187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3418 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4016  type III restriction protein res subunit  76.12 
 
 		 469 aa  762    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3418  type III restriction enzyme, res subunit  100 
 
 		 469 aa  977    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.280626  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4412  type III restriction protein res subunit  74.21 
 
 		 471 aa  734    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3839  type III restriction enzyme, res subunit  72.19 
 
 		 471 aa  692    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4273  type III restriction protein res subunit  74.21 
 
 		 471 aa  734    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3459  type III restriction protein res subunit  68.43 
 
 		 472 aa  657    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1893  type III restriction protein res subunit  68.43 
 
 		 472 aa  657    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0962  putative type III restriction enzyme  55.36 
 
 		 466 aa  539  9.999999999999999e-153  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.933569  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0145  type III restriction enzyme, res subunit  57.33 
 
 		 465 aa  538  1e-151  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.563089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2555  hypothetical protein  56.49 
 
 		 465 aa  536  1e-151  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.813616 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4198  helicase domain protein  49.26 
 
 		 470 aa  464  1e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1925  GGDEF family protein  53.21 
 
 		 477 aa  432  1e-120  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.153173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06217  hypothetical protein  52.34 
 
 		 464 aa  431  1e-119  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3891  helicase domain-containing protein  45.82 
 
 		 458 aa  422  1e-117  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0080  helicase domain-containing protein  51.91 
 
 		 466 aa  421  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2283  type III restriction enzyme, res subunit  51.13 
 
 		 465 aa  404  1e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0197  helicase domain-containing protein  50.14 
 
 		 429 aa  355  1e-96  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.13298  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4219  FOG domain-containing protein  40.34 
 
 		 434 aa  321  9.999999999999999e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.701537  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0931  type III restriction protein res subunit  31.73 
 
 		 586 aa  167  4e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.355478  normal  0.978518 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3879  type III restriction protein res subunit  30.15 
 
 		 593 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25110  DNA/RNA helicase, superfamily II  30.71 
 
 		 593 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.862041  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1839  type III restriction protein res subunit  30.2 
 
 		 563 aa  164  2.0000000000000002e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.036346  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1477  type III restriction protein res subunit  28.5 
 
 		 599 aa  165  2.0000000000000002e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2242  type III restriction protein res subunit  30.2 
 
 		 595 aa  164  3e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2381  ATPase  31.78 
 
 		 569 aa  163  6e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.191246  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0376  type III restriction protein res subunit  30.9 
 
 		 574 aa  162  1e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1291  type III restriction enzyme, res subunit  30.81 
 
 		 598 aa  161  2e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4526  DEAD-like helicase  31.79 
 
 		 559 aa  161  3e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10520  DNA/RNA helicase, superfamily II  29.97 
 
 		 589 aa  160  5e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.531597  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2743  type III restriction protein res subunit  29.41 
 
 		 618 aa  159  1e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.100626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0759  type III restriction enzyme, res subunit  28.72 
 
 		 566 aa  158  2e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.523445  normal  0.362489 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12931  hypothetical protein  29.74 
 
 		 626 aa  158  2e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.129963  normal  0.499246 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2588  type III restriction enzyme, res subunit  29.77 
 
 		 591 aa  157  3e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.245843  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1719  DNA or RNA helicase of superfamily II-like protein  30.89 
 
 		 582 aa  156  6e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.193156  normal  0.109566 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5135  type III restriction protein res subunit  31.23 
 
 		 622 aa  156  8e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0782203 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0145  type III restriction enzyme, res subunit  28.72 
 
 		 574 aa  155  1e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1318  type III restriction protein res subunit  30.08 
 
 		 601 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0818356  hitchhiker  0.00409906 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0602  type III restriction enzyme, res subunit  29.7 
 
 		 560 aa  154  4e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.44982  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0615  type III restriction enzyme, res subunit  29.7 
 
 		 560 aa  154  4e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0593  type III restriction enzyme, res subunit  29.7 
 
 		 560 aa  154  4e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.147168  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1051  type III restriction protein res subunit  30.79 
 
 		 628 aa  153  5.9999999999999996e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0881  type III restriction protein res subunit  29.7 
 
 		 621 aa  152  1e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2320  type III restriction protein res subunit  29.87 
 
 		 593 aa  150  5e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000427068 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24400  DNA/RNA helicase, superfamily II  29.48 
 
 		 592 aa  150  6e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.21286 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08280  DNA/RNA helicase, superfamily II  30 
 
 		 606 aa  150  6e-35  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.265179  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20110  DNA/RNA helicase, superfamily II  27.5 
 
 		 606 aa  142  1.9999999999999998e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.24796  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1502  type III restriction protein res subunit  27.34 
 
 		 572 aa  139  1e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1473  type III restriction enzyme, res subunit  28.54 
 
 		 577 aa  134  3e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.967001 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1438  type III restriction protein res subunit  28.28 
 
 		 575 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00286846 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1380  type III restriction enzyme, res subunit  29.36 
 
 		 601 aa  131  3e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.942893  normal  0.0185831 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4538  type III restriction protein res subunit  27.46 
 
