More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3109 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_3109  alanine racemase  100 
 
 		 373 aa  759    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.874814 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2308  alanine racemase  50.13 
 
 		 379 aa  379  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4410  alanine racemase  45.78 
 
 		 363 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.280318 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4632  alanine racemase  45.65 
 
 		 370 aa  282  5.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.536129  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2595  alanine racemase  44.96 
 
 		 364 aa  281  9e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.056073 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4305  alanine racemase  44.79 
 
 		 342 aa  279  5e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3937  alanine racemase  44.79 
 
 		 342 aa  279  6e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.155523 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3896  alanine racemase  46.99 
 
 		 364 aa  265  1e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.655111  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2290  alanine racemase  42.86 
 
 		 398 aa  260  2e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.669413  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2014  alanine racemase region  42.05 
 
 		 395 aa  259  5.0000000000000005e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109646  normal  0.427468 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3495  alanine racemase  41.13 
 
 		 413 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3482  alanine racemase  41.82 
 
 		 408 aa  253  3e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.552897 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2457  alanine racemase  42.47 
 
 		 423 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2992  alanine racemase  40.86 
 
 		 409 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.926877  normal  0.268304 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2289  alanine racemase  40.7 
 
 		 407 aa  240  4e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.637547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2403  alanine racemase  40.93 
 
 		 357 aa  239  5.999999999999999e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.438825  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0396  alanine racemase  39.02 
 
 		 385 aa  238  8e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124132  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3807  putative alanine racemase (alr)  37.6 
 
 		 394 aa  238  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193954  normal  0.427628 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1502  alanine racemase  41.33 
 
 		 388 aa  232  8.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.196094  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1192  alanine racemase  40 
 
 		 389 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.183521  normal  0.216373 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2871  alanine racemase  42.47 
 
 		 357 aa  228  1e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4822  alanine racemase  42.47 
 
 		 377 aa  225  9e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0192728 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1093  alanine racemase  37.23 
 
 		 373 aa  223  4e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0327033  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0672  alanine racemase  41.67 
 
 		 383 aa  222  9.999999999999999e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15843  hitchhiker  0.005206 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1300  alanine racemase  41.16 
 
 		 387 aa  222  9.999999999999999e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1508  alanine racemase  37.33 
 
 		 387 aa  212  7e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.453839  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1046  alanine racemase  38.4 
 
 		 388 aa  211  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0807  alanine racemase  42.29 
 
 		 378 aa  210  3e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1445  alanine racemase  36.68 
 
 		 380 aa  210  3e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4776  alanine racemase  38.34 
 
 		 377 aa  210  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.102133 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0923  alanine racemase  37.66 
 
 		 396 aa  209  5e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.489624  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0730  alanine racemase  38.3 
 
 		 408 aa  209  8e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632943  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0865  alanine racemase  37.66 
 
 		 396 aa  209  9e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0599236  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0986  alanine racemase  39.15 
 
 		 389 aa  208  1e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0601461  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1208  alanine racemase  39.46 
 
 		 366 aa  205  1e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0409  alanine racemase  39.3 
 
 		 374 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4830  alanine racemase  37.4 
 
 		 377 aa  200  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1123  alanine racemase  39.57 
 
 		 349 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.12634 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2460  alanine racemase  39.57 
 
 		 349 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.317567  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6080  alanine racemase  37.23 
 
 		 374 aa  197  2.0000000000000003e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0914  alanine racemase  38.24 
 
 		 409 aa  198  2.0000000000000003e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.452475  decreased coverage  0.000000188246 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2506  alanine racemase  37.33 
 
 		 360 aa  193  4e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.677402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1068  alanine racemase  38.75 
 
 		 349 aa  192  6e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1739  alanine racemase  35.34 
 
 		 342 aa  171  2e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0813541  normal  0.651702 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3689  alanine racemase  38.5 
 
 		 365 aa  167  2.9999999999999998e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.376484  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1952  alanine racemase  36.29 
 
 		 356 aa  167  4e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1779  alanine racemase  34.44 
 
 		 345 aa  161  2e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155065  normal  0.202897 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0013  alanine racemase  35.9 
 
