More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3461 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_3527  alanine racemase  98.68 
 
 		 379 aa  766    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3461  alanine racemase  100 
 
 		 379 aa  775    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3850  alanine racemase  70.9 
 
 		 384 aa  565  1e-160  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0606  alanine racemase  67.2 
 
 		 382 aa  534  1e-151  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2908  alanine racemase  69.05 
 
 		 379 aa  536  1e-151  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.184968  normal  0.271691 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2594  alanine racemase  68.7 
 
 		 433 aa  535  1e-151  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.127753  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2762  alanine racemase  66.49 
 
 		 380 aa  522  1e-147  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00587004  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  50.54 
 
 		 378 aa  365  1e-100  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0964  alanine racemase  41.22 
 
 		 388 aa  285  7e-76  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01680  alanine racemase  41.33 
 
 		 379 aa  283  5.000000000000001e-75  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1563  alanine racemase  40.58 
 
 		 392 aa  280  2e-74  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.985538  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1894  alanine racemase  39.89 
 
 		 391 aa  275  7e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.695419  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2178  alanine racemase  39.89 
 
 		 391 aa  275  7e-73  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0171  alanine racemase  42.55 
 
 		 371 aa  275  8e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1884  alanine racemase  40.16 
 
 		 391 aa  275  9e-73  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1932  alanine racemase  39.89 
 
 		 391 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2079  alanine racemase  39.89 
 
 		 391 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2110  alanine racemase  40.16 
 
 		 391 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2163  alanine racemase  40.16 
 
 		 391 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2170  alanine racemase  39.1 
 
 		 398 aa  273  3e-72  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.598884  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3236  alanine racemase  40.16 
 
 		 391 aa  271  1e-71  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.560123  normal  0.143826 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1931  alanine racemase  40.96 
 
 		 408 aa  270  2e-71  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0176201  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0307  alanine racemase  38.73 
 
 		 390 aa  270  2.9999999999999997e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4221  alanine racemase  39.95 
 
 		 411 aa  270  4e-71  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.53018  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0862  alanine racemase  39.13 
 
 		 403 aa  269  5.9999999999999995e-71  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2070  alanine racemase  40.16 
 
 		 391 aa  269  5.9999999999999995e-71  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.773595  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1882  alanine racemase  41.69 
 
 		 377 aa  265  8.999999999999999e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2697  alanine racemase  39.68 
 
 		 391 aa  264  2e-69  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0562  alanine racemase  41.98 
 
 		 375 aa  263  3e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629716  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2167  alanine racemase  43.54 
 
 		 373 aa  263  4.999999999999999e-69  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196511  decreased coverage  0.0000176162 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2926  alanine racemase  39.41 
 
 		 389 aa  261  2e-68  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.839244  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2865  alanine racemase  41.11 
 
 		 370 aa  259  4e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000333192  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3770  alanine racemase  40.53 
 
 		 373 aa  256  4e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.646539  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1903  alanine racemase  40.59 
 
 		 390 aa  256  4e-67  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0696204  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0905  alanine racemase  40.21 
 
 		 389 aa  254  1.0000000000000001e-66  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00165979  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0063  alanine racemase  39.74 
 
 		 373 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.131019  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0758  alanine racemase  39.47 
 
 		 373 aa  252  9.000000000000001e-66  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0824  alanine racemase  38.02 
 
 		 380 aa  249  5e-65  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.664033  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1160  alanine racemase  39.74 
 
 		 373 aa  249  6e-65  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4765  alanine racemase  40.43 
 
 		 851 aa  248  1e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0897  alanine racemase  39.02 
 
 		 403 aa  248  1e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1547  alanine racemase  42.45 
 
 		 388 aa  246  4e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0014745  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0923  alanine racemase  39.13 
 
 		 403 aa  246  4e-64  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0365906  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0412  alanine racemase  37.27 
 
 		 395 aa  244  1.9999999999999999e-63  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.650932  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1025  alanine racemase  38.16 
 
 		 364 aa  241  1e-62  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1758  alanine racemase  39.1 
 
 		 369 aa  241  2e-62  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1342  alanine racemase  39.26 
 
 		 370 aa  241  2e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0650824  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2520  alanine racemase  41.02 
 
 		 811 aa  239  9e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1026  alanine racemase  39.37 
 
 		 364 aa  238  9e-62  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.43119  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1484  alanine racemase  39.13 
 
 		 390 aa  238  1e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.770988  hitchhiker  0.000000845672 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1132  alanine racemase  40.43 
 
