More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2992 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2457  alanine racemase  91.4 
 
 		 423 aa  705    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2992  alanine racemase  100 
 
 		 409 aa  818    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.926877  normal  0.268304 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3495  alanine racemase  81.93 
 
 		 413 aa  678    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2290  alanine racemase  73.93 
 
 		 398 aa  599  1e-170  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.669413  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2014  alanine racemase region  77.32 
 
 		 395 aa  591  1e-168  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109646  normal  0.427468 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3807  putative alanine racemase (alr)  75.27 
 
 		 394 aa  591  1e-168  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193954  normal  0.427628 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2289  alanine racemase  75.19 
 
 		 407 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.637547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4632  alanine racemase  48.65 
 
 		 370 aa  325  1e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.536129  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2595  alanine racemase  50.27 
 
 		 364 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.056073 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3937  alanine racemase  50.86 
 
 		 342 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.155523 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2403  alanine racemase  48.2 
 
 		 357 aa  315  9.999999999999999e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.438825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3482  alanine racemase  47.41 
 
 		 408 aa  313  2.9999999999999996e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.552897 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4410  alanine racemase  50.98 
 
 		 363 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.280318 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4305  alanine racemase  50.29 
 
 		 342 aa  313  4.999999999999999e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1502  alanine racemase  45.99 
 
 		 388 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.196094  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3896  alanine racemase  49.03 
 
 		 364 aa  281  1e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.655111  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1192  alanine racemase  42.47 
 
 		 389 aa  277  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.183521  normal  0.216373 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2308  alanine racemase  43.68 
 
 		 379 aa  276  5e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0986  alanine racemase  43.94 
 
 		 389 aa  272  8.000000000000001e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0601461  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1508  alanine racemase  41.67 
 
 		 387 aa  271  1e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.453839  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4822  alanine racemase  45.36 
 
 		 377 aa  268  2e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0192728 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0914  alanine racemase  41.79 
 
 		 409 aa  266  5e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.452475  decreased coverage  0.000000188246 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0396  alanine racemase  43.09 
 
 		 385 aa  265  8.999999999999999e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124132  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1046  alanine racemase  43.01 
 
 		 388 aa  263  4e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0409  alanine racemase  44.51 
 
 		 374 aa  263  4e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1300  alanine racemase  45.82 
 
 		 387 aa  263  4.999999999999999e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1093  alanine racemase  39.72 
 
 		 373 aa  263  6e-69  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0327033  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0730  alanine racemase  42.9 
 
 		 408 aa  261  1e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632943  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3109  alanine racemase  41.4 
 
 		 373 aa  254  1.0000000000000001e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.874814 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0672  alanine racemase  43.36 
 
 		 383 aa  254  2.0000000000000002e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15843  hitchhiker  0.005206 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1445  alanine racemase  40.5 
 
 		 380 aa  251  2e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0923  alanine racemase  39.89 
 
 		 396 aa  250  3e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.489624  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0865  alanine racemase  39.84 
 
 		 396 aa  250  4e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0599236  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2871  alanine racemase  44.96 
 
 		 357 aa  249  5e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2506  alanine racemase  43.8 
 
 		 360 aa  243  3e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.677402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6080  alanine racemase  39.89 
 
 		 374 aa  239  5.999999999999999e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0807  alanine racemase  43.51 
 
 		 378 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4776  alanine racemase  40.32 
 
 		 377 aa  233  6e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.102133 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1208  alanine racemase  40.6 
 
 		 366 aa  231  1e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1123  alanine racemase  41.64 
 
 		 349 aa  231  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.12634 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1068  alanine racemase  41.37 
 
 		 349 aa  229  5e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3689  alanine racemase  42.86 
 
 		 365 aa  229  5e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.376484  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2460  alanine racemase  41.37 
 
 		 349 aa  229  9e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.317567  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4830  alanine racemase  38.9 
 
 		 377 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2378  alanine racemase  42.9 
 
 		 349 aa  223  4e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.90664 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1779  alanine racemase  40.17 
 
 		 345 aa  220  3.9999999999999997e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155065  normal  0.202897 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1739  alanine racemase  40.93 
 
 		 342 aa  219  7e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0813541  normal  0.651702 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0013  alanine racemase  41.78 
 
