More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3689 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3689  alanine racemase  100 
 
 		 365 aa  714    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.376484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1068  alanine racemase  61.99 
 
 		 349 aa  393  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1123  alanine racemase  61.11 
 
 		 349 aa  387  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.12634 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2460  alanine racemase  61.11 
 
 		 349 aa  387  1e-106  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.317567  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1779  alanine racemase  58.53 
 
 		 345 aa  372  1e-102  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155065  normal  0.202897 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1739  alanine racemase  57.99 
 
 		 342 aa  369  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0813541  normal  0.651702 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2378  alanine racemase  59.36 
 
 		 349 aa  367  1e-100  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.90664 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1502  alanine racemase  47.68 
 
 		 388 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.196094  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0672  alanine racemase  48.18 
 
 		 383 aa  270  2e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15843  hitchhiker  0.005206 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0409  alanine racemase  49.59 
 
 		 374 aa  267  2e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1508  alanine racemase  43.9 
 
 		 387 aa  265  8.999999999999999e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.453839  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1300  alanine racemase  48.77 
 
 		 387 aa  265  1e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1445  alanine racemase  44.88 
 
 		 380 aa  265  1e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1192  alanine racemase  45.16 
 
 		 389 aa  264  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.183521  normal  0.216373 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0914  alanine racemase  46.94 
 
 		 409 aa  263  3e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.452475  decreased coverage  0.000000188246 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0730  alanine racemase  46.4 
 
 		 408 aa  262  6e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632943  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4822  alanine racemase  50.42 
 
 		 377 aa  262  8.999999999999999e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0192728 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0923  alanine racemase  43.92 
 
 		 396 aa  257  2e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.489624  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0865  alanine racemase  43.65 
 
 		 396 aa  254  2.0000000000000002e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0599236  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1208  alanine racemase  44.04 
 
 		 366 aa  249  7e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2289  alanine racemase  44.9 
 
 		 407 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.637547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2290  alanine racemase  45.9 
 
 		 398 aa  243  3e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.669413  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3807  putative alanine racemase (alr)  43.56 
 
 		 394 aa  243  5e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193954  normal  0.427628 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2014  alanine racemase region  45.28 
 
 		 395 aa  243  6e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109646  normal  0.427468 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1046  alanine racemase  45.58 
 
 		 388 aa  242  6e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0396  alanine racemase  42.86 
 
 		 385 aa  242  6e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124132  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0807  alanine racemase  47.66 
 
 		 378 aa  240  2.9999999999999997e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4830  alanine racemase  42.66 
 
 		 377 aa  239  4e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6080  alanine racemase  41.48 
 
 		 374 aa  240  4e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1093  alanine racemase  40.17 
 
 		 373 aa  239  6.999999999999999e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0327033  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3495  alanine racemase  44.29 
 
 		 413 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4776  alanine racemase  44.1 
 
 		 377 aa  237  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.102133 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2403  alanine racemase  47.63 
 
 		 357 aa  236  4e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.438825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3482  alanine racemase  45.11 
 
 		 408 aa  236  6e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.552897 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0986  alanine racemase  42.97 
 
 		 389 aa  231  1e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0601461  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2992  alanine racemase  44.57 
 
 		 409 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.926877  normal  0.268304 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2871  alanine racemase  46.07 
 
 		 357 aa  224  1e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2506  alanine racemase  46.24 
 
 		 360 aa  219  5e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.677402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4305  alanine racemase  42.15 
 
 		 342 aa  219  7.999999999999999e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2457  alanine racemase  45.13 
 
 		 423 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4410  alanine racemase  42.74 
 
 		 363 aa  218  1e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.280318 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  41.13 
 
 		 358 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3937  alanine racemase  41.57 
 
 		 342 aa  213  5.999999999999999e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.155523 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4632  alanine racemase  42.19 
 
 		 370 aa  212  7.999999999999999e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.536129  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3896  alanine racemase  43.91 
 
 		 364 aa  210  3e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.655111  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1227  alanine racemase  44.35 
 
 		 348 aa  207  2e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0013  alanine racemase  44.6 
 
 		 348 aa  206  4e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.326952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2595  alanine racemase  41.99 
 
