More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0730 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0730  alanine racemase  100 
 
 		 408 aa  826    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632943  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1192  alanine racemase  63.13 
 
 		 389 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.183521  normal  0.216373 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1508  alanine racemase  59.64 
 
 		 387 aa  477  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.453839  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1046  alanine racemase  63.88 
 
 		 388 aa  477  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0986  alanine racemase  53.76 
 
 		 389 aa  386  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0601461  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2403  alanine racemase  48.49 
 
 		 357 aa  317  2e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.438825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4822  alanine racemase  47.04 
 
 		 377 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0192728 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0409  alanine racemase  46.51 
 
 		 374 aa  306  6e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3482  alanine racemase  43.95 
 
 		 408 aa  301  2e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.552897 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6080  alanine racemase  42.89 
 
 		 374 aa  296  5e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0672  alanine racemase  44.89 
 
 		 383 aa  288  1e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15843  hitchhiker  0.005206 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0914  alanine racemase  44.24 
 
 		 409 aa  281  2e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.452475  decreased coverage  0.000000188246 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1300  alanine racemase  45.36 
 
 		 387 aa  280  4e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4632  alanine racemase  42.51 
 
 		 370 aa  278  1e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.536129  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0807  alanine racemase  43.09 
 
 		 378 aa  278  1e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1502  alanine racemase  43.78 
 
 		 388 aa  276  7e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.196094  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2290  alanine racemase  43.87 
 
 		 398 aa  275  1.0000000000000001e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.669413  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0923  alanine racemase  41.69 
 
 		 396 aa  273  4.0000000000000004e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.489624  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2014  alanine racemase region  43.48 
 
 		 395 aa  273  4.0000000000000004e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109646  normal  0.427468 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0865  alanine racemase  41.69 
 
 		 396 aa  272  1e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0599236  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1445  alanine racemase  40.43 
 
 		 380 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0396  alanine racemase  41.08 
 
 		 385 aa  270  2.9999999999999997e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124132  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2595  alanine racemase  43.4 
 
 		 364 aa  269  5.9999999999999995e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.056073 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3807  putative alanine racemase (alr)  41.18 
 
 		 394 aa  268  8.999999999999999e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193954  normal  0.427628 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1208  alanine racemase  41.35 
 
 		 366 aa  268  1e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4305  alanine racemase  45.48 
 
 		 342 aa  268  1e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3937  alanine racemase  45.2 
 
 		 342 aa  267  2e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.155523 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2289  alanine racemase  42.86 
 
 		 407 aa  266  5e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.637547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4410  alanine racemase  44.81 
 
 		 363 aa  266  5.999999999999999e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.280318 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3495  alanine racemase  43.01 
 
 		 413 aa  266  7e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3689  alanine racemase  45.58 
 
 		 365 aa  264  3e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.376484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4830  alanine racemase  41.58 
 
 		 377 aa  262  6.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2992  alanine racemase  43.32 
 
 		 409 aa  260  3e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.926877  normal  0.268304 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1093  alanine racemase  37.26 
 
 		 373 aa  260  3e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0327033  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1068  alanine racemase  43.9 
 
 		 349 aa  260  3e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3896  alanine racemase  44.92 
 
 		 364 aa  260  3e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.655111  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1779  alanine racemase  43.24 
 
 		 345 aa  256  4e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155065  normal  0.202897 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4776  alanine racemase  41.46 
 
 		 377 aa  256  5e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.102133 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2460  alanine racemase  42.63 
 
 		 349 aa  253  5.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.317567  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1123  alanine racemase  42.63 
 
 		 349 aa  252  7e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.12634 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2457  alanine racemase  41.69 
 
 		 423 aa  252  9.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2871  alanine racemase  43.49 
 
 		 357 aa  248  1e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2506  alanine racemase  42.09 
 
 		 360 aa  245  9.999999999999999e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.677402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2378  alanine racemase  42.47 
 
 		 349 aa  237  3e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.90664 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1739  alanine racemase  41.13 
 
 		 342 aa  227  2e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0813541  normal  0.651702 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2308  alanine racemase  38.11 
 
 		 379 aa  226  5.0000000000000005e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3109  alanine racemase  38.4 
 
 		 373 aa  220  3e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.874814 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0013  alanine racemase  38.74 
 
