More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0013 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0013  alanine racemase  100 
 
 		 348 aa  689    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.326952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1227  alanine racemase  60.06 
 
 		 348 aa  368  1e-100  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1952  alanine racemase  55.13 
 
 		 356 aa  320  1.9999999999999998e-86  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4305  alanine racemase  46.82 
 
 		 342 aa  245  8e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3937  alanine racemase  46.53 
 
 		 342 aa  241  1e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.155523 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1208  alanine racemase  41.88 
 
 		 366 aa  238  1e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2014  alanine racemase region  42.15 
 
 		 395 aa  236  4e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109646  normal  0.427468 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2290  alanine racemase  42.62 
 
 		 398 aa  235  9e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.669413  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3807  putative alanine racemase (alr)  43.48 
 
 		 394 aa  235  9e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193954  normal  0.427628 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4410  alanine racemase  45.2 
 
 		 363 aa  233  5e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.280318 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1508  alanine racemase  39.21 
 
 		 387 aa  232  8.000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.453839  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2871  alanine racemase  42.74 
 
 		 357 aa  231  2e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2506  alanine racemase  47.46 
 
 		 360 aa  231  2e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.677402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4632  alanine racemase  43.73 
 
 		 370 aa  228  8e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.536129  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3896  alanine racemase  47.16 
 
 		 364 aa  228  9e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.655111  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0986  alanine racemase  44.96 
 
 		 389 aa  228  9e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0601461  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1739  alanine racemase  43.57 
 
 		 342 aa  228  1e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0813541  normal  0.651702 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3495  alanine racemase  40.7 
 
 		 413 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2289  alanine racemase  41.8 
 
 		 407 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.637547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1300  alanine racemase  43.37 
 
 		 387 aa  223  3e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0396  alanine racemase  42.58 
 
 		 385 aa  222  7e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124132  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2992  alanine racemase  40.97 
 
 		 409 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.926877  normal  0.268304 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1445  alanine racemase  41.23 
 
 		 380 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3482  alanine racemase  42.51 
 
 		 408 aa  220  1.9999999999999999e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.552897 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1123  alanine racemase  44.29 
 
 		 349 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.12634 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2460  alanine racemase  44 
 
 		 349 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.317567  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1068  alanine racemase  42.98 
 
 		 349 aa  215  8e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0923  alanine racemase  40.92 
 
 		 396 aa  214  9.999999999999999e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.489624  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2378  alanine racemase  42.07 
 
 		 349 aa  214  9.999999999999999e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.90664 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1502  alanine racemase  42.74 
 
 		 388 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.196094  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0865  alanine racemase  40.92 
 
 		 396 aa  214  2.9999999999999995e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0599236  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4822  alanine racemase  43.14 
 
 		 377 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0192728 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2403  alanine racemase  42.46 
 
 		 357 aa  213  4.9999999999999996e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.438825  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1779  alanine racemase  41.31 
 
 		 345 aa  212  7.999999999999999e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155065  normal  0.202897 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0409  alanine racemase  42.34 
 
 		 374 aa  212  9e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2457  alanine racemase  40.55 
 
 		 423 aa  212  9e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0730  alanine racemase  39.29 
 
 		 408 aa  211  1e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632943  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2595  alanine racemase  43.02 
 
 		 364 aa  207  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.056073 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3689  alanine racemase  44.48 
 
 		 365 aa  207  2e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.376484  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0914  alanine racemase  39.66 
 
 		 409 aa  207  3e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.452475  decreased coverage  0.000000188246 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0807  alanine racemase  40.72 
 
 		 378 aa  206  4e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6080  alanine racemase  39.89 
 
 		 374 aa  206  4e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0672  alanine racemase  40.22 
 
 		 383 aa  205  1e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15843  hitchhiker  0.005206 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1093  alanine racemase  35.23 
 
 		 373 aa  204  3e-51  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0327033  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1192  alanine racemase  38.08 
 
 		 389 aa  199  7e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.183521  normal  0.216373 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2308  alanine racemase  38.23 
 
 		 379 aa  199  7.999999999999999e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4830  alanine racemase  39.44 
 
 		 377 aa  194  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4776  alanine racemase  39.61 
 
 		 377 aa  192  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.102133 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1046  alanine racemase  36.99 
 
