More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0233 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PG1097  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  46.13 
 
 		 823 aa  726    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.430466 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1318  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  47.89 
 
 		 822 aa  757    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4988  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  48.11 
 
 		 824 aa  744    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.259968 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3724  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  47.4 
 
 		 842 aa  767    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3032  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  51.32 
 
 		 817 aa  852    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.429122  normal  0.0119577 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2266  alanine racemase  47.03 
 
 		 835 aa  743    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.71922  normal  0.103081 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0233  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  100 
 
 		 834 aa  1717    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02410  alanine racemase  43.56 
 
 		 368 aa  317  4e-85  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.269593  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0034  alanine racemase  42.82 
 
 		 369 aa  307  7e-82  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4765  alanine racemase  26.8 
 
 		 851 aa  264  4e-69  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2167  alanine racemase  39.78 
 
 		 373 aa  248  3e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196511  decreased coverage  0.0000176162 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0057  alanine racemase  38.93 
 
 		 390 aa  237  5.0000000000000005e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3770  alanine racemase  39.14 
 
 		 373 aa  236  9e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.646539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0905  alanine racemase  36.18 
 
 		 389 aa  234  4.0000000000000004e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00165979  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1758  alanine racemase  38.36 
 
 		 369 aa  233  9e-60  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  36.8 
 
 		 378 aa  231  4e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2865  alanine racemase  37.16 
 
 		 370 aa  230  1e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000333192  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0824  alanine racemase  35.96 
 
 		 380 aa  228  2e-58  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.664033  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2697  alanine racemase  35.32 
 
 		 391 aa  228  4e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4221  alanine racemase  35.06 
 
 		 411 aa  227  7e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.53018  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0307  alanine racemase  34.32 
 
 		 390 aa  227  9e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2170  alanine racemase  35.71 
 
 		 398 aa  226  1e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.598884  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0390  alanine racemase  38.21 
 
 		 395 aa  225  2e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.185126  normal  0.667441 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1583  alanine racemase  39.62 
 
 		 395 aa  226  2e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.545163 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0923  alanine racemase  37.3 
 
 		 403 aa  225  2e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0365906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2762  alanine racemase  37.97 
 
 		 380 aa  225  3e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00587004  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0171  alanine racemase  38.25 
 
 		 371 aa  224  3e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0897  alanine racemase  37.3 
 
 		 403 aa  224  4e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2926  alanine racemase  34.55 
 
 		 389 aa  224  6e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.839244  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3850  alanine racemase  36.39 
 
 		 384 aa  223  9.999999999999999e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2908  alanine racemase  35.66 
 
 		 379 aa  223  9.999999999999999e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.184968  normal  0.271691 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0472  alanine racemase  39.47 
 
 		 380 aa  221  3e-56  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01680  alanine racemase  38.01 
 
 		 379 aa  219  2e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2981  alanine racemase  25.95 
 
 		 844 aa  219  2e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1563  alanine racemase  36.63 
 
 		 392 aa  218  2.9999999999999998e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.985538  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3461  alanine racemase  36.63 
 
 		 379 aa  218  4e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1898  alanine racemase  25.44 
 
 		 849 aa  218  5e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0368912 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0412  alanine racemase  38.48 
 
 		 395 aa  217  7e-55  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.650932  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3527  alanine racemase  36.36 
 
 		 379 aa  216  9.999999999999999e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1160  alanine racemase  34.39 
 
 		 373 aa  215  2.9999999999999995e-54  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3508  alanine racemase  36.51 
 
 		 395 aa  214  3.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00596  alanine racemase  36.66 
 
 		 358 aa  214  3.9999999999999995e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0063  alanine racemase  33.42 
 
 		 373 aa  214  3.9999999999999995e-54  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.131019  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0964  alanine racemase  34.67 
 
 		 388 aa  214  5.999999999999999e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0862  alanine racemase  36.56 
 
 		 403 aa  214  7e-54  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0758  alanine racemase  33.24 
 
 		 373 aa  214  7e-54  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2070  alanine racemase  35.64 
 
 		 391 aa  213  1e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.773595  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0562  alanine racemase  34.72 
 
 		 375 aa  213  1e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629716  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3576  alanine racemase  36.24 
 
 		 395 aa  212  2e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3236  alanine racemase  35.11 
 
 		 391 aa  211  3e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.560123  normal  0.143826 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2201  alanine racemase  36.84 
 
