More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8142 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8142  alanine racemase  100 
 
 		 294 aa  597  1e-170  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170675  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4830  alanine racemase  71.74 
 
 		 377 aa  394  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4776  alanine racemase  69.75 
 
 		 377 aa  377  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.102133 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6080  alanine racemase  52.26 
 
 		 374 aa  277  1e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0923  alanine racemase  48.61 
 
 		 396 aa  245  4.9999999999999997e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.489624  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1445  alanine racemase  48.91 
 
 		 380 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0865  alanine racemase  48.61 
 
 		 396 aa  244  9e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0599236  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4822  alanine racemase  49.65 
 
 		 377 aa  226  3e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0192728 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1502  alanine racemase  50 
 
 		 388 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.196094  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1093  alanine racemase  41.48 
 
 		 373 aa  219  5e-56  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0327033  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0672  alanine racemase  45.65 
 
 		 383 aa  206  4e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15843  hitchhiker  0.005206 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0807  alanine racemase  49.64 
 
 		 378 aa  203  2e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1300  alanine racemase  42.91 
 
 		 387 aa  195  9e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2506  alanine racemase  43.38 
 
 		 360 aa  189  2.9999999999999997e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.677402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0730  alanine racemase  42.91 
 
 		 408 aa  187  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632943  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0396  alanine racemase  42.09 
 
 		 385 aa  187  2e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124132  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0986  alanine racemase  45.13 
 
 		 389 aa  187  2e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0601461  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3482  alanine racemase  42.55 
 
 		 408 aa  186  5e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.552897 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3807  putative alanine racemase (alr)  40.99 
 
 		 394 aa  186  5e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193954  normal  0.427628 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0409  alanine racemase  42.6 
 
 		 374 aa  186  6e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1192  alanine racemase  42.44 
 
 		 389 aa  185  8e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.183521  normal  0.216373 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2290  alanine racemase  42.86 
 
 		 398 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.669413  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2014  alanine racemase region  42.07 
 
 		 395 aa  182  5.0000000000000004e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109646  normal  0.427468 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4632  alanine racemase  44.28 
 
 		 370 aa  181  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.536129  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2595  alanine racemase  43.17 
 
 		 364 aa  176  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.056073 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1508  alanine racemase  40.59 
 
 		 387 aa  176  4e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.453839  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1208  alanine racemase  40.07 
 
 		 366 aa  176  5e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3495  alanine racemase  41.24 
 
 		 413 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2403  alanine racemase  43.59 
 
 		 357 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.438825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3896  alanine racemase  41.58 
 
 		 364 aa  170  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.655111  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1046  alanine racemase  41.2 
 
 		 388 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2289  alanine racemase  40.88 
 
 		 407 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.637547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3689  alanine racemase  43.7 
 
 		 365 aa  165  8e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.376484  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0914  alanine racemase  40.64 
 
 		 409 aa  161  1e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.452475  decreased coverage  0.000000188246 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2871  alanine racemase  42.7 
 
 		 357 aa  159  4e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2378  alanine racemase  41.3 
 
 		 349 aa  157  1e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.90664 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1739  alanine racemase  40.36 
 
 		 342 aa  158  1e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0813541  normal  0.651702 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3109  alanine racemase  39.65 
 
 		 373 aa  153  2.9999999999999998e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.874814 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2992  alanine racemase  39.56 
 
 		 409 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.926877  normal  0.268304 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1068  alanine racemase  39.86 
 
 		 349 aa  153  4e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1123  alanine racemase  39.86 
 
 		 349 aa  153  4e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.12634 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2460  alanine racemase  39.86 
 
 		 349 aa  152  5e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.317567  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2308  alanine racemase  35.37 
 
 		 379 aa  150  3e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4410  alanine racemase  37.54 
 
 		 363 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.280318 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2457  alanine racemase  39.19 
 
 		 423 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1952  alanine racemase  40.58 
 
 		 356 aa  143  3e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4305  alanine racemase  36.84 
 
 		 342 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3937  alanine racemase  36.84 
 
 		 342 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.155523 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1779  alanine racemase  38.15 
 
