More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0807 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0807  alanine racemase  100 
 
 		 378 aa  751    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1445  alanine racemase  55.1 
 
 		 380 aa  394  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0923  alanine racemase  52.53 
 
 		 396 aa  372  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.489624  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0865  alanine racemase  52.27 
 
 		 396 aa  369  1e-101  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0599236  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6080  alanine racemase  53.44 
 
 		 374 aa  368  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0672  alanine racemase  53.46 
 
 		 383 aa  363  4e-99  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15843  hitchhiker  0.005206 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4822  alanine racemase  54.6 
 
 		 377 aa  350  2e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0192728 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4830  alanine racemase  53.57 
 
 		 377 aa  348  1e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4776  alanine racemase  52.75 
 
 		 377 aa  344  1e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.102133 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1502  alanine racemase  54.04 
 
 		 388 aa  342  7e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.196094  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1093  alanine racemase  46.5 
 
 		 373 aa  335  7.999999999999999e-91  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0327033  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1300  alanine racemase  53.02 
 
 		 387 aa  330  3e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0396  alanine racemase  46.69 
 
 		 385 aa  313  2.9999999999999996e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124132  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1208  alanine racemase  48.88 
 
 		 366 aa  308  1.0000000000000001e-82  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0409  alanine racemase  47.63 
 
 		 374 aa  298  1e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3482  alanine racemase  45.74 
 
 		 408 aa  288  2e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.552897 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0730  alanine racemase  43.35 
 
 		 408 aa  286  2.9999999999999996e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632943  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1508  alanine racemase  45.63 
 
 		 387 aa  283  4.0000000000000003e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.453839  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2595  alanine racemase  49.16 
 
 		 364 aa  279  6e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.056073 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2289  alanine racemase  45.83 
 
 		 407 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.637547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2403  alanine racemase  47.62 
 
 		 357 aa  273  5.000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.438825  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4632  alanine racemase  46.9 
 
 		 370 aa  271  1e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.536129  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1192  alanine racemase  41.98 
 
 		 389 aa  271  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.183521  normal  0.216373 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0986  alanine racemase  44.89 
 
 		 389 aa  269  8e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0601461  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2460  alanine racemase  46.7 
 
 		 349 aa  268  1e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.317567  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1123  alanine racemase  46.7 
 
 		 349 aa  268  1e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.12634 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2871  alanine racemase  49.15 
 
 		 357 aa  267  2e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2014  alanine racemase region  44.11 
 
 		 395 aa  266  2.9999999999999995e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109646  normal  0.427468 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3495  alanine racemase  44.17 
 
 		 413 aa  266  4e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2290  alanine racemase  44.72 
 
 		 398 aa  265  1e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.669413  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0914  alanine racemase  44.32 
 
 		 409 aa  262  6e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.452475  decreased coverage  0.000000188246 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1068  alanine racemase  45.45 
 
 		 349 aa  261  1e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3807  putative alanine racemase (alr)  41.64 
 
 		 394 aa  261  1e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193954  normal  0.427628 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2308  alanine racemase  43.36 
 
 		 379 aa  256  3e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1046  alanine racemase  43.55 
 
 		 388 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2506  alanine racemase  43.34 
 
 		 360 aa  254  1.0000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.677402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4410  alanine racemase  46.96 
 
 		 363 aa  250  3e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.280318 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1739  alanine racemase  42.9 
 
 		 342 aa  249  4e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0813541  normal  0.651702 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3689  alanine racemase  47.27 
 
 		 365 aa  249  5e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.376484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4305  alanine racemase  45.4 
 
 		 342 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3896  alanine racemase  46.67 
 
 		 364 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.655111  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2378  alanine racemase  45.83 
 
 		 349 aa  243  3e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.90664 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3937  alanine racemase  45.4 
 
 		 342 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.155523 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2992  alanine racemase  43.89 
 
 		 409 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.926877  normal  0.268304 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2457  alanine racemase  44.17 
 
 		 423 aa  237  3e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1779  alanine racemase  43.22 
 
 		 345 aa  237  3e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155065  normal  0.202897 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8142  alanine racemase  49.64 
 
 		 294 aa  234  2.0000000000000002e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170675  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3109  alanine racemase  42.29 
 
 		 373 aa  233  3e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.874814 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0013  alanine racemase  41.55 
 
 		 348 aa  214  2.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.326952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  40.71 
 
