163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_0145 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_0145  type III restriction enzyme, res subunit  100 
 
 		 465 aa  972    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.563089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2555  hypothetical protein  94.84 
 
 		 465 aa  921    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.813616 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3418  type III restriction enzyme, res subunit  57.33 
 
 		 469 aa  538  1e-151  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.280626  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1893  type III restriction protein res subunit  54.78 
 
 		 472 aa  529  1e-149  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3459  type III restriction protein res subunit  54.78 
 
 		 472 aa  529  1e-149  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4273  type III restriction protein res subunit  53.59 
 
 		 471 aa  523  1e-147  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4412  type III restriction protein res subunit  53.59 
 
 		 471 aa  523  1e-147  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4016  type III restriction protein res subunit  54.37 
 
 		 469 aa  521  1e-146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3839  type III restriction enzyme, res subunit  55.41 
 
 		 471 aa  514  1e-144  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0962  putative type III restriction enzyme  52.47 
 
 		 466 aa  511  1e-143  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.933569  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3891  helicase domain-containing protein  46.55 
 
 		 458 aa  432  1e-120  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4198  helicase domain protein  45.84 
 
 		 470 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06217  hypothetical protein  44.78 
 
 		 464 aa  427  1e-118  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1925  GGDEF family protein  44.05 
 
 		 477 aa  409  1e-113  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.153173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0080  helicase domain-containing protein  50.26 
 
 		 466 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2283  type III restriction enzyme, res subunit  48.72 
 
 		 465 aa  392  1e-108  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0197  helicase domain-containing protein  49.45 
 
 		 429 aa  370  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.13298  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4219  FOG domain-containing protein  41.19 
 
 		 434 aa  330  3e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.701537  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1719  DNA or RNA helicase of superfamily II-like protein  30.68 
 
 		 582 aa  169  1e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.193156  normal  0.109566 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0931  type III restriction protein res subunit  30.91 
 
 		 586 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.355478  normal  0.978518 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5135  type III restriction protein res subunit  31.73 
 
 		 622 aa  166  9e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0782203 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0376  type III restriction protein res subunit  30.21 
 
 		 574 aa  166  1.0000000000000001e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3879  type III restriction protein res subunit  31.08 
 
 		 593 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2242  type III restriction protein res subunit  31.08 
 
 		 595 aa  164  2.0000000000000002e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1477  type III restriction protein res subunit  29.66 
 
 		 599 aa  164  3e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24400  DNA/RNA helicase, superfamily II  31.02 
 
 		 592 aa  162  2e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.21286 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4526  DEAD-like helicase  31.82 
 
 		 559 aa  160  5e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1291  type III restriction enzyme, res subunit  30.16 
 
 		 598 aa  159  9e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25110  DNA/RNA helicase, superfamily II  30.79 
 
 		 593 aa  158  2e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.862041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2588  type III restriction enzyme, res subunit  29.25 
 
 		 591 aa  157  4e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.245843  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0881  type III restriction protein res subunit  29.19 
 
 		 621 aa  156  7e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1839  type III restriction protein res subunit  30.83 
 
 		 563 aa  154  2e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.036346  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08280  DNA/RNA helicase, superfamily II  30.25 
 
 		 606 aa  154  5e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.265179  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2743  type III restriction protein res subunit  30 
 
 		 618 aa  153  5.9999999999999996e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.100626  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1318  type III restriction protein res subunit  30.16 
 
 		 601 aa  152  1e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0818356  hitchhiker  0.00409906 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0602  type III restriction enzyme, res subunit  30.65 
 
 		 560 aa  152  2e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.44982  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0615  type III restriction enzyme, res subunit  30.65 
 
 		 560 aa  152  2e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0593  type III restriction enzyme, res subunit  30.65 
 
 		 560 aa  152  2e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.147168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2320  type III restriction protein res subunit  29.27 
 
 		 593 aa  152  2e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000427068 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2381  ATPase  30.54 
 
 		 569 aa  150  3e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.191246  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20110  DNA/RNA helicase, superfamily II  29.3 
 
 		 606 aa  148  2.0000000000000003e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.24796  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0759  type III restriction enzyme, res subunit  29.19 
 
 		 566 aa  147  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.523445  normal  0.362489 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1380  type III restriction enzyme, res subunit  29.23 
 
 		 601 aa  145  1e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.942893  normal  0.0185831 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1502  type III restriction protein res subunit  28.78 
 
 		 572 aa  145  1e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10520  DNA/RNA helicase, superfamily II  28.42 
 
 		 589 aa  144  3e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.531597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12931  hypothetical protein  30.05 
 
 		 626 aa  144  3e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.129963  normal  0.499246 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0145  type III restriction enzyme, res subunit  28.69 
 
 		 574 aa  143  6e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1051  type III restriction protein res subunit  29.43 
 
 		 628 aa  143  7e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1473  type III restriction enzyme, res subunit  30.34 
 
 		 577 aa  137  5e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.967001 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4538  type III restriction protein res subunit  28.87 
 
