 aa  93.2  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0523071  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1473  type III restriction protein res subunit  25.21 
 
 		 586 aa  93.2  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000087246  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0896  type III restriction protein res subunit  22.49 
 
 		 479 aa  93.2  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2322  putative helicase  25.21 
 
 		 586 aa  93.2  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0410169  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003782  helicase-related protein  24.79 
 
 		 583 aa  92.8  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000188444  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3322  putative helicase  25.21 
 
 		 586 aa  93.6  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0433993  normal  0.803545 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>