More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3937 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_4305  alanine racemase  97.66 
 
 		 342 aa  667    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3937  alanine racemase  100 
 
 		 342 aa  682    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.155523 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4410  alanine racemase  88.89 
 
 		 363 aa  585  1e-166  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.280318 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3896  alanine racemase  75.37 
 
 		 364 aa  455  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.655111  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4632  alanine racemase  65.99 
 
 		 370 aa  429  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.536129  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2595  alanine racemase  66.86 
 
 		 364 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.056073 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3495  alanine racemase  50.29 
 
 		 413 aa  312  4.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2308  alanine racemase  49.44 
 
 		 379 aa  311  6.999999999999999e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2290  alanine racemase  51.28 
 
 		 398 aa  309  4e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.669413  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2992  alanine racemase  50.86 
 
 		 409 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.926877  normal  0.268304 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2403  alanine racemase  50.57 
 
 		 357 aa  301  1e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.438825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2014  alanine racemase region  49.57 
 
 		 395 aa  301  1e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109646  normal  0.427468 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2289  alanine racemase  49.71 
 
 		 407 aa  299  4e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.637547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2457  alanine racemase  50.86 
 
 		 423 aa  297  2e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3807  putative alanine racemase (alr)  48.15 
 
 		 394 aa  296  3e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193954  normal  0.427628 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2871  alanine racemase  51.61 
 
 		 357 aa  283  4.0000000000000003e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0396  alanine racemase  47.99 
 
 		 385 aa  281  1e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124132  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3109  alanine racemase  44.79 
 
 		 373 aa  279  6e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.874814 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3482  alanine racemase  48.06 
 
 		 408 aa  276  4e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.552897 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0672  alanine racemase  48.99 
 
 		 383 aa  275  7e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15843  hitchhiker  0.005206 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1508  alanine racemase  45.51 
 
 		 387 aa  273  4.0000000000000004e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.453839  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1300  alanine racemase  50.14 
 
 		 387 aa  271  1e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0409  alanine racemase  48.41 
 
 		 374 aa  269  5.9999999999999995e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1208  alanine racemase  45.77 
 
 		 366 aa  265  8e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1192  alanine racemase  43.68 
 
 		 389 aa  264  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.183521  normal  0.216373 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4822  alanine racemase  48.42 
 
 		 377 aa  258  1e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0192728 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6080  alanine racemase  44.86 
 
 		 374 aa  255  9e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0923  alanine racemase  42.74 
 
 		 396 aa  253  3e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.489624  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0730  alanine racemase  45.2 
 
 		 408 aa  253  3e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632943  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0865  alanine racemase  42.74 
 
 		 396 aa  251  9.000000000000001e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0599236  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0914  alanine racemase  44.6 
 
 		 409 aa  251  1e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.452475  decreased coverage  0.000000188246 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0986  alanine racemase  45.58 
 
 		 389 aa  251  1e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0601461  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1445  alanine racemase  43.06 
 
 		 380 aa  249  7e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1502  alanine racemase  45.66 
 
 		 388 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.196094  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1046  alanine racemase  43.41 
 
 		 388 aa  245  9e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1093  alanine racemase  40.23 
 
 		 373 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0327033  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2506  alanine racemase  43.86 
 
 		 360 aa  226  5.0000000000000005e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.677402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0013  alanine racemase  46.24 
 
 		 348 aa  223  4e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.326952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0807  alanine racemase  45.4 
 
 		 378 aa  221  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1123  alanine racemase  42.4 
 
 		 349 aa  219  7.999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.12634 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2460  alanine racemase  42.4 
 
 		 349 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.317567  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4830  alanine racemase  40.63 
 
 		 377 aa  216  4e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1068  alanine racemase  41.55 
 
 		 349 aa  215  9e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1779  alanine racemase  40.7 
 
 		 345 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155065  normal  0.202897 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2378  alanine racemase  42.11 
 
 		 349 aa  213  5.999999999999999e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.90664 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4776  alanine racemase  39.19 
 
 		 377 aa  210  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.102133 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1739  alanine racemase  41.89 
 
 		 342 aa  211  2e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0813541  normal  0.651702 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1952  alanine racemase  41.3 
 
 		 356 aa  206  4e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1227  alanine racemase  39.59 
 
 		 348 aa  195  8.000000000000001e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3689  alanine racemase  41.57 
 
