More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2308 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_2308  alanine racemase  100 
 
 		 379 aa  768    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3109  alanine racemase  50.13 
 
 		 373 aa  379  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.874814 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4632  alanine racemase  51.37 
 
 		 370 aa  332  8e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.536129  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4410  alanine racemase  50.96 
 
 		 363 aa  322  5e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.280318 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2595  alanine racemase  50 
 
 		 364 aa  318  1e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.056073 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3937  alanine racemase  49.44 
 
 		 342 aa  311  7.999999999999999e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.155523 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4305  alanine racemase  48.87 
 
 		 342 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2014  alanine racemase region  46.47 
 
 		 395 aa  301  1e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109646  normal  0.427468 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2290  alanine racemase  47.4 
 
 		 398 aa  299  5e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.669413  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3896  alanine racemase  49.45 
 
 		 364 aa  293  4e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.655111  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2289  alanine racemase  46.28 
 
 		 407 aa  286  4e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.637547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3807  putative alanine racemase (alr)  43.96 
 
 		 394 aa  286  5.999999999999999e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193954  normal  0.427628 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3495  alanine racemase  42.98 
 
 		 413 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2403  alanine racemase  45.75 
 
 		 357 aa  272  7e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.438825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2992  alanine racemase  43.99 
 
 		 409 aa  265  8e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.926877  normal  0.268304 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2457  alanine racemase  43.99 
 
 		 423 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0396  alanine racemase  41.58 
 
 		 385 aa  262  6e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124132  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3482  alanine racemase  40.48 
 
 		 408 aa  261  1e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.552897 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4822  alanine racemase  42.63 
 
 		 377 aa  258  2e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0192728 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0672  alanine racemase  40.85 
 
 		 383 aa  249  5e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15843  hitchhiker  0.005206 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1300  alanine racemase  41.58 
 
 		 387 aa  249  6e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1192  alanine racemase  42.13 
 
 		 389 aa  246  3e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.183521  normal  0.216373 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1502  alanine racemase  43.67 
 
 		 388 aa  247  3e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.196094  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1093  alanine racemase  39.9 
 
 		 373 aa  245  9e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0327033  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1508  alanine racemase  38.38 
 
 		 387 aa  238  1e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.453839  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1445  alanine racemase  39.57 
 
 		 380 aa  238  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0923  alanine racemase  37.89 
 
 		 396 aa  237  3e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.489624  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0865  alanine racemase  37.89 
 
 		 396 aa  236  4e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0599236  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0986  alanine racemase  42.48 
 
 		 389 aa  236  5.0000000000000005e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0601461  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4776  alanine racemase  39.89 
 
 		 377 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.102133 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0807  alanine racemase  43.36 
 
 		 378 aa  231  2e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2871  alanine racemase  41.37 
 
 		 357 aa  231  2e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6080  alanine racemase  39.73 
 
 		 374 aa  228  2e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1046  alanine racemase  42.13 
 
 		 388 aa  227  3e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4830  alanine racemase  40 
 
 		 377 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1208  alanine racemase  39.24 
 
 		 366 aa  224  2e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0409  alanine racemase  39.13 
 
 		 374 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0914  alanine racemase  38.92 
 
 		 409 aa  219  6e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.452475  decreased coverage  0.000000188246 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2506  alanine racemase  38.92 
 
 		 360 aa  219  6e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.677402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0730  alanine racemase  38.11 
 
 		 408 aa  218  1e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632943  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2460  alanine racemase  38.15 
 
 		 349 aa  202  6e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.317567  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1123  alanine racemase  38.15 
 
 		 349 aa  202  6e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.12634 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1068  alanine racemase  37.33 
 
 		 349 aa  197  3e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1952  alanine racemase  37.4 
 
 		 356 aa  188  1e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2378  alanine racemase  37.16 
 
 		 349 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.90664 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0013  alanine racemase  38.46 
 
 		 348 aa  181  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.326952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1227  alanine racemase  37.47 
 
 		 348 aa  177  2e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1739  alanine racemase  36.61 
 
 		 342 aa  177  3e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0813541  normal  0.651702 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3689  alanine racemase  38.4 
 
