More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6080 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_6080  alanine racemase  100 
 
 		 374 aa  758    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1445  alanine racemase  54.28 
 
 		 380 aa  402  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4830  alanine racemase  57.14 
 
 		 377 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4776  alanine racemase  59.32 
 
 		 377 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.102133 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0923  alanine racemase  53.51 
 
 		 396 aa  395  1e-109  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.489624  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0865  alanine racemase  53.51 
 
 		 396 aa  394  1e-108  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0599236  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1093  alanine racemase  45.84 
 
 		 373 aa  346  4e-94  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0327033  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0672  alanine racemase  49.58 
 
 		 383 aa  344  2e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15843  hitchhiker  0.005206 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4822  alanine racemase  51.2 
 
 		 377 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0192728 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0807  alanine racemase  53.44 
 
 		 378 aa  341  1e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1502  alanine racemase  50.96 
 
 		 388 aa  325  6e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.196094  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1300  alanine racemase  46.09 
 
 		 387 aa  305  8.000000000000001e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3482  alanine racemase  47.67 
 
 		 408 aa  296  5e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.552897 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4632  alanine racemase  47.65 
 
 		 370 aa  292  6e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.536129  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0396  alanine racemase  45 
 
 		 385 aa  289  6e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124132  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0730  alanine racemase  42.89 
 
 		 408 aa  281  9e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632943  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0409  alanine racemase  41.87 
 
 		 374 aa  281  1e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8142  alanine racemase  52.26 
 
 		 294 aa  277  2e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170675  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1508  alanine racemase  42.55 
 
 		 387 aa  275  1.0000000000000001e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.453839  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2595  alanine racemase  45.94 
 
 		 364 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.056073 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3896  alanine racemase  46.94 
 
 		 364 aa  268  1e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.655111  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2403  alanine racemase  46.67 
 
 		 357 aa  266  5.999999999999999e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.438825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0914  alanine racemase  44.57 
 
 		 409 aa  265  1e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.452475  decreased coverage  0.000000188246 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3807  putative alanine racemase (alr)  40.97 
 
 		 394 aa  263  3e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193954  normal  0.427628 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2290  alanine racemase  43.29 
 
 		 398 aa  262  6.999999999999999e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.669413  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1192  alanine racemase  39.42 
 
 		 389 aa  261  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.183521  normal  0.216373 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1123  alanine racemase  44.01 
 
 		 349 aa  259  4e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.12634 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2460  alanine racemase  44.01 
 
 		 349 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.317567  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2871  alanine racemase  44.66 
 
 		 357 aa  258  1e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4305  alanine racemase  44.99 
 
 		 342 aa  258  1e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2506  alanine racemase  43.21 
 
 		 360 aa  257  3e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.677402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4410  alanine racemase  42.97 
 
 		 363 aa  256  4e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.280318 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0986  alanine racemase  42.01 
 
 		 389 aa  256  6e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0601461  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3937  alanine racemase  44.86 
 
 		 342 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.155523 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1208  alanine racemase  41.18 
 
 		 366 aa  253  3e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2014  alanine racemase region  41.71 
 
 		 395 aa  251  2e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109646  normal  0.427468 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3495  alanine racemase  41.48 
 
 		 413 aa  249  6e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1068  alanine racemase  41.78 
 
 		 349 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1046  alanine racemase  40.22 
 
 		 388 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2289  alanine racemase  40.22 
 
 		 407 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.637547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1739  alanine racemase  43.02 
 
 		 342 aa  236  4e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0813541  normal  0.651702 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2378  alanine racemase  41.5 
 
 		 349 aa  231  1e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.90664 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2308  alanine racemase  39.73 
 
 		 379 aa  228  2e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2992  alanine racemase  39.89 
 
 		 409 aa  226  7e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.926877  normal  0.268304 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3689  alanine racemase  41.48 
 
 		 365 aa  224  1e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.376484  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2457  alanine racemase  39.89 
 
 		 423 aa  220  3e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1779  alanine racemase  38.96 
 
 		 345 aa  212  9e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155065  normal  0.202897 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1952  alanine racemase  39.08 
 
 		 356 aa  205  9e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3109  alanine racemase  37.23 
 
 		 373 aa  197  2.0000000000000003e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.874814 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0013  alanine racemase  39.89 
 
 		 348 aa  197  3e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.326952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1227  alanine racemase  40.39 
 
 		 348 aa  196  4.0000000000000005e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5179  alanine racemase  38.96 
 
 		 357 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.266317 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  35.87 
 
 		 378 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5321  alanine racemase  38.96 
 
 		 357 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.274538 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5269  alanine racemase  38.8 
 
 		 357 aa  182  6e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0897  alanine racemase  35.39 
 
 		 403 aa  182  9.000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0201  alanine racemase  38.42 
 
 		 357 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394182 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2882  alanine racemase  36.16 
 
 		 360 aa  182  1e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0923  alanine racemase  35.39 
 
 		 403 aa  181  2e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0365906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2381  alanine racemase  37.25 
 
 		 357 aa  181  2.9999999999999997e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608946  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0862  alanine racemase  34.88 
 
 		 403 aa  179  7e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0390  alanine racemase  34.05 
 
 		 395 aa  177  2e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.185126  normal  0.667441 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3427  alanine racemase  33.89 
 
 		 395 aa  176  5e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.764084  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2031  alanine racemase  36.15 
 
 		 376 aa  176  5e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2762  alanine racemase  34.68 
 
 		 380 aa  176  6e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00587004  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01680  alanine racemase  31.34 
 
 		 379 aa  175  9e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3508  alanine racemase  34.17 
 
 		 395 aa  175  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5524  alanine racemase  36.87 
 
 		 365 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1342  alanine racemase  34.6 
 
 		 370 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0650824  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3576  alanine racemase  34.17 
 
 		 395 aa  173  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2201  alanine racemase  34.85 
 
 		 406 aa  173  2.9999999999999996e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.419731 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0203  alanine racemase  33.24 
 
 		 365 aa  172  5.999999999999999e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1160  alanine racemase  31.71 
 
 		 373 aa  172  5.999999999999999e-42  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0057  alanine racemase  34.46 
 
 		 390 aa  172  7.999999999999999e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4221  alanine racemase  34.75 
 
 		 411 aa  172  1e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.53018  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  35.36 
 
 		 358 aa  171  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1498  alanine racemase  32.29 
 
 		 378 aa  171  2e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0562  alanine racemase  32.88 
 
 		 375 aa  170  4e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629716  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0247  alanine racemase  37.98 
 
 		 362 aa  170  5e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2011  alanine racemase  32.68 
 
 		 368 aa  169  6e-41  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.146422  normal  0.0449726 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1583  alanine racemase  33.85 
 
 		 395 aa  169  7e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.545163 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0824  alanine racemase  31.47 
 
 		 380 aa  169  8e-41  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.664033  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0171  alanine racemase  33.79 
 
 		 371 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1986  alanine racemase  35.93 
 
 		 375 aa  166  5e-40  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.371384  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0412  alanine racemase  33.87 
 
 		 395 aa  166  6.9999999999999995e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.650932  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47960  alanine racemase  38.83 
 
 		 361 aa  165  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1484  alanine racemase  35.45 
 
 		 390 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.770988  hitchhiker  0.000000845672 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0259  alanine racemase  33.88 
 
 		 396 aa  165  1.0000000000000001e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.060575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2594  alanine racemase  34.22 
 
 		 433 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.127753  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0237  alanine racemase  36.61 
 
 		 357 aa  164  3e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69990  alanine racemase  35.47 
 
 		 357 aa  164  3e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6076  alanine racemase  35.93 
 
 		 368 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0425  alanine racemase  34.58 
 
 		 374 aa  163  5.0000000000000005e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.718274  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2167  alanine racemase  33.97 
 
 		 373 aa  162  7e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196511  decreased coverage  0.0000176162 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0325  alanine racemase  31.98 
 
 		 373 aa  162  8.000000000000001e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.369504 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0063  alanine racemase  30.43 
 
 		 373 aa  162  8.000000000000001e-39  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.131019  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4448  alanine racemase  33.24 
 
 		 359 aa  162  1e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.418216  normal  0.575034 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0103  alanine racemase, catabolic  35.23 
 
 		 357 aa  162  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0758  alanine racemase  29.89 
 
 		 373 aa  161  1e-38  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1025  alanine racemase  31.96 
 
 		 364 aa  161  2e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>