129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_3772 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_3772  type III restriction protein res subunit  100 
 
 		 594 aa  1182    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.513418 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0796  type III restriction protein res subunit  66.95 
 
 		 598 aa  716    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.42368  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3774  type III restriction protein res subunit  63.05 
 
 		 583 aa  676    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.476443  normal  0.253817 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2242  type III restriction protein res subunit  49.4 
 
 		 595 aa  501  1e-140  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24400  DNA/RNA helicase, superfamily II  48.46 
 
 		 592 aa  499  1e-140  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.21286 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1839  type III restriction protein res subunit  50.53 
 
 		 563 aa  494  9.999999999999999e-139  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.036346  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0376  type III restriction protein res subunit  49.65 
 
 		 574 aa  493  9.999999999999999e-139  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3879  type III restriction protein res subunit  48.87 
 
 		 593 aa  489  1e-137  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1477  type III restriction protein res subunit  48.1 
 
 		 599 aa  491  1e-137  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4538  type III restriction protein res subunit  48.94 
 
 		 565 aa  488  1e-136  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.179492  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1318  type III restriction protein res subunit  50 
 
 		 601 aa  484  1e-135  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0818356  hitchhiker  0.00409906 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0602  type III restriction enzyme, res subunit  48.34 
 
 		 560 aa  479  1e-134  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.44982  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0615  type III restriction enzyme, res subunit  48.34 
 
 		 560 aa  479  1e-134  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0593  type III restriction enzyme, res subunit  48.34 
 
 		 560 aa  479  1e-134  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.147168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2320  type III restriction protein res subunit  49.3 
 
 		 593 aa  479  1e-134  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000427068 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2743  type III restriction protein res subunit  50.17 
 
 		 618 aa  480  1e-134  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.100626  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08280  DNA/RNA helicase, superfamily II  49.74 
 
 		 606 aa  480  1e-134  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.265179  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25110  DNA/RNA helicase, superfamily II  48.05 
 
 		 593 aa  476  1e-133  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.862041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2381  ATPase  49.74 
 
 		 569 aa  474  1e-132  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.191246  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0931  type III restriction protein res subunit  49.56 
 
 		 586 aa  474  1e-132  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.355478  normal  0.978518 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0881  type III restriction protein res subunit  49.57 
 
 		 621 aa  474  1e-132  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0759  type III restriction enzyme, res subunit  49.13 
 
 		 566 aa  474  1e-132  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.523445  normal  0.362489 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12931  hypothetical protein  47.31 
 
 		 626 aa  473  1e-132  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.129963  normal  0.499246 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2588  type III restriction enzyme, res subunit  48.69 
 
 		 591 aa  471  1.0000000000000001e-131  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.245843  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0145  type III restriction enzyme, res subunit  48.43 
 
 		 574 aa  470  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10520  DNA/RNA helicase, superfamily II  48.24 
 
 		 589 aa  471  1.0000000000000001e-131  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.531597  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1051  type III restriction protein res subunit  50 
 
 		 628 aa  471  1.0000000000000001e-131  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1502  type III restriction protein res subunit  46.6 
 
 		 572 aa  468  9.999999999999999e-131  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1719  DNA or RNA helicase of superfamily II-like protein  47.81 
 
 		 582 aa  466  9.999999999999999e-131  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.193156  normal  0.109566 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20110  DNA/RNA helicase, superfamily II  47.05 
 
 		 606 aa  468  9.999999999999999e-131  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.24796  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5135  type III restriction protein res subunit  47.84 
 
 		 622 aa  467  9.999999999999999e-131  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0782203 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1291  type III restriction enzyme, res subunit  46.84 
 
 		 598 aa  464  1e-129  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1473  type III restriction enzyme, res subunit  49.32 
 
 		 577 aa  459  9.999999999999999e-129  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.967001 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1438  type III restriction protein res subunit  49.74 
 
 		 575 aa  452  1e-125  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00286846 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1380  type III restriction enzyme, res subunit  47.59 
 
 		 601 aa  434  1e-120  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.942893  normal  0.0185831 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4526  DEAD-like helicase  42.19 
 
 		 559 aa  308  1.0000000000000001e-82  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1925  GGDEF family protein  29.15 
 
 		 477 aa  152  1e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.153173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4016  type III restriction protein res subunit  28.09 
 
 		 469 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1893  type III restriction protein res subunit  27.92 
 
 		 472 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3459  type III restriction protein res subunit  27.92 
 
 		 472 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3418  type III restriction enzyme, res subunit  27.76 
 
 		 469 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.280626  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06217  hypothetical protein  25.36 
 
 		 464 aa  128  3e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0145  type III restriction enzyme, res subunit  25.85 
 
 		 465 aa  126  1e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.563089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4219  FOG domain-containing protein  28.41 
 
 		 434 aa  124  6e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.701537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0080  helicase domain-containing protein  30.54 
 
 		 466 aa  124  6e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4273  type III restriction protein res subunit  26.67 
 
 		 471 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4412  type III restriction protein res subunit  26.67 
 
 		 471 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2283  type III restriction enzyme, res subunit  28.53 
 
 		 465 aa  120  7e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2555  hypothetical protein  27.03 
 
