154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_2555 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_0145  type III restriction enzyme, res subunit  94.84 
 
 		 465 aa  921    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.563089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2555  hypothetical protein  100 
 
 		 465 aa  968    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.813616 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3418  type III restriction enzyme, res subunit  56.49 
 
 		 469 aa  536  1e-151  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.280626  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4273  type III restriction protein res subunit  53.8 
 
 		 471 aa  526  1e-148  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4412  type III restriction protein res subunit  53.8 
 
 		 471 aa  526  1e-148  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1893  type III restriction protein res subunit  54.01 
 
 		 472 aa  523  1e-147  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3459  type III restriction protein res subunit  54.01 
 
 		 472 aa  523  1e-147  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3839  type III restriction enzyme, res subunit  56.17 
 
 		 471 aa  521  1e-146  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4016  type III restriction protein res subunit  53.62 
 
 		 469 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0962  putative type III restriction enzyme  51.61 
 
 		 466 aa  502  1e-141  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.933569  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3891  helicase domain-containing protein  48.82 
 
 		 458 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4198  helicase domain protein  45.28 
 
 		 470 aa  432  1e-120  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06217  hypothetical protein  44.97 
 
 		 464 aa  431  1e-119  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1925  GGDEF family protein  50 
 
 		 477 aa  403  1e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.153173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0080  helicase domain-containing protein  49.48 
 
 		 466 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2283  type III restriction enzyme, res subunit  49.23 
 
 		 465 aa  396  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0197  helicase domain-containing protein  49.18 
 
 		 429 aa  366  1e-100  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.13298  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4219  FOG domain-containing protein  42.35 
 
 		 434 aa  331  2e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.701537  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2242  type III restriction protein res subunit  31.35 
 
 		 595 aa  164  4.0000000000000004e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0931  type III restriction protein res subunit  30.46 
 
 		 586 aa  160  3e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.355478  normal  0.978518 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3879  type III restriction protein res subunit  30.56 
 
 		 593 aa  160  5e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1719  DNA or RNA helicase of superfamily II-like protein  29.95 
 
 		 582 aa  160  5e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.193156  normal  0.109566 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0881  type III restriction protein res subunit  30.25 
 
 		 621 aa  159  8e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1291  type III restriction enzyme, res subunit  30.16 
 
 		 598 aa  159  1e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24400  DNA/RNA helicase, superfamily II  31.02 
 
 		 592 aa  158  2e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.21286 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0376  type III restriction protein res subunit  29.22 
 
 		 574 aa  157  4e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2588  type III restriction enzyme, res subunit  29 
 
 		 591 aa  157  5.0000000000000005e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.245843  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4526  DEAD-like helicase  31.31 
 
 		 559 aa  156  8e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5135  type III restriction protein res subunit  30.73 
 
 		 622 aa  155  1e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0782203 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1477  type III restriction protein res subunit  28.42 
 
 		 599 aa  155  1e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08280  DNA/RNA helicase, superfamily II  30.25 
 
 		 606 aa  155  2e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.265179  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25110  DNA/RNA helicase, superfamily II  30.52 
 
 		 593 aa  155  2e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.862041  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1318  type III restriction protein res subunit  30.43 
 
 		 601 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0818356  hitchhiker  0.00409906 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1839  type III restriction protein res subunit  30.27 
 
 		 563 aa  152  1e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.036346  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2320  type III restriction protein res subunit  29.22 
 
 		 593 aa  152  2e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000427068 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20110  DNA/RNA helicase, superfamily II  29.57 
 
 		 606 aa  150  4e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.24796  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2743  type III restriction protein res subunit  29.68 
 
 		 618 aa  149  1.0000000000000001e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.100626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0602  type III restriction enzyme, res subunit  29.92 
 
 		 560 aa  147  3e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.44982  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0615  type III restriction enzyme, res subunit  29.92 
 
 		 560 aa  147  3e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0593  type III restriction enzyme, res subunit  29.92 
 
 		 560 aa  147  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.147168  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1051  type III restriction protein res subunit  29.97 
 
 		 628 aa  147  4.0000000000000006e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0759  type III restriction enzyme, res subunit  29 
 
 		 566 aa  147  5e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.523445  normal  0.362489 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2381  ATPase  30.05 
 
 		 569 aa  145  1e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.191246  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10520  DNA/RNA helicase, superfamily II  28.69 
 
 		 589 aa  145  2e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.531597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0145  type III restriction enzyme, res subunit  28.95 
 
 		 574 aa  142  9e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1502  type III restriction protein res subunit  29.14 
 
 		 572 aa  140  4.999999999999999e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12931  hypothetical protein  29.52 
 
 		 626 aa  138  2e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.129963  normal  0.499246 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1380  type III restriction enzyme, res subunit  28.22 
 
 		 601 aa  135  9.999999999999999e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.942893  normal  0.0185831 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4538  type III restriction protein res subunit  28.72 
 
 		 565 aa  133  9e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.179492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1473  type III restriction enzyme, res subunit  29.82 
 