 		 365 aa  176  6e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.376484  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2011  alanine racemase  33.42 
 
 		 368 aa  176  7e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.146422  normal  0.0449726 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2381  alanine racemase  33.61 
 
 		 357 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608946  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1779  alanine racemase  34.97 
 
 		 345 aa  172  7.999999999999999e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155065  normal  0.202897 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2882  alanine racemase  34.25 
 
 		 360 aa  170  3e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  32.31 
 
 		 378 aa  162  8.000000000000001e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4221  alanine racemase  32.64 
 
 		 411 aa  161  1e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.53018  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  34.77 
 
 		 358 aa  160  4e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3427  alanine racemase  35.68 
 
 		 395 aa  160  5e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.764084  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3508  alanine racemase  35.68 
 
 		 395 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3576  alanine racemase  35.41 
 
 		 395 aa  155  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0562  alanine racemase  30.67 
 
 		 375 aa  154  2.9999999999999998e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629716  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0201  alanine racemase  32.87 
 
 		 357 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394182 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1734  alanine racemase  32.88 
 
 		 359 aa  151  2e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.229212  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2201  alanine racemase  33.33 
 
 		 406 aa  151  2e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.419731 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1850  alanine racemase  29.59 
 
 		 367 aa  151  2e-35  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.801979  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0233  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  32 
 
 		 834 aa  150  3e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5179  alanine racemase  32.33 
 
 		 357 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.266317 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8142  alanine racemase  35.37 
 
 		 294 aa  150  4e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170675  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65110  biosynthetic alanine racemase  33.78 
 
 		 358 aa  149  8e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2736  alanine racemase  29.56 
 
 		 356 aa  149  9e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.390221  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5657  biosynthetic alanine racemase  33.42 
 
 		 358 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5524  alanine racemase  32.88 
 
 		 365 aa  147  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0103  alanine racemase, catabolic  33.05 
 
 		 357 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5321  alanine racemase  32.14 
 
 		 357 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.274538 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5269  alanine racemase  31.87 
 
 		 357 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3724  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  30.91 
 
 		 842 aa  146  6e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2783  alanine racemase  32.98 
 
 		 375 aa  145  9e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000262761  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1004  alanine racemase  32.2 
 
 		 378 aa  145  1e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.931017  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3461  alanine racemase  31.84 
 
 		 379 aa  145  1e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2762  alanine racemase  30.34 
 
 		 380 aa  144  2e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00587004  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3487  alanine racemase  35.5 
 
 		 393 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2629  alanine racemase  31.98 
 
 		 364 aa  144  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.962151  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3527  alanine racemase  31.84 
 
 		 379 aa  144  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3995  alanine racemase  32.58 
 
 		 361 aa  144  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2554  alanine racemase  30.06 
 
 		 365 aa  144  3e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1359  alanine racemase  32.42 
 
 		 356 aa  144  3e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2084  alanine racemase  28.65 
 
 		 375 aa  144  4e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.261095 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4988  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  31.41 
 
 		 824 aa  143  6e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.259968 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1498  alanine racemase  30.98 
 
 		 378 aa  143  6e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002338  alanine racemase biosynthetic  32.17 
 
 		 361 aa  142  8e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00173731  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4495  alanine racemase  31.45 
 
 		 359 aa  142  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.182607  normal  0.0659463 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4641  alanine racemase  31.45 
 
 		 359 aa  142  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.291614 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4589  alanine racemase  31.45 
 
 		 359 aa  142  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00017  alanine racemase  31.9 
 
 		 366 aa  142  9.999999999999999e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3850  alanine racemase  31.36 
 
 		 384 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0862  alanine racemase  31.94 
 
 		 403 aa  142  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4504  alanine racemase  31.45 
 
 		 359 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0390  alanine racemase  31.13 
 
 		 395 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.185126  normal  0.667441 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2908  alanine racemase  30.34 
 
 		 379 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.184968  normal  0.271691 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02410  alanine racemase  29 
 
 		 368 aa  141  1.9999999999999998e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.269593  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1812  alanine racemase  31.32 
 
 		 373 aa  141  1.9999999999999998e-32  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000273885  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>