199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I0962 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I0962  putative type III restriction enzyme  100 
 
 		 466 aa  972    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.933569  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4273  type III restriction protein res subunit  54.58 
 
 		 471 aa  545  1e-154  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4412  type III restriction protein res subunit  54.58 
 
 		 471 aa  545  1e-154  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3418  type III restriction enzyme, res subunit  55.36 
 
 		 469 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.280626  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4016  type III restriction protein res subunit  54.51 
 
 		 469 aa  531  1e-149  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3839  type III restriction enzyme, res subunit  55.01 
 
 		 471 aa  530  1e-149  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3459  type III restriction protein res subunit  52.34 
 
 		 472 aa  518  1e-146  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1893  type III restriction protein res subunit  52.34 
 
 		 472 aa  518  1e-146  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0145  type III restriction enzyme, res subunit  52.47 
 
 		 465 aa  511  1e-143  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.563089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2555  hypothetical protein  51.61 
 
 		 465 aa  502  1e-141  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.813616 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4198  helicase domain protein  47.65 
 
 		 470 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3891  helicase domain-containing protein  52.48 
 
 		 458 aa  442  1e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1925  GGDEF family protein  45.72 
 
 		 477 aa  438  9.999999999999999e-123  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.153173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06217  hypothetical protein  49.1 
 
 		 464 aa  427  1e-118  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2283  type III restriction enzyme, res subunit  48.13 
 
 		 465 aa  393  1e-108  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0080  helicase domain-containing protein  47.07 
 
 		 466 aa  386  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0197  helicase domain-containing protein  48.14 
 
 		 429 aa  360  4e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.13298  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4219  FOG domain-containing protein  43.53 
 
 		 434 aa  328  1.0000000000000001e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.701537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5135  type III restriction protein res subunit  30.48 
 
 		 622 aa  164  4.0000000000000004e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0782203 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0376  type III restriction protein res subunit  27.99 
 
 		 574 aa  157  3e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1477  type III restriction protein res subunit  27.96 
 
 		 599 aa  157  3e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1839  type III restriction protein res subunit  29.46 
 
 		 563 aa  157  4e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.036346  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2381  ATPase  29.9 
 
 		 569 aa  156  6e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.191246  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2242  type III restriction protein res subunit  29.22 
 
 		 595 aa  155  1e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1719  DNA or RNA helicase of superfamily II-like protein  28.95 
 
 		 582 aa  153  5.9999999999999996e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.193156  normal  0.109566 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1318  type III restriction protein res subunit  27.18 
 
 		 601 aa  152  2e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0818356  hitchhiker  0.00409906 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4526  DEAD-like helicase  29.34 
 
 		 559 aa  151  2e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3879  type III restriction protein res subunit  28.93 
 
 		 593 aa  152  2e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08280  DNA/RNA helicase, superfamily II  30.41 
 
 		 606 aa  147  3e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.265179  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0881  type III restriction protein res subunit  28.17 
 
 		 621 aa  147  5e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0593  type III restriction enzyme, res subunit  27.48 
 
 		 560 aa  146  6e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.147168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0602  type III restriction enzyme, res subunit  27.48 
 
 		 560 aa  146  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.44982  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0615  type III restriction enzyme, res subunit  27.48 
 
 		 560 aa  146  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10520  DNA/RNA helicase, superfamily II  29.44 
 
 		 589 aa  146  7.0000000000000006e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.531597  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25110  DNA/RNA helicase, superfamily II  28.34 
 
 		 593 aa  146  7.0000000000000006e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.862041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2588  type III restriction enzyme, res subunit  27.53 
 
 		 591 aa  146  9e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.245843  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12931  hypothetical protein  27.57 
 
 		 626 aa  146  9e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.129963  normal  0.499246 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1051  type III restriction protein res subunit  28.16 
 
 		 628 aa  145  1e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0931  type III restriction protein res subunit  28.92 
 
 		 586 aa  145  1e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.355478  normal  0.978518 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1380  type III restriction enzyme, res subunit  29.95 
 
 		 601 aa  145  2e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.942893  normal  0.0185831 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2743  type III restriction protein res subunit  27.41 
 
 		 618 aa  145  2e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.100626  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2320  type III restriction protein res subunit  26.7 
 
 		 593 aa  144  4e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000427068 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24400  DNA/RNA helicase, superfamily II  28.57 
 
 		 592 aa  143  5e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.21286 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20110  DNA/RNA helicase, superfamily II  27.09 
 
 		 606 aa  142  1.9999999999999998e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.24796  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0759  type III restriction enzyme, res subunit  26.5 
 
 		 566 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.523445  normal  0.362489 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1291  type III restriction enzyme, res subunit  26.27 
 
 		 598 aa  140  3.9999999999999997e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1502  type III restriction protein res subunit  27.59 
 
 		 572 aa  139  1e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0145  type III restriction enzyme, res subunit  26.93 
 
 		 574 aa  136  8e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4538  type III restriction protein res subunit  28.34 
 
 		 565 aa  135  1.9999999999999998e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.179492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1438  type III restriction protein res subunit  27.34 
 
