More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3724 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002950  PG1097  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  44.22 
 
 
823 aa  683    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.430466 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2266  alanine racemase  47.77 
 
 
835 aa  777    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.71922  normal  0.103081 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4988  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  49.81 
 
 
824 aa  786    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.259968 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0233  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  47.4 
 
 
834 aa  767    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3724  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  100 
 
 
842 aa  1743    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1318  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  45.78 
 
 
822 aa  710    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3032  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  47.03 
 
 
817 aa  744    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.429122  normal  0.0119577 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02410  alanine racemase  47.25 
 
 
368 aa  323  6e-87  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.269593  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0034  alanine racemase  43.24 
 
 
369 aa  295  2e-78  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4765  alanine racemase  28.21 
 
 
851 aa  276  2.0000000000000002e-72  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0307  alanine racemase  37.3 
 
 
390 aa  236  2.0000000000000002e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3236  alanine racemase  34.95 
 
 
391 aa  228  3e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.560123  normal  0.143826 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1758  alanine racemase  36.44 
 
 
369 aa  228  5.0000000000000005e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1894  alanine racemase  34.95 
 
 
391 aa  226  1e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.695419  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2178  alanine racemase  34.95 
 
 
391 aa  226  1e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2070  alanine racemase  35.04 
 
 
391 aa  225  3e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.773595  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2163  alanine racemase  34.41 
 
 
391 aa  223  9e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1884  alanine racemase  34.41 
 
 
391 aa  223  9e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1931  alanine racemase  33.96 
 
 
408 aa  223  9.999999999999999e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0176201  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1932  alanine racemase  34.14 
 
 
391 aa  223  1.9999999999999999e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2079  alanine racemase  34.14 
 
 
391 aa  223  1.9999999999999999e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2110  alanine racemase  34.41 
 
 
391 aa  223  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2697  alanine racemase  34.38 
 
 
391 aa  220  1e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2170  alanine racemase  38.21 
 
 
398 aa  219  2e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.598884  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0964  alanine racemase  36.56 
 
 
388 aa  219  2e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0326  alanine racemase  36.93 
 
 
369 aa  216  1.9999999999999998e-54  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.442092  normal  0.535526 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2167  alanine racemase  36.59 
 
 
373 aa  216  1.9999999999999998e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196511  decreased coverage  0.0000176162 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1095  alanine racemase  35.48 
 
 
379 aa  215  2.9999999999999995e-54  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.885061  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0063  alanine racemase  34.96 
 
 
373 aa  215  2.9999999999999995e-54  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.131019  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1563  alanine racemase  33.96 
 
 
392 aa  214  3.9999999999999995e-54  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.985538  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0758  alanine racemase  34.15 
 
 
373 aa  214  4.9999999999999996e-54  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0171  alanine racemase  35.42 
 
 
371 aa  213  9e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1160  alanine racemase  33.6 
 
 
373 aa  209  2e-52  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3770  alanine racemase  37.27 
 
 
373 aa  208  4e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.646539  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01680  alanine racemase  35.69 
 
 
379 aa  207  6e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2926  alanine racemase  33.85 
 
 
389 aa  207  6e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.839244  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  33.15 
 
 
378 aa  206  1e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0905  alanine racemase  35.48 
 
 
389 aa  205  3e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00165979  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1903  alanine racemase  35.71 
 
 
390 aa  204  7e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0696204  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2520  alanine racemase  24.64 
 
 
811 aa  204  7e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0259  alanine racemase  35 
 
 
396 aa  204  7e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.060575  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1882  alanine racemase  35.42 
 
 
377 aa  203  9.999999999999999e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1245  alanine racemase  33.16 
 
 
384 aa  201  3.9999999999999996e-50  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2736  alanine racemase  32.69 
 
 
356 aa  201  5e-50  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.390221  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1026  alanine racemase  36.07 
 
 
364 aa  201  5e-50  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.43119  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1484  alanine racemase  34.29 
 
 
390 aa  200  1.0000000000000001e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.770988  hitchhiker  0.000000845672 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0824  alanine racemase  34.91 
 
 
380 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.664033  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0562  alanine racemase  34.64 
 
 
375 aa  199  2.0000000000000003e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629716  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1337  alanine racemase  31.87 
 
 
369 aa  198  3e-49  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000100581  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0934  alanine racemase  33.51 
 
