More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_4410 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_4410  alanine racemase  100 
 
 		 363 aa  717    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.280318 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4305  alanine racemase  88.89 
 
 		 342 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3937  alanine racemase  88.89 
 
 		 342 aa  599  1e-170  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.155523 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3896  alanine racemase  75.57 
 
 		 364 aa  464  1e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.655111  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4632  alanine racemase  65.75 
 
 		 370 aa  436  1e-121  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.536129  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2595  alanine racemase  65.92 
 
 		 364 aa  414  1e-114  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.056073 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2308  alanine racemase  51.37 
 
 		 379 aa  331  1e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2290  alanine racemase  51.4 
 
 		 398 aa  314  9.999999999999999e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.669413  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2014  alanine racemase region  50.28 
 
 		 395 aa  310  2e-83  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109646  normal  0.427468 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3495  alanine racemase  48.18 
 
 		 413 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2992  alanine racemase  50.98 
 
 		 409 aa  306  3e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.926877  normal  0.268304 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3807  putative alanine racemase (alr)  48.04 
 
 		 394 aa  301  1e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193954  normal  0.427628 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2457  alanine racemase  50.7 
 
 		 423 aa  301  2e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2871  alanine racemase  53.45 
 
 		 357 aa  300  2e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2403  alanine racemase  48.88 
 
 		 357 aa  290  2e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.438825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3109  alanine racemase  46.59 
 
 		 373 aa  290  4e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.874814 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2289  alanine racemase  47.62 
 
 		 407 aa  289  5.0000000000000004e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.637547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0672  alanine racemase  48.75 
 
 		 383 aa  280  2e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15843  hitchhiker  0.005206 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0396  alanine racemase  48.04 
 
 		 385 aa  278  1e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124132  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1508  alanine racemase  43.93 
 
 		 387 aa  277  2e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.453839  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1208  alanine racemase  46.05 
 
 		 366 aa  275  6e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3482  alanine racemase  46.77 
 
 		 408 aa  274  1.0000000000000001e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.552897 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0409  alanine racemase  49.02 
 
 		 374 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1192  alanine racemase  44.56 
 
 		 389 aa  273  3e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.183521  normal  0.216373 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4822  alanine racemase  49.44 
 
 		 377 aa  272  8.000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0192728 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1300  alanine racemase  48.75 
 
 		 387 aa  270  2e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0914  alanine racemase  44.72 
 
 		 409 aa  266  4e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.452475  decreased coverage  0.000000188246 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6080  alanine racemase  43.24 
 
 		 374 aa  261  1e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0730  alanine racemase  45.36 
 
 		 408 aa  261  2e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632943  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0986  alanine racemase  45.01 
 
 		 389 aa  256  4e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0601461  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1502  alanine racemase  46.52 
 
 		 388 aa  255  8e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.196094  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1046  alanine racemase  44.44 
 
 		 388 aa  253  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0923  alanine racemase  41.87 
 
 		 396 aa  252  6e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.489624  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0865  alanine racemase  41.87 
 
 		 396 aa  251  1e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0599236  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1445  alanine racemase  42.42 
 
 		 380 aa  250  3e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1093  alanine racemase  40.11 
 
 		 373 aa  243  5e-63  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0327033  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2506  alanine racemase  45.58 
 
 		 360 aa  241  1e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.677402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4830  alanine racemase  41.85 
 
 		 377 aa  237  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1123  alanine racemase  44.73 
 
 		 349 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.12634 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2460  alanine racemase  44.73 
 
 		 349 aa  236  6e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.317567  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1068  alanine racemase  44.41 
 
 		 349 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0807  alanine racemase  47.24 
 
 		 378 aa  234  3e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4776  alanine racemase  41.37 
 
 		 377 aa  229  4e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.102133 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0013  alanine racemase  45.2 
 
 		 348 aa  225  8e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.326952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2378  alanine racemase  42.74 
 
 		 349 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.90664 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1779  alanine racemase  40.17 
 
 		 345 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155065  normal  0.202897 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1739  alanine racemase  41.21 
 
 		 342 aa  212  7.999999999999999e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0813541  normal  0.651702 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1952  alanine racemase  41.19 
 
 		 356 aa  210  2e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1227  alanine racemase  41.55 
 
 		 348 aa  207  2e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3689  alanine racemase  42.74 
 
