212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4016 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4016  type III restriction protein res subunit  100 
 
 		 469 aa  979    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3418  type III restriction enzyme, res subunit  76.12 
 
 		 469 aa  762    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.280626  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1893  type III restriction protein res subunit  67.37 
 
 		 472 aa  651    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3459  type III restriction protein res subunit  67.37 
 
 		 472 aa  651    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3839  type III restriction enzyme, res subunit  68.88 
 
 		 471 aa  670    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4412  type III restriction protein res subunit  70.61 
 
 		 471 aa  700    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4273  type III restriction protein res subunit  70.61 
 
 		 471 aa  700    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0962  putative type III restriction enzyme  54.51 
 
 		 466 aa  531  1e-149  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.933569  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0145  type III restriction enzyme, res subunit  54.37 
 
 		 465 aa  521  1e-146  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.563089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2555  hypothetical protein  53.62 
 
 		 465 aa  516  1.0000000000000001e-145  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.813616 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4198  helicase domain protein  46.7 
 
 		 470 aa  448  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1925  GGDEF family protein  46.3 
 
 		 477 aa  432  1e-120  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.153173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06217  hypothetical protein  51.49 
 
 		 464 aa  431  1e-119  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3891  helicase domain-containing protein  52.22 
 
 		 458 aa  428  1e-119  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0080  helicase domain-containing protein  50.89 
 
 		 466 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2283  type III restriction enzyme, res subunit  49.49 
 
 		 465 aa  399  9.999999999999999e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0197  helicase domain-containing protein  42.11 
 
 		 429 aa  350  4e-95  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.13298  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4219  FOG domain-containing protein  42.22 
 
 		 434 aa  324  2e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.701537  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25110  DNA/RNA helicase, superfamily II  32.13 
 
 		 593 aa  182  1e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.862041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1291  type III restriction enzyme, res subunit  31.71 
 
 		 598 aa  176  8e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1477  type III restriction protein res subunit  30.05 
 
 		 599 aa  174  3.9999999999999995e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0376  type III restriction protein res subunit  30.08 
 
 		 574 aa  173  5e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2242  type III restriction protein res subunit  30.83 
 
 		 595 aa  172  1e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2381  ATPase  31.22 
 
 		 569 aa  171  2e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.191246  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1839  type III restriction protein res subunit  31.5 
 
 		 563 aa  171  4e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.036346  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1318  type III restriction protein res subunit  31.63 
 
 		 601 aa  170  4e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0818356  hitchhiker  0.00409906 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2588  type III restriction enzyme, res subunit  29.11 
 
 		 591 aa  171  4e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.245843  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3879  type III restriction protein res subunit  31.41 
 
 		 593 aa  170  4e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12931  hypothetical protein  30.69 
 
 		 626 aa  170  5e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.129963  normal  0.499246 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0931  type III restriction protein res subunit  31.9 
 
 		 586 aa  170  5e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.355478  normal  0.978518 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0759  type III restriction enzyme, res subunit  29.34 
 
 		 566 aa  168  2e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.523445  normal  0.362489 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1719  DNA or RNA helicase of superfamily II-like protein  29.84 
 
 		 582 aa  167  2.9999999999999998e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.193156  normal  0.109566 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10520  DNA/RNA helicase, superfamily II  31.06 
 
 		 589 aa  166  9e-40  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.531597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2320  type III restriction protein res subunit  30.64 
 
 		 593 aa  166  1.0000000000000001e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000427068 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0145  type III restriction enzyme, res subunit  29.08 
 
 		 574 aa  165  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1051  type III restriction protein res subunit  31.5 
 
 		 628 aa  164  3e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0881  type III restriction protein res subunit  31.41 
 
 		 621 aa  163  5.0000000000000005e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08280  DNA/RNA helicase, superfamily II  31.38 
 
 		 606 aa  162  1e-38  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.265179  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2743  type III restriction protein res subunit  30.48 
 
 		 618 aa  161  2e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.100626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0602  type III restriction enzyme, res subunit  30.2 
 
 		 560 aa  160  3e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.44982  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0615  type III restriction enzyme, res subunit  30.2 
 
 		 560 aa  160  3e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0593  type III restriction enzyme, res subunit  30.2 
 
 		 560 aa  160  4e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.147168  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20110  DNA/RNA helicase, superfamily II  28.67 
 
 		 606 aa  160  6e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.24796  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5135  type III restriction protein res subunit  30.1 
 
 		 622 aa  159  1e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0782203 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24400  DNA/RNA helicase, superfamily II  30.65 
 
 		 592 aa  158  2e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.21286 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4526  DEAD-like helicase  30.65 
 
 		 559 aa  157  5.0000000000000005e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1502  type III restriction protein res subunit  29.82 
 
 		 572 aa  155  2e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4538  type III restriction protein res subunit  29.72 
 
 		 565 aa  146  9e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.179492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1473  type III restriction enzyme, res subunit  28.48 
 
 		 577 aa  142  1.9999999999999998e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.967001 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1438  type III restriction protein res subunit  29.8 
 
 		 575 aa  139  1e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00286846 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1380  type III restriction enzyme, res subunit  30.08 
 
