More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3032 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002950  PG1097  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  44.07 
 
 
823 aa  657    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.430466 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1318  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  45.76 
 
 
822 aa  703    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0233  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  51.32 
 
 
834 aa  867    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4988  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  49.63 
 
 
824 aa  754    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.259968 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3724  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  47.03 
 
 
842 aa  761    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3032  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  100 
 
 
817 aa  1677    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.429122  normal  0.0119577 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2266  alanine racemase  46.66 
 
 
835 aa  713    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.71922  normal  0.103081 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02410  alanine racemase  45.05 
 
 
368 aa  318  3e-85  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.269593  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0034  alanine racemase  41.58 
 
 
369 aa  293  1e-77  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4765  alanine racemase  27.12 
 
 
851 aa  276  2.0000000000000002e-72  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1898  alanine racemase  26.28 
 
 
849 aa  217  5.9999999999999996e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0368912 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2981  alanine racemase  26.32 
 
 
844 aa  217  7e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1931  alanine racemase  36.12 
 
 
408 aa  217  7e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0176201  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2070  alanine racemase  36.12 
 
 
391 aa  215  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.773595  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3236  alanine racemase  36.12 
 
 
391 aa  215  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.560123  normal  0.143826 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0824  alanine racemase  35.34 
 
 
380 aa  214  7e-54  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.664033  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1932  alanine racemase  35.58 
 
 
391 aa  213  9e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2079  alanine racemase  35.58 
 
 
391 aa  213  9e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2110  alanine racemase  35.85 
 
 
391 aa  213  1e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1903  alanine racemase  35.69 
 
 
390 aa  211  4e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0696204  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2163  alanine racemase  35.48 
 
 
391 aa  211  4e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1894  alanine racemase  36.29 
 
 
391 aa  211  4e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.695419  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1884  alanine racemase  35.85 
 
 
391 aa  211  4e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2178  alanine racemase  35.75 
 
 
391 aa  210  9e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1563  alanine racemase  36.02 
 
 
392 aa  209  2e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.985538  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0758  alanine racemase  34.68 
 
 
373 aa  207  7e-52  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1882  alanine racemase  36.12 
 
 
377 aa  206  1e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2170  alanine racemase  37.1 
 
 
398 aa  206  2e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.598884  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1758  alanine racemase  35.25 
 
 
369 aa  205  2e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2697  alanine racemase  33.96 
 
 
391 aa  206  2e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0861  alanine racemase  37.5 
 
 
386 aa  206  2e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0063  alanine racemase  34.68 
 
 
373 aa  204  4e-51  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.131019  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1160  alanine racemase  34.14 
 
 
373 aa  204  4e-51  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0307  alanine racemase  33.87 
 
 
390 aa  204  5e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0852  alanine racemase  37.77 
 
 
386 aa  204  7e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2167  alanine racemase  33.88 
 
 
373 aa  202  3e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196511  decreased coverage  0.0000176162 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2926  alanine racemase  33.24 
 
 
389 aa  197  5.000000000000001e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.839244  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3770  alanine racemase  35.81 
 
 
373 aa  197  7e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.646539  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0964  alanine racemase  32.98 
 
 
388 aa  196  1e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0862  alanine racemase  33.94 
 
 
403 aa  195  3e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  33.15 
 
 
378 aa  195  3e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2865  alanine racemase  33.97 
 
 
370 aa  195  3e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000333192  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2594  alanine racemase  35.47 
 
 
433 aa  194  4e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.127753  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0905  alanine racemase  34.43 
 
 
389 aa  194  5e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00165979  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2762  alanine racemase  35.22 
 
 
380 aa  194  5e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00587004  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2520  alanine racemase  23.71 
 
 
811 aa  193  1e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0057  alanine racemase  33.25 
 
 
390 aa  192  2e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1337  alanine racemase  32.88 
 
 
369 aa  192  2.9999999999999997e-47  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000100581  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2908  alanine racemase  33.24 
 
 
379 aa  191  5e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.184968  normal  0.271691 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0171  alanine racemase  33.33 
 
 
371 aa  190  8e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07700  alanine racemase  31.64 
 
 
434 aa  190  9e-47  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.282075 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3527  alanine racemase  33.33 
 
