More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_2403 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_2403  alanine racemase  100 
 
 		 357 aa  711    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.438825  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4632  alanine racemase  54.02 
 
 		 370 aa  347  1e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.536129  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2290  alanine racemase  51.25 
 
 		 398 aa  345  5e-94  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.669413  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2014  alanine racemase region  50 
 
 		 395 aa  341  1e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109646  normal  0.427468 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2595  alanine racemase  53.93 
 
 		 364 aa  334  1e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.056073 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2289  alanine racemase  49.72 
 
 		 407 aa  330  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.637547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3495  alanine racemase  47.37 
 
 		 413 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3807  putative alanine racemase (alr)  47.24 
 
 		 394 aa  320  3e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193954  normal  0.427628 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3937  alanine racemase  50.57 
 
 		 342 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.155523 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4305  alanine racemase  50 
 
 		 342 aa  311  7.999999999999999e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2992  alanine racemase  48.2 
 
 		 409 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.926877  normal  0.268304 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0730  alanine racemase  48.49 
 
 		 408 aa  308  1.0000000000000001e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632943  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1192  alanine racemase  45.45 
 
 		 389 aa  301  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.183521  normal  0.216373 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4410  alanine racemase  48.6 
 
 		 363 aa  294  1e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.280318 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0986  alanine racemase  48.23 
 
 		 389 aa  295  1e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0601461  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1508  alanine racemase  44.35 
 
 		 387 aa  294  2e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.453839  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2457  alanine racemase  46.81 
 
 		 423 aa  293  3e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1502  alanine racemase  49.58 
 
 		 388 aa  289  7e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.196094  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2308  alanine racemase  45.75 
 
 		 379 aa  286  5e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3896  alanine racemase  51.96 
 
 		 364 aa  281  1e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.655111  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3482  alanine racemase  46.07 
 
 		 408 aa  281  1e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.552897 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4822  alanine racemase  49.3 
 
 		 377 aa  279  7e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0192728 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1046  alanine racemase  44.78 
 
 		 388 aa  278  8e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6080  alanine racemase  46.67 
 
 		 374 aa  278  1e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0923  alanine racemase  43.4 
 
 		 396 aa  270  4e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.489624  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0865  alanine racemase  43.4 
 
 		 396 aa  269  5e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0599236  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0672  alanine racemase  45.56 
 
 		 383 aa  267  2e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15843  hitchhiker  0.005206 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0409  alanine racemase  46.39 
 
 		 374 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0396  alanine racemase  43.92 
 
 		 385 aa  264  2e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124132  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1093  alanine racemase  42.74 
 
 		 373 aa  259  3e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0327033  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1445  alanine racemase  41.74 
 
 		 380 aa  256  4e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1300  alanine racemase  45.53 
 
 		 387 aa  255  7e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0807  alanine racemase  47.62 
 
 		 378 aa  254  2.0000000000000002e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3109  alanine racemase  41.48 
 
 		 373 aa  251  9.000000000000001e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.874814 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4830  alanine racemase  43.89 
 
 		 377 aa  248  9e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2871  alanine racemase  45.38 
 
 		 357 aa  241  1e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4776  alanine racemase  43.89 
 
 		 377 aa  239  5.999999999999999e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.102133 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1208  alanine racemase  42.06 
 
 		 366 aa  237  2e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3689  alanine racemase  47.63 
 
 		 365 aa  231  1e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.376484  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0914  alanine racemase  42.51 
 
 		 409 aa  231  2e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.452475  decreased coverage  0.000000188246 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2506  alanine racemase  43.37 
 
 		 360 aa  228  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.677402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1779  alanine racemase  43.1 
 
 		 345 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155065  normal  0.202897 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2378  alanine racemase  44.04 
 
 		 349 aa  220  3e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.90664 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1739  alanine racemase  42.21 
 
 		 342 aa  212  7.999999999999999e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0813541  normal  0.651702 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2460  alanine racemase  42.46 
 
 		 349 aa  210  3e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.317567  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1123  alanine racemase  42.46 
 
 		 349 aa  209  5e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.12634 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1068  alanine racemase  42.02 
 
 		 349 aa  205  8e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0013  alanine racemase  42.74 
 
 		 348 aa  202  9e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.326952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8142  alanine racemase  43.59 
 
 		 294 aa  188  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170675  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  40.71 
 