 		 388 aa  179  9e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3109  alanine racemase  35.9 
 
 		 373 aa  171  1e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.874814 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1885  alanine racemase  35.79 
 
 		 397 aa  167  2.9999999999999998e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.849261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0345  alanine racemase  35.52 
 
 		 376 aa  161  2e-38  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.605258  normal  0.144303 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0259  alanine racemase  34.77 
 
 		 396 aa  160  3e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.060575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  36.31 
 
 		 358 aa  159  6e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3345  alanine racemase  33.04 
 
 		 372 aa  156  4e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0103  alanine racemase, catabolic  37.86 
 
 		 357 aa  156  6e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1004  alanine racemase  36.36 
 
 		 378 aa  156  6e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.931017  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2145  alanine racemase  31.22 
 
 		 382 aa  155  7e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2107  alanine racemase  31.22 
 
 		 382 aa  155  7e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4765  alanine racemase  34.07 
 
 		 851 aa  154  2e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0559  alanine racemase  36.59 
 
 		 366 aa  153  5e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.430762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4206  alanine racemase  35.39 
 
 		 358 aa  152  7e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0248673  decreased coverage  0.000000273108 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0522  alanine racemase  34.27 
 
 		 363 aa  152  8e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000197654  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0759  alanine racemase  34.65 
 
 		 358 aa  151  1e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000059584  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  34.59 
 
 		 378 aa  151  2e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03074  alanine racemase  36.49 
 
 		 366 aa  150  3e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1173  alanine racemase  33.51 
 
 		 383 aa  149  5e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.49691  normal  0.0522528 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1146  alanine racemase  33.51 
 
 		 383 aa  149  5e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3057  alanine racemase  34.82 
 
 		 364 aa  149  5e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0113499  normal  0.425267 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1163  alanine racemase  33.51 
 
 		 383 aa  149  5e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.434451 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65110  biosynthetic alanine racemase  36.49 
 
 		 358 aa  149  8e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0994  alanine racemase  35.69 
 
 		 382 aa  149  9e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1683  alanine racemase  31.08 
 
 		 382 aa  148  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3277  alanine racemase  34.73 
 
 		 358 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.323363  unclonable  0.00000258476 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0804  hypothetical protein  31.93 
 
 		 357 aa  147  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0237  alanine racemase  35.6 
 
 		 357 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5657  biosynthetic alanine racemase  36.97 
 
 		 358 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3247  alanine racemase  34.17 
 
 		 358 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012106  hitchhiker  0.0000136882 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0693  alanine racemase  34.18 
 
 		 358 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00658355  hitchhiker  0.000391995 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3580  alanine racemase  33.33 
 
 		 358 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000398757  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1646  alanine racemase  28.85 
 
 		 374 aa  148  2.0000000000000003e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.064552  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0775  hypothetical protein  32.12 
 
 		 357 aa  147  3e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3637  alanine racemase  34.65 
 
 		 359 aa  147  3e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0714  alanine racemase  34.17 
 
 		 358 aa  147  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000257815  hitchhiker  0.000596589 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0763  alanine racemase  34.56 
 
 		 358 aa  147  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.347962  unclonable  0.0000000000881438 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2882  alanine racemase  32.86 
 
 		 360 aa  147  4.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0897  alanine racemase  31.36 
 
 		 403 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0923  alanine racemase  31.36 
 
 		 403 aa  147  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0365906  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0425  alanine racemase  37.43 
 
 		 374 aa  146  4.0000000000000006e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.718274  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1930  alanine racemase  36.26 
 
 		 367 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0201  alanine racemase  35.73 
 
 		 357 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394182 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5179  alanine racemase  37.22 
 
 		 357 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.266317 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5269  alanine racemase  36.89 
 
 		 357 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3499  alanine racemase  34.35 
 
 		 360 aa  145  9e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0747  alanine racemase  34.65 
 
 		 358 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00105431  hitchhiker  0.000194512 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3916  alanine racemase  33.05 
 
 		 358 aa  145  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5524  alanine racemase  37.22 
 
 		 365 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1923  alanine racemase  34.45 
 
 		 362 aa  144  2e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.245815  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1082  alanine racemase  33.24 
 
 		 364 aa  144  2e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00790418  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1999  alanine racemase  34.45 
 
 		 369 aa  144  2e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.711487  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>