More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1952 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_1952  alanine racemase  100 
 
 		 356 aa  715    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1227  alanine racemase  55.75 
 
 		 348 aa  329  4e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0013  alanine racemase  54.25 
 
 		 348 aa  302  6.000000000000001e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.326952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1208  alanine racemase  43.68 
 
 		 366 aa  226  3e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1508  alanine racemase  39.27 
 
 		 387 aa  221  9.999999999999999e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.453839  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4305  alanine racemase  42.35 
 
 		 342 aa  217  2e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4410  alanine racemase  41.48 
 
 		 363 aa  215  8e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.280318 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1502  alanine racemase  43.18 
 
 		 388 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.196094  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3896  alanine racemase  45.11 
 
 		 364 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.655111  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6080  alanine racemase  39.62 
 
 		 374 aa  213  2.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3937  alanine racemase  42.06 
 
 		 342 aa  213  5.999999999999999e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.155523 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0672  alanine racemase  41.08 
 
 		 383 aa  211  2e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15843  hitchhiker  0.005206 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4632  alanine racemase  42.46 
 
 		 370 aa  207  2e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.536129  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1300  alanine racemase  42.3 
 
 		 387 aa  207  3e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4830  alanine racemase  39.5 
 
 		 377 aa  206  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1445  alanine racemase  39.61 
 
 		 380 aa  206  7e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4822  alanine racemase  43.98 
 
 		 377 aa  204  3e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0192728 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4776  alanine racemase  40.06 
 
 		 377 aa  203  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.102133 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2871  alanine racemase  42.12 
 
 		 357 aa  203  4e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1192  alanine racemase  39.95 
 
 		 389 aa  199  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.183521  normal  0.216373 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0730  alanine racemase  38.95 
 
 		 408 aa  199  5e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632943  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0923  alanine racemase  38.01 
 
 		 396 aa  199  9e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.489624  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0865  alanine racemase  38.01 
 
 		 396 aa  199  9e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0599236  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1093  alanine racemase  34.78 
 
 		 373 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0327033  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0986  alanine racemase  42.03 
 
 		 389 aa  197  3e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0601461  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1068  alanine racemase  41.21 
 
 		 349 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0914  alanine racemase  40.37 
 
 		 409 aa  194  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.452475  decreased coverage  0.000000188246 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0396  alanine racemase  38.53 
 
 		 385 aa  194  2e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124132  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0807  alanine racemase  40.85 
 
 		 378 aa  194  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2308  alanine racemase  37.4 
 
 		 379 aa  192  8e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2595  alanine racemase  40.28 
 
 		 364 aa  192  1e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.056073 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3807  putative alanine racemase (alr)  38.38 
 
 		 394 aa  191  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193954  normal  0.427628 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2460  alanine racemase  40.46 
 
 		 349 aa  191  2e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.317567  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1123  alanine racemase  40.17 
 
 		 349 aa  191  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.12634 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2506  alanine racemase  44.77 
 
 		 360 aa  189  5.999999999999999e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.677402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0409  alanine racemase  41.13 
 
 		 374 aa  187  2e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2289  alanine racemase  37.88 
 
 		 407 aa  187  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.637547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1046  alanine racemase  40.16 
 
 		 388 aa  185  9e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2014  alanine racemase region  37.25 
 
 		 395 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109646  normal  0.427468 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2457  alanine racemase  37.99 
 
 		 423 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2290  alanine racemase  37.05 
 
 		 398 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.669413  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3482  alanine racemase  36.7 
 
 		 408 aa  182  8.000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.552897 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2992  alanine racemase  36.59 
 
 		 409 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.926877  normal  0.268304 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3495  alanine racemase  35.67 
 
 		 413 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1739  alanine racemase  39.94 
 
 		 342 aa  179  5.999999999999999e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0813541  normal  0.651702 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3689  alanine racemase  42.24 
 
 		 365 aa  177  3e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.376484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2378  alanine racemase  40.06 
 
 		 349 aa  176  5e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.90664 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3109  alanine racemase  37.1 
 
 		 373 aa  176  7e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.874814 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1779  alanine racemase  39.89 
 