 		 345 aa  138  8.999999999999999e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155065  normal  0.202897 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  37.86 
 
 		 378 aa  138  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1227  alanine racemase  40.58 
 
 		 348 aa  134  9.999999999999999e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3850  alanine racemase  35.36 
 
 		 384 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2762  alanine racemase  34.27 
 
 		 380 aa  130  3e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00587004  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0013  alanine racemase  38.32 
 
 		 348 aa  126  4.0000000000000003e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.326952  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0203  alanine racemase  31.99 
 
 		 365 aa  125  7e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0562  alanine racemase  34.04 
 
 		 375 aa  122  5e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629716  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2594  alanine racemase  33.57 
 
 		 433 aa  122  8e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.127753  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2882  alanine racemase  34.55 
 
 		 360 aa  117  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2908  alanine racemase  31.91 
 
 		 379 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.184968  normal  0.271691 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0259  alanine racemase  33.45 
 
 		 396 aa  115  7.999999999999999e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.060575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0237  alanine racemase  34.66 
 
 		 357 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0994  alanine racemase  34.75 
 
 		 382 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0325  alanine racemase  31.25 
 
 		 373 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.369504 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4221  alanine racemase  32.23 
 
 		 411 aa  113  3e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.53018  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0606  alanine racemase  32.28 
 
 		 382 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0897  alanine racemase  30.5 
 
 		 403 aa  112  7.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0923  alanine racemase  30.5 
 
 		 403 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0365906  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2388  alanine racemase  32.85 
 
 		 367 aa  110  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0345  alanine racemase  32.81 
 
 		 376 aa  109  5e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.605258  normal  0.144303 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0862  alanine racemase  29.43 
 
 		 403 aa  109  7.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2145  alanine racemase  30.99 
 
 		 382 aa  108  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2107  alanine racemase  30.99 
 
 		 382 aa  108  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01680  alanine racemase  28.21 
 
 		 379 aa  106  4e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0307  alanine racemase  28.52 
 
 		 390 aa  106  6e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1986  alanine racemase  29.29 
 
 		 375 aa  105  6e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.371384  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2201  alanine racemase  31.56 
 
 		 406 aa  105  6e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.419731 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0103  alanine racemase, catabolic  32.6 
 
 		 357 aa  105  8e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3461  alanine racemase  33.33 
 
 		 379 aa  105  9e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3995  alanine racemase  35.19 
 
 		 361 aa  105  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5524  alanine racemase  31.77 
 
 		 365 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23341  alanine racemase  31.78 
 
 		 398 aa  104  1e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2167  alanine racemase  32.38 
 
 		 373 aa  105  1e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196511  decreased coverage  0.0000176162 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0247  alanine racemase  33.1 
 
 		 362 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5179  alanine racemase  33.33 
 
 		 357 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.266317 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2381  alanine racemase  30.18 
 
 		 357 aa  104  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608946  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2011  alanine racemase  30.85 
 
 		 368 aa  103  3e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.146422  normal  0.0449726 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17191  alanine racemase  29.07 
 
 		 399 aa  103  3e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1999  alanine racemase  33.09 
 
 		 369 aa  103  3e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.711487  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1923  alanine racemase  33.09 
 
 		 362 aa  103  3e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.245815  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3527  alanine racemase  33.68 
 
 		 379 aa  103  4e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5321  alanine racemase  33.33 
 
 		 357 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.274538 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1160  alanine racemase  26.95 
 
 		 373 aa  103  5e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1620  alanine racemase  28.41 
 
 		 399 aa  102  6e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0201  alanine racemase  32.23 
 
 		 357 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394182 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1331  alanine racemase  29.71 
 
 		 356 aa  102  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000221405  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4448  alanine racemase  31.39 
 
 		 359 aa  102  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.418216  normal  0.575034 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17091  alanine racemase  28.96 
 
 		 399 aa  101  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1944  alanine racemase  29.71 
 
 		 356 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0640294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0224  alanine racemase region  33.69 
 
 		 356 aa  101  2e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6076  alanine racemase  31.87 
 
 		 368 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>