More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3482 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_3482  alanine racemase  100 
 
 		 408 aa  803    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.552897 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2290  alanine racemase  49.33 
 
 		 398 aa  329  7e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.669413  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2289  alanine racemase  51.07 
 
 		 407 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.637547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3807  putative alanine racemase (alr)  47.94 
 
 		 394 aa  321  1.9999999999999998e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193954  normal  0.427628 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3495  alanine racemase  47.14 
 
 		 413 aa  318  7e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6080  alanine racemase  47.93 
 
 		 374 aa  317  3e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2014  alanine racemase region  47.87 
 
 		 395 aa  317  3e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109646  normal  0.427468 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1508  alanine racemase  47.58 
 
 		 387 aa  315  9.999999999999999e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.453839  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1192  alanine racemase  46.17 
 
 		 389 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.183521  normal  0.216373 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2992  alanine racemase  48.04 
 
 		 409 aa  311  9e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.926877  normal  0.268304 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0672  alanine racemase  46.02 
 
 		 383 aa  308  1.0000000000000001e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15843  hitchhiker  0.005206 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0986  alanine racemase  47.07 
 
 		 389 aa  305  8.000000000000001e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0601461  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0730  alanine racemase  43.93 
 
 		 408 aa  304  2.0000000000000002e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632943  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4632  alanine racemase  49.21 
 
 		 370 aa  300  2e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.536129  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1046  alanine racemase  45.97 
 
 		 388 aa  301  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2457  alanine racemase  48.02 
 
 		 423 aa  296  4e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23197  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0923  alanine racemase  43.97 
 
 		 396 aa  295  1e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.489624  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1300  alanine racemase  47.34 
 
 		 387 aa  293  5e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4305  alanine racemase  48.2 
 
 		 342 aa  293  5e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0865  alanine racemase  43.72 
 
 		 396 aa  292  6e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0599236  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3937  alanine racemase  47.79 
 
 		 342 aa  291  2e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.155523 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1445  alanine racemase  43.65 
 
 		 380 aa  287  2e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2506  alanine racemase  47.04 
 
 		 360 aa  283  5.000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.677402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0396  alanine racemase  43.85 
 
 		 385 aa  283  5.000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124132  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2403  alanine racemase  46.61 
 
 		 357 aa  280  2e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.438825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4822  alanine racemase  44.92 
 
 		 377 aa  280  3e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0192728 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4410  alanine racemase  46.63 
 
 		 363 aa  279  7e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.280318 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1093  alanine racemase  40.92 
 
 		 373 aa  276  5e-73  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0327033  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4776  alanine racemase  45.58 
 
 		 377 aa  276  5e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.102133 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4830  alanine racemase  44.21 
 
 		 377 aa  276  5e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1502  alanine racemase  45.87 
 
 		 388 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.196094  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2308  alanine racemase  41.27 
 
 		 379 aa  272  9e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3896  alanine racemase  47.11 
 
 		 364 aa  271  1e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.655111  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0807  alanine racemase  46.01 
 
 		 378 aa  268  2e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3109  alanine racemase  42.34 
 
 		 373 aa  267  2e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.874814 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2871  alanine racemase  46.63 
 
 		 357 aa  266  5.999999999999999e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2595  alanine racemase  46.3 
 
 		 364 aa  265  8.999999999999999e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.056073 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1208  alanine racemase  41.21 
 
 		 366 aa  265  1e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0409  alanine racemase  43.15 
 
 		 374 aa  261  2e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0914  alanine racemase  39.59 
 
 		 409 aa  258  1e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.452475  decreased coverage  0.000000188246 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2460  alanine racemase  44.57 
 
 		 349 aa  249  5e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.317567  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1123  alanine racemase  44.57 
 
 		 349 aa  249  8e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.12634 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1068  alanine racemase  43.55 
 
 		 349 aa  241  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1739  alanine racemase  43.4 
 
 		 342 aa  236  7e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0813541  normal  0.651702 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2378  alanine racemase  45.01 
 
 		 349 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.90664 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3689  alanine racemase  45.11 
 
 		 365 aa  229  7e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.376484  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1779  alanine racemase  42.23 
 
 		 345 aa  221  3e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155065  normal  0.202897 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0013  alanine racemase  42.78 
 
 		 348 aa  219  7.999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.326952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  37.67 
 
 		 358 aa  205  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1227  alanine racemase  40.98 
 
