More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0409 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0409  alanine racemase  100 
 
 		 374 aa  737    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0672  alanine racemase  51.67 
 
 		 383 aa  334  2e-90  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15843  hitchhiker  0.005206 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1502  alanine racemase  50.82 
 
 		 388 aa  325  5e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.196094  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1300  alanine racemase  50.54 
 
 		 387 aa  325  8.000000000000001e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4822  alanine racemase  49.58 
 
 		 377 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0192728 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0730  alanine racemase  46.51 
 
 		 408 aa  299  6e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632943  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0396  alanine racemase  44.93 
 
 		 385 aa  294  2e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124132  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2290  alanine racemase  48.63 
 
 		 398 aa  293  3e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.669413  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3495  alanine racemase  46.17 
 
 		 413 aa  292  6e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2871  alanine racemase  52.69 
 
 		 357 aa  291  1e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1508  alanine racemase  45.26 
 
 		 387 aa  291  2e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.453839  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0986  alanine racemase  47.04 
 
 		 389 aa  290  3e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0601461  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1192  alanine racemase  44.26 
 
 		 389 aa  290  3e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.183521  normal  0.216373 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2014  alanine racemase region  47.53 
 
 		 395 aa  290  4e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109646  normal  0.427468 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1445  alanine racemase  43.45 
 
 		 380 aa  289  5.0000000000000004e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0807  alanine racemase  47.35 
 
 		 378 aa  289  5.0000000000000004e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2289  alanine racemase  47.01 
 
 		 407 aa  289  7e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.637547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6080  alanine racemase  41.87 
 
 		 374 aa  286  2.9999999999999996e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0923  alanine racemase  42.86 
 
 		 396 aa  285  7e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.489624  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0914  alanine racemase  46.41 
 
 		 409 aa  285  1.0000000000000001e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.452475  decreased coverage  0.000000188246 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0865  alanine racemase  42.86 
 
 		 396 aa  284  1.0000000000000001e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0599236  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1093  alanine racemase  40.22 
 
 		 373 aa  283  3.0000000000000004e-75  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0327033  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4632  alanine racemase  46.78 
 
 		 370 aa  281  1e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.536129  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1123  alanine racemase  48.5 
 
 		 349 aa  280  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.12634 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2460  alanine racemase  48.5 
 
 		 349 aa  280  3e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.317567  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4305  alanine racemase  48.41 
 
 		 342 aa  279  5e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3937  alanine racemase  48.41 
 
 		 342 aa  278  1e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.155523 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1046  alanine racemase  44.54 
 
 		 388 aa  273  3e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1068  alanine racemase  48.21 
 
 		 349 aa  272  8.000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2595  alanine racemase  47.34 
 
 		 364 aa  272  8.000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.056073 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3807  putative alanine racemase (alr)  43.05 
 
 		 394 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193954  normal  0.427628 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3896  alanine racemase  49.31 
 
 		 364 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.655111  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2403  alanine racemase  45.83 
 
 		 357 aa  270  4e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.438825  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1208  alanine racemase  46.39 
 
 		 366 aa  269  5e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4410  alanine racemase  48.74 
 
 		 363 aa  269  5.9999999999999995e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.280318 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4830  alanine racemase  42.62 
 
 		 377 aa  265  1e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3482  alanine racemase  42.64 
 
 		 408 aa  264  2e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.552897 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2992  alanine racemase  44.23 
 
 		 409 aa  259  4e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.926877  normal  0.268304 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4776  alanine racemase  42.54 
 
 		 377 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.102133 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2506  alanine racemase  46.78 
 
 		 360 aa  259  7e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.677402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2457  alanine racemase  43.68 
 
 		 423 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3689  alanine racemase  48.23 
 
 		 365 aa  250  3e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.376484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2378  alanine racemase  44.78 
 
 		 349 aa  240  2.9999999999999997e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.90664 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1739  alanine racemase  43.42 
 
 		 342 aa  235  1.0000000000000001e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0813541  normal  0.651702 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2308  alanine racemase  39.13 
 
 		 379 aa  229  6e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1779  alanine racemase  42.11 
 
 		 345 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155065  normal  0.202897 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0013  alanine racemase  42.34 
 
 		 348 aa  211  1e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.326952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3109  alanine racemase  39.3 
 
 		 373 aa  208  1e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.874814 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8142  alanine racemase  42.6 
 