 
376 aa  198  3e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2785  alanine racemase  32.35 
 
 
441 aa  196  1e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0448051 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1498  alanine racemase  35.89 
 
 
378 aa  196  2e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2128  alanine racemase  33.52 
 
 
374 aa  195  3e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0057  alanine racemase  32.72 
 
 
390 aa  194  4e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1547  alanine racemase  35.28 
 
 
388 aa  195  4e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0014745  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2865  alanine racemase  35.03 
 
 
370 aa  193  9e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000333192  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0852  alanine racemase  35.52 
 
 
386 aa  193  1e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1885  alanine racemase  32.36 
 
 
397 aa  192  2e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.849261  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1025  alanine racemase  35.69 
 
 
364 aa  192  2e-47  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01510  alanine racemase  31.1 
 
 
421 aa  192  2e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0441968 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1946  alanine racemase  36.03 
 
 
386 aa  191  4e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0994  alanine racemase  31.91 
 
 
382 aa  191  4e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0861  alanine racemase  34.97 
 
 
386 aa  191  4e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0472  alanine racemase  33.88 
 
 
380 aa  191  5e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2084  alanine racemase  33.69 
 
 
375 aa  190  8e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.261095 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2554  alanine racemase  33.88 
 
 
365 aa  189  1e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1132  alanine racemase  31.08 
 
 
380 aa  189  2e-46  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0280  alanine racemase region  34.07 
 
 
372 aa  189  2e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0768995 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1898  alanine racemase  25.64 
 
 
849 aa  188  3e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0368912 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0862  alanine racemase  32.88 
 
 
403 aa  186  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2908  alanine racemase  31.47 
 
 
379 aa  186  2.0000000000000003e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.184968  normal  0.271691 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2284  alanine racemase  31.96 
 
 
376 aa  186  2.0000000000000003e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0975  alanine racemase  34.97 
 
 
373 aa  185  3e-45  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.585584  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3527  alanine racemase  32.01 
 
 
379 aa  185  3e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5064  UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alanine ligase  27.23 
 
 
458 aa  185  3e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.73587  normal  0.789833 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0390  alanine racemase  31.79 
 
 
395 aa  185  4.0000000000000006e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.185126  normal  0.667441 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2981  alanine racemase  23.66 
 
 
844 aa  185  4.0000000000000006e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0990  alanine racemase  30.32 
 
 
397 aa  184  6e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.876046  hitchhiker  0.00306709 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3508  alanine racemase  30.77 
 
 
395 aa  184  6e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0210  alanine racemase  29.97 
 
 
387 aa  184  7e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.584138  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0261  UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alanine ligase  27.77 
 
 
458 aa  184  8.000000000000001e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3461  alanine racemase  31.93 
 
 
379 aa  184  8.000000000000001e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1646  alanine racemase  31.81 
 
 
374 aa  183  1e-44  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.064552  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0232  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate--D-alany l-D-alanyl ligase  27.08 
 
 
458 aa  182  2e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0218  UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alanine ligase (UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanine ligase)  27.08 
 
 
458 aa  182  2e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0220  UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alanine ligase (UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanine ligase)  27.08 
 
 
458 aa  182  2e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0246  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate--D-alany l-D-alanyl ligase  27.08 
 
 
458 aa  182  2e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2180  alanine racemase  32.4 
 
 
371 aa  182  2e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3576  alanine racemase  30.77 
 
 
395 aa  182  2e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0258  UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alanine ligase  27.08 
 
 
458 aa  182  2e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0266  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanyl ligase  27.54 
 
 
458 aa  181  4e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0280  UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alanine ligase  27.54 
 
 
458 aa  181  4e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0897  alanine racemase  31.71 
 
 
403 aa  181  4.999999999999999e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0923  alanine racemase  31.71 
 
 
403 aa  181  4.999999999999999e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0365906  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0233  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanyl ligase  27.63 
 
 
458 aa  180  9e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1342  alanine racemase  33.06 
 
 
370 aa  179  1e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0650824  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07700  alanine racemase  31.56 
 
 
434 aa  179  2e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.282075 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0224  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanyl ligase  26.65 
 
 
458 aa  179  3e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3427  alanine racemase  31.32 
 
 
395 aa  178  3e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.764084  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0412  alanine racemase  32.98 
 
 
395 aa  177  5e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.650932  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>