 		 348 aa  197  3e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5657  biosynthetic alanine racemase  36.59 
 
 		 358 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8142  alanine racemase  42.55 
 
 		 294 aa  191  2.9999999999999997e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170675  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0191  alanine racemase  35.04 
 
 		 358 aa  189  5e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65110  biosynthetic alanine racemase  36.86 
 
 		 358 aa  187  4e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1952  alanine racemase  37.04 
 
 		 356 aa  183  5.0000000000000004e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4025  alanine racemase  31.94 
 
 		 375 aa  176  8e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2882  alanine racemase  33.88 
 
 		 360 aa  175  9.999999999999999e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002338  alanine racemase biosynthetic  32.6 
 
 		 361 aa  173  5e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00173731  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0775  hypothetical protein  32.24 
 
 		 357 aa  172  6.999999999999999e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0562  alanine racemase  31.41 
 
 		 375 aa  172  9e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629716  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0804  hypothetical protein  32.24 
 
 		 357 aa  172  1e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3637  alanine racemase  35.71 
 
 		 359 aa  171  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3277  alanine racemase  34.07 
 
 		 358 aa  170  4e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.323363  unclonable  0.00000258476 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0588  alanine racemase  34.68 
 
 		 365 aa  170  4e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0886157  hitchhiker  9.74231e-17 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0201  alanine racemase  34.9 
 
 		 357 aa  170  4e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394182 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4206  alanine racemase  34.25 
 
 		 358 aa  170  5e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0248673  decreased coverage  0.000000273108 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3499  alanine racemase  35.03 
 
 		 360 aa  169  9e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0383  alanine racemase  32.43 
 
 		 358 aa  167  2e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0172619  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1460  alanine racemase  32 
 
 		 368 aa  168  2e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2783  alanine racemase  31.9 
 
 		 375 aa  167  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000262761  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0958  alanine racemase  32.71 
 
 		 368 aa  167  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.75052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5524  alanine racemase  33.42 
 
 		 365 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5179  alanine racemase  35.68 
 
 		 357 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.266317 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0259  alanine racemase  33.07 
 
 		 396 aa  166  6.9999999999999995e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.060575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0280  alanine racemase region  35.79 
 
 		 372 aa  166  8e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0768995 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3057  alanine racemase  32.69 
 
 		 364 aa  166  8e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0113499  normal  0.425267 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0103  alanine racemase, catabolic  33.7 
 
 		 357 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0237  alanine racemase  34.15 
 
 		 357 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5321  alanine racemase  35.66 
 
 		 357 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.274538 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3916  alanine racemase  33.33 
 
 		 358 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00017  alanine racemase  31.87 
 
 		 366 aa  165  2.0000000000000002e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1082  alanine racemase  30.05 
 
 		 364 aa  165  2.0000000000000002e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00790418  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2381  alanine racemase  35.95 
 
 		 357 aa  165  2.0000000000000002e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608946  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1885  alanine racemase  37.04 
 
 		 397 aa  164  3e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.849261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0932  alanine racemase, biosynthetic  29.79 
 
 		 364 aa  163  5.0000000000000005e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2100  alanine racemase  37.98 
 
 		 367 aa  163  5.0000000000000005e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0693  alanine racemase  34.33 
 
 		 358 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00658355  hitchhiker  0.000391995 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  33.78 
 
 		 378 aa  162  8.000000000000001e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2167  alanine racemase  35.45 
 
 		 373 aa  162  8.000000000000001e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196511  decreased coverage  0.0000176162 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1173  alanine racemase  35.7 
 
 		 383 aa  162  1e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.49691  normal  0.0522528 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4448  alanine racemase  33.16 
 
 		 359 aa  162  1e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.418216  normal  0.575034 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1146  alanine racemase  35.7 
 
 		 383 aa  162  1e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69990  alanine racemase  34.69 
 
 		 357 aa  162  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1163  alanine racemase  35.7 
 
 		 383 aa  162  1e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.434451 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2554  alanine racemase  33.51 
 
 		 365 aa  161  2e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5269  alanine racemase  34.59 
 
 		 357 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1004  alanine racemase  34.05 
 
 		 378 aa  161  2e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.931017  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0759  alanine racemase  33.15 
 
 		 358 aa  161  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000059584  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1484  alanine racemase  36.41 
 
 		 390 aa  161  2e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.159297  normal  0.789222 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3854  alanine racemase  34.23 
 
 		 359 aa  160  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00269497  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>