More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1502 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1502  alanine racemase  100 
 
 		 388 aa  771    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.196094  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1445  alanine racemase  50.83 
 
 		 380 aa  354  2e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0923  alanine racemase  50.27 
 
 		 396 aa  349  5e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.489624  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0865  alanine racemase  50.27 
 
 		 396 aa  348  8e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0599236  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0672  alanine racemase  51.93 
 
 		 383 aa  345  7e-94  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15843  hitchhiker  0.005206 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1300  alanine racemase  54.67 
 
 		 387 aa  341  1e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4822  alanine racemase  54.32 
 
 		 377 aa  337  9.999999999999999e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0192728 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4830  alanine racemase  53.19 
 
 		 377 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4776  alanine racemase  53.12 
 
 		 377 aa  335  5.999999999999999e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.102133 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1093  alanine racemase  46.89 
 
 		 373 aa  332  9e-90  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0327033  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6080  alanine racemase  50.96 
 
 		 374 aa  325  6e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0807  alanine racemase  54.04 
 
 		 378 aa  316  4e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0409  alanine racemase  50.82 
 
 		 374 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0914  alanine racemase  49.18 
 
 		 409 aa  305  1.0000000000000001e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.452475  decreased coverage  0.000000188246 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2290  alanine racemase  50 
 
 		 398 aa  303  2.0000000000000002e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.669413  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3495  alanine racemase  48.5 
 
 		 413 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2014  alanine racemase region  48.92 
 
 		 395 aa  302  6.000000000000001e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109646  normal  0.427468 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0396  alanine racemase  47.8 
 
 		 385 aa  301  9e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124132  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2289  alanine racemase  47.93 
 
 		 407 aa  289  6e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.637547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3807  putative alanine racemase (alr)  45.48 
 
 		 394 aa  287  2e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193954  normal  0.427628 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2992  alanine racemase  45.99 
 
 		 409 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.926877  normal  0.268304 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2403  alanine racemase  49.3 
 
 		 357 aa  276  5e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.438825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2871  alanine racemase  49.31 
 
 		 357 aa  274  2.0000000000000002e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4632  alanine racemase  48.04 
 
 		 370 aa  273  3e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.536129  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2457  alanine racemase  45.95 
 
 		 423 aa  268  8.999999999999999e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3482  alanine racemase  45.6 
 
 		 408 aa  268  1e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.552897 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2595  alanine racemase  47.22 
 
 		 364 aa  263  4e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.056073 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3689  alanine racemase  47.4 
 
 		 365 aa  260  3e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.376484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0730  alanine racemase  43.78 
 
 		 408 aa  259  7e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632943  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1208  alanine racemase  43.49 
 
 		 366 aa  254  3e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2460  alanine racemase  44.26 
 
 		 349 aa  252  7e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.317567  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1123  alanine racemase  44.26 
 
 		 349 aa  252  9.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.12634 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1192  alanine racemase  43.24 
 
 		 389 aa  252  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.183521  normal  0.216373 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4305  alanine racemase  45.66 
 
 		 342 aa  250  3e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4410  alanine racemase  46.52 
 
 		 363 aa  250  3e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.280318 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2308  alanine racemase  43.67 
 
 		 379 aa  247  3e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3937  alanine racemase  45.66 
 
 		 342 aa  246  6.999999999999999e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.155523 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3896  alanine racemase  48.46 
 
 		 364 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.655111  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0986  alanine racemase  42.47 
 
 		 389 aa  243  3e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0601461  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1068  alanine racemase  44.41 
 
 		 349 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1508  alanine racemase  40.92 
 
 		 387 aa  242  7e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.453839  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2506  alanine racemase  45.1 
 
 		 360 aa  241  1e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.677402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1739  alanine racemase  43.98 
 
 		 342 aa  239  8e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0813541  normal  0.651702 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2378  alanine racemase  44.41 
 
 		 349 aa  236  7e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.90664 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3109  alanine racemase  41.33 
 
 		 373 aa  232  9e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.874814 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1046  alanine racemase  41.35 
 
 		 388 aa  230  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8142  alanine racemase  50 
 
 		 294 aa  226  7e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170675  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1779  alanine racemase  40.88 
 
 		 345 aa  218  2e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155065  normal  0.202897 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1952  alanine racemase  42.33 
 