 
379 aa  190  9e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01680  alanine racemase  33.42 
 
 
379 aa  189  1e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4221  alanine racemase  31.69 
 
 
411 aa  188  3e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.53018  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3461  alanine racemase  33.07 
 
 
379 aa  188  4e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0923  alanine racemase  32.03 
 
 
403 aa  188  4e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0365906  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01510  alanine racemase  30.26 
 
 
421 aa  188  4e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0441968 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1484  alanine racemase  33.24 
 
 
390 aa  187  9e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.770988  hitchhiker  0.000000845672 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0409  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanyl ligase  31.47 
 
 
460 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000667129 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0398  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanyl ligase  31.69 
 
 
460 aa  187  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0423  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate/D-alanyl-D-alanyl ligase  31.47 
 
 
460 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000882186 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1359  alanine racemase  35.96 
 
 
356 aa  186  1.0000000000000001e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1025  alanine racemase  34.25 
 
 
364 aa  186  1.0000000000000001e-45  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0397  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanyl ligase  31.47 
 
 
460 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0606  alanine racemase  32.98 
 
 
382 aa  186  2.0000000000000003e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1583  alanine racemase  33.42 
 
 
395 aa  183  9.000000000000001e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.545163 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0406  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate--D-alanyl- D-alanyl ligase  30.39 
 
 
455 aa  182  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000724164 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1646  alanine racemase  31.64 
 
 
374 aa  182  2e-44  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.064552  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0975  alanine racemase  33.61 
 
 
373 aa  182  2.9999999999999997e-44  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.585584  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0390  alanine racemase  31.79 
 
 
395 aa  181  2.9999999999999997e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.185126  normal  0.667441 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0897  alanine racemase  31.51 
 
 
403 aa  182  2.9999999999999997e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3747  UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alanine ligase  30.87 
 
 
460 aa  181  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00102722 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16471  alanine racemase  33.97 
 
 
381 aa  181  5.999999999999999e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.950833  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1498  alanine racemase  35.69 
 
 
378 aa  180  9e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2785  alanine racemase  32.09 
 
 
441 aa  180  1e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0448051 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3427  alanine racemase  32.05 
 
 
395 aa  179  1e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.764084  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3850  alanine racemase  32.35 
 
 
384 aa  180  1e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0259  alanine racemase  33.33 
 
 
396 aa  180  1e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.060575  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3508  alanine racemase  32.05 
 
 
395 aa  180  1e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3576  alanine racemase  32.33 
 
 
395 aa  180  1e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1245  alanine racemase  32.45 
 
 
384 aa  179  2e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3574  UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alanine ligase  30.32 
 
 
460 aa  177  7e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00218692 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2180  alanine racemase  33.62 
 
 
371 aa  177  9e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0382  UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alanine ligase  30.32 
 
 
460 aa  177  9e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.169914 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3487  alanine racemase  31.23 
 
 
393 aa  176  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4223  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanyl ligase  29.86 
 
 
460 aa  175  2.9999999999999996e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00596  alanine racemase  33.33 
 
 
358 aa  174  6.999999999999999e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0483  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanyl ligase  29.64 
 
 
460 aa  174  6.999999999999999e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0412  alanine racemase  31.79 
 
 
395 aa  174  7.999999999999999e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.650932  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1132  alanine racemase  30.46 
 
 
380 aa  173  9e-42  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5375  alanine racemase  31.04 
 
 
402 aa  173  1e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1095  alanine racemase  32.17 
 
 
379 aa  172  2e-41  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.885061  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0994  alanine racemase  30.56 
 
 
382 aa  172  2e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1342  alanine racemase  31.42 
 
 
370 aa  171  4e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0650824  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1547  alanine racemase  31.64 
 
 
388 aa  171  5e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0014745  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0934  alanine racemase  32.15 
 
 
376 aa  170  8e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0562  alanine racemase  31.48 
 
 
375 aa  169  1e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629716  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0210  alanine racemase  30.81 
 
 
387 aa  169  2e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.584138  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1885  alanine racemase  30.39 
 
 
397 aa  168  2.9999999999999998e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.849261  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2783  alanine racemase  32.04 
 
 
375 aa  167  5e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000262761  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>