 		 294 aa  191  2e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170675  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1952  alanine racemase  41.13 
 
 		 356 aa  189  5.999999999999999e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65110  biosynthetic alanine racemase  38.8 
 
 		 358 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1227  alanine racemase  40.33 
 
 		 348 aa  186  5e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  37.26 
 
 		 358 aa  186  5e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2882  alanine racemase  33.96 
 
 		 360 aa  185  1.0000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5657  biosynthetic alanine racemase  37.5 
 
 		 358 aa  179  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0562  alanine racemase  34.75 
 
 		 375 aa  178  1e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629716  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3427  alanine racemase  36.67 
 
 		 395 aa  173  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.764084  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1885  alanine racemase  39.05 
 
 		 397 aa  174  2.9999999999999996e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.849261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2381  alanine racemase  35.21 
 
 		 357 aa  174  2.9999999999999996e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608946  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1004  alanine racemase  36.31 
 
 		 378 aa  170  4e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.931017  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3508  alanine racemase  35.83 
 
 		 395 aa  169  8e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3576  alanine racemase  35.56 
 
 		 395 aa  168  2e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0588  alanine racemase  34.55 
 
 		 365 aa  166  5.9999999999999996e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0886157  hitchhiker  9.74231e-17 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4206  alanine racemase  33.8 
 
 		 358 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0248673  decreased coverage  0.000000273108 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0171  alanine racemase  32.69 
 
 		 371 aa  166  9e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1498  alanine racemase  31.27 
 
 		 378 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0390  alanine racemase  30.89 
 
 		 395 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.185126  normal  0.667441 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0224  alanine racemase region  35.47 
 
 		 356 aa  165  1.0000000000000001e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  32.61 
 
 		 378 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1349  alanine racemase  36.94 
 
 		 372 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0191  alanine racemase  33.15 
 
 		 358 aa  164  2.0000000000000002e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4221  alanine racemase  31.76 
 
 		 411 aa  164  3e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.53018  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69990  alanine racemase  35.18 
 
 		 357 aa  164  3e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0057  alanine racemase  32.81 
 
 		 390 aa  164  3e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0738  alanine racemase  34.55 
 
 		 358 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0231981  decreased coverage  0.0000000000814721 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0862  alanine racemase  31.81 
 
 		 403 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3637  alanine racemase  34.55 
 
 		 358 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000125734  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2031  alanine racemase  35.6 
 
 		 376 aa  163  6e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3724  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  32.44 
 
 		 842 aa  162  7e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3057  alanine racemase  34.18 
 
 		 364 aa  162  7e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0113499  normal  0.425267 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0717  alanine racemase  34.37 
 
 		 358 aa  162  9e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00955236  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00017  alanine racemase  32.51 
 
 		 366 aa  162  9e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00596  alanine racemase  33.99 
 
 		 358 aa  162  1e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3487  alanine racemase  37.87 
 
 		 393 aa  161  2e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1359  alanine racemase  33.05 
 
 		 356 aa  161  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0759  alanine racemase  34.37 
 
 		 358 aa  161  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000059584  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0747  alanine racemase  34.27 
 
 		 358 aa  160  4e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00105431  hitchhiker  0.000194512 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6076  alanine racemase  35.64 
 
 		 368 aa  160  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0559  alanine racemase  36.07 
 
 		 366 aa  160  5e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.430762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1484  alanine racemase  34.57 
 
 		 390 aa  159  5e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.770988  hitchhiker  0.000000845672 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0923  alanine racemase  31 
 
 		 403 aa  160  5e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0365906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1923  alanine racemase  36.29 
 
 		 362 aa  159  6e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.245815  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0897  alanine racemase  30.81 
 
 		 403 aa  159  6e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1999  alanine racemase  36.29 
 
 		 369 aa  159  7e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.711487  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2167  alanine racemase  34.33 
 
 		 373 aa  159  8e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196511  decreased coverage  0.0000176162 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2170  alanine racemase  29.7 
 
 		 398 aa  159  1e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.598884  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1238  alanine racemase  33.05 
 
 		 356 aa  158  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.40001  normal  0.661096 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3916  alanine racemase  32.86 
 
 		 358 aa  158  2e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1342  alanine racemase  30.56 
 
 		 370 aa  157  2e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0650824  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0425  alanine racemase  34.78 
 
 		 374 aa  158  2e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.718274  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>