 		 380 aa  237  2e-61  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1583  alanine racemase  37.87 
 
 		 395 aa  235  7e-61  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.545163 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2180  alanine racemase  38.13 
 
 		 371 aa  235  1.0000000000000001e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0861  alanine racemase  39.21 
 
 		 386 aa  234  2.0000000000000002e-60  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0852  alanine racemase  39.21 
 
 		 386 aa  233  3e-60  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0681  alanine racemase  36.84 
 
 		 387 aa  233  3e-60  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00412928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0057  alanine racemase  39.31 
 
 		 390 aa  232  9e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0390  alanine racemase  34.85 
 
 		 395 aa  231  2e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.185126  normal  0.667441 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0934  alanine racemase  40.64 
 
 		 376 aa  229  6e-59  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2736  alanine racemase  38.56 
 
 		 356 aa  229  8e-59  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.390221  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1646  alanine racemase  36.2 
 
 		 374 aa  228  2e-58  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.064552  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2201  alanine racemase  37.23 
 
 		 406 aa  227  3e-58  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.419731 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19731  alanine racemase  36 
 
 		 402 aa  226  4e-58  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17351  alanine racemase  34.4 
 
 		 399 aa  226  6e-58  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1635  alanine racemase region  37.37 
 
 		 366 aa  225  1e-57  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0233  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  37.5 
 
 		 834 aa  224  3e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0345  alanine racemase  38.01 
 
 		 376 aa  223  6e-57  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.605258  normal  0.144303 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0472  alanine racemase  39.14 
 
 		 380 aa  222  8e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1095  alanine racemase  34.56 
 
 		 379 aa  221  9.999999999999999e-57  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.885061  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23341  alanine racemase  36.29 
 
 		 398 aa  221  1.9999999999999999e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0259  alanine racemase  38.26 
 
 		 396 aa  220  3e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.060575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2128  alanine racemase  37.03 
 
 		 374 aa  219  5e-56  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0994  alanine racemase  39.47 
 
 		 382 aa  219  5e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16471  alanine racemase  34.68 
 
 		 381 aa  219  7e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.950833  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0975  alanine racemase  36.53 
 
 		 373 aa  218  1e-55  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.585584  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1337  alanine racemase  34.05 
 
 		 369 aa  218  1e-55  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000100581  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1850  alanine racemase  37.4 
 
 		 367 aa  218  1e-55  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.801979  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01510  alanine racemase  37.53 
 
 		 421 aa  215  9.999999999999999e-55  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0441968 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2785  alanine racemase  36.22 
 
 		 441 aa  214  1.9999999999999998e-54  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0448051 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1946  alanine racemase  36.22 
 
 		 386 aa  214  1.9999999999999998e-54  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1098  alanine racemase  34.49 
 
 		 402 aa  214  1.9999999999999998e-54  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2554  alanine racemase  37 
 
 		 365 aa  213  5.999999999999999e-54  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0326  alanine racemase  36.34 
 
 		 369 aa  213  5.999999999999999e-54  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.442092  normal  0.535526 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17191  alanine racemase  33.06 
 
 		 399 aa  212  7.999999999999999e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1885  alanine racemase  40.48 
 
 		 397 aa  212  9e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.849261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0280  alanine racemase region  38.32 
 
 		 372 aa  211  1e-53  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0768995 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1245  alanine racemase  35.4 
 
 		 384 aa  211  2e-53  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1620  alanine racemase  32.27 
 
 		 399 aa  211  2e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1986  alanine racemase  33.97 
 
 		 375 aa  209  9e-53  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.371384  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1091  alanine racemase  37.7 
 
 		 384 aa  208  1e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2737  alanine racemase  37.9 
 
 		 382 aa  208  1e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.115785  hitchhiker  0.00850953 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07700  alanine racemase  35.32 
 
 		 434 aa  207  2e-52  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.282075 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2084  alanine racemase  34.95 
 
 		 375 aa  207  4e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.261095 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0255  alanine racemase  37.47 
 
 		 375 aa  206  5e-52  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000231066  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2284  alanine racemase  33.88 
 
 		 376 aa  206  6e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0210  alanine racemase  35.88 
 
 		 387 aa  206  7e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.584138  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2107  alanine racemase  37.34 
 
 		 382 aa  205  1e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0910  alanine racemase  35.2 
 
 		 367 aa  205  1e-51  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0868736  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2145  alanine racemase  37.34 
 
 		 382 aa  205  1e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0804  alanine racemase  39.08 
 
 		 365 aa  204  2e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>