 		 356 aa  211  2e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0013  alanine racemase  41.69 
 
 		 348 aa  206  5e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.326952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  40.22 
 
 		 358 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5657  biosynthetic alanine racemase  40.39 
 
 		 358 aa  194  3e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65110  biosynthetic alanine racemase  40.56 
 
 		 358 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0562  alanine racemase  35.71 
 
 		 375 aa  187  3e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629716  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1227  alanine racemase  40.25 
 
 		 348 aa  181  2e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1758  alanine racemase  35.08 
 
 		 369 aa  179  9e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2697  alanine racemase  32.22 
 
 		 391 aa  177  2e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  34.93 
 
 		 378 aa  176  5e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0171  alanine racemase  34.43 
 
 		 371 aa  176  7e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1498  alanine racemase  33.06 
 
 		 378 aa  176  8e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0307  alanine racemase  32.33 
 
 		 390 aa  176  8e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0259  alanine racemase  34.64 
 
 		 396 aa  176  8e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.060575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1342  alanine racemase  32.13 
 
 		 370 aa  176  8e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0650824  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2381  alanine racemase  36.29 
 
 		 357 aa  176  9e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608946  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4221  alanine racemase  34.93 
 
 		 411 aa  174  1.9999999999999998e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.53018  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2882  alanine racemase  34.83 
 
 		 360 aa  174  2.9999999999999996e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0345  alanine racemase  35.56 
 
 		 376 aa  172  7.999999999999999e-42  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.605258  normal  0.144303 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1999  alanine racemase  37.05 
 
 		 369 aa  169  7e-41  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.711487  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1923  alanine racemase  37.05 
 
 		 362 aa  169  8e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.245815  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2284  alanine racemase  30.89 
 
 		 376 aa  168  1e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01680  alanine racemase  31.81 
 
 		 379 aa  168  2e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0057  alanine racemase  31.82 
 
 		 390 aa  167  2e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13457  alanine racemase  35.62 
 
 		 408 aa  167  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0132184  hitchhiker  0.000185138 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1885  alanine racemase  38.3 
 
 		 397 aa  167  4e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.849261  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0775  hypothetical protein  33.61 
 
 		 357 aa  166  6.9999999999999995e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1097  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  33.86 
 
 		 823 aa  165  2.0000000000000002e-39  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.430466 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2783  alanine racemase  33.88 
 
 		 375 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000262761  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0355  alanine racemase  36.03 
 
 		 405 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.488923  normal  0.111882 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0804  hypothetical protein  32.58 
 
 		 357 aa  164  3e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1986  alanine racemase  34.78 
 
 		 375 aa  163  4.0000000000000004e-39  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.371384  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3724  putative bifunctional UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide:D-alanyl-D-alanine ligase/alanine racemase  32.53 
 
 		 842 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6076  alanine racemase  36.91 
 
 		 368 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2865  alanine racemase  32.32 
 
 		 370 aa  163  6e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000333192  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2629  alanine racemase  37.43 
 
 		 364 aa  162  8.000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.962151  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4206  alanine racemase  35.01 
 
 		 358 aa  162  9e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0248673  decreased coverage  0.000000273108 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0191  alanine racemase  32.32 
 
 		 358 aa  162  9e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2926  alanine racemase  31.52 
 
 		 389 aa  162  1e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.839244  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1160  alanine racemase  29.95 
 
 		 373 aa  161  1e-38  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1812  alanine racemase  33.51 
 
 		 373 aa  161  1e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000273885  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0201  alanine racemase  37.14 
 
 		 357 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394182 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47960  alanine racemase  38.87 
 
 		 361 aa  161  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5179  alanine racemase  36.67 
 
 		 357 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.266317 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0758  alanine racemase  29.7 
 
 		 373 aa  160  4e-38  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69990  alanine racemase  36.36 
 
 		 357 aa  160  4e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0103  alanine racemase, catabolic  36.84 
 
 		 357 aa  160  5e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5321  alanine racemase  36.67 
 
 		 357 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.274538 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1173  alanine racemase  34.5 
 
 		 383 aa  158  1e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.49691  normal  0.0522528 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3995  alanine racemase  36.86 
 
 		 361 aa  158  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1146  alanine racemase  34.5 
 
 		 383 aa  158  1e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1163  alanine racemase  34.5 
 
 		 383 aa  158  1e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.434451 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>