 		 378 aa  209  5e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1952  alanine racemase  39.72 
 
 		 356 aa  202  6e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3576  alanine racemase  38.67 
 
 		 395 aa  199  6e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3508  alanine racemase  38.4 
 
 		 395 aa  196  4.0000000000000005e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0862  alanine racemase  37.37 
 
 		 403 aa  193  3e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0897  alanine racemase  37.23 
 
 		 403 aa  190  2.9999999999999997e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0923  alanine racemase  37.23 
 
 		 403 aa  190  2.9999999999999997e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0365906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  39.55 
 
 		 358 aa  189  7e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3427  alanine racemase  37.12 
 
 		 395 aa  189  7e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.764084  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01680  alanine racemase  34.62 
 
 		 379 aa  189  1e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1227  alanine racemase  39.22 
 
 		 348 aa  188  1e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65110  biosynthetic alanine racemase  39.33 
 
 		 358 aa  188  2e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2882  alanine racemase  34.9 
 
 		 360 aa  187  3e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0562  alanine racemase  35.75 
 
 		 375 aa  187  3e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629716  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0928  alanine racemase  38.61 
 
 		 361 aa  183  5.0000000000000004e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2381  alanine racemase  37.12 
 
 		 357 aa  182  8.000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608946  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0412  alanine racemase  36.65 
 
 		 395 aa  182  1e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.650932  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1025  alanine racemase  32.12 
 
 		 364 aa  182  1e-44  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0390  alanine racemase  35.43 
 
 		 395 aa  182  1e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.185126  normal  0.667441 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1986  alanine racemase  37.78 
 
 		 375 aa  181  1e-44  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.371384  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2926  alanine racemase  32.98 
 
 		 389 aa  181  2e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.839244  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2865  alanine racemase  35.26 
 
 		 370 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000333192  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0588  alanine racemase  38.06 
 
 		 365 aa  180  2.9999999999999997e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0886157  hitchhiker  9.74231e-17 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2011  alanine racemase  34.53 
 
 		 368 aa  179  8e-44  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.146422  normal  0.0449726 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5657  biosynthetic alanine racemase  37.36 
 
 		 358 aa  179  8e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0345  alanine racemase  37.85 
 
 		 376 aa  178  1e-43  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.605258  normal  0.144303 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2167  alanine racemase  38.03 
 
 		 373 aa  177  3e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196511  decreased coverage  0.0000176162 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4221  alanine racemase  35.2 
 
 		 411 aa  176  5e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.53018  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2762  alanine racemase  34.96 
 
 		 380 aa  176  5e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00587004  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0307  alanine racemase  31.5 
 
 		 390 aa  176  6e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2201  alanine racemase  36.78 
 
 		 406 aa  176  6e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.419731 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23341  alanine racemase  36.75 
 
 		 398 aa  175  9.999999999999999e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0103  alanine racemase, catabolic  38.55 
 
 		 357 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1484  alanine racemase  36.46 
 
 		 390 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.770988  hitchhiker  0.000000845672 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4448  alanine racemase  35.64 
 
 		 359 aa  174  2.9999999999999996e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.418216  normal  0.575034 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1758  alanine racemase  33.79 
 
 		 369 aa  173  5e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3487  alanine racemase  37.85 
 
 		 393 aa  171  1e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0905  alanine racemase  33.51 
 
 		 389 aa  172  1e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00165979  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2697  alanine racemase  31.38 
 
 		 391 aa  172  1e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5524  alanine racemase  37.63 
 
 		 365 aa  171  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2594  alanine racemase  37.17 
 
 		 433 aa  171  2e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.127753  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0775  hypothetical protein  34.37 
 
 		 357 aa  169  6e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0201  alanine racemase  37.54 
 
 		 357 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394182 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1331  alanine racemase  37.22 
 
 		 357 aa  169  6e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5321  alanine racemase  37.6 
 
 		 357 aa  169  9e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.274538 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3724  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  32.61 
 
 		 842 aa  169  9e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2606  alanine racemase  37.94 
 
 		 437 aa  168  1e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000945338 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2031  alanine racemase  35.99 
 
 		 376 aa  168  1e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2908  alanine racemase  35.36 
 
 		 379 aa  168  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.184968  normal  0.271691 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1498  alanine racemase  31.44 
 
 		 378 aa  168  1e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0994  alanine racemase  37.97 
 
 		 382 aa  168  1e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>