 		 365 aa  203  5e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.376484  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2882  alanine racemase  33.42 
 
 		 360 aa  174  2.9999999999999996e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  36.04 
 
 		 378 aa  172  1e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  36.52 
 
 		 358 aa  170  3e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65110  biosynthetic alanine racemase  36.99 
 
 		 358 aa  168  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2762  alanine racemase  34.97 
 
 		 380 aa  167  2e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00587004  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1734  alanine racemase  35.93 
 
 		 359 aa  167  4e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.229212  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2381  alanine racemase  35.67 
 
 		 357 aa  166  4e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608946  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01680  alanine racemase  31.77 
 
 		 379 aa  166  5e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2594  alanine racemase  36.36 
 
 		 433 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.127753  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4221  alanine racemase  33.42 
 
 		 411 aa  166  6.9999999999999995e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.53018  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1335  alanine racemase  34.29 
 
 		 356 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000853808  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1959  alanine racemase  34.29 
 
 		 356 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.148876  normal  0.720893 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0562  alanine racemase  34.43 
 
 		 375 aa  164  1.0000000000000001e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629716  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0191  alanine racemase  33.7 
 
 		 358 aa  164  2.0000000000000002e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0390  alanine racemase  30.79 
 
 		 395 aa  164  3e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.185126  normal  0.667441 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1677  alanine racemase  34.29 
 
 		 356 aa  164  3e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000165096  normal  0.866269 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3850  alanine racemase  33.88 
 
 		 384 aa  162  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1885  alanine racemase  37.37 
 
 		 397 aa  161  1e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.849261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3277  alanine racemase  33.33 
 
 		 358 aa  162  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.323363  unclonable  0.00000258476 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1359  alanine racemase  31.83 
 
 		 356 aa  160  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01165  alanine racemase  34 
 
 		 356 aa  160  3e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0105464  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0606  alanine racemase  35.66 
 
 		 382 aa  160  3e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0932  alanine racemase, biosynthetic  30.7 
 
 		 364 aa  160  3e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1293  alanine racemase  34 
 
 		 356 aa  160  3e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000195233  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01175  hypothetical protein  34 
 
 		 356 aa  160  3e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0067944  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2435  alanine racemase  34 
 
 		 356 aa  160  3e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0660359  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2458  alanine racemase  33.71 
 
 		 356 aa  159  5e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000612069  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1498  alanine racemase  31.92 
 
 		 378 aa  159  5e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1004  alanine racemase  36.13 
 
 		 378 aa  159  6e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.931017  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0345  alanine racemase  35.85 
 
 		 376 aa  159  7e-38  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.605258  normal  0.144303 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5657  biosynthetic alanine racemase  36.59 
 
 		 358 aa  159  9e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1082  alanine racemase  30.7 
 
 		 364 aa  158  1e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00790418  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0775  hypothetical protein  30.59 
 
 		 357 aa  157  2e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2908  alanine racemase  33.88 
 
 		 379 aa  158  2e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.184968  normal  0.271691 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0233  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  30.27 
 
 		 834 aa  157  2e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1460  alanine racemase  32.51 
 
 		 368 aa  157  3e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3345  alanine racemase  31.15 
 
 		 372 aa  157  3e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0681  alanine racemase  32.11 
 
 		 387 aa  156  6e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00412928  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2180  alanine racemase  32.7 
 
 		 371 aa  155  7e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0804  hypothetical protein  30.03 
 
 		 357 aa  155  8e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4206  alanine racemase  32.29 
 
 		 358 aa  154  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0248673  decreased coverage  0.000000273108 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0934  alanine racemase  33.61 
 
 		 376 aa  154  2e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0928  alanine racemase  34.35 
 
 		 361 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1940  alanine racemase  31.71 
 
 		 356 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.277232  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4025  alanine racemase  31.08 
 
 		 375 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1944  alanine racemase  32 
 
 		 356 aa  153  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0640294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00596  alanine racemase  33.43 
 
 		 358 aa  152  5.9999999999999996e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0259  alanine racemase  33.78 
 
 		 396 aa  152  5.9999999999999996e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.060575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0958  alanine racemase  31.69 
 
 		 368 aa  152  7e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.75052  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2554  alanine racemase  31.12 
 
 		 365 aa  152  7e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>