 		 565 aa  135  9.999999999999999e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.179492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1438  type III restriction protein res subunit  30.61 
 
 		 575 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00286846 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3772  type III restriction protein res subunit  25.85 
 
 		 594 aa  116  1.0000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.513418 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3774  type III restriction protein res subunit  26.23 
 
 		 583 aa  109  1e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.476443  normal  0.253817 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0682  hypothetical protein  25.07 
 
 		 456 aa  101  2e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.835313  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1868  hypothetical protein  39.44 
 
 		 139 aa  101  4e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.776543  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3384  hypothetical protein  38.89 
 
 		 139 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294151 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1979  hypothetical protein  25.84 
 
 		 435 aa  97.1  6e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0799081 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0796  type III restriction protein res subunit  23.83 
 
 		 598 aa  94.4  4e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.42368  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08571  helicase domain-containing protein  25.17 
 
 		 438 aa  87.8  4e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1862  type III restriction enzyme, res subunit  23.82 
 
 		 580 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.547726  normal  0.254233 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2959  type III restriction enzyme, res subunit  21.73 
 
 		 585 aa  72.4  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2726  type III restriction protein res subunit  22.08 
 
 		 580 aa  67.4  0.0000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.219655  hitchhiker  0.000185767 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1467  type III restriction enzyme, res subunit  22.22 
 
 		 583 aa  64.7  0.000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.387336  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2524  type III restriction enzyme, res subunit  22 
 
 		 590 aa  63.9  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.251269  normal  0.0163499 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1242  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  21.55 
 
 		 657 aa  64.3  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000376746  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2744  helicase  21.2 
 
 		 590 aa  63.2  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2363  type III restriction enzyme, res subunit  21.48 
 
 		 590 aa  62.4  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0989425  normal  0.0932294 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003782  helicase-related protein  21.89 
 
 		 583 aa  62.4  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000188444  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3253  type III restriction protein res subunit  23.04 
 
 		 585 aa  60.5  0.00000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.503255  normal  0.463212 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2559  type III restriction protein res subunit  22 
 
 		 580 aa  60.5  0.00000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2435  type III restriction enzyme, res subunit  21.53 
 
 		 590 aa  60.1  0.00000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.248011 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2089  type III restriction enzyme, res subunit  23.88 
 
 		 616 aa  59.3  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.553683  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2082  putative helicase (DEAD/DEAH box helicase)  23.47 
 
 		 574 aa  59.7  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02656  hypothetical protein  21.34 
 
 		 583 aa  58.5  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2080  helicase  21.38 
 
 		 588 aa  58.5  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.453275  normal  0.977675 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1637  type III restriction protein res subunit  23.58 
 
 		 586 aa  55.8  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.726226  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2052  helicase, putative  25.5 
 
 		 952 aa  55.5  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3695  putative helicase  20.65 
 
 		 676 aa  55.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.783104  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0774  putative helicase  22.37 
 
 		 586 aa  55.5  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0469791  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2482  putative helicase  22.37 
 
 		 586 aa  55.5  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00182337  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2178  Type III restriction enzyme, res subunit  23.94 
 
 		 873 aa  55.1  0.000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1532  type III restriction enzyme, res subunit  21.15 
 
 		 579 aa  54.7  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.413566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0079  type III restriction protein res subunit  22.45 
 
 		 499 aa  54.7  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.288486 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2499  DEAD/DEAH box helicase-like  21.18 
 
 		 793 aa  54.3  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0539678  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0844  type III restriction enzyme, res subunit  23.38 
 
 		 613 aa  54.3  0.000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2460  putative helicase  21.83 
 
 		 586 aa  54.3  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000666895 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2322  putative helicase  22.1 
 
 		 586 aa  54.7  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0410169  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02114  predicted ATP-dependet helicase  22.1 
 
 		 586 aa  53.9  0.000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0523071  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1473  type III restriction protein res subunit  22.1 
 
 		 586 aa  53.9  0.000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000087246  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1463  type III restriction protein res subunit  22.1 
 
 		 586 aa  53.9  0.000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000557084  normal  0.860353 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2574  putative helicase  21.83 
 
 		 586 aa  53.9  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.452066  hitchhiker  0.00320977 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2417  putative helicase  21.83 
 
 		 586 aa  53.9  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.011156  normal  0.197081 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3028  hypothetical protein  22.75 
 
 		 796 aa  53.5  0.000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.194288  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5222  type III restriction protein res subunit  23.43 
 
 		 995 aa  53.9  0.000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.276942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3322  putative helicase  22.1 
 
 		 586 aa  53.5  0.000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0433993  normal  0.803545 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2463  putative helicase  21.83 
 
 		 586 aa  53.5  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.863309 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1455  type III restriction protein res subunit  23.63 
 
 		 444 aa  53.5  0.000008  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.437061  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0843  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  21.13 
 
 		 1068 aa  53.5  0.000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.76009e-28 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0840  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  21.13 
 
 		 1068 aa  52.8  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.473643  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2333  putative helicase  22.1 
 
 		 586 aa  53.1  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00564696  normal  0.0326725 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>