More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0650 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  100 
 
 		 358 aa  721    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65110  biosynthetic alanine racemase  77.81 
 
 		 358 aa  557  1e-158  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5657  biosynthetic alanine racemase  78.93 
 
 		 358 aa  560  1e-158  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0103  alanine racemase, catabolic  51.12 
 
 		 357 aa  332  5e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2100  alanine racemase  51.68 
 
 		 367 aa  329  4e-89  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47960  alanine racemase  52.21 
 
 		 361 aa  328  6e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5321  alanine racemase  50.56 
 
 		 357 aa  325  7e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.274538 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0383  alanine racemase  46.93 
 
 		 358 aa  324  1e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0172619  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5269  alanine racemase  50 
 
 		 357 aa  323  2e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4025  alanine racemase  46.51 
 
 		 375 aa  323  3e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5179  alanine racemase  50 
 
 		 357 aa  322  5e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.266317 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1331  alanine racemase  48.62 
 
 		 357 aa  322  5e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2629  alanine racemase  50.84 
 
 		 364 aa  322  8e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.962151  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0201  alanine racemase  49.72 
 
 		 357 aa  320  3e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394182 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4206  alanine racemase  47.46 
 
 		 358 aa  318  7e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0248673  decreased coverage  0.000000273108 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0237  alanine racemase  49.44 
 
 		 357 aa  318  9e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0247  alanine racemase  49.59 
 
 		 362 aa  317  2e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1359  alanine racemase  48.02 
 
 		 356 aa  317  2e-85  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00017  alanine racemase  46.65 
 
 		 366 aa  317  2e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5524  alanine racemase  48.6 
 
 		 365 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2783  alanine racemase  46.67 
 
 		 375 aa  314  9.999999999999999e-85  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000262761  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3057  alanine racemase  47.91 
 
 		 364 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0113499  normal  0.425267 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69990  alanine racemase  50.28 
 
 		 357 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2388  alanine racemase  51.99 
 
 		 367 aa  312  4.999999999999999e-84  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0131  alanine racemase  47.38 
 
 		 365 aa  311  7.999999999999999e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6076  alanine racemase  50 
 
 		 368 aa  311  7.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002338  alanine racemase biosynthetic  45.94 
 
 		 361 aa  311  1e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00173731  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03074  alanine racemase  50 
 
 		 366 aa  310  2e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1986  alanine racemase region  51 
 
 		 370 aa  308  8e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.334037 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3995  alanine racemase  51.28 
 
 		 361 aa  306  4.0000000000000004e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0763  alanine racemase  47.21 
 
 		 358 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.347962  unclonable  0.0000000000881438 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3247  alanine racemase  47.21 
 
 		 358 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012106  hitchhiker  0.0000136882 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0693  alanine racemase  46.89 
 
 		 358 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00658355  hitchhiker  0.000391995 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0714  alanine racemase  47.21 
 
 		 358 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000257815  hitchhiker  0.000596589 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1715  alanine racemase  47.03 
 
 		 374 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2477  alanine racemase  47.47 
 
 		 356 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0200265  hitchhiker  0.000141057 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0193  alanine racemase  46.96 
 
 		 364 aa  302  6.000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.326654  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0775  hypothetical protein  42.98 
 
 		 357 aa  301  8.000000000000001e-81  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0445  alanine racemase  47.9 
 
 		 355 aa  301  1e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3916  alanine racemase  45.48 
 
 		 358 aa  300  2e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1660  alanine racemase  47.47 
 
 		 356 aa  300  2e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.377716  normal  0.0463479 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1004  alanine racemase  46.15 
 
 		 378 aa  300  3e-80  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.931017  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1359  alanine racemase  47.47 
 
 		 363 aa  299  4e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.766963  normal  0.790238 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0804  hypothetical protein  42.13 
 
 		 357 aa  299  6e-80  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4288  alanine racemase  45.92 
 
 		 373 aa  298  8e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4078  alanine racemase  45.92 
 
 		 373 aa  298  8e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0191  alanine racemase  44.26 
 
 		 358 aa  298  9e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3445  alanine racemase  45.92 
 
 		 373 aa  298  1e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2058  alanine racemase  45.79 
 
 		 356 aa  298  1e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0773108  normal  0.717767 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4504  alanine racemase  46.2 
 
 		 373 aa  298  1e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.142172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3629  alanine racemase  48.06 
 
