More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2457 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2457  alanine racemase  100 
 
 		 423 aa  852    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2992  alanine racemase  91.4 
 
 		 409 aa  720    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.926877  normal  0.268304 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3495  alanine racemase  81.84 
 
 		 413 aa  681    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2290  alanine racemase  73.43 
 
 		 398 aa  601  1.0000000000000001e-171  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.669413  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3807  putative alanine racemase (alr)  75.88 
 
 		 394 aa  597  1e-169  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193954  normal  0.427628 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2014  alanine racemase region  77.26 
 
 		 395 aa  592  1e-168  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109646  normal  0.427468 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2289  alanine racemase  75.7 
 
 		 407 aa  590  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.637547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4632  alanine racemase  49.73 
 
 		 370 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.536129  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2595  alanine racemase  50.55 
 
 		 364 aa  322  7e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.056073 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3937  alanine racemase  50.86 
 
 		 342 aa  316  4e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.155523 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4305  alanine racemase  50.57 
 
 		 342 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4410  alanine racemase  50.7 
 
 		 363 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.280318 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2403  alanine racemase  46.81 
 
 		 357 aa  309  5e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.438825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3482  alanine racemase  47.26 
 
 		 408 aa  308  8e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.552897 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3896  alanine racemase  48.75 
 
 		 364 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.655111  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1502  alanine racemase  46.07 
 
 		 388 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.196094  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2308  alanine racemase  43.99 
 
 		 379 aa  282  1e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155651  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1192  alanine racemase  42.63 
 
 		 389 aa  278  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.183521  normal  0.216373 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0396  alanine racemase  43.64 
 
 		 385 aa  275  9e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124132  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0986  alanine racemase  43.94 
 
 		 389 aa  275  9e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0601461  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1508  alanine racemase  42.01 
 
 		 387 aa  273  5.000000000000001e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.453839  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0914  alanine racemase  42.03 
 
 		 409 aa  268  2e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.452475  decreased coverage  0.000000188246 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3109  alanine racemase  43.01 
 
 		 373 aa  267  2.9999999999999995e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.874814 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4822  alanine racemase  44.47 
 
 		 377 aa  265  8e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0192728 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1046  alanine racemase  42.74 
 
 		 388 aa  263  4e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0730  alanine racemase  41.29 
 
 		 408 aa  261  1e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632943  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1300  alanine racemase  45.99 
 
 		 387 aa  261  2e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0409  alanine racemase  43.87 
 
 		 374 aa  260  4e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1093  alanine racemase  39.11 
 
 		 373 aa  257  2e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0327033  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0672  alanine racemase  43.9 
 
 		 383 aa  257  3e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15843  hitchhiker  0.005206 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1445  alanine racemase  39.39 
 
 		 380 aa  251  1e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2871  alanine racemase  46.09 
 
 		 357 aa  250  3e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2506  alanine racemase  44.63 
 
 		 360 aa  249  5e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.677402  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0923  alanine racemase  39.27 
 
 		 396 aa  249  9e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.489624  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0865  alanine racemase  39.27 
 
 		 396 aa  249  1e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0599236  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6080  alanine racemase  39.89 
 
 		 374 aa  243  5e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0807  alanine racemase  43.78 
 
 		 378 aa  238  1e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1123  alanine racemase  42.7 
 
 		 349 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.12634 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2460  alanine racemase  42.43 
 
 		 349 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.317567  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1068  alanine racemase  42.43 
 
 		 349 aa  233  6e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1208  alanine racemase  39.89 
 
 		 366 aa  231  1e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4776  alanine racemase  38.65 
 
 		 377 aa  230  4e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.102133 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3689  alanine racemase  43.37 
 
 		 365 aa  228  1e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.376484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4830  alanine racemase  37.47 
 
 		 377 aa  227  3e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2378  alanine racemase  42.7 
 
 		 349 aa  220  3.9999999999999997e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.90664 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1779  alanine racemase  39.89 
 
 		 345 aa  218  1e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155065  normal  0.202897 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0013  alanine racemase  40.27 
 
 		 348 aa  216  5e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.326952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1739  alanine racemase  38.61 
 
 		 342 aa  211  2e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0813541  normal  0.651702 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2882  alanine racemase  33.61 
 
