More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1508 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1508  alanine racemase  100 
 
 		 387 aa  789    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.453839  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1192  alanine racemase  69.11 
 
 		 389 aa  556  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.183521  normal  0.216373 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1046  alanine racemase  69.43 
 
 		 388 aa  522  1e-147  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0730  alanine racemase  59.64 
 
 		 408 aa  466  9.999999999999999e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632943  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0986  alanine racemase  52.59 
 
 		 389 aa  365  1e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0601461  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3482  alanine racemase  47.01 
 
 		 408 aa  303  3.0000000000000004e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.552897 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2403  alanine racemase  44.35 
 
 		 357 aa  288  2e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.438825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0409  alanine racemase  45.26 
 
 		 374 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1300  alanine racemase  46.32 
 
 		 387 aa  278  9e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6080  alanine racemase  42.55 
 
 		 374 aa  275  1.0000000000000001e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4822  alanine racemase  43.43 
 
 		 377 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0192728 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4305  alanine racemase  45.51 
 
 		 342 aa  273  5.000000000000001e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3937  alanine racemase  45.51 
 
 		 342 aa  273  5.000000000000001e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.155523 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2595  alanine racemase  44.69 
 
 		 364 aa  272  7e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.056073 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4632  alanine racemase  43.05 
 
 		 370 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.536129  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2290  alanine racemase  41.14 
 
 		 398 aa  268  1e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.669413  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4410  alanine racemase  43.38 
 
 		 363 aa  268  2e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.280318 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0672  alanine racemase  42.08 
 
 		 383 aa  266  4e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15843  hitchhiker  0.005206 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3896  alanine racemase  45.33 
 
 		 364 aa  266  5.999999999999999e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.655111  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0807  alanine racemase  45.36 
 
 		 378 aa  265  1e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3807  putative alanine racemase (alr)  41.42 
 
 		 394 aa  264  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193954  normal  0.427628 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2014  alanine racemase region  40.6 
 
 		 395 aa  261  1e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109646  normal  0.427468 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3495  alanine racemase  41.53 
 
 		 413 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2289  alanine racemase  42.32 
 
 		 407 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.637547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2992  alanine racemase  41.35 
 
 		 409 aa  259  8e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.926877  normal  0.268304 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1208  alanine racemase  41.03 
 
 		 366 aa  252  7e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0396  alanine racemase  39.73 
 
 		 385 aa  251  1e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124132  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3689  alanine racemase  43.9 
 
 		 365 aa  250  3e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.376484  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2457  alanine racemase  41.69 
 
 		 423 aa  249  4e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4830  alanine racemase  41.37 
 
 		 377 aa  247  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2871  alanine racemase  43.49 
 
 		 357 aa  248  2e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4776  alanine racemase  41.53 
 
 		 377 aa  245  9e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.102133 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1502  alanine racemase  40.92 
 
 		 388 aa  242  7e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.196094  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0914  alanine racemase  39.49 
 
 		 409 aa  239  4e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.452475  decreased coverage  0.000000188246 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2308  alanine racemase  38.38 
 
 		 379 aa  238  1e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1445  alanine racemase  37.5 
 
 		 380 aa  237  3e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2460  alanine racemase  41.26 
 
 		 349 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.317567  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1123  alanine racemase  41.26 
 
 		 349 aa  236  6e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.12634 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1093  alanine racemase  36.68 
 
 		 373 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0327033  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0923  alanine racemase  37.2 
 
 		 396 aa  233  4.0000000000000004e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.489624  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1068  alanine racemase  40.71 
 
 		 349 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0865  alanine racemase  37.2 
 
 		 396 aa  233  5e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0599236  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2378  alanine racemase  41.03 
 
 		 349 aa  231  2e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.90664 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1779  alanine racemase  40.16 
 
 		 345 aa  229  8e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155065  normal  0.202897 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1739  alanine racemase  40.98 
 
 		 342 aa  226  5.0000000000000005e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0813541  normal  0.651702 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0013  alanine racemase  38.42 
 
 		 348 aa  219  7.999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.326952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1952  alanine racemase  38.74 
 
 		 356 aa  216  7e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3109  alanine racemase  37.33 
 
 		 373 aa  212  7.999999999999999e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.874814 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2506  alanine racemase  37.67 
 
 		 360 aa  209  5e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.677402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1227  alanine racemase  39.3 
 
 		 348 aa  204  3e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4221  alanine racemase  33.42 
 
