More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3807 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_3807  putative alanine racemase (alr)  100 
 
 		 394 aa  803    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193954  normal  0.427628 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2014  alanine racemase region  73.26 
 
 		 395 aa  585  1e-166  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109646  normal  0.427468 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2290  alanine racemase  75.14 
 
 		 398 aa  585  1e-166  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.669413  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3495  alanine racemase  72.97 
 
 		 413 aa  580  1e-164  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2992  alanine racemase  75.34 
 
 		 409 aa  571  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.926877  normal  0.268304 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2457  alanine racemase  76.16 
 
 		 423 aa  569  1e-161  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2289  alanine racemase  71.91 
 
 		 407 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.637547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4632  alanine racemase  52.62 
 
 		 370 aa  347  2e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.536129  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2595  alanine racemase  52.51 
 
 		 364 aa  339  5e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.056073 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3482  alanine racemase  47.29 
 
 		 408 aa  308  9e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.552897 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2403  alanine racemase  47.24 
 
 		 357 aa  305  8.000000000000001e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.438825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4410  alanine racemase  48.04 
 
 		 363 aa  297  3e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.280318 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3937  alanine racemase  48.15 
 
 		 342 aa  296  3e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.155523 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4305  alanine racemase  47.88 
 
 		 342 aa  295  1e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1502  alanine racemase  45.48 
 
 		 388 aa  287  2e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.196094  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4822  alanine racemase  46.58 
 
 		 377 aa  286  5.999999999999999e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0192728 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2308  alanine racemase  43.96 
 
 		 379 aa  286  7e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3896  alanine racemase  49.17 
 
 		 364 aa  283  5.000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.655111  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0396  alanine racemase  43.72 
 
 		 385 aa  274  2.0000000000000002e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124132  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1192  alanine racemase  41.92 
 
 		 389 aa  270  5e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.183521  normal  0.216373 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1300  alanine racemase  44.97 
 
 		 387 aa  268  2e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1508  alanine racemase  41.42 
 
 		 387 aa  264  2e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.453839  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6080  alanine racemase  40.97 
 
 		 374 aa  263  4e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0986  alanine racemase  42.52 
 
 		 389 aa  263  4e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0601461  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0914  alanine racemase  41.58 
 
 		 409 aa  263  4.999999999999999e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.452475  decreased coverage  0.000000188246 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1093  alanine racemase  38.67 
 
 		 373 aa  261  1e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0327033  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0409  alanine racemase  43.05 
 
 		 374 aa  260  2e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0730  alanine racemase  41.18 
 
 		 408 aa  260  4e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632943  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0672  alanine racemase  40.27 
 
 		 383 aa  260  4e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15843  hitchhiker  0.005206 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1046  alanine racemase  41.34 
 
 		 388 aa  255  9e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1445  alanine racemase  39.01 
 
 		 380 aa  252  7e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2506  alanine racemase  43.72 
 
 		 360 aa  251  1e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.677402  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0923  alanine racemase  38.73 
 
 		 396 aa  250  3e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.489624  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2871  alanine racemase  45.14 
 
 		 357 aa  249  4e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0865  alanine racemase  38.73 
 
 		 396 aa  249  5e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0599236  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4776  alanine racemase  40.55 
 
 		 377 aa  241  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.102133 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4830  alanine racemase  39.84 
 
 		 377 aa  239  8e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3109  alanine racemase  37.6 
 
 		 373 aa  238  1e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.874814 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0807  alanine racemase  41.64 
 
 		 378 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3689  alanine racemase  43.29 
 
 		 365 aa  233  5e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.376484  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1208  alanine racemase  39.51 
 
 		 366 aa  233  6e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1123  alanine racemase  40.55 
 
 		 349 aa  232  8.000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.12634 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2378  alanine racemase  42.16 
 
 		 349 aa  231  2e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.90664 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1068  alanine racemase  40.6 
 
 		 349 aa  231  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2460  alanine racemase  40.27 
 
 		 349 aa  230  3e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.317567  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1779  alanine racemase  39.89 
 
 		 345 aa  226  6e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155065  normal  0.202897 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0013  alanine racemase  42.78 
 
 		 348 aa  220  3.9999999999999997e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.326952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1739  alanine racemase  40.06 
 