 		 577 aa  132  2.0000000000000002e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.967001 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1438  type III restriction protein res subunit  29.82 
 
 		 575 aa  127  3e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00286846 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3774  type III restriction protein res subunit  26.29 
 
 		 583 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.476443  normal  0.253817 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3772  type III restriction protein res subunit  27.03 
 
 		 594 aa  108  1e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.513418 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1868  hypothetical protein  40.14 
 
 		 139 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.776543  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3384  hypothetical protein  39.58 
 
 		 139 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294151 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0682  hypothetical protein  25.07 
 
 		 456 aa  101  3e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.835313  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1979  hypothetical protein  25.71 
 
 		 435 aa  95.9  1e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0799081 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0796  type III restriction protein res subunit  23.6 
 
 		 598 aa  92  2e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.42368  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08571  helicase domain-containing protein  25.17 
 
 		 438 aa  89.4  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1862  type III restriction enzyme, res subunit  22.89 
 
 		 580 aa  74.3  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.547726  normal  0.254233 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2726  type III restriction protein res subunit  21.76 
 
 		 580 aa  67.4  0.0000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.219655  hitchhiker  0.000185767 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2959  type III restriction enzyme, res subunit  22.74 
 
 		 585 aa  67  0.0000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003782  helicase-related protein  21.39 
 
 		 583 aa  60.8  0.00000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000188444  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1242  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  21.3 
 
 		 657 aa  60.5  0.00000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000376746  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3253  type III restriction protein res subunit  23.45 
 
 		 585 aa  60.1  0.00000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.503255  normal  0.463212 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1467  type III restriction enzyme, res subunit  21.29 
 
 		 583 aa  57  0.0000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.387336  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3695  putative helicase  20.65 
 
 		 676 aa  57  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.783104  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2082  putative helicase (DEAD/DEAH box helicase)  22.07 
 
 		 574 aa  56.6  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2559  type III restriction protein res subunit  21.81 
 
 		 580 aa  56.6  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2089  type III restriction enzyme, res subunit  23.24 
 
 		 616 aa  55.5  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.553683  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2524  type III restriction enzyme, res subunit  20.65 
 
 		 590 aa  55.5  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.251269  normal  0.0163499 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02656  hypothetical protein  20.59 
 
 		 583 aa  55.8  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2052  helicase, putative  25.59 
 
 		 952 aa  54.7  0.000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2744  helicase  20.84 
 
 		 590 aa  55.1  0.000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0844  type III restriction enzyme, res subunit  21.95 
 
 		 613 aa  55.1  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1637  type III restriction protein res subunit  23.13 
 
 		 586 aa  55.1  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.726226  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3690  type III restriction protein res subunit  22.6 
 
 		 622 aa  55.1  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00367361 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2080  helicase  20.94 
 
 		 588 aa  53.9  0.000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.453275  normal  0.977675 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6393  type III restriction protein res subunit  23.86 
 
 		 609 aa  53.9  0.000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0079  type III restriction protein res subunit  22.37 
 
 		 499 aa  53.5  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.288486 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2363  type III restriction enzyme, res subunit  21.04 
 
 		 590 aa  53.9  0.000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0989425  normal  0.0932294 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1908  type III restriction protein res subunit  24.3 
 
 		 586 aa  53.5  0.000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2574  putative helicase  22.64 
 
 		 586 aa  53.1  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.452066  hitchhiker  0.00320977 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2178  Type III restriction enzyme, res subunit  23.22 
 
 		 873 aa  53.5  0.000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2463  putative helicase  22.64 
 
 		 586 aa  53.1  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.863309 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2417  putative helicase  22.64 
 
 		 586 aa  53.1  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.011156  normal  0.197081 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0843  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  20.88 
 
 		 1068 aa  52.8  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.76009e-28 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2460  putative helicase  22.64 
 
 		 586 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000666895 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2280  type III restriction enzyme, res subunit  21.01 
 
 		 558 aa  52.8  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2372  putative helicase  22.64 
 
 		 586 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.010081  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0931  type III restriction protein res subunit  22.17 
 
 		 601 aa  53.1  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02114  predicted ATP-dependet helicase  22.64 
 
 		 586 aa  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0523071  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1473  type III restriction protein res subunit  22.64 
 
 		 586 aa  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000087246  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1455  type III restriction protein res subunit  24.01 
 
 		 444 aa  52.4  0.00002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.437061  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3274  type I site-specific deoxyribonuclease  37.11 
 
 		 917 aa  52.4  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.3318 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0509  type III restriction enzyme, res subunit  36.17 
 
 		 918 aa  52  0.00002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2879  type III restriction protein res subunit  21.77 
 
 		 608 aa  52.4  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0450355  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2322  putative helicase  22.64 
 
 		 586 aa  52.4  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0410169  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1463  type III restriction protein res subunit  22.64 
 
 		 586 aa  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000557084  normal  0.860353 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2435  type III restriction enzyme, res subunit  20.54 
 
 		 590 aa  51.6  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.248011 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>