More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_4632 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_4632  alanine racemase  100 
 
 		 370 aa  735    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.536129  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2595  alanine racemase  77.75 
 
 		 364 aa  519  1e-146  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.056073 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3937  alanine racemase  65.99 
 
 		 342 aa  441  1e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.155523 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4410  alanine racemase  65.47 
 
 		 363 aa  438  9.999999999999999e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.280318 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3896  alanine racemase  68.04 
 
 		 364 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.655111  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4305  alanine racemase  65.71 
 
 		 342 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3807  putative alanine racemase (alr)  52.62 
 
 		 394 aa  358  6e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193954  normal  0.427628 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2403  alanine racemase  54.02 
 
 		 357 aa  350  3e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.438825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2308  alanine racemase  51.37 
 
 		 379 aa  344  2e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2014  alanine racemase region  52.35 
 
 		 395 aa  342  9e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109646  normal  0.427468 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2290  alanine racemase  51.96 
 
 		 398 aa  341  1e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.669413  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2289  alanine racemase  51.26 
 
 		 407 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.637547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3495  alanine racemase  50 
 
 		 413 aa  338  7e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2992  alanine racemase  49.17 
 
 		 409 aa  320  3.9999999999999996e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.926877  normal  0.268304 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2457  alanine racemase  50.28 
 
 		 423 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0396  alanine racemase  48.5 
 
 		 385 aa  309  4e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124132  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6080  alanine racemase  47.78 
 
 		 374 aa  304  2.0000000000000002e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3482  alanine racemase  48.16 
 
 		 408 aa  303  3.0000000000000004e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.552897 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3109  alanine racemase  46.47 
 
 		 373 aa  297  3e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.874814 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0986  alanine racemase  47.17 
 
 		 389 aa  289  5.0000000000000004e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0601461  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0672  alanine racemase  46.96 
 
 		 383 aa  287  2e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15843  hitchhiker  0.005206 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0409  alanine racemase  46.78 
 
 		 374 aa  287  2e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2871  alanine racemase  51.57 
 
 		 357 aa  283  3.0000000000000004e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1502  alanine racemase  48.47 
 
 		 388 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.196094  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0923  alanine racemase  43.13 
 
 		 396 aa  280  3e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.489624  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1445  alanine racemase  44.01 
 
 		 380 aa  280  4e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0865  alanine racemase  43.13 
 
 		 396 aa  279  5e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0599236  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1192  alanine racemase  43.67 
 
 		 389 aa  279  7e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.183521  normal  0.216373 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1508  alanine racemase  43.05 
 
 		 387 aa  277  2e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.453839  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1300  alanine racemase  46.99 
 
 		 387 aa  274  2.0000000000000002e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0730  alanine racemase  42.78 
 
 		 408 aa  271  2e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632943  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4830  alanine racemase  43.6 
 
 		 377 aa  268  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4776  alanine racemase  43.96 
 
 		 377 aa  268  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.102133 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1208  alanine racemase  42.55 
 
 		 366 aa  265  1e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4822  alanine racemase  48.32 
 
 		 377 aa  264  2e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0192728 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1093  alanine racemase  40.4 
 
 		 373 aa  261  2e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0327033  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1046  alanine racemase  44.2 
 
 		 388 aa  259  4e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0914  alanine racemase  43.32 
 
 		 409 aa  254  2.0000000000000002e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.452475  decreased coverage  0.000000188246 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0807  alanine racemase  46.9 
 
 		 378 aa  251  2e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2506  alanine racemase  44.9 
 
 		 360 aa  248  8e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.677402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1123  alanine racemase  44.13 
 
 		 349 aa  239  5.999999999999999e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.12634 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2460  alanine racemase  44.41 
 
 		 349 aa  238  1e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.317567  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1068  alanine racemase  43.85 
 
 		 349 aa  235  7e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0013  alanine racemase  44.01 
 
 		 348 aa  222  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.326952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2378  alanine racemase  42.27 
 
 		 349 aa  217  2e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.90664 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1739  alanine racemase  43.06 
 
 		 342 aa  213  4.9999999999999996e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0813541  normal  0.651702 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3689  alanine racemase  42.19 
 
 		 365 aa  207  3e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.376484  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1952  alanine racemase  42.46 
 
