More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2460 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1068  alanine racemase  93.98 
 
 		 349 aa  668    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2460  alanine racemase  100 
 
 		 349 aa  706    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.317567  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1123  alanine racemase  99.71 
 
 		 349 aa  703    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.12634 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2378  alanine racemase  68.02 
 
 		 349 aa  463  1e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.90664 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1779  alanine racemase  62.54 
 
 		 345 aa  435  1e-121  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155065  normal  0.202897 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1739  alanine racemase  62.87 
 
 		 342 aa  415  9.999999999999999e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0813541  normal  0.651702 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3689  alanine racemase  60.4 
 
 		 365 aa  371  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.376484  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0409  alanine racemase  48.5 
 
 		 374 aa  277  2e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0914  alanine racemase  44.88 
 
 		 409 aa  263  2e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.452475  decreased coverage  0.000000188246 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6080  alanine racemase  44.01 
 
 		 374 aa  259  5.0000000000000005e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0672  alanine racemase  45.38 
 
 		 383 aa  257  2e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15843  hitchhiker  0.005206 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1502  alanine racemase  44.26 
 
 		 388 aa  252  6e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.196094  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4822  alanine racemase  46.03 
 
 		 377 aa  251  1e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0192728 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0807  alanine racemase  46.28 
 
 		 378 aa  249  4e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1300  alanine racemase  43.25 
 
 		 387 aa  249  5e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0730  alanine racemase  42.63 
 
 		 408 aa  243  3.9999999999999997e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632943  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2289  alanine racemase  42.98 
 
 		 407 aa  243  5e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.637547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2290  alanine racemase  41.87 
 
 		 398 aa  241  2e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.669413  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1208  alanine racemase  42.98 
 
 		 366 aa  241  2e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4830  alanine racemase  43.06 
 
 		 377 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2014  alanine racemase region  41.87 
 
 		 395 aa  237  2e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109646  normal  0.427468 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4776  alanine racemase  43.61 
 
 		 377 aa  236  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.102133 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3482  alanine racemase  42.93 
 
 		 408 aa  236  4e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.552897 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1508  alanine racemase  41.26 
 
 		 387 aa  236  5.0000000000000005e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.453839  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0396  alanine racemase  42.46 
 
 		 385 aa  233  3e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124132  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4632  alanine racemase  44.41 
 
 		 370 aa  233  5e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.536129  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3807  putative alanine racemase (alr)  40.27 
 
 		 394 aa  230  3e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193954  normal  0.427628 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1192  alanine racemase  40.43 
 
 		 389 aa  229  4e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.183521  normal  0.216373 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1445  alanine racemase  40.78 
 
 		 380 aa  228  9e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4410  alanine racemase  44.44 
 
 		 363 aa  228  1e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.280318 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3495  alanine racemase  41.64 
 
 		 413 aa  227  3e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0923  alanine racemase  39.84 
 
 		 396 aa  223  4.9999999999999996e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.489624  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3896  alanine racemase  45.33 
 
 		 364 aa  222  6e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.655111  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0865  alanine racemase  39.68 
 
 		 396 aa  222  7e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0599236  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4305  alanine racemase  42.69 
 
 		 342 aa  222  7e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1093  alanine racemase  38.06 
 
 		 373 aa  221  9.999999999999999e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0327033  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2506  alanine racemase  42.66 
 
 		 360 aa  219  3.9999999999999997e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.677402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2992  alanine racemase  41.44 
 
 		 409 aa  219  7e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.926877  normal  0.268304 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3937  alanine racemase  42.4 
 
 		 342 aa  218  8.999999999999998e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.155523 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2871  alanine racemase  43.77 
 
 		 357 aa  218  1e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1046  alanine racemase  39.62 
 
 		 388 aa  216  7e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2457  alanine racemase  41.99 
 
 		 423 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0986  alanine racemase  40.8 
 
 		 389 aa  208  9e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0601461  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2403  alanine racemase  42.46 
 
 		 357 aa  204  2e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.438825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0013  alanine racemase  44 
 
 		 348 aa  204  2e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.326952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2308  alanine racemase  38.15 
 
 		 379 aa  202  6e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2595  alanine racemase  42.06 
 
 		 364 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.056073 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  38.64 
 
 		 358 aa  199  5e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3109  alanine racemase  39.57 
 