 		 365 aa  297  2e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000800676 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0759  alanine racemase  46.05 
 
 		 358 aa  297  2e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000059584  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2458  alanine racemase  46.09 
 
 		 356 aa  296  5e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181694  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1575  alanine racemase  46.09 
 
 		 356 aa  296  5e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.378479  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2603  alanine racemase  46.09 
 
 		 356 aa  296  5e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.139768  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5348  alanine racemase  45.51 
 
 		 356 aa  296  5e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.393268 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2514  alanine racemase  46.09 
 
 		 356 aa  296  5e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1940  alanine racemase  45.81 
 
 		 356 aa  296  5e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.466995  normal  0.712057 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2078  alanine racemase  46.09 
 
 		 356 aa  296  5e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.295306  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3234  alanine racemase  46.09 
 
 		 356 aa  296  5e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1350  alanine racemase  46.09 
 
 		 356 aa  296  5e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.313664  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1965  alanine racemase  45.92 
 
 		 373 aa  295  6e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2007  alanine racemase  45.53 
 
 		 356 aa  295  9e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.954073  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3490  alanine racemase  47.03 
 
 		 373 aa  295  9e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.541285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3976  alanine racemase  46.76 
 
 		 373 aa  294  1e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.087726  normal  0.384892 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6038  alanine racemase  45.51 
 
 		 356 aa  294  1e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.629705  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3277  alanine racemase  45.76 
 
 		 358 aa  294  1e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.323363  unclonable  0.00000258476 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2071  alanine racemase  45.53 
 
 		 356 aa  295  1e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2039  alanine racemase  45.51 
 
 		 356 aa  294  1e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0224  alanine racemase region  47.43 
 
 		 356 aa  294  2e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0939  alanine racemase  41.97 
 
 		 359 aa  293  2e-78  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1923  alanine racemase  46.8 
 
 		 362 aa  293  3e-78  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.245815  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0961  alanine racemase  47.03 
 
 		 374 aa  293  3e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.37153  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2286  alanine racemase  47.03 
 
 		 374 aa  293  4e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0928  alanine racemase  47.75 
 
 		 361 aa  293  4e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1047  alanine racemase  47.03 
 
 		 374 aa  293  4e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2882  alanine racemase  44.82 
 
 		 360 aa  293  5e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0717  alanine racemase  45.76 
 
 		 358 aa  292  7e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00955236  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1999  alanine racemase  46.52 
 
 		 369 aa  291  1e-77  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.711487  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1940  alanine racemase  45.76 
 
 		 356 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.277232  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0588  alanine racemase  43.82 
 
 		 365 aa  291  1e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0886157  hitchhiker  9.74231e-17 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1238  alanine racemase  45.22 
 
 		 356 aa  291  1e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.40001  normal  0.661096 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1944  alanine racemase  45.48 
 
 		 356 aa  290  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0640294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1331  alanine racemase  45.48 
 
 		 356 aa  290  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000221405  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3580  alanine racemase  44.35 
 
 		 358 aa  291  2e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000398757  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3345  alanine racemase  43.17 
 
 		 372 aa  291  2e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3562  alanine racemase  47.4 
 
 		 367 aa  290  3e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1959  alanine racemase  44.92 
 
 		 356 aa  290  3e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.148876  normal  0.720893 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3637  alanine racemase  45.48 
 
 		 358 aa  290  3e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000125734  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1516  alanine racemase  45.48 
 
 		 356 aa  290  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0732192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0747  alanine racemase  45.48 
 
 		 358 aa  290  3e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00105431  hitchhiker  0.000194512 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2000  alanine racemase  45.48 
 
 		 356 aa  290  4e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0221784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1335  alanine racemase  44.92 
 
 		 356 aa  290  4e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000853808  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0522  alanine racemase  43.98 
 
 		 363 aa  290  4e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000197654  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0738  alanine racemase  45.48 
 
 		 358 aa  288  7e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0231981  decreased coverage  0.0000000000814721 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1677  alanine racemase  44.63 
 
 		 356 aa  288  1e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000165096  normal  0.866269 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0652  alanine racemase  47.31 
 
 		 364 aa  287  2e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2362  alanine racemase  44.07 
 
 		 356 aa  287  2e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.166545  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2115  alanine racemase  44.26 
 
 		 357 aa  286  2.9999999999999996e-76  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000357535  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2435  alanine racemase  44.63 
 
 		 356 aa  286  5e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0660359  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>