 		 565 aa  130  4.0000000000000003e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.179492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3772  type III restriction protein res subunit  27.76 
 
 		 594 aa  123  8e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.513418 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3774  type III restriction protein res subunit  26.62 
 
 		 583 aa  117  6e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.476443  normal  0.253817 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0796  type III restriction protein res subunit  25.48 
 
 		 598 aa  106  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.42368  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1868  hypothetical protein  39.46 
 
 		 139 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.776543  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0682  hypothetical protein  26.3 
 
 		 456 aa  101  3e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.835313  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3384  hypothetical protein  38.78 
 
 		 139 aa  100  6e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294151 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1979  hypothetical protein  26.3 
 
 		 435 aa  100  8e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0799081 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08571  helicase domain-containing protein  27.75 
 
 		 438 aa  92  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2559  type III restriction protein res subunit  23.16 
 
 		 580 aa  70.9  0.00000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1862  type III restriction enzyme, res subunit  22.65 
 
 		 580 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.547726  normal  0.254233 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2726  type III restriction protein res subunit  23.81 
 
 		 580 aa  67.8  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.219655  hitchhiker  0.000185767 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3695  putative helicase  24.22 
 
 		 676 aa  67.4  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.783104  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2959  type III restriction enzyme, res subunit  23.06 
 
 		 585 aa  65.5  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2843  type III restriction protein res subunit  25.4 
 
 		 444 aa  63.2  0.000000009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.109265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2435  type III restriction enzyme, res subunit  21.53 
 
 		 590 aa  62.8  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.248011 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1532  type III restriction enzyme, res subunit  21.79 
 
 		 579 aa  62.8  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.413566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2350  type III restriction enzyme, res subunit  20.91 
 
 		 602 aa  62.8  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1743  DNA repair helicase RAD25  25.08 
 
 		 531 aa  62.8  0.00000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.763617 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2363  type III restriction enzyme, res subunit  21.9 
 
 		 590 aa  62  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0989425  normal  0.0932294 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2524  type III restriction enzyme, res subunit  21.77 
 
 		 590 aa  62  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.251269  normal  0.0163499 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03609  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit and related helicase  22.94 
 
 		 1141 aa  60.8  0.00000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2089  type III restriction enzyme, res subunit  21.69 
 
 		 616 aa  60.8  0.00000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.553683  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1747  type III restriction protein res subunit  21.26 
 
 		 584 aa  60.8  0.00000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0541375  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2744  helicase  22.65 
 
 		 590 aa  58.5  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1751  type III restriction protein res subunit  20.77 
 
 		 584 aa  59.3  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0824  EcoEI R domain-containing protein  21.83 
 
 		 783 aa  58.5  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1790  type III restriction protein res subunit  21.01 
 
 		 584 aa  59.3  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.766528  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1556  type III restriction protein res subunit  24.39 
 
 		 470 aa  58.2  0.0000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2280  type III restriction enzyme, res subunit  23.48 
 
 		 558 aa  58.2  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2533  type III restriction protein res subunit  20.77 
 
 		 584 aa  58.2  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10242  hitchhiker  0.000564265 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1646  type III restriction enzyme, res subunit  24.29 
 
 		 654 aa  57.8  0.0000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0299889 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1976  EcoEI R domain-containing protein  22.17 
 
 		 825 aa  57.8  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.411939  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1455  type III restriction protein res subunit  25.95 
 
 		 444 aa  57.8  0.0000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.437061  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1895  EcoEI R domain-containing protein  21.66 
 
 		 780 aa  57.4  0.0000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0749811  hitchhiker  0.00699891 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1467  type III restriction enzyme, res subunit  23.15 
 
 		 583 aa  57  0.0000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.387336  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2178  Type III restriction enzyme, res subunit  25 
 
 		 873 aa  57  0.0000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0509  type III restriction enzyme, res subunit  30.57 
 
 		 918 aa  56.6  0.0000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0659  type III restriction protein res subunit  25.71 
 
 		 531 aa  56.6  0.0000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0503  EcoEI R domain-containing protein  24.16 
 
 		 824 aa  56.2  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000156579  normal  0.0688429 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2087  type III restriction enzyme, res subunit  24.09 
 
 		 715 aa  56.2  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.167702  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3274  type I site-specific deoxyribonuclease  31.61 
 
 		 917 aa  55.8  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.3318 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5861  type III restriction enzyme domain protein  21.78 
 
 		 810 aa  55.5  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0100  type III restriction protein res subunit  22.48 
 
 		 440 aa  55.5  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000273539  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0683  type I restriction-modification system, R subunit  22.86 
 
 		 784 aa  55.1  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0832  EcoEI R domain protein  22.86 
 
 		 784 aa  55.1  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.916446  normal  0.633032 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1234  type III restriction enzyme, res subunit  21.88 
 
 		 829 aa  54.3  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2080  helicase  21.56 
 
 		 588 aa  53.9  0.000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.453275  normal  0.977675 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0853  type III restriction enzyme, res subunit  29.23 
 
 		 921 aa  53.1  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.0361479 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1134  EcoEI R domain-containing protein  21.34 
 
 		 780 aa  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>