 		 373 aa  198  1.0000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.874814 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65110  biosynthetic alanine racemase  39.22 
 
 		 358 aa  192  8e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2882  alanine racemase  35.33 
 
 		 360 aa  189  8e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5657  biosynthetic alanine racemase  37.54 
 
 		 358 aa  186  5e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1952  alanine racemase  40.17 
 
 		 356 aa  185  1.0000000000000001e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1227  alanine racemase  40.29 
 
 		 348 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5524  alanine racemase  35.65 
 
 		 365 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00017  alanine racemase  33.89 
 
 		 366 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2783  alanine racemase  33.97 
 
 		 375 aa  173  5e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000262761  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0237  alanine racemase  35.93 
 
 		 357 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0201  alanine racemase  34.83 
 
 		 357 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394182 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0247  alanine racemase  36.49 
 
 		 362 aa  172  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5179  alanine racemase  35.29 
 
 		 357 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.266317 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69990  alanine racemase  36.54 
 
 		 357 aa  170  3e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0103  alanine racemase, catabolic  36.46 
 
 		 357 aa  170  4e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002338  alanine racemase biosynthetic  32.78 
 
 		 361 aa  169  7e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00173731  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0383  alanine racemase  33.88 
 
 		 358 aa  168  1e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0172619  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5321  alanine racemase  34.84 
 
 		 357 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.274538 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5269  alanine racemase  34.73 
 
 		 357 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0191  alanine racemase  32.96 
 
 		 358 aa  167  2.9999999999999998e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4025  alanine racemase  31.62 
 
 		 375 aa  166  5e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2381  alanine racemase  36.36 
 
 		 357 aa  166  6.9999999999999995e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608946  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3499  alanine racemase  33.15 
 
 		 360 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01680  alanine racemase  30.52 
 
 		 379 aa  165  1.0000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1923  alanine racemase  35.91 
 
 		 362 aa  163  4.0000000000000004e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.245815  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0562  alanine racemase  32.44 
 
 		 375 aa  163  5.0000000000000005e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629716  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1999  alanine racemase  35.93 
 
 		 369 aa  162  6e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.711487  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0824  alanine racemase  29.22 
 
 		 380 aa  162  6e-39  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.664033  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00596  alanine racemase  32.76 
 
 		 358 aa  162  7e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6076  alanine racemase  35.57 
 
 		 368 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3277  alanine racemase  33.91 
 
 		 358 aa  162  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.323363  unclonable  0.00000258476 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03074  alanine racemase  35.89 
 
 		 366 aa  161  2e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47960  alanine racemase  35.16 
 
 		 361 aa  161  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3637  alanine racemase  32.87 
 
 		 359 aa  160  3e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0259  alanine racemase  34.51 
 
 		 396 aa  160  3e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.060575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1004  alanine racemase  35.2 
 
 		 378 aa  160  4e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.931017  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4206  alanine racemase  33.81 
 
 		 358 aa  159  6e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0248673  decreased coverage  0.000000273108 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5555  alanine racemase  33.61 
 
 		 359 aa  159  9e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0928  alanine racemase  35.03 
 
 		 361 aa  158  2e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4605  alanine racemase  33.61 
 
 		 359 aa  158  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03925  alanine racemase  33.61 
 
 		 359 aa  157  3e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.190319  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3940  alanine racemase  33.61 
 
 		 359 aa  157  3e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03885  hypothetical protein  33.61 
 
 		 359 aa  157  3e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.182053  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0804  hypothetical protein  30.99 
 
 		 357 aa  157  3e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3975  alanine racemase  33.61 
 
 		 359 aa  157  3e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.379875 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4514  alanine racemase  33.61 
 
 		 359 aa  157  3e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4293  alanine racemase  33.61 
 
 		 359 aa  157  3e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04590  alanine racemase  35.49 
 
 		 378 aa  157  3e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.379563 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0257  alanine racemase  33.88 
 
 		 359 aa  157  3e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2388  alanine racemase  34.67 
 
 		 367 aa  156  4e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0588  alanine racemase  35.49 
 
 		 365 aa  156  5.0000000000000005e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0886157  hitchhiker  9.74231e-17 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0775  hypothetical protein  31.55 
 
 		 357 aa  155  9e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>