 		 575 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00286846 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1473  type III restriction enzyme, res subunit  27.27 
 
 		 577 aa  128  3e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.967001 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1868  hypothetical protein  42.86 
 
 		 139 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.776543  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3774  type III restriction protein res subunit  25.82 
 
 		 583 aa  114  3e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.476443  normal  0.253817 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3384  hypothetical protein  42.86 
 
 		 139 aa  114  5e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294151 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3772  type III restriction protein res subunit  27.93 
 
 		 594 aa  106  7e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.513418 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0796  type III restriction protein res subunit  24.03 
 
 		 598 aa  105  2e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.42368  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1979  hypothetical protein  22.91 
 
 		 435 aa  94.7  3e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0799081 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08571  helicase domain-containing protein  22.76 
 
 		 438 aa  94  6e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0682  hypothetical protein  22.96 
 
 		 456 aa  87.8  4e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.835313  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3695  putative helicase  22.88 
 
 		 676 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.783104  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2350  type III restriction enzyme, res subunit  21 
 
 		 602 aa  67  0.0000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2843  type III restriction protein res subunit  24.23 
 
 		 444 aa  65.5  0.000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.109265  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1709  type III restriction protein res subunit  24.42 
 
 		 494 aa  64.7  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.17082  normal  0.0133576 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2959  type III restriction enzyme, res subunit  23.65 
 
 		 585 aa  64.7  0.000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1747  type III restriction protein res subunit  21 
 
 		 584 aa  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0541375  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1790  type III restriction protein res subunit  21 
 
 		 584 aa  63.5  0.000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.766528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1489  putative helicase  23.32 
 
 		 585 aa  63.2  0.000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.931099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2178  Type III restriction enzyme, res subunit  25 
 
 		 873 aa  63.2  0.00000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2533  type III restriction protein res subunit  20.73 
 
 		 584 aa  63.2  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10242  hitchhiker  0.000564265 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0931  type III restriction protein res subunit  21.2 
 
 		 601 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1556  type III restriction protein res subunit  23.27 
 
 		 470 aa  62.8  0.00000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3253  type III restriction protein res subunit  24 
 
 		 585 aa  62.8  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.503255  normal  0.463212 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2794  type III restriction protein res subunit  22.85 
 
 		 585 aa  62  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183482  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2719  putative helicase  22.85 
 
 		 585 aa  62  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00330465  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1751  type III restriction protein res subunit  20.73 
 
 		 584 aa  61.6  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0432  type III restriction protein res subunit  21.04 
 
 		 619 aa  60.8  0.00000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2524  type III restriction enzyme, res subunit  23.02 
 
 		 590 aa  61.2  0.00000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.251269  normal  0.0163499 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1416  EcoEI R domain protein  23.08 
 
 		 800 aa  60.1  0.00000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1862  type III restriction enzyme, res subunit  21.9 
 
 		 580 aa  60.1  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.547726  normal  0.254233 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2363  type III restriction enzyme, res subunit  22.83 
 
 		 590 aa  59.3  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0989425  normal  0.0932294 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2435  type III restriction enzyme, res subunit  22.83 
 
 		 590 aa  59.3  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.248011 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1637  type III restriction protein res subunit  22.7 
 
 		 586 aa  59.7  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.726226  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2726  type III restriction protein res subunit  21.5 
 
 		 580 aa  58.5  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.219655  hitchhiker  0.000185767 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2879  type III restriction protein res subunit  22.02 
 
 		 608 aa  58.9  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0450355  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2559  type III restriction protein res subunit  22.02 
 
 		 580 aa  58.5  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0785  EcoEI R domain-containing protein  22.62 
 
 		 791 aa  57.8  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.519017  normal  0.352411 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2744  helicase  22.13 
 
 		 590 aa  57  0.0000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2080  helicase  20.84 
 
 		 588 aa  57  0.0000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.453275  normal  0.977675 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1467  type III restriction enzyme, res subunit  21.98 
 
 		 583 aa  56.6  0.0000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.387336  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2463  putative helicase  21.77 
 
 		 586 aa  56.2  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.863309 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1908  type III restriction protein res subunit  23.34 
 
 		 586 aa  55.8  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1532  type III restriction enzyme, res subunit  19.42 
 
 		 579 aa  55.8  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.413566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2780  type III restriction enzyme, res subunit  22.31 
 
 		 586 aa  56.6  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0188494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2460  putative helicase  21.77 
 
 		 586 aa  55.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000666895 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl314  DNA repair DNA/RNA helicase  21.98 
 
 		 905 aa  55.8  0.000002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  4.84028e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2372  putative helicase  21.77 
 
 		 586 aa  55.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.010081  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2417  putative helicase  21.77 
 
 		 586 aa  55.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.011156  normal  0.197081 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1672  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  18.77 
 
 		 1080 aa  55.5  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0308  type III restriction protein res subunit  21.57 
 
 		 449 aa  55.8  0.000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2574  putative helicase  21.77 
 
 		 586 aa  55.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.452066  hitchhiker  0.00320977 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>