 		 364 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.056073 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5657  biosynthetic alanine racemase  39.72 
 
 		 358 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002338  alanine racemase biosynthetic  37.43 
 
 		 361 aa  193  3e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00173731  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65110  biosynthetic alanine racemase  40.28 
 
 		 358 aa  189  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00017  alanine racemase  36.49 
 
 		 366 aa  187  3e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0383  alanine racemase  36.97 
 
 		 358 aa  185  1.0000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0172619  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2308  alanine racemase  39.56 
 
 		 379 aa  184  2.0000000000000003e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1952  alanine racemase  42.41 
 
 		 356 aa  183  4.0000000000000006e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2783  alanine racemase  35.12 
 
 		 375 aa  181  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000262761  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8142  alanine racemase  45.02 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170675  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5179  alanine racemase  38.79 
 
 		 357 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.266317 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3109  alanine racemase  38.78 
 
 		 373 aa  177  3e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.874814 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5321  alanine racemase  38.79 
 
 		 357 aa  177  4e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.274538 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47960  alanine racemase  40.44 
 
 		 361 aa  175  9e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0191  alanine racemase  36.29 
 
 		 358 aa  175  9e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2882  alanine racemase  33.52 
 
 		 360 aa  174  9.999999999999999e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5269  alanine racemase  38.22 
 
 		 357 aa  173  5e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0562  alanine racemase  35.99 
 
 		 375 aa  172  7.999999999999999e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629716  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0804  hypothetical protein  33.14 
 
 		 357 aa  172  1e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0775  hypothetical protein  33.71 
 
 		 357 aa  172  1e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3764  alanine racemase  38.02 
 
 		 359 aa  172  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000118138  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4206  alanine racemase  37.25 
 
 		 358 aa  171  1e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0248673  decreased coverage  0.000000273108 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0247  alanine racemase  38.06 
 
 		 362 aa  171  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3345  alanine racemase  35.11 
 
 		 372 aa  171  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69990  alanine racemase  39.43 
 
 		 357 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5524  alanine racemase  36.78 
 
 		 365 aa  170  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6556  alanine racemase  38.84 
 
 		 388 aa  170  3e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0201  alanine racemase  37.82 
 
 		 357 aa  171  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394182 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0754  alanine racemase  37.74 
 
 		 359 aa  170  4e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000492133  normal  0.112637 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3854  alanine racemase  37.74 
 
 		 359 aa  169  6e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00269497  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3057  alanine racemase  36.68 
 
 		 364 aa  169  8e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0113499  normal  0.425267 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1359  alanine racemase  36.83 
 
 		 356 aa  169  9e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1999  alanine racemase  36.97 
 
 		 369 aa  168  1e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.711487  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1923  alanine racemase  36.97 
 
 		 362 aa  168  1e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.245815  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6076  alanine racemase  39.09 
 
 		 368 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2115  alanine racemase  36.39 
 
 		 357 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000357535  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4448  alanine racemase  35.56 
 
 		 359 aa  167  2.9999999999999998e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.418216  normal  0.575034 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0717  alanine racemase  35.41 
 
 		 358 aa  166  4e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00955236  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4605  alanine racemase  36.29 
 
 		 359 aa  166  5e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4504  alanine racemase  37.96 
 
 		 373 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.142172  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3637  alanine racemase  38.18 
 
 		 359 aa  165  9e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2629  alanine racemase  36.31 
 
 		 364 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.962151  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5555  alanine racemase  36.29 
 
 		 359 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3940  alanine racemase  36.29 
 
 		 359 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0747  alanine racemase  35.13 
 
 		 358 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00105431  hitchhiker  0.000194512 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4293  alanine racemase  36.29 
 
 		 359 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1965  alanine racemase  38.03 
 
 		 373 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4514  alanine racemase  36.29 
 
 		 359 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3637  alanine racemase  35.13 
 
 		 358 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000125734  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3975  alanine racemase  36.29 
 
 		 359 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.379875 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4078  alanine racemase  37.75 
 
 		 373 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00596  alanine racemase  33.71 
 
 		 358 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0738  alanine racemase  35.13 
 
 		 358 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0231981  decreased coverage  0.0000000000814721 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>