 		 342 aa  218  2e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0813541  normal  0.651702 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2783  alanine racemase  34.05 
 
 		 375 aa  192  1e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000262761  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0191  alanine racemase  34.04 
 
 		 358 aa  189  5.999999999999999e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1952  alanine racemase  38.1 
 
 		 356 aa  188  2e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1227  alanine racemase  37.43 
 
 		 348 aa  187  3e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8142  alanine racemase  40.99 
 
 		 294 aa  186  8e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170675  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2882  alanine racemase  33.61 
 
 		 360 aa  183  4.0000000000000006e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3508  alanine racemase  34.22 
 
 		 395 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4221  alanine racemase  33.86 
 
 		 411 aa  177  2e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.53018  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002338  alanine racemase biosynthetic  32.07 
 
 		 361 aa  177  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00173731  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3576  alanine racemase  33.69 
 
 		 395 aa  177  3e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1359  alanine racemase  36.49 
 
 		 356 aa  177  3e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00017  alanine racemase  31.52 
 
 		 366 aa  176  4e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1498  alanine racemase  34.51 
 
 		 378 aa  176  6e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0383  alanine racemase  32.34 
 
 		 358 aa  176  8e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0172619  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  34.69 
 
 		 358 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3487  alanine racemase  33.33 
 
 		 393 aa  174  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3427  alanine racemase  33.69 
 
 		 395 aa  174  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.764084  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2629  alanine racemase  34.43 
 
 		 364 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.962151  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0201  alanine racemase  33.79 
 
 		 357 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394182 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5321  alanine racemase  34.4 
 
 		 357 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.274538 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65110  biosynthetic alanine racemase  34.92 
 
 		 358 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0562  alanine racemase  34.04 
 
 		 375 aa  171  2e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629716  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5179  alanine racemase  33.87 
 
 		 357 aa  171  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.266317 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5524  alanine racemase  33.24 
 
 		 365 aa  169  6e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5269  alanine racemase  33.33 
 
 		 357 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3277  alanine racemase  33.8 
 
 		 358 aa  169  8e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.323363  unclonable  0.00000258476 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3057  alanine racemase  32.03 
 
 		 364 aa  169  8e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0113499  normal  0.425267 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  33.42 
 
 		 378 aa  169  1e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1930  alanine racemase  35.41 
 
 		 367 aa  167  4e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1923  alanine racemase  33.88 
 
 		 362 aa  166  5e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.245815  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1999  alanine racemase  33.88 
 
 		 369 aa  166  5e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.711487  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01680  alanine racemase  31.81 
 
 		 379 aa  166  5.9999999999999996e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0928  alanine racemase  35.81 
 
 		 361 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0964  alanine racemase  29.72 
 
 		 388 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0103  alanine racemase, catabolic  34.33 
 
 		 357 aa  164  3e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4605  alanine racemase  33.24 
 
 		 359 aa  164  3e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03925  alanine racemase  33.24 
 
 		 359 aa  163  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.190319  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3940  alanine racemase  33.24 
 
 		 359 aa  163  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4293  alanine racemase  33.24 
 
 		 359 aa  163  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4514  alanine racemase  33.24 
 
 		 359 aa  163  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3975  alanine racemase  33.24 
 
 		 359 aa  163  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.379875 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03885  hypothetical protein  33.24 
 
 		 359 aa  163  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.182053  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5555  alanine racemase  33.33 
 
 		 359 aa  163  6e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2011  alanine racemase  33.15 
 
 		 368 aa  162  9e-39  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.146422  normal  0.0449726 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1734  alanine racemase  33.42 
 
 		 359 aa  162  1e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.229212  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2128  alanine racemase  33.7 
 
 		 374 aa  162  1e-38  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2167  alanine racemase  32.53 
 
 		 373 aa  162  1e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196511  decreased coverage  0.0000176162 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1082  alanine racemase  31.25 
 
 		 364 aa  162  1e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00790418  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4495  alanine racemase  32.7 
 
 		 359 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.182607  normal  0.0659463 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4542  alanine racemase  33.24 
 
 		 359 aa  161  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0763  alanine racemase  33.24 
 
 		 358 aa  161  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.347962  unclonable  0.0000000000881438 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4589  alanine racemase  32.7 
 
 		 359 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>