 		 345 aa  169  5e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155065  normal  0.202897 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2403  alanine racemase  38.57 
 
 		 357 aa  169  9e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.438825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0198  alanine racemase  31.58 
 
 		 324 aa  150  4e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8142  alanine racemase  40.58 
 
 		 294 aa  146  6e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170675  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2145  alanine racemase  31.62 
 
 		 382 aa  140  4.999999999999999e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2107  alanine racemase  31.62 
 
 		 382 aa  140  4.999999999999999e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0588  alanine racemase  36.03 
 
 		 365 aa  139  6e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0886157  hitchhiker  9.74231e-17 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0862  alanine racemase  32.74 
 
 		 403 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0562  alanine racemase  32.87 
 
 		 375 aa  137  3.0000000000000003e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629716  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0425  alanine racemase  32.97 
 
 		 374 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.718274  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19731  alanine racemase  30.97 
 
 		 402 aa  134  3e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0224  alanine racemase region  34.18 
 
 		 356 aa  134  3e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2882  alanine racemase  31.25 
 
 		 360 aa  133  3.9999999999999996e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1885  alanine racemase  33.96 
 
 		 397 aa  133  5e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.849261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1923  alanine racemase  34.87 
 
 		 362 aa  131  1.0000000000000001e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.245815  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1999  alanine racemase  34.87 
 
 		 369 aa  131  1.0000000000000001e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.711487  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  31.81 
 
 		 378 aa  130  3e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1683  alanine racemase  29.86 
 
 		 382 aa  130  4.0000000000000003e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2926  alanine racemase  28.96 
 
 		 389 aa  130  4.0000000000000003e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.839244  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4765  alanine racemase  32.97 
 
 		 851 aa  130  5.0000000000000004e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2736  alanine racemase  27.54 
 
 		 356 aa  130  5.0000000000000004e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.390221  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0681  alanine racemase  34.06 
 
 		 387 aa  129  8.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00412928  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5524  alanine racemase  36.48 
 
 		 365 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47960  alanine racemase  36.92 
 
 		 361 aa  129  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17091  alanine racemase  30.09 
 
 		 399 aa  128  1.0000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0897  alanine racemase  32.41 
 
 		 403 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0975  alanine racemase  28.69 
 
 		 373 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.585584  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0923  alanine racemase  32.41 
 
 		 403 aa  126  5e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0365906  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1349  alanine racemase  34.44 
 
 		 372 aa  126  6e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03074  alanine racemase  34.2 
 
 		 366 aa  125  1e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0103  alanine racemase, catabolic  35.65 
 
 		 357 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5269  alanine racemase  35.02 
 
 		 357 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2697  alanine racemase  27.87 
 
 		 391 aa  124  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0237  alanine racemase  35.71 
 
 		 357 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1098  alanine racemase  29.79 
 
 		 402 aa  124  2e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5179  alanine racemase  35.33 
 
 		 357 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.266317 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2381  alanine racemase  33.33 
 
 		 357 aa  124  4e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608946  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2594  alanine racemase  33.64 
 
 		 433 aa  124  4e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.127753  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5321  alanine racemase  35.02 
 
 		 357 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.274538 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0412  alanine racemase  33.44 
 
 		 395 aa  123  5e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.650932  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1008  alanine racemase  28.21 
 
 		 343 aa  122  7e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000229405  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0201  alanine racemase  35.65 
 
 		 357 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394182 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02410  alanine racemase  28.93 
 
 		 368 aa  121  9.999999999999999e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.269593  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1004  alanine racemase  35.64 
 
 		 378 aa  122  9.999999999999999e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.931017  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0233  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  30.47 
 
 		 834 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2908  alanine racemase  33.03 
 
 		 379 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.184968  normal  0.271691 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  33.71 
 
 		 358 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2762  alanine racemase  31.04 
 
 		 380 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00587004  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0390  alanine racemase  32.52 
 
 		 395 aa  120  3e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.185126  normal  0.667441 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0259  alanine racemase  31.88 
 
 		 396 aa  120  3e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.060575  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3499  alanine racemase  33.24 
 
 		 360 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3637  alanine racemase  33.24 
 
 		 359 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>