 		 365 aa  195  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.376484  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2882  alanine racemase  33.33 
 
 		 360 aa  169  9e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3277  alanine racemase  35.55 
 
 		 358 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.323363  unclonable  0.00000258476 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  35.34 
 
 		 358 aa  164  3e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2128  alanine racemase  33.43 
 
 		 374 aa  162  8.000000000000001e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0233  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  31.27 
 
 		 834 aa  160  3e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0191  alanine racemase  33.05 
 
 		 358 aa  157  2e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0562  alanine racemase  32.58 
 
 		 375 aa  156  5.0000000000000005e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629716  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0345  alanine racemase  35.51 
 
 		 376 aa  155  6e-37  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.605258  normal  0.144303 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2180  alanine racemase  33.63 
 
 		 371 aa  155  1e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2554  alanine racemase  32.54 
 
 		 365 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3057  alanine racemase  33.33 
 
 		 364 aa  152  8e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0113499  normal  0.425267 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1930  alanine racemase  35.48 
 
 		 367 aa  152  1e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65110  biosynthetic alanine racemase  35.61 
 
 		 358 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2594  alanine racemase  34.93 
 
 		 433 aa  152  1e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.127753  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  35.78 
 
 		 378 aa  151  2e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4221  alanine racemase  32.51 
 
 		 411 aa  151  2e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.53018  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0588  alanine racemase  34.45 
 
 		 365 aa  151  2e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0886157  hitchhiker  9.74231e-17 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2908  alanine racemase  32.78 
 
 		 379 aa  150  3e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.184968  normal  0.271691 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1498  alanine racemase  31.34 
 
 		 378 aa  150  3e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1959  alanine racemase  34.32 
 
 		 356 aa  150  4e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.148876  normal  0.720893 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1335  alanine racemase  34.32 
 
 		 356 aa  150  4e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000853808  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0747  alanine racemase  33.52 
 
 		 358 aa  150  4e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00105431  hitchhiker  0.000194512 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2762  alanine racemase  33.33 
 
 		 380 aa  150  4e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00587004  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2284  alanine racemase  31.18 
 
 		 376 aa  149  6e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2381  alanine racemase  34.1 
 
 		 357 aa  149  6e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608946  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1885  alanine racemase  36.29 
 
 		 397 aa  149  7e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.849261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4206  alanine racemase  33.24 
 
 		 358 aa  149  7e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0248673  decreased coverage  0.000000273108 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1677  alanine racemase  34.32 
 
 		 356 aa  149  7e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000165096  normal  0.866269 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1359  alanine racemase  32.06 
 
 		 356 aa  149  9e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0738  alanine racemase  33.62 
 
 		 358 aa  149  9e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0231981  decreased coverage  0.0000000000814721 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0932  alanine racemase, biosynthetic  29.89 
 
 		 364 aa  149  9e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3637  alanine racemase  33.52 
 
 		 358 aa  149  9e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000125734  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0775  hypothetical protein  31.3 
 
 		 357 aa  148  1.0000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3345  alanine racemase  31.18 
 
 		 372 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0804  hypothetical protein  31.01 
 
 		 357 aa  148  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0522  alanine racemase  31.91 
 
 		 363 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000197654  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0259  alanine racemase  32.68 
 
 		 396 aa  147  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.060575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0717  alanine racemase  34.1 
 
 		 358 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00955236  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01165  alanine racemase  34.02 
 
 		 356 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0105464  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2435  alanine racemase  34.02 
 
 		 356 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0660359  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01175  hypothetical protein  34.02 
 
 		 356 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0067944  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1082  alanine racemase  29.89 
 
 		 364 aa  147  4.0000000000000006e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00790418  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0763  alanine racemase  34.21 
 
 		 358 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.347962  unclonable  0.0000000000881438 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1293  alanine racemase  34.02 
 
 		 356 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000195233  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01680  alanine racemase  30.86 
 
 		 379 aa  146  4.0000000000000006e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1004  alanine racemase  35.93 
 
 		 378 aa  146  4.0000000000000006e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.931017  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1331  alanine racemase  35.21 
 
 		 357 aa  146  6e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0390  alanine racemase  30.68 
 
 		 395 aa  145  7.0000000000000006e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.185126  normal  0.667441 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2458  alanine racemase  33.73 
 
 		 356 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000612069  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0681  alanine racemase  30.58 
 
 		 387 aa  145  8.000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00412928  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>