 		 406 aa  211  4e-53  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.419731 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3427  alanine racemase  36.31 
 
 		 395 aa  209  1e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.764084  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1931  alanine racemase  36 
 
 		 408 aa  209  2e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0176201  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2520  alanine racemase  25.32 
 
 		 811 aa  209  2e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1882  alanine racemase  34.58 
 
 		 377 aa  208  3e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1484  alanine racemase  34.13 
 
 		 390 aa  208  4e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.770988  hitchhiker  0.000000845672 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2594  alanine racemase  34.95 
 
 		 433 aa  208  4e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.127753  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1903  alanine racemase  34.32 
 
 		 390 aa  207  5e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0696204  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3487  alanine racemase  37.57 
 
 		 393 aa  207  6e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1894  alanine racemase  35.39 
 
 		 391 aa  206  1e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.695419  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1359  alanine racemase  37.36 
 
 		 356 aa  206  1e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2178  alanine racemase  34.85 
 
 		 391 aa  205  2e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1025  alanine racemase  35.66 
 
 		 364 aa  205  3e-51  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1932  alanine racemase  34.58 
 
 		 391 aa  204  4e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2079  alanine racemase  34.58 
 
 		 391 aa  204  4e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2163  alanine racemase  34.85 
 
 		 391 aa  204  5e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1884  alanine racemase  34.85 
 
 		 391 aa  204  5e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2110  alanine racemase  34.85 
 
 		 391 aa  204  5e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1547  alanine racemase  37.8 
 
 		 388 aa  202  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0014745  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0994  alanine racemase  34.47 
 
 		 382 aa  202  1.9999999999999998e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0861  alanine racemase  36.39 
 
 		 386 aa  199  2.0000000000000003e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1342  alanine racemase  33.24 
 
 		 370 aa  199  2.0000000000000003e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0650824  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1986  alanine racemase  33.88 
 
 		 375 aa  198  3e-49  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.371384  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0852  alanine racemase  36.12 
 
 		 386 aa  198  3e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0606  alanine racemase  32.53 
 
 		 382 aa  196  2e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1646  alanine racemase  34.47 
 
 		 374 aa  196  2e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.064552  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1132  alanine racemase  32.88 
 
 		 380 aa  195  3e-48  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16471  alanine racemase  33.86 
 
 		 381 aa  194  5e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.950833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0681  alanine racemase  33.51 
 
 		 387 aa  194  5e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00412928  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1885  alanine racemase  33.86 
 
 		 397 aa  194  6e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.849261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01510  alanine racemase  31.46 
 
 		 421 aa  194  8e-48  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0441968 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5375  alanine racemase  33.88 
 
 		 402 aa  194  8e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1245  alanine racemase  34.74 
 
 		 384 aa  192  2e-47  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0280  alanine racemase region  34.29 
 
 		 372 aa  191  4e-47  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0768995 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6556  alanine racemase  35.69 
 
 		 388 aa  189  1e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0345  alanine racemase  33.61 
 
 		 376 aa  189  1e-46  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.605258  normal  0.144303 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0326  alanine racemase  32.71 
 
 		 369 aa  189  2e-46  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.442092  normal  0.535526 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4025  alanine racemase  35.38 
 
 		 375 aa  188  5e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2180  alanine racemase  32.14 
 
 		 371 aa  187  5e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1026  alanine racemase  32.43 
 
 		 364 aa  187  8e-46  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.43119  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23341  alanine racemase  34.14 
 
 		 398 aa  186  2.0000000000000003e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0357  alanine racemase  38.02 
 
 		 400 aa  185  3e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0934  alanine racemase  35.41 
 
 		 376 aa  184  4.0000000000000006e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1095  alanine racemase  33.24 
 
 		 379 aa  184  7e-45  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.885061  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5524  alanine racemase  33.97 
 
 		 365 aa  184  8.000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0210  alanine racemase  32.44 
 
 		 387 aa  184  8.000000000000001e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.584138  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0977  UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alanine ligase  28.66 
 
 		 457 aa  183  1e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000230391  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1946  alanine racemase  33.15 
 
 		 386 aa  183  1e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2783  alanine racemase  33.51 
 
 		 375 aa  182  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000262761  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1498  alanine racemase  33.33 
 
 		 378 aa  182  2.9999999999999997e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>