 		 356 aa  205  8e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1779  alanine racemase  38.67 
 
 		 345 aa  202  7e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155065  normal  0.202897 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1227  alanine racemase  40.79 
 
 		 348 aa  191  2e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0191  alanine racemase  37.02 
 
 		 358 aa  189  5e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8142  alanine racemase  44.28 
 
 		 294 aa  189  5.999999999999999e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170675  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5321  alanine racemase  39.5 
 
 		 357 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.274538 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0588  alanine racemase  35.56 
 
 		 365 aa  175  9e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0886157  hitchhiker  9.74231e-17 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  36.52 
 
 		 358 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2882  alanine racemase  33.15 
 
 		 360 aa  171  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5179  alanine racemase  38.4 
 
 		 357 aa  171  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.266317 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5269  alanine racemase  38.12 
 
 		 357 aa  170  4e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03925  alanine racemase  33.15 
 
 		 359 aa  168  1e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.190319  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3940  alanine racemase  33.15 
 
 		 359 aa  168  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4293  alanine racemase  33.15 
 
 		 359 aa  168  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4514  alanine racemase  33.15 
 
 		 359 aa  168  1e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3975  alanine racemase  33.15 
 
 		 359 aa  168  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.379875 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03885  hypothetical protein  33.15 
 
 		 359 aa  168  1e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.182053  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4542  alanine racemase  32.62 
 
 		 359 aa  167  2e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1885  alanine racemase  38.65 
 
 		 397 aa  167  2.9999999999999998e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.849261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5555  alanine racemase  32.88 
 
 		 359 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1004  alanine racemase  36.64 
 
 		 378 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.931017  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65110  biosynthetic alanine racemase  35.52 
 
 		 358 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3057  alanine racemase  34.08 
 
 		 364 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0113499  normal  0.425267 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4605  alanine racemase  32.88 
 
 		 359 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  35.42 
 
 		 378 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0932  alanine racemase, biosynthetic  32.7 
 
 		 364 aa  165  1.0000000000000001e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4221  alanine racemase  34.3 
 
 		 411 aa  165  1.0000000000000001e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.53018  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3508  alanine racemase  35.18 
 
 		 395 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2381  alanine racemase  37.75 
 
 		 357 aa  165  1.0000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608946  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0201  alanine racemase  37.11 
 
 		 357 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394182 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2084  alanine racemase  30.59 
 
 		 375 aa  164  3e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.261095 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0782  alanine racemase  32.38 
 
 		 374 aa  163  4.0000000000000004e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.804762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1082  alanine racemase  32.7 
 
 		 364 aa  163  5.0000000000000005e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00790418  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2011  alanine racemase  33.06 
 
 		 368 aa  163  5.0000000000000005e-39  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.146422  normal  0.0449726 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2762  alanine racemase  35.66 
 
 		 380 aa  162  6e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00587004  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2908  alanine racemase  34.93 
 
 		 379 aa  162  7e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.184968  normal  0.271691 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3427  alanine racemase  35.18 
 
 		 395 aa  162  7e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.764084  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2783  alanine racemase  32.77 
 
 		 375 aa  162  7e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000262761  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3576  alanine racemase  34.9 
 
 		 395 aa  162  8.000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5524  alanine racemase  35.29 
 
 		 365 aa  161  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5657  biosynthetic alanine racemase  35.71 
 
 		 358 aa  162  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1635  alanine racemase region  31.86 
 
 		 366 aa  161  2e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0233  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  31 
 
 		 834 aa  161  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00017  alanine racemase  31.18 
 
 		 366 aa  160  4e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3724  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  31.06 
 
 		 842 aa  159  7e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4448  alanine racemase  32.87 
 
 		 359 aa  159  9e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.418216  normal  0.575034 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0280  alanine racemase region  34.1 
 
 		 372 aa  159  1e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0768995 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1359  alanine racemase  33.43 
 
 		 356 aa  158  1e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0994  alanine racemase  36.07 
 
 		 382 aa  158  1e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0103  alanine racemase, catabolic  35.54 
 
 		 357 aa  158  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2128  alanine racemase  31.04 
 
 		 374 aa  157  2e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3637  alanine racemase  32.11 
 
 		 359 aa  158  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0562  alanine racemase  32.88 
 
 		 375 aa  157  2e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629716  normal  0.711821 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>