More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2289 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2289  alanine racemase  100 
 
 		 407 aa  821    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.637547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3495  alanine racemase  76.24 
 
 		 413 aa  623  1e-177  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2290  alanine racemase  72.82 
 
 		 398 aa  596  1e-169  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.669413  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2014  alanine racemase region  73.8 
 
 		 395 aa  592  1e-168  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109646  normal  0.427468 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2992  alanine racemase  74.14 
 
 		 409 aa  585  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.926877  normal  0.268304 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2457  alanine racemase  75.18 
 
 		 423 aa  581  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3807  putative alanine racemase (alr)  71.65 
 
 		 394 aa  581  1.0000000000000001e-165  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193954  normal  0.427628 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4632  alanine racemase  51.26 
 
 		 370 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.536129  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3482  alanine racemase  50.26 
 
 		 408 aa  332  8e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.552897 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2403  alanine racemase  49.72 
 
 		 357 aa  330  2e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.438825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2595  alanine racemase  50.7 
 
 		 364 aa  330  2e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.056073 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3937  alanine racemase  49.71 
 
 		 342 aa  309  5.9999999999999995e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.155523 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4305  alanine racemase  49.43 
 
 		 342 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1192  alanine racemase  44.09 
 
 		 389 aa  299  6e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.183521  normal  0.216373 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2308  alanine racemase  46.28 
 
 		 379 aa  298  1e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1502  alanine racemase  47.45 
 
 		 388 aa  298  2e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.196094  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4410  alanine racemase  47.62 
 
 		 363 aa  296  3e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.280318 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0409  alanine racemase  47.43 
 
 		 374 aa  290  3e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0672  alanine racemase  46.19 
 
 		 383 aa  284  2.0000000000000002e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15843  hitchhiker  0.005206 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3896  alanine racemase  49.58 
 
 		 364 aa  282  7.000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.655111  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4822  alanine racemase  46.83 
 
 		 377 aa  280  3e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0192728 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1046  alanine racemase  43.97 
 
 		 388 aa  280  3e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0396  alanine racemase  43.32 
 
 		 385 aa  279  7e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124132  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1300  alanine racemase  46.7 
 
 		 387 aa  276  4e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0986  alanine racemase  42.86 
 
 		 389 aa  273  6e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0601461  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1508  alanine racemase  42.32 
 
 		 387 aa  272  9e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.453839  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0730  alanine racemase  41.01 
 
 		 408 aa  268  1e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632943  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0914  alanine racemase  44.24 
 
 		 409 aa  266  5e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.452475  decreased coverage  0.000000188246 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2871  alanine racemase  47.81 
 
 		 357 aa  266  5.999999999999999e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1093  alanine racemase  38.95 
 
 		 373 aa  259  7e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0327033  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3109  alanine racemase  40.16 
 
 		 373 aa  258  2e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.874814 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0807  alanine racemase  46.3 
 
 		 378 aa  257  2e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1445  alanine racemase  40.66 
 
 		 380 aa  257  2e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0923  alanine racemase  40.32 
 
 		 396 aa  257  3e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.489624  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0865  alanine racemase  40.05 
 
 		 396 aa  255  1.0000000000000001e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0599236  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2506  alanine racemase  45.33 
 
 		 360 aa  255  1.0000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.677402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1208  alanine racemase  43.09 
 
 		 366 aa  253  3e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1123  alanine racemase  43.56 
 
 		 349 aa  251  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.12634 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1068  alanine racemase  43.44 
 
 		 349 aa  249  5e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2460  alanine racemase  43.29 
 
 		 349 aa  248  9e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.317567  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6080  alanine racemase  40.5 
 
 		 374 aa  248  1e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1779  alanine racemase  41.8 
 
 		 345 aa  243  3e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155065  normal  0.202897 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4776  alanine racemase  41.03 
 
 		 377 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.102133 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3689  alanine racemase  45 
 
 		 365 aa  243  3.9999999999999997e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.376484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2378  alanine racemase  44.26 
 
 		 349 aa  241  2e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.90664 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4830  alanine racemase  40.93 
 
 		 377 aa  240  4e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1739  alanine racemase  41.71 
 
 		 342 aa  231  2e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0813541  normal  0.651702 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0013  alanine racemase  41.35 
 