 		 360 aa  192  1e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  38.34 
 
 		 358 aa  191  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1227  alanine racemase  37.14 
 
 		 348 aa  191  2e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2783  alanine racemase  34.88 
 
 		 375 aa  191  2e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000262761  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1952  alanine racemase  37.99 
 
 		 356 aa  189  1e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65110  biosynthetic alanine racemase  36.56 
 
 		 358 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002338  alanine racemase biosynthetic  34.15 
 
 		 361 aa  182  7e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00173731  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4221  alanine racemase  33.42 
 
 		 411 aa  182  9.000000000000001e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.53018  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3508  alanine racemase  34.11 
 
 		 395 aa  182  1e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5657  biosynthetic alanine racemase  37.2 
 
 		 358 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0562  alanine racemase  34.05 
 
 		 375 aa  181  2.9999999999999997e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629716  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3576  alanine racemase  35.14 
 
 		 395 aa  181  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00017  alanine racemase  33.06 
 
 		 366 aa  181  2.9999999999999997e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3487  alanine racemase  34.7 
 
 		 393 aa  178  1e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0191  alanine racemase  32 
 
 		 358 aa  177  2e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3427  alanine racemase  35.14 
 
 		 395 aa  176  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.764084  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2629  alanine racemase  33.96 
 
 		 364 aa  175  1.9999999999999998e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.962151  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2381  alanine racemase  33.95 
 
 		 357 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608946  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0103  alanine racemase, catabolic  35.58 
 
 		 357 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0383  alanine racemase  33.33 
 
 		 358 aa  174  2.9999999999999996e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0172619  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5321  alanine racemase  34.04 
 
 		 357 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.274538 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1082  alanine racemase  31.97 
 
 		 364 aa  173  5e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00790418  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5524  alanine racemase  33.86 
 
 		 365 aa  173  5e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5179  alanine racemase  34.05 
 
 		 357 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.266317 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4025  alanine racemase  31.4 
 
 		 375 aa  172  1e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0932  alanine racemase, biosynthetic  31.69 
 
 		 364 aa  171  2e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0201  alanine racemase  33.98 
 
 		 357 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394182 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5269  alanine racemase  32.98 
 
 		 357 aa  170  4e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3724  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  33.06 
 
 		 842 aa  169  8e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1498  alanine racemase  33.33 
 
 		 378 aa  168  2e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3057  alanine racemase  32.33 
 
 		 364 aa  168  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0113499  normal  0.425267 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1359  alanine racemase  31.75 
 
 		 356 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8142  alanine racemase  39.15 
 
 		 294 aa  167  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170675  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01680  alanine racemase  29.97 
 
 		 379 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0237  alanine racemase  35.87 
 
 		 357 aa  166  5e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13457  alanine racemase  34.28 
 
 		 408 aa  166  5.9999999999999996e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0132184  hitchhiker  0.000185138 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0247  alanine racemase  33.95 
 
 		 362 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1999  alanine racemase  33.33 
 
 		 369 aa  164  3e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.711487  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1923  alanine racemase  33.7 
 
 		 362 aa  164  3e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.245815  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0259  alanine racemase  31.91 
 
 		 396 aa  163  4.0000000000000004e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.060575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  32.63 
 
 		 378 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1460  alanine racemase  33.51 
 
 		 368 aa  163  5.0000000000000005e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0782  alanine racemase  33.8 
 
 		 374 aa  162  1e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.804762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0522  alanine racemase  31.04 
 
 		 363 aa  162  1e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000197654  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3345  alanine racemase  32.35 
 
 		 372 aa  162  1e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1173  alanine racemase  32.72 
 
 		 383 aa  161  2e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.49691  normal  0.0522528 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1146  alanine racemase  32.72 
 
 		 383 aa  161  2e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1163  alanine racemase  32.72 
 
 		 383 aa  161  2e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.434451 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1484  alanine racemase  35.26 
 
 		 390 aa  160  4e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.159297  normal  0.789222 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2167  alanine racemase  32.98 
 
 		 373 aa  160  5e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196511  decreased coverage  0.0000176162 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4605  alanine racemase  31.88 
 
 		 359 aa  159  6e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6076  alanine racemase  34.38 
 
 		 368 aa  159  6e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>