More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2290 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2014  alanine racemase region  87.15 
 
 		 395 aa  687    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109646  normal  0.427468 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2290  alanine racemase  100 
 
 		 398 aa  803    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.669413  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3495  alanine racemase  73.68 
 
 		 413 aa  601  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3807  putative alanine racemase (alr)  75.14 
 
 		 394 aa  589  1e-167  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193954  normal  0.427628 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2289  alanine racemase  73.37 
 
 		 407 aa  578  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.637547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2992  alanine racemase  73.93 
 
 		 409 aa  579  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.926877  normal  0.268304 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2457  alanine racemase  73.43 
 
 		 423 aa  570  1e-161  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2403  alanine racemase  51.25 
 
 		 357 aa  331  1e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.438825  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4632  alanine racemase  52.78 
 
 		 370 aa  330  3e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.536129  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2595  alanine racemase  51.96 
 
 		 364 aa  322  6e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.056073 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3482  alanine racemase  49.21 
 
 		 408 aa  320  3e-86  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.552897 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3937  alanine racemase  51.28 
 
 		 342 aa  310  4e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.155523 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4410  alanine racemase  50.84 
 
 		 363 aa  309  5.9999999999999995e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.280318 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4305  alanine racemase  50.71 
 
 		 342 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1502  alanine racemase  50 
 
 		 388 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.196094  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2308  alanine racemase  47.4 
 
 		 379 aa  300  4e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4822  alanine racemase  48.11 
 
 		 377 aa  292  8e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0192728 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0409  alanine racemase  48.37 
 
 		 374 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1192  alanine racemase  44.93 
 
 		 389 aa  286  4e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.183521  normal  0.216373 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3896  alanine racemase  50 
 
 		 364 aa  279  6e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.655111  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0672  alanine racemase  44.92 
 
 		 383 aa  276  5e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15843  hitchhiker  0.005206 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0914  alanine racemase  42.49 
 
 		 409 aa  271  1e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.452475  decreased coverage  0.000000188246 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0986  alanine racemase  42.93 
 
 		 389 aa  271  1e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0601461  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1046  alanine racemase  45.36 
 
 		 388 aa  271  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1300  alanine racemase  46.38 
 
 		 387 aa  268  1e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2506  alanine racemase  46.83 
 
 		 360 aa  268  1e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.677402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1508  alanine racemase  41.14 
 
 		 387 aa  268  1e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.453839  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0730  alanine racemase  42.64 
 
 		 408 aa  267  2e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632943  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0396  alanine racemase  43.85 
 
 		 385 aa  266  4e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124132  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2871  alanine racemase  47.27 
 
 		 357 aa  265  8.999999999999999e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6080  alanine racemase  43.29 
 
 		 374 aa  262  6.999999999999999e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3109  alanine racemase  42.86 
 
 		 373 aa  261  2e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.874814 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1093  alanine racemase  39.1 
 
 		 373 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0327033  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1208  alanine racemase  42.39 
 
 		 366 aa  251  1e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1445  alanine racemase  41.42 
 
 		 380 aa  250  4e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0865  alanine racemase  40.21 
 
 		 396 aa  248  1e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0599236  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0923  alanine racemase  40.21 
 
 		 396 aa  248  1e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.489624  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4830  alanine racemase  40.73 
 
 		 377 aa  247  3e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4776  alanine racemase  42.47 
 
 		 377 aa  245  9e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.102133 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1123  alanine racemase  42.01 
 
 		 349 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.12634 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1068  alanine racemase  42.12 
 
 		 349 aa  242  7.999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2460  alanine racemase  41.73 
 
 		 349 aa  242  1e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.317567  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0807  alanine racemase  44.81 
 
 		 378 aa  239  5e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1779  alanine racemase  41.32 
 
 		 345 aa  233  6e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155065  normal  0.202897 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3689  alanine racemase  45.43 
 
 		 365 aa  232  1e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.376484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2378  alanine racemase  42.51 
 
 		 349 aa  231  2e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.90664 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1739  alanine racemase  41.05 
 
 		 342 aa  226  4e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0813541  normal  0.651702 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0013  alanine racemase  41.92 
 
 		 348 aa  219  1e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.326952  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2882  alanine racemase  35.18 
 
