More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A3562 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A3562  alanine racemase  100 
 
 		 367 aa  738    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0193  alanine racemase  75.62 
 
 		 364 aa  559  1e-158  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.326654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0131  alanine racemase  75.07 
 
 		 365 aa  555  1e-157  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4337  alanine racemase  75.27 
 
 		 371 aa  552  1e-156  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.355342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0311  alanine racemase  73.3 
 
 		 367 aa  552  1e-156  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0194  alanine racemase  77.01 
 
 		 365 aa  546  1e-154  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0176  alanine racemase  76.45 
 
 		 365 aa  543  1e-153  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0253  alanine racemase  77.24 
 
 		 369 aa  543  1e-153  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.501756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0920  alanine racemase  71.16 
 
 		 377 aa  528  1e-149  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0488  alanine racemase  70.54 
 
 		 374 aa  525  1e-148  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0229  alanine racemase  74.52 
 
 		 366 aa  526  1e-148  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1310  alanine racemase  60.05 
 
 		 374 aa  430  1e-119  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.183193  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1371  alanine racemase  60.11 
 
 		 375 aa  424  1e-117  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0951593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1244  alanine racemase  59.3 
 
 		 374 aa  424  1e-117  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.43414 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1934  alanine racemase  59.67 
 
 		 373 aa  409  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138349  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1400  alanine racemase  58.31 
 
 		 368 aa  408  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.124508  normal  0.406393 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2007  alanine racemase  57.69 
 
 		 356 aa  402  1e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.954073  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2514  alanine racemase  56.87 
 
 		 356 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2058  alanine racemase  56.32 
 
 		 356 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0773108  normal  0.717767 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2458  alanine racemase  56.87 
 
 		 356 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181694  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1575  alanine racemase  56.87 
 
 		 356 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.378479  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1350  alanine racemase  56.87 
 
 		 356 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.313664  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2603  alanine racemase  56.87 
 
 		 356 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.139768  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5348  alanine racemase  56.04 
 
 		 356 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.393268 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3234  alanine racemase  56.87 
 
 		 356 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2078  alanine racemase  56.87 
 
 		 356 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.295306  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6038  alanine racemase  56.32 
 
 		 356 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.629705  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1940  alanine racemase  56.32 
 
 		 356 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.466995  normal  0.712057 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2039  alanine racemase  56.32 
 
 		 356 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1238  alanine racemase  56.32 
 
 		 356 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.40001  normal  0.661096 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2477  alanine racemase  57.42 
 
 		 356 aa  395  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0200265  hitchhiker  0.000141057 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1359  alanine racemase  56.59 
 
 		 363 aa  395  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.766963  normal  0.790238 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2071  alanine racemase  55.77 
 
 		 356 aa  397  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1715  alanine racemase  57.69 
 
 		 374 aa  392  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1660  alanine racemase  56.87 
 
 		 356 aa  391  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.377716  normal  0.0463479 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4504  alanine racemase  57.22 
 
 		 373 aa  393  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.142172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3445  alanine racemase  56.79 
 
 		 373 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1965  alanine racemase  56.51 
 
 		 373 aa  387  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4288  alanine racemase  56.51 
 
 		 373 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4078  alanine racemase  56.51 
 
 		 373 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0961  alanine racemase  57.14 
 
 		 374 aa  375  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.37153  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1047  alanine racemase  57.14 
 
 		 374 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2286  alanine racemase  57.14 
 
 		 374 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3976  alanine racemase  56.79 
 
 		 373 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.087726  normal  0.384892 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1335  alanine racemase  54.29 
 
 		 356 aa  368  1e-101  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000853808  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1959  alanine racemase  54.29 
 
 		 356 aa  369  1e-101  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.148876  normal  0.720893 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2745  alanine racemase  53.7 
 
 		 357 aa  370  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000484932 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3490  alanine racemase  56.51 
 
 		 373 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.541285  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01165  alanine racemase  54.02 
 
 		 356 aa  365  1e-100  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0105464  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2435  alanine racemase  54.02 
 
 		 356 aa  365  1e-100  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0660359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1293  alanine racemase  54.02 
 
 		 356 aa  365  1e-100  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000195233  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01175  hypothetical protein  54.02 
 