 		 348 aa  219  7e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.326952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  39.63 
 
 		 358 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1227  alanine racemase  37.4 
 
 		 348 aa  194  3e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2882  alanine racemase  33.52 
 
 		 360 aa  191  2e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65110  biosynthetic alanine racemase  38.44 
 
 		 358 aa  190  4e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2783  alanine racemase  34.88 
 
 		 375 aa  187  3e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000262761  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5657  biosynthetic alanine racemase  38.71 
 
 		 358 aa  184  3e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00017  alanine racemase  33.61 
 
 		 366 aa  182  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1952  alanine racemase  36.59 
 
 		 356 aa  182  1e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002338  alanine racemase biosynthetic  34.15 
 
 		 361 aa  181  2.9999999999999997e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00173731  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4221  alanine racemase  34.9 
 
 		 411 aa  179  5.999999999999999e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.53018  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2381  alanine racemase  35.58 
 
 		 357 aa  179  1e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608946  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2629  alanine racemase  34.76 
 
 		 364 aa  176  9.999999999999999e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.962151  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0191  alanine racemase  32.09 
 
 		 358 aa  175  9.999999999999999e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5524  alanine racemase  34.92 
 
 		 365 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0383  alanine racemase  32.7 
 
 		 358 aa  172  1e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0172619  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3508  alanine racemase  33.69 
 
 		 395 aa  172  1e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3576  alanine racemase  33.69 
 
 		 395 aa  171  2e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3487  alanine racemase  34.39 
 
 		 393 aa  171  2e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5321  alanine racemase  34.86 
 
 		 357 aa  171  3e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.274538 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1498  alanine racemase  33.51 
 
 		 378 aa  170  4e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0562  alanine racemase  32.45 
 
 		 375 aa  170  4e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629716  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1082  alanine racemase  32.16 
 
 		 364 aa  169  1e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00790418  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1359  alanine racemase  33.24 
 
 		 356 aa  169  1e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0522  alanine racemase  33.33 
 
 		 363 aa  168  1e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000197654  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5179  alanine racemase  33.77 
 
 		 357 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.266317 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5269  alanine racemase  33.25 
 
 		 357 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0103  alanine racemase, catabolic  35.58 
 
 		 357 aa  168  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0201  alanine racemase  34.17 
 
 		 357 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394182 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3427  alanine racemase  34.02 
 
 		 395 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.764084  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4025  alanine racemase  31.4 
 
 		 375 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8142  alanine racemase  39.64 
 
 		 294 aa  167  4e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170675  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0932  alanine racemase, biosynthetic  31.89 
 
 		 364 aa  167  4e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1484  alanine racemase  35.96 
 
 		 390 aa  166  5.9999999999999996e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.159297  normal  0.789222 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3724  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  32.79 
 
 		 842 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13457  alanine racemase  34.81 
 
 		 408 aa  165  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0132184  hitchhiker  0.000185138 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3057  alanine racemase  32.51 
 
 		 364 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0113499  normal  0.425267 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0782  alanine racemase  34.26 
 
 		 374 aa  164  3e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.804762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1146  alanine racemase  33.33 
 
 		 383 aa  164  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1163  alanine racemase  33.33 
 
 		 383 aa  164  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.434451 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1173  alanine racemase  33.33 
 
 		 383 aa  164  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.49691  normal  0.0522528 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0237  alanine racemase  36.19 
 
 		 357 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0259  alanine racemase  32.66 
 
 		 396 aa  163  6e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.060575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1460  alanine racemase  32.45 
 
 		 368 aa  161  2e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0247  alanine racemase  34.29 
 
 		 362 aa  161  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4934  alanine racemase  36.53 
 
 		 383 aa  160  3e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1999  alanine racemase  33.33 
 
 		 369 aa  159  6e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.711487  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3499  alanine racemase  32.98 
 
 		 360 aa  159  6e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2167  alanine racemase  33.78 
 
 		 373 aa  159  7e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196511  decreased coverage  0.0000176162 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1923  alanine racemase  33.7 
 
 		 362 aa  159  8e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.245815  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0928  alanine racemase  35.6 
 
 		 361 aa  158  1e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3345  alanine racemase  32.35 
 
 		 372 aa  158  1e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  32.71 
 
 		 378 aa  157  2e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>