 		 601 aa  131  3e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.942893  normal  0.0185831 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3772  type III restriction protein res subunit  28.09 
 
 		 594 aa  130  3e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.513418 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3774  type III restriction protein res subunit  28.03 
 
 		 583 aa  122  9.999999999999999e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.476443  normal  0.253817 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1979  hypothetical protein  26.05 
 
 		 435 aa  114  4.0000000000000004e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0799081 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0682  hypothetical protein  26.96 
 
 		 456 aa  112  1.0000000000000001e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.835313  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0796  type III restriction protein res subunit  27.8 
 
 		 598 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.42368  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3384  hypothetical protein  36.88 
 
 		 139 aa  103  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294151 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08571  helicase domain-containing protein  26.38 
 
 		 438 aa  102  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1868  hypothetical protein  36.88 
 
 		 139 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.776543  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2559  type III restriction protein res subunit  23.97 
 
 		 580 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2178  Type III restriction enzyme, res subunit  25 
 
 		 873 aa  71.2  0.00000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2726  type III restriction protein res subunit  24.93 
 
 		 580 aa  70.1  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.219655  hitchhiker  0.000185767 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1862  type III restriction enzyme, res subunit  23.96 
 
 		 580 aa  69.7  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.547726  normal  0.254233 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0432  type III restriction protein res subunit  21.78 
 
 		 619 aa  65.9  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1532  type III restriction enzyme, res subunit  22.97 
 
 		 579 aa  65.1  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.413566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2524  type III restriction enzyme, res subunit  23.36 
 
 		 590 aa  63.9  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.251269  normal  0.0163499 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2080  helicase  22.34 
 
 		 588 aa  63.5  0.000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.453275  normal  0.977675 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2460  putative helicase  22.54 
 
 		 586 aa  63.2  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000666895 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2417  putative helicase  22.54 
 
 		 586 aa  63.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.011156  normal  0.197081 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2574  putative helicase  22.54 
 
 		 586 aa  63.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.452066  hitchhiker  0.00320977 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2463  putative helicase  22.54 
 
 		 586 aa  63.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.863309 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2435  type III restriction enzyme, res subunit  23.62 
 
 		 590 aa  62  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.248011 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2372  putative helicase  22.28 
 
 		 586 aa  62  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.010081  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2959  type III restriction enzyme, res subunit  23.27 
 
 		 585 aa  62.4  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1743  DNA repair helicase RAD25  23.99 
 
 		 531 aa  62  0.00000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.763617 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl314  DNA repair DNA/RNA helicase  23.12 
 
 		 905 aa  61.6  0.00000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  4.84028e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2363  type III restriction enzyme, res subunit  23.1 
 
 		 590 aa  61.6  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0989425  normal  0.0932294 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2350  type III restriction enzyme, res subunit  21.61 
 
 		 602 aa  61.2  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1747  type III restriction protein res subunit  21.59 
 
 		 584 aa  61.6  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0541375  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0509  type III restriction enzyme, res subunit  28.57 
 
 		 918 aa  61.2  0.00000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2280  type III restriction enzyme, res subunit  23.08 
 
 		 558 aa  60.8  0.00000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2537  type III restriction protein res subunit  22.33 
 
 		 586 aa  60.8  0.00000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3274  type I site-specific deoxyribonuclease  31.09 
 
 		 917 aa  60.5  0.00000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.3318 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2333  putative helicase  23.53 
 
 		 586 aa  60.1  0.00000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00564696  normal  0.0326725 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1790  type III restriction protein res subunit  21.34 
 
 		 584 aa  59.3  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.766528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2482  putative helicase  23.27 
 
 		 586 aa  59.7  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00182337  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2354  type III restriction protein res subunit  22.28 
 
 		 586 aa  59.3  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0774  putative helicase  23.27 
 
 		 586 aa  59.7  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0469791  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3322  putative helicase  23.27 
 
 		 586 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0433993  normal  0.803545 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1751  type III restriction protein res subunit  21.08 
 
 		 584 aa  59.3  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2322  putative helicase  23.27 
 
 		 586 aa  58.2  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0410169  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3695  putative helicase  22.34 
 
 		 676 aa  58.5  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.783104  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0824  EcoEI R domain-containing protein  22.14 
 
 		 783 aa  58.2  0.0000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3253  type III restriction protein res subunit  22.62 
 
 		 585 aa  57.8  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.503255  normal  0.463212 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2089  type III restriction enzyme, res subunit  23.7 
 
 		 616 aa  57.8  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.553683  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1412  type III restriction protein res subunit  24.15 
 
 		 556 aa  58.2  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00105152  normal  0.0540272 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2533  type III restriction protein res subunit  21.08 
 
 		 584 aa  57.4  0.0000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10242  hitchhiker  0.000564265 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0853  type III restriction enzyme, res subunit  29.02 
 
 		 921 aa  57.4  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.0361479 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1473  type III restriction protein res subunit  23.27 
 
 		 586 aa  57.4  0.0000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000087246  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0100  type III restriction protein res subunit  22.39 
 
 		 440 aa  57.4  0.0000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000273539  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>