 		 356 aa  365  1e-100  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0067944  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1677  alanine racemase  54.29 
 
 		 356 aa  368  1e-100  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000165096  normal  0.866269 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2458  alanine racemase  53.74 
 
 		 356 aa  364  1e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000612069  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2362  alanine racemase  53.19 
 
 		 356 aa  361  1e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.166545  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2000  alanine racemase  51.94 
 
 		 356 aa  356  3.9999999999999996e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0221784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1940  alanine racemase  51.67 
 
 		 356 aa  355  8.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.277232  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1516  alanine racemase  51.11 
 
 		 356 aa  352  4e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0732192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1331  alanine racemase  51.39 
 
 		 356 aa  352  7e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000221405  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1944  alanine racemase  51.11 
 
 		 356 aa  350  2e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0640294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2530  alanine racemase region  54.97 
 
 		 366 aa  342  5e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1986  alanine racemase region  52.41 
 
 		 370 aa  331  1e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.334037 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2100  alanine racemase  50.83 
 
 		 367 aa  330  2e-89  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0919  alanine racemase  47.45 
 
 		 374 aa  330  3e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0923  alanine racemase  47.3 
 
 		 381 aa  319  3.9999999999999996e-86  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.288368  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1331  alanine racemase  48.63 
 
 		 357 aa  311  2e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2115  alanine racemase  51.79 
 
 		 357 aa  309  4e-83  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000357535  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0247  alanine racemase  49.59 
 
 		 362 aa  298  1e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0103  alanine racemase, catabolic  48.2 
 
 		 357 aa  293  2e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  47.4 
 
 		 358 aa  290  3e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47960  alanine racemase  49.72 
 
 		 361 aa  286  2.9999999999999996e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5321  alanine racemase  47.79 
 
 		 357 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.274538 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69990  alanine racemase  49.03 
 
 		 357 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5524  alanine racemase  46.74 
 
 		 365 aa  281  1e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0763  alanine racemase  45.98 
 
 		 358 aa  280  3e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.347962  unclonable  0.0000000000881438 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5179  alanine racemase  47.65 
 
 		 357 aa  279  6e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.266317 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0237  alanine racemase  46.54 
 
 		 357 aa  278  8e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5269  alanine racemase  46.81 
 
 		 357 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5657  biosynthetic alanine racemase  47.54 
 
 		 358 aa  277  3e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3995  alanine racemase  47.75 
 
 		 361 aa  276  4e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03074  alanine racemase  47.24 
 
 		 366 aa  274  1.0000000000000001e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0201  alanine racemase  46.13 
 
 		 357 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394182 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6076  alanine racemase  48.48 
 
 		 368 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1359  alanine racemase  42.5 
 
 		 356 aa  271  1e-71  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4206  alanine racemase  45.15 
 
 		 358 aa  271  1e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0248673  decreased coverage  0.000000273108 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3277  alanine racemase  44.88 
 
 		 358 aa  266  4e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.323363  unclonable  0.00000258476 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2783  alanine racemase  42.35 
 
 		 375 aa  265  8.999999999999999e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000262761  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1004  alanine racemase  43.54 
 
 		 378 aa  264  2e-69  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.931017  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0928  alanine racemase  45.43 
 
 		 361 aa  264  2e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2629  alanine racemase  46.45 
 
 		 364 aa  264  2e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.962151  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3580  alanine racemase  44.04 
 
 		 358 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000398757  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1999  alanine racemase  44.82 
 
 		 369 aa  263  4.999999999999999e-69  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.711487  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1923  alanine racemase  44.82 
 
 		 362 aa  262  6e-69  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.245815  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0445  alanine racemase  44.38 
 
 		 355 aa  261  1e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2388  alanine racemase  45.81 
 
 		 367 aa  261  1e-68  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0588  alanine racemase  44.32 
 
 		 365 aa  261  1e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0886157  hitchhiker  9.74231e-17 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65110  biosynthetic alanine racemase  45.9 
 
 		 358 aa  261  1e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3345  alanine racemase  42.9 
 
 		 372 aa  260  2e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00017  alanine racemase  42.74 
 
 		 366 aa  260  3e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0714  alanine racemase  45.28 
 
 		 358 aa  260  3e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000257815  hitchhiker  0.000596589 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>