 		 465 aa  119  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.813616 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0962  putative type III restriction enzyme  26.48 
 
 		 466 aa  119  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.933569  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1979  hypothetical protein  29.06 
 
 		 435 aa  117  6.9999999999999995e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0799081 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3839  type III restriction enzyme, res subunit  25 
 
 		 471 aa  114  6e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3891  helicase domain-containing protein  27.41 
 
 		 458 aa  109  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4198  helicase domain protein  26.22 
 
 		 470 aa  103  9e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0682  hypothetical protein  28.71 
 
 		 456 aa  102  1e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.835313  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0197  helicase domain-containing protein  26.74 
 
 		 429 aa  100  7e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.13298  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08571  helicase domain-containing protein  28.65 
 
 		 438 aa  97.8  5e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2879  type III restriction protein res subunit  30.07 
 
 		 608 aa  89.7  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0450355  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3690  type III restriction protein res subunit  29.53 
 
 		 622 aa  89.7  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00367361 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0931  type III restriction protein res subunit  28.38 
 
 		 601 aa  88.2  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0160  type III restriction enzyme, res subunit  25.36 
 
 		 1137 aa  77.4  0.0000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0444998  normal  0.740458 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2877  type III restriction protein res subunit  24.16 
 
 		 1137 aa  75.5  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1238  hypothetical protein  24.94 
 
 		 1131 aa  71.2  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4808  type III restriction enzyme, res subunit  23.73 
 
 		 1137 aa  71.2  0.00000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.564367  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4712  type III restriction enzyme, res subunit  23.73 
 
 		 1137 aa  71.2  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2199  Type III restriction enzyme, res subunit  23.14 
 
 		 492 aa  69.7  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2026  type III restriction protein res subunit  24.15 
 
 		 489 aa  68.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2052  type III restriction protein res subunit  24.15 
 
 		 489 aa  68.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1374  type III restriction protein res subunit  22.33 
 
 		 707 aa  63.5  0.00000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.304908  normal  0.550958 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1537  type III restriction enzyme, res subunit  21.29 
 
 		 732 aa  62.8  0.00000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5222  type III restriction protein res subunit  24.91 
 
 		 995 aa  61.2  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.276942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1686  type III restriction enzyme, res subunit  19.86 
 
 		 698 aa  60.8  0.00000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.025526  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2280  type III restriction enzyme, res subunit  26.95 
 
 		 558 aa  60.5  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3202  type III restriction protein res subunit  22.13 
 
 		 1133 aa  60.1  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2892  type III restriction protein res subunit  26.39 
 
 		 583 aa  58.9  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2984  type III restriction protein res subunit  25.28 
 
 		 1113 aa  57.8  0.0000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135376  normal  0.189592 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1094  type III restriction enzyme, res subunit  23.72 
 
 		 945 aa  55.5  0.000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.5514  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  23.18 
 
 		 787 aa  55.5  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4267  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  22.57 
 
 		 1188 aa  54.7  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0803  type III restriction enzyme, res subunit  24.13 
 
 		 1137 aa  54.7  0.000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.874877  normal  0.710753 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0785  EcoEI R domain-containing protein  24.38 
 
 		 791 aa  54.3  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.519017  normal  0.352411 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3004  type III restriction protein res subunit  25.69 
 
 		 1129 aa  54.3  0.000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.385036  normal  0.0400425 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3974  type III restriction enzyme, res subunit  25.68 
 
 		 1093 aa  53.9  0.000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.361688  normal  0.0160055 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1128  type III restriction enzyme, res subunit  22.9 
 
 		 932 aa  53.9  0.000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2593  type III restriction protein res subunit  23.13 
 
 		 493 aa  53.9  0.000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0035  superfamily II DNA/RNA helicase  27.07 
 
 		 949 aa  53.5  0.00001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0259774  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1456  type III restriction protein res subunit  22.9 
 
 		 932 aa  53.1  0.00001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0174  type III restriction protein, res subunit  30.3 
 
 		 949 aa  53.1  0.00002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0388  type III restriction protein res subunit  24.11 
 
 		 907 aa  51.6  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000267171 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5278  type III restriction protein res subunit  25.9 
 
 		 899 aa  51.2  0.00005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0509  type III restriction enzyme, res subunit  21.75 
 
 		 918 aa  51.2  0.00006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2963  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  23.91 
 
 		 1167 aa  50.8  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3048  helicase domain protein  25.44 
 
 		 545 aa  50.4  0.00008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0891205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4437  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  23.19 
 
 		 951 aa  50.4  0.00009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.118841 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1942  type III restriction enzyme, res subunit  23.84 
 
 		 469 aa  50.1  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.823738  normal  0.0282791 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0731  type III restriction enzyme, res subunit  23.93 
 
 		 899 aa  49.7  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0497  type III restriction protein res subunit  20.25 
 
 		 696 aa  50.1  0.0001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.154157  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1098  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  22.67 
 
 		 1124 aa  50.1  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1283  EcoEI R domain-containing protein  22.49 
 
 		 765 aa  50.4  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1034  type III restriction protein res subunit  22.98 
 
 		 1126 aa  49.7  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0485696  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>