76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_2879 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_0931  type III restriction protein res subunit  72.18 
 
 		 601 aa  717    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3690  type III restriction protein res subunit  86.56 
 
 		 622 aa  907    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00367361 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2879  type III restriction protein res subunit  100 
 
 		 608 aa  1156    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0450355  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24400  DNA/RNA helicase, superfamily II  30.6 
 
 		 592 aa  126  1e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.21286 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5135  type III restriction protein res subunit  31.43 
 
 		 622 aa  122  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0782203 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2242  type III restriction protein res subunit  30.12 
 
 		 595 aa  118  3.9999999999999997e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0593  type III restriction enzyme, res subunit  30 
 
 		 560 aa  116  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.147168  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1477  type III restriction protein res subunit  28.9 
 
 		 599 aa  116  1.0000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0615  type III restriction enzyme, res subunit  30 
 
 		 560 aa  116  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0602  type III restriction enzyme, res subunit  30 
 
 		 560 aa  116  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.44982  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2588  type III restriction enzyme, res subunit  29.64 
 
 		 591 aa  116  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.245843  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1502  type III restriction protein res subunit  29.28 
 
 		 572 aa  115  3e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12931  hypothetical protein  28.51 
 
 		 626 aa  112  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.129963  normal  0.499246 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0145  type III restriction enzyme, res subunit  28.19 
 
 		 574 aa  111  3e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0759  type III restriction enzyme, res subunit  28.94 
 
 		 566 aa  111  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.523445  normal  0.362489 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1291  type III restriction enzyme, res subunit  29.95 
 
 		 598 aa  108  2e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2320  type III restriction protein res subunit  28.34 
 
 		 593 aa  108  2e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000427068 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2743  type III restriction protein res subunit  30.7 
 
 		 618 aa  106  1e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.100626  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1839  type III restriction protein res subunit  27.8 
 
 		 563 aa  105  2e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.036346  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4526  DEAD-like helicase  28.79 
 
 		 559 aa  103  6e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3879  type III restriction protein res subunit  29.04 
 
 		 593 aa  102  1e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1380  type III restriction enzyme, res subunit  29.84 
 
 		 601 aa  103  1e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.942893  normal  0.0185831 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1719  DNA or RNA helicase of superfamily II-like protein  28.4 
 
 		 582 aa  102  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.193156  normal  0.109566 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3774  type III restriction protein res subunit  29.01 
 
 		 583 aa  100  6e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.476443  normal  0.253817 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0796  type III restriction protein res subunit  30.92 
 
 		 598 aa  100  7e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.42368  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10520  DNA/RNA helicase, superfamily II  29.44 
 
 		 589 aa  100  7e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.531597  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4538  type III restriction protein res subunit  29.11 
 
 		 565 aa  100  8e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.179492  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1318  type III restriction protein res subunit  29.41 
 
 		 601 aa  97.8  4e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0818356  hitchhiker  0.00409906 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0376  type III restriction protein res subunit  29.67 
 
 		 574 aa  97.4  6e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2381  ATPase  27.9 
 
 		 569 aa  97.4  6e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.191246  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0931  type III restriction protein res subunit  28.67 
 
 		 586 aa  97.1  8e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.355478  normal  0.978518 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3772  type III restriction protein res subunit  30.1 
 
 		 594 aa  95.9  2e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.513418 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20110  DNA/RNA helicase, superfamily II  27.62 
 
 		 606 aa  95.1  3e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.24796  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0881  type III restriction protein res subunit  28.97 
 
 		 621 aa  92.4  2e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25110  DNA/RNA helicase, superfamily II  28.03 
 
 		 593 aa  89.7  1e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.862041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1473  type III restriction enzyme, res subunit  29.09 
 
 		 577 aa  89  2e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.967001 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08280  DNA/RNA helicase, superfamily II  27.73 
 
 		 606 aa  88.6  3e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.265179  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1051  type III restriction protein res subunit  28.97 
 
 		 628 aa  81.3  0.00000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1438  type III restriction protein res subunit  29.49 
 
 		 575 aa  81.3  0.00000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00286846 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08571  helicase domain-containing protein  28.99 
 
 		 438 aa  77  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1925  GGDEF family protein  23.41 
 
 		 477 aa  73.2  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.153173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0962  putative type III restriction enzyme  22.25 
 
 		 466 aa  72.4  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.933569  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4412  type III restriction protein res subunit  22.17 
 
 		 471 aa  68.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4016  type III restriction protein res subunit  22.57 
 
 		 469 aa  68.9  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06217  hypothetical protein  22.28 
 
 		 464 aa  68.9  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4273  type III restriction protein res subunit  22.17 
 
 		 471 aa  68.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4219  FOG domain-containing protein  22.07 
 
 		 434 aa  67.8  0.0000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.701537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2555  hypothetical protein  21.77 
 
 		 465 aa  67.8  0.0000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.813616 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0145  type III restriction enzyme, res subunit  22.03 
 
 		 465 aa  66.6  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.563089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1979  hypothetical protein  26.46 
 
 		 435 aa  66.6  0.000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0799081 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0682  hypothetical protein  26.42 
 
 		 456 aa  65.9  0.000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.835313  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3839  type III restriction enzyme, res subunit  22.36 
 
 		 471 aa  65.1  0.000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4198  helicase domain protein  20.91 
 
 		 470 aa  62  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0080  helicase domain-containing protein  24.94 
 
 		 466 aa  62  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3459  type III restriction protein res subunit  22.35 
 
 		 472 aa  61.2  0.00000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1893  type III restriction protein res subunit  22.35 
 
 		 472 aa  61.2  0.00000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3418  type III restriction enzyme, res subunit  21.58 
 
 		 469 aa  60.5  0.00000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.280626  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0197  type III restriction protein res subunit  26.02 
 
 		 1125 aa  53.5  0.00001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000621753 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3651  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.06 
 
 		 1126 aa  53.5  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.408969 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3274  type I site-specific deoxyribonuclease  27.1 
 
 		 917 aa  50.4  0.00009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.3318 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0803  type III restriction enzyme, res subunit  30.43 
 
 		 1137 aa  48.9  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.874877  normal  0.710753 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2946  hypothetical protein  32.73 
 
 		 730 aa  48.9  0.0003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.505303  hitchhiker  0.00920589 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0516  type I restriction-modification system R subunit (endonuclease)  27.69 
 
 		 1115 aa  48.1  0.0004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1030  type III restriction enzyme, res subunit  40 
 
 		 893 aa  47.4  0.0007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0182402  normal  0.455384 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1495  type III restriction enzyme, res subunit  29.9 
 
 		 931 aa  47.4  0.0008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2283  type III restriction enzyme, res subunit  24.7 
 
 		 465 aa  47  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0509  type III restriction enzyme, res subunit  27.84 
 
 		 918 aa  45.8  0.002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4932  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.43 
 
 		 1169 aa  46.2  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3891  helicase domain-containing protein  23.81 
 
 		 458 aa  45.8  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3512  type III restriction protein res subunit  28.71 
 
 		 924 aa  45.1  0.004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1098  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  24.23 
 
 		 1124 aa  45.1  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04216  endonuclease R  27.43 
 
 		 1170 aa  44.7  0.004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0853  type III restriction enzyme, res subunit  26.8 
 
 		 921 aa  44.3  0.006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.0361479 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02070  type I restriction enzyme EcoAI R protein  21.23 
 
 		 793 aa  44.3  0.006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1672  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  34.21 
 
 		 1080 aa  44.3  0.007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2096  type III restriction protein res subunit  40 
 
 		 889 aa  43.9  0.009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>