 		 411 aa  189  5.999999999999999e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.53018  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1359  alanine racemase  32.88 
 
 		 356 aa  181  2.9999999999999997e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3345  alanine racemase  30.85 
 
 		 372 aa  179  7e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4206  alanine racemase  33.79 
 
 		 358 aa  178  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0248673  decreased coverage  0.000000273108 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  34.12 
 
 		 358 aa  177  3e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8142  alanine racemase  40.59 
 
 		 294 aa  176  5e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170675  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2031  alanine racemase  36.39 
 
 		 376 aa  176  6e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3916  alanine racemase  32.15 
 
 		 358 aa  176  9e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1959  alanine racemase  34.31 
 
 		 356 aa  173  5e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.148876  normal  0.720893 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0693  alanine racemase  32.51 
 
 		 358 aa  173  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00658355  hitchhiker  0.000391995 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0759  alanine racemase  32.33 
 
 		 358 aa  172  9e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000059584  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01165  alanine racemase  34.31 
 
 		 356 aa  172  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0105464  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1293  alanine racemase  34.31 
 
 		 356 aa  172  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000195233  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01175  hypothetical protein  34.31 
 
 		 356 aa  172  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0067944  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1677  alanine racemase  34.31 
 
 		 356 aa  171  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000165096  normal  0.866269 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1335  alanine racemase  34.31 
 
 		 356 aa  172  1e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000853808  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65110  biosynthetic alanine racemase  34.4 
 
 		 358 aa  172  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69990  alanine racemase  34.81 
 
 		 357 aa  172  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2435  alanine racemase  34.31 
 
 		 356 aa  172  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0660359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3057  alanine racemase  31.79 
 
 		 364 aa  172  1e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0113499  normal  0.425267 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2458  alanine racemase  34.04 
 
 		 356 aa  171  2e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000612069  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2882  alanine racemase  32.33 
 
 		 360 aa  171  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01680  alanine racemase  30.31 
 
 		 379 aa  171  2e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3247  alanine racemase  32.24 
 
 		 358 aa  171  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012106  hitchhiker  0.0000136882 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0714  alanine racemase  32.16 
 
 		 358 aa  171  2e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000257815  hitchhiker  0.000596589 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4448  alanine racemase  32.79 
 
 		 359 aa  170  4e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.418216  normal  0.575034 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6076  alanine racemase  34.71 
 
 		 368 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0763  alanine racemase  31.87 
 
 		 358 aa  167  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.347962  unclonable  0.0000000000881438 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0717  alanine racemase  31.97 
 
 		 358 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00955236  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2381  alanine racemase  31.75 
 
 		 357 aa  167  2.9999999999999998e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608946  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0747  alanine racemase  31.81 
 
 		 358 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00105431  hitchhiker  0.000194512 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5657  biosynthetic alanine racemase  33.6 
 
 		 358 aa  166  5e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002338  alanine racemase biosynthetic  31.37 
 
 		 361 aa  166  5.9999999999999996e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00173731  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5524  alanine racemase  34.49 
 
 		 365 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0738  alanine racemase  31.81 
 
 		 358 aa  166  8e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0231981  decreased coverage  0.0000000000814721 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3637  alanine racemase  31.81 
 
 		 358 aa  166  9e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000125734  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  34.2 
 
 		 378 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0103  alanine racemase, catabolic  34.66 
 
 		 357 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1349  alanine racemase  35.11 
 
 		 372 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47960  alanine racemase  34.92 
 
 		 361 aa  163  4.0000000000000004e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0201  alanine racemase  34.62 
 
 		 357 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394182 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00017  alanine racemase  30.89 
 
 		 366 aa  163  5.0000000000000005e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1885  alanine racemase  34.55 
 
 		 397 aa  162  1e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.849261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3995  alanine racemase  33.61 
 
 		 361 aa  162  1e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0708  alanine racemase  32.8 
 
 		 358 aa  162  1e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.919871  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0522  alanine racemase  30.16 
 
 		 363 aa  161  1e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000197654  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3277  alanine racemase  31.23 
 
 		 358 aa  161  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.323363  unclonable  0.00000258476 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0259  alanine racemase  32.5 
 
 		 396 aa  160  3e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.060575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4605  alanine racemase  31.64 
 
 		 359 aa  160  3e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0191  alanine racemase  32.81 
 
 		 358 aa  160  3e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>