 		 348 aa  156  4e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.326952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8142  alanine racemase  39.65 
 
 		 294 aa  153  5e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170675  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2378  alanine racemase  33.61 
 
 		 349 aa  153  5e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.90664 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2908  alanine racemase  30.71 
 
 		 379 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.184968  normal  0.271691 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0994  alanine racemase  33.16 
 
 		 382 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1227  alanine racemase  32.6 
 
 		 348 aa  139  8.999999999999999e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2381  alanine racemase  30.65 
 
 		 357 aa  139  8.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608946  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0390  alanine racemase  32.28 
 
 		 395 aa  138  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.185126  normal  0.667441 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  32.79 
 
 		 358 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1885  alanine racemase  34.66 
 
 		 397 aa  135  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.849261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1999  alanine racemase  32.81 
 
 		 369 aa  133  5e-30  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.711487  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0862  alanine racemase  31.91 
 
 		 403 aa  132  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1923  alanine racemase  32.79 
 
 		 362 aa  131  2.0000000000000002e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.245815  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0412  alanine racemase  31.03 
 
 		 395 aa  131  2.0000000000000002e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.650932  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2128  alanine racemase  29.19 
 
 		 374 aa  130  5.0000000000000004e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3850  alanine racemase  28.94 
 
 		 384 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0897  alanine racemase  32.58 
 
 		 403 aa  129  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2882  alanine racemase  30.96 
 
 		 360 aa  129  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2011  alanine racemase  30.14 
 
 		 368 aa  128  2.0000000000000002e-28  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.146422  normal  0.0449726 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0606  alanine racemase  29.69 
 
 		 382 aa  127  3e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0923  alanine racemase  32.58 
 
 		 403 aa  127  3e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0365906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  31.28 
 
 		 378 aa  127  3e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2554  alanine racemase  28.65 
 
 		 365 aa  125  9e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65110  biosynthetic alanine racemase  32.16 
 
 		 358 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1349  alanine racemase  31.38 
 
 		 372 aa  124  2e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3508  alanine racemase  31.25 
 
 		 395 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0233  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  28.42 
 
 		 834 aa  124  4e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1342  alanine racemase  26.83 
 
 		 370 aa  123  6e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0650824  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23341  alanine racemase  29.77 
 
 		 398 aa  123  6e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01680  alanine racemase  26.6 
 
 		 379 aa  122  7e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3576  alanine racemase  30.98 
 
 		 395 aa  122  8e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1331  alanine racemase  33.52 
 
 		 357 aa  122  9e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4988  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  30.63 
 
 		 824 aa  122  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.259968 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1583  alanine racemase  29.47 
 
 		 395 aa  122  9.999999999999999e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.545163 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3995  alanine racemase  31.73 
 
 		 361 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03074  alanine racemase  32.22 
 
 		 366 aa  120  3e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5657  biosynthetic alanine racemase  31.71 
 
 		 358 aa  121  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1850  alanine racemase  27.99 
 
 		 367 aa  120  3.9999999999999996e-26  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.801979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5179  alanine racemase  31.56 
 
 		 357 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.266317 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0201  alanine racemase  31.56 
 
 		 357 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394182 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2031  alanine racemase  29.89 
 
 		 376 aa  120  6e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2762  alanine racemase  28.35 
 
 		 380 aa  119  7e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00587004  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1986  alanine racemase  32.43 
 
 		 375 aa  119  9e-26  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.371384  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3427  alanine racemase  30.71 
 
 		 395 aa  119  9e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.764084  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4025  alanine racemase  28.08 
 
 		 375 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3527  alanine racemase  29.4 
 
 		 379 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5269  alanine racemase  31.01 
 
 		 357 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3461  alanine racemase  28.87 
 
 		 379 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2201  alanine racemase  30.32 
 
 		 406 aa  118  1.9999999999999998e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.419731 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3487  alanine racemase  32.07 
 
 		 393 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0103  alanine racemase, catabolic  31.79 
 
 		 357 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5321  alanine racemase  32.12 
 
 		 357 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.274538 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0562  alanine racemase  27.61 
 
 		 375 aa  117  3e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629716  normal  0.711821 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>