 		 348 aa  205  1e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.326952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  37.94 
 
 		 358 aa  202  8e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1952  alanine racemase  38.74 
 
 		 356 aa  202  9.999999999999999e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8142  alanine racemase  42.91 
 
 		 294 aa  199  1.0000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170675  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1227  alanine racemase  39.4 
 
 		 348 aa  193  6e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2882  alanine racemase  34.56 
 
 		 360 aa  191  2e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65110  biosynthetic alanine racemase  37.47 
 
 		 358 aa  189  9e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4221  alanine racemase  32.76 
 
 		 411 aa  187  2e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.53018  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5657  biosynthetic alanine racemase  37.2 
 
 		 358 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002338  alanine racemase biosynthetic  32.17 
 
 		 361 aa  182  9.000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00173731  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00017  alanine racemase  31.94 
 
 		 366 aa  181  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2381  alanine racemase  34.06 
 
 		 357 aa  181  2e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608946  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0383  alanine racemase  33.88 
 
 		 358 aa  179  1e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0172619  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01680  alanine racemase  32.53 
 
 		 379 aa  178  2e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69990  alanine racemase  34.95 
 
 		 357 aa  177  4e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5179  alanine racemase  34.31 
 
 		 357 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.266317 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1359  alanine racemase  33.89 
 
 		 356 aa  176  9e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4025  alanine racemase  32.64 
 
 		 375 aa  176  9e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5321  alanine racemase  34.04 
 
 		 357 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.274538 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3916  alanine racemase  32.34 
 
 		 358 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5524  alanine racemase  34.67 
 
 		 365 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2783  alanine racemase  31.92 
 
 		 375 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000262761  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5269  alanine racemase  33.51 
 
 		 357 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0201  alanine racemase  33.42 
 
 		 357 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394182 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3995  alanine racemase  34.35 
 
 		 361 aa  173  5e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0714  alanine racemase  31.97 
 
 		 358 aa  173  5e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000257815  hitchhiker  0.000596589 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3247  alanine racemase  31.97 
 
 		 358 aa  173  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012106  hitchhiker  0.0000136882 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3277  alanine racemase  32.49 
 
 		 358 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.323363  unclonable  0.00000258476 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6076  alanine racemase  34.68 
 
 		 368 aa  172  9e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0693  alanine racemase  31.69 
 
 		 358 aa  172  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00658355  hitchhiker  0.000391995 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0103  alanine racemase, catabolic  34.32 
 
 		 357 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4448  alanine racemase  32.53 
 
 		 359 aa  171  3e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.418216  normal  0.575034 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4206  alanine racemase  32.88 
 
 		 358 aa  170  4e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0248673  decreased coverage  0.000000273108 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0247  alanine racemase  34.03 
 
 		 362 aa  170  5e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0759  alanine racemase  31.59 
 
 		 358 aa  169  6e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000059584  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0425  alanine racemase  37.01 
 
 		 374 aa  169  9e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.718274  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0708  alanine racemase  32.8 
 
 		 358 aa  169  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.919871  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3057  alanine racemase  32.35 
 
 		 364 aa  168  1e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0113499  normal  0.425267 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47960  alanine racemase  35.09 
 
 		 361 aa  167  2.9999999999999998e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1082  alanine racemase  31.99 
 
 		 364 aa  167  2.9999999999999998e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00790418  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0237  alanine racemase  34.49 
 
 		 357 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03925  alanine racemase  33.94 
 
 		 359 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.190319  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3940  alanine racemase  33.94 
 
 		 359 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3975  alanine racemase  33.94 
 
 		 359 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.379875 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4514  alanine racemase  33.94 
 
 		 359 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4293  alanine racemase  33.94 
 
 		 359 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03885  hypothetical protein  33.94 
 
 		 359 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.182053  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0775  hypothetical protein  31.84 
 
 		 357 aa  166  8e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0928  alanine racemase  35.36 
 
 		 361 aa  166  8e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4542  alanine racemase  33.94 
 
 		 359 aa  166  9e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5555  alanine racemase  33.94 
 
 		 359 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1331  alanine racemase  34.06 
 
 		 357 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4495  alanine racemase  34.28 
 
 		 359 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.182607  normal  0.0659463 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>