 		 348 aa  216  5e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.326952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2783  alanine racemase  35.62 
 
 		 375 aa  198  1.0000000000000001e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000262761  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2882  alanine racemase  36.31 
 
 		 360 aa  196  4.0000000000000005e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  38.63 
 
 		 358 aa  194  3e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1952  alanine racemase  37.88 
 
 		 356 aa  191  2e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1227  alanine racemase  39.5 
 
 		 348 aa  191  2e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002338  alanine racemase biosynthetic  35.07 
 
 		 361 aa  191  2.9999999999999997e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00173731  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0383  alanine racemase  35.77 
 
 		 358 aa  189  9e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0172619  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65110  biosynthetic alanine racemase  36.93 
 
 		 358 aa  189  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00017  alanine racemase  33.7 
 
 		 366 aa  188  1e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0191  alanine racemase  35.25 
 
 		 358 aa  186  5e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3508  alanine racemase  35.77 
 
 		 395 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3576  alanine racemase  35.77 
 
 		 395 aa  184  3e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3057  alanine racemase  35.08 
 
 		 364 aa  184  3e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0113499  normal  0.425267 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5321  alanine racemase  38.78 
 
 		 357 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.274538 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3277  alanine racemase  36.36 
 
 		 358 aa  181  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.323363  unclonable  0.00000258476 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5657  biosynthetic alanine racemase  36.76 
 
 		 358 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3487  alanine racemase  36.99 
 
 		 393 aa  181  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2629  alanine racemase  35.95 
 
 		 364 aa  181  2.9999999999999997e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.962151  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5179  alanine racemase  38.02 
 
 		 357 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.266317 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5269  alanine racemase  37.67 
 
 		 357 aa  179  8e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5524  alanine racemase  36.99 
 
 		 365 aa  178  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4221  alanine racemase  33.01 
 
 		 411 aa  178  1e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.53018  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3427  alanine racemase  35.95 
 
 		 395 aa  178  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.764084  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4025  alanine racemase  33.78 
 
 		 375 aa  178  2e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1930  alanine racemase  38.73 
 
 		 367 aa  178  2e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2381  alanine racemase  35.58 
 
 		 357 aa  177  3e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608946  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01680  alanine racemase  30.5 
 
 		 379 aa  177  3e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2167  alanine racemase  34.77 
 
 		 373 aa  177  3e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196511  decreased coverage  0.0000176162 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0562  alanine racemase  33.87 
 
 		 375 aa  176  6e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629716  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8142  alanine racemase  40.65 
 
 		 294 aa  175  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170675  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0103  alanine racemase, catabolic  37.33 
 
 		 357 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4605  alanine racemase  36.07 
 
 		 359 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1359  alanine racemase  34.07 
 
 		 356 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0201  alanine racemase  36.69 
 
 		 357 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394182 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2926  alanine racemase  32.88 
 
 		 389 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.839244  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1999  alanine racemase  37.47 
 
 		 369 aa  174  2.9999999999999996e-42  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.711487  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1498  alanine racemase  33.7 
 
 		 378 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1923  alanine racemase  37.47 
 
 		 362 aa  174  2.9999999999999996e-42  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.245815  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03925  alanine racemase  35.81 
 
 		 359 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.190319  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3940  alanine racemase  35.81 
 
 		 359 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4293  alanine racemase  35.81 
 
 		 359 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3975  alanine racemase  35.81 
 
 		 359 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.379875 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4514  alanine racemase  35.81 
 
 		 359 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03885  hypothetical protein  35.81 
 
 		 359 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.182053  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5555  alanine racemase  35.81 
 
 		 359 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13457  alanine racemase  36.76 
 
 		 408 aa  172  1e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0132184  hitchhiker  0.000185138 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2234  alanine racemase  33.87 
 
 		 378 aa  172  1e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1484  alanine racemase  34.64 
 
 		 390 aa  170  4e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.770988  hitchhiker  0.000000845672 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4542  alanine racemase  35.54 
 
 		 359 aa  169  7e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0522  alanine racemase  33.33 
 
 		 363 aa  169  1e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000197654  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4589  alanine racemase  35.79 
 
 		 359 aa  169  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4590  alanine racemase  35.79 
 
 		 359 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.718448  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>