 		 360 aa  204  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  38.48 
 
 		 358 aa  203  5e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1227  alanine racemase  39.66 
 
 		 348 aa  200  3.9999999999999996e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2783  alanine racemase  35.48 
 
 		 375 aa  200  3.9999999999999996e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000262761  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0191  alanine racemase  34.31 
 
 		 358 aa  192  8e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65110  biosynthetic alanine racemase  38.65 
 
 		 358 aa  192  9e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3057  alanine racemase  35.62 
 
 		 364 aa  189  8e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0113499  normal  0.425267 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0383  alanine racemase  33.51 
 
 		 358 aa  187  4e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0172619  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5657  biosynthetic alanine racemase  38.46 
 
 		 358 aa  187  4e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4221  alanine racemase  34.14 
 
 		 411 aa  186  5e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.53018  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1498  alanine racemase  34.78 
 
 		 378 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8142  alanine racemase  42.91 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170675  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2381  alanine racemase  35.03 
 
 		 357 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608946  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3508  alanine racemase  35.44 
 
 		 395 aa  184  3e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00017  alanine racemase  33.61 
 
 		 366 aa  183  4.0000000000000006e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002338  alanine racemase biosynthetic  33.88 
 
 		 361 aa  182  6e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00173731  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3576  alanine racemase  35.16 
 
 		 395 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1359  alanine racemase  33.24 
 
 		 356 aa  181  2e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3427  alanine racemase  35.62 
 
 		 395 aa  180  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.764084  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2629  alanine racemase  34.88 
 
 		 364 aa  180  4.999999999999999e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.962151  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3277  alanine racemase  35.01 
 
 		 358 aa  179  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.323363  unclonable  0.00000258476 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0609  alanine racemase  38.67 
 
 		 381 aa  178  2e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.561464  normal  0.417929 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4025  alanine racemase  31.58 
 
 		 375 aa  178  2e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3345  alanine racemase  33.79 
 
 		 372 aa  178  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1952  alanine racemase  36.77 
 
 		 356 aa  177  3e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3487  alanine racemase  34.95 
 
 		 393 aa  176  5e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0522  alanine racemase  33.52 
 
 		 363 aa  176  8e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000197654  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0103  alanine racemase, catabolic  36.24 
 
 		 357 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3637  alanine racemase  34.79 
 
 		 358 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000125734  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0738  alanine racemase  34.79 
 
 		 358 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0231981  decreased coverage  0.0000000000814721 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0717  alanine racemase  34.79 
 
 		 358 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00955236  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0747  alanine racemase  34.79 
 
 		 358 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00105431  hitchhiker  0.000194512 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0763  alanine racemase  34.27 
 
 		 358 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.347962  unclonable  0.0000000000881438 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5524  alanine racemase  36.34 
 
 		 365 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5321  alanine racemase  36.34 
 
 		 357 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.274538 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0928  alanine racemase  35.95 
 
 		 361 aa  172  7.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1082  alanine racemase  31.35 
 
 		 364 aa  172  9e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00790418  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0201  alanine racemase  35.07 
 
 		 357 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394182 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5179  alanine racemase  35.73 
 
 		 357 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.266317 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3580  alanine racemase  33.89 
 
 		 358 aa  171  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000398757  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5269  alanine racemase  35.2 
 
 		 357 aa  171  3e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13457  alanine racemase  37.23 
 
 		 408 aa  171  3e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0132184  hitchhiker  0.000185138 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0259  alanine racemase  34.48 
 
 		 396 aa  171  3e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.060575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0932  alanine racemase, biosynthetic  31.35 
 
 		 364 aa  170  4e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4206  alanine racemase  33.33 
 
 		 358 aa  170  5e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0248673  decreased coverage  0.000000273108 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0562  alanine racemase  32.98 
 
 		 375 aa  167  2e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629716  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0775  hypothetical protein  32.6 
 
 		 357 aa  167  2.9999999999999998e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0958  alanine racemase  33.25 
 
 		 368 aa  167  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.75052  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00596  alanine racemase  33.7 
 
 		 358 aa  167  2.9999999999999998e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0693  alanine racemase  33.99 
 
 		 358 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00658355  hitchhiker  0.000391995 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4605  alanine racemase  33.88 
 
 		 359 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  33.69 
 
 		 378 aa  167  4e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>