 		 358 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1359  alanine racemase  35.85 
 
 		 356 aa  177  2e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3508  alanine racemase  36.34 
 
 		 395 aa  171  1e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2381  alanine racemase  35.38 
 
 		 357 aa  169  7e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608946  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3576  alanine racemase  35.79 
 
 		 395 aa  168  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1952  alanine racemase  39 
 
 		 356 aa  168  1e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1227  alanine racemase  39.44 
 
 		 348 aa  168  1e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1484  alanine racemase  36.29 
 
 		 390 aa  167  2e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.770988  hitchhiker  0.000000845672 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65110  biosynthetic alanine racemase  36.99 
 
 		 358 aa  167  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0559  alanine racemase  37.63 
 
 		 366 aa  166  5e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.430762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5657  biosynthetic alanine racemase  36.74 
 
 		 358 aa  164  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2145  alanine racemase  36.24 
 
 		 382 aa  162  6e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  37 
 
 		 378 aa  162  6e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3427  alanine racemase  35.52 
 
 		 395 aa  162  6e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.764084  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2107  alanine racemase  36.24 
 
 		 382 aa  162  6e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2882  alanine racemase  33.43 
 
 		 360 aa  162  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0928  alanine racemase  36.78 
 
 		 361 aa  161  2e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00596  alanine racemase  33.62 
 
 		 358 aa  160  3e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3277  alanine racemase  35 
 
 		 358 aa  160  4e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.323363  unclonable  0.00000258476 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2100  alanine racemase  36.39 
 
 		 367 aa  159  6e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4206  alanine racemase  34.45 
 
 		 358 aa  159  7e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0248673  decreased coverage  0.000000273108 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1082  alanine racemase  32.32 
 
 		 364 aa  159  7e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00790418  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1498  alanine racemase  31.67 
 
 		 378 aa  157  2e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0932  alanine racemase, biosynthetic  32.04 
 
 		 364 aa  157  3e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3057  alanine racemase  33.33 
 
 		 364 aa  156  4e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0113499  normal  0.425267 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0804  hypothetical protein  32.08 
 
 		 357 aa  156  6e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0862  alanine racemase  32.7 
 
 		 403 aa  155  7e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3345  alanine racemase  33.24 
 
 		 372 aa  155  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0763  alanine racemase  33.61 
 
 		 358 aa  154  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.347962  unclonable  0.0000000000881438 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0775  hypothetical protein  32.35 
 
 		 357 aa  154  2.9999999999999998e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0412  alanine racemase  33.16 
 
 		 395 aa  154  2.9999999999999998e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.650932  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3487  alanine racemase  36.31 
 
 		 393 aa  153  4e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2128  alanine racemase  33.43 
 
 		 374 aa  153  5.9999999999999996e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0345  alanine racemase  34.71 
 
 		 376 aa  152  5.9999999999999996e-36  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.605258  normal  0.144303 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0923  alanine racemase  33.24 
 
 		 403 aa  153  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0365906  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0897  alanine racemase  33.24 
 
 		 403 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4025  alanine racemase  33.07 
 
 		 375 aa  152  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1004  alanine racemase  35.99 
 
 		 378 aa  151  1e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.931017  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5179  alanine racemase  35.77 
 
 		 357 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.266317 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2783  alanine racemase  32.35 
 
 		 375 aa  152  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000262761  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2736  alanine racemase  30.94 
 
 		 356 aa  151  2e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.390221  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2201  alanine racemase  33.33 
 
 		 406 aa  151  2e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.419731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0693  alanine racemase  33.71 
 
 		 358 aa  151  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00658355  hitchhiker  0.000391995 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0588  alanine racemase  35.79 
 
 		 365 aa  151  2e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0886157  hitchhiker  9.74231e-17 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5321  alanine racemase  35.87 
 
 		 357 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.274538 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0191  alanine racemase  32.44 
 
 		 358 aa  150  3e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1812  alanine racemase  33.6 
 
 		 373 aa  150  3e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000273885  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0714  alanine racemase  34.26 
 
 		 358 aa  150  3e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000257815  hitchhiker  0.000596589 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1342  alanine racemase  32.45 
 
 		 370 aa  150  4e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0650824  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2011  alanine racemase  33.42 
 
 		 368 aa  150  4e-35  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.146422  normal  0.0449726 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1758  alanine